• 대한치과교정학회지
• /
• 제38권2호
• /
• pp.133-143
• /
• 2008

이 연구는 한국인 비증후군성 구순구개열자에서 구순구개열과 치아결손의 중요한 원인 중 하나로 의심되는 MSX1 유전자(locus chromosome 4p16)의 특성을 밝히기 위해 시행되었다. 1998년부터 2002년까지 부산대학교병원 치과교정과에 내원한 36명(남자:23, 여자:13)의 비증후군성 구순수 개열자를 대상으로 하였다. 모든 대상의 혈액을 채취하여 중합 효소연쇄반응(polymerase chain reaction)에 기초한 유전자 분석을 시행하여, MSX1 유전자를 증폭하고, 염기서열을 분석하였으며, 추론되는 단백질 생성물에 대해서도 연구하였다. 이미 밝혀진 Homo sapiens MSX1, accession number AF426432와 NP_002439를 참고로 하여 비교 분석한 결과 공통적인 단일 염기 다형성이 존재하였다. exon 1에서, 253번째 부위의 염기 "A"가 "G"로 치환되었고, 255번째 부위에서 염기 "G"가 삽입되었다. exon 2에서 11번째 부위에서 염기"C"가 "A"로 치환되었고, 351부위에서 염기"T" 또는 "G"가 삽입되었고 352부위에서 염기"T" 또는 "A"가 삽입되었다. 한국인 비증후군성 구순구개열자에서 다른 인종에서 발견된 돌연변이와는 다른 "Thr85A1a" missense 돌연변이가 발견되었다. 이는 한국인 비증후군성 구순구개열에서도 MSX1 유전자가 중요한 원인이 될 수 있고 한국인의 독특한 돌연변이가 존재한다는 가능성을 제시한 것이다. 그러나, 구개열 부위의 치아결손과 관련해서는 어떠한 유전자 특징도 관찰되지 않았다.

• 대한수의학회지
• /
• 제36권1호
• /
• pp.109-118
• /
• 1996

The Salmonella rfb gene encoding for the biosynthesis of the oligosaccharide-repeating units of the O-antigenic determinants was cloned and sequenced. A set of nucleotide primers(a forward and reverse) was selected to target a defined region of the guanosine diphospho-mannose(GDP-Man) pyrophosphorylase synthase gene : rfbM of Salmonella C serogroup. The primer set was used to develop a PCR-based rapid and specific detection system for Salmonella C1 serogroup. Amplification bands of predicted size(1,422bp) were generated from 11 different Salmonella C1 isolates. The bands were verified to be specific for the C1 serogroup by Southern blot analysis using reference homologous DNA specificity was further confirmed by the lack of reactivity with heterologous DNA derived from non-salmonella members of the family enterobacteriaeceae. A specificity of 100% was deduced along with a very high sensitivity shown by a detection limit of 1fg of a purified DNA template. The isolated DNA sequence was found to be 99.8% homologous to S montevideo but the related primers amplified with the predicted band sizes with all the Salmonella C1 serogroups tested. It is concluded that the PCR protocol based on the rfbM gene from S cholerasuis is optimal fast and specific for the detection of Salmonella C1 serogroup and also the corresponding probe is suitable for rapid detection of all Salmonella C1 serogroup DNA tested. This technology should facilitate the identification of contaminated pig products and for any other products contaminated with the Salmonalla C1 serogroup. The immediate impact of this developed method will be in the area of food safety of pig products with the potential prospect for adaptation to other food inspection technologies.

• 미생물학회지
• /
• 제46권3호
• /
• pp.303-307
• /
• 2010

임상분리 균주인 A. baumannii 1625는 imipenem (carbapenem 계열)을 포함한 대부분의 ${\beta}$-lactam계열의 항생제들과 kanamycin, gentamicin, tobramycin 및 제 3세대와 4세대 cephalosporin 계열의 항생제들에 광범위한 내성을 나타내었고, 한국에서는 드문 IMP-1형 metallo-${\beta}$-lactamase (MBL)를 생성하는 균주임이 확인되었다. A. baumannii 1625는 약 2.5 kb 크기의 class 1 integron을 갖고 있었으며, 이 integron내에 aminoglycoside계열 내성 유전자인 accA4, carbapenem 계열 내성 유전자인 $bla_{IMP-1}$, 광범위한 ${\beta}$-lactam 내성 유전자인 $bla_{OXA-2}$ 유전자 cassette들이 차례대로 위치해 있음을 확인하였는데, 이것은 IMP-1형과 OXA-2형 ${\beta}$-lactamase의 유전자를 같은 integron내에 동시에 갖는 새로운 배열 및 구조로서 이전에 국내에서 보고된 바 없는 것이다. 이 2.5 kb 크기의 integron을 항생제 내성이 없는 E. coli에 형질전환 시켰을 때, imipenem, ampicillin, piperacillin, cefazolin, cefoperazone, aztreonam 등의 항생제들에 대하여 8배 이상 증가된 내성정도를 보였다. 이는 A. baumannii 1625의 integron이 다제내성을 부여하는 기능을 하고 있음을 보여준다.

• 한국균학회지
• /
• 제42권4호
• /
• pp.282-288
• /
• 2014

본 연구에서는 순창지역에서 만들어지는 장류에서 곰팡이를 분리하고 동정하여 보다 안전하고 기능성이 높은 발효제품을 위한 균주를 확보하고자 하였다. 순창지역에서 생산되는 장류 제품으로부터 곰팡이를 분리하여 ${\beta}$-tubulin 유전자 분석 통해 10개의 균주가 Aspergillus oryzae/flavus complex임을 알 수 있었다. 보다 정확한 동정을 위하여 아플라톡신 클러스터 유전자 중에 하나인 omtA의 염기서열을 증폭하여 A. oryzae와 A. flavus 표준 균주의 omtA 서열과 함께 계통 분류한 결과, A. oryzae의 표준 균주와의 유연관계가 높음을 알 수 있었다. 또한 norB-cypA 사이의 염기서열을 증폭한 결과 500 bp이 증폭 산물이 확인되었는데 이는 표준 균주인 A. oryzae의 norB-cypA 사이의 염기서열 증폭 산물과 동일한 크기임을 확인할 수 있었다. A. oryzae로 확인된 10균주를 활용하여 코지를 제조하고 ${\alpha}$-amylase 활성과 protease 활성을 측정하였다. Protease 활성은 6, 13, 17, 27, 37, 그리고 38 균주로 제조된 코지는 대조구(시판되고 있는 종균으로 제작한 코지)보다 2배 정도 높은 protease 활성을 보였으며, ${\alpha}$-amylase 활성은 257~320 U/mL로 측정되었다. 식품안전성을 위한 아플라톡신 분비 확인 결과, 63번 균주로 제조된 코지를 제외한 모든 코지에서 아플라톡신을 만들지 않는 것으로 확인되어, 순창에서 분리된 A. oryzae는 추후 메주 접종균으로 개발할 수 있음을 보여주었다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
• /
• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
• /
• pp.115.1-115
• /
• 2003

Post-harvest decay, caused by Penicillium spp. is a serious problem of fruits worldwide. Morphological characteristics and molecular markers were used to characterize 22 Penicillium isolates from apples, 18 isolates from pears, 60 from oranges and 18 from grapes and 23reference isolates representing related Penicillium spp. to assess their diversity and resolve their taxonomy. Based on morphological and physiological characteristics, the isolates were grouped as identical or very similar to P. digitatum, P. italicum, P. ulaiense or very similar to P. crustosum, P. expansum, P. solitum and unidentified Penicillium spp. Based on sequence comparisons of ITS region, variable site were presented within and among the species, but there variation were not correlated with the species. Cluster analyses of AP-PCR fragment patterns using UP and L45 primer and the -tubulin gene sequence, the Penicillium species were segregated into distinct groups. Particularly. the -tubulin partial sequence data provided support for species concepts based on morphological and physiological characteristics.

• 대한의생명과학회지
• /
• 제10권4호
• /
• pp.333-339
• /
• 2004

A multiplex PCR assay targeting the yst and 16S rRNA genes of Yersinia enterocolitica was developed to specifically identify pathogenic Y. enterocolitica from pure culture. Simultaneous amplification of 145 and 416 bp fragments of the yst and 16S rRNA genes of Y. enterocolitica was obtained using the primer pairs in a single reaction. Validation of the assay was performed with the reference Yersinia strains and other members of the family Enterobacteriaceae. The defined primer pairs amplified the targeted sequence from only pathogenic Y. enterocolitica strains, whereas none of the other bacterial species yielded any amplified fragments. Within an assay time of 4 h, this assay offers a very specific, reliable, and inexpensive alternative to the conventional phenotypic assays used in clinical laboratories to identify pathogenic Y. enterocolitica.

• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제40권1호
• /
• pp.25-31
• /
• 2002

We describe a riboprinting scheme for identification of unknown Acanthamoeba isolates at the species level. It involved the use of PCR-RFLP of small subunit ribosomal RNA gene (riboprint) of 24 reference strains by 4 kinds of restriction enzymes. Seven strains in morphological group I and III were identified at species level with their unique sizes of PCR product and riboprint type by Rsa 1. Unique RFCP of 17 strains in group II by Dde I. Taq I and Hae III were classified into: (1) four taxa that were identifiable at the species level. (2) a subgroup of 4 taxa and a pair of 2 taxi that were identical with each other. and (3) a species complex of 7 taxa assigned to A. castellanii complex that were closely related. These results were consistent with those obtained by 18s rDNA sequence analysis. This approach provides an alternative to the rDNA sequencing for rapid identification of a new clinical isolate or a large number of environmental isolates of Acanthamoeba.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제14권4호
• /
• pp.783-788
• /
• 2004

Marker proteins of genetically-modified organisms (GMO) and their antibodies were prepared and characterized as major components of an analytical system. We selected two GMO markers, neomycin phosphotransferase II and 5- enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase, and produced them from E. coli employing genetic recombination technology. After purification, their structural conformation and binding affinities to the respective antibodies were characterized. The results showed that the recombinant proteins were identical with commercially obtained reference proteins. We further used them as immunogens to raise polyclonal antibodies capable of discriminating GMO containing protein from non-GMO. Well-characterized marker proteins and antibodies will be valuable as immunoreagents in constructing analytical systems such as biosensors and biochips to measure quantities of GMO.

• Genomics & Informatics
• /
• 제13권4호
• /
• pp.152-155
• /
• 2015

Recently, the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) Analysis Working Group converted data from ChIP-seq analyses from the Broad Histone track into 15 corresponding chromatic maps that label sequences with different kinds of histone modifications in promoter regions. Here, we publish a frequency profile of the three ChromHMM promoter states, at 200-bp intervals, with particular reference to the existence of sequence patterns of promoter elements, GC-richness, and transcription starting sites. Through detailed and diligent analysis of promoter regions, researchers will be able to uncover new and significant information about transcription initiation and gene function.

• 대한치과교정학회지
• /
• 제33권3호
• /
• pp.185-197
• /
• 2003

비증후군성 구순구개열을 발생시키는 주요유전자로 추측이 되는 OFC1 유전자(위치 염색체 6p24.3)의 한국인에서 나타나는 특성을 연구하였다. 3대에 걸쳐서 처음으로 비증후군성 구순구개열이 나타난 40 명의 환자(남자 20명, 여자 20명, 평균 나이 : 14.2세)와 3대에 걸쳐서 비증후군성 구순구개열을 포함한 어떤 선천성 기형도 나타나지 않았던 정상 성인 40명 (남자 20명, 여자 20명, 평균 나이 : 25.6세)을 연구 대상으로 하였다. 중합효소 연쇄 반응법을 이용하여 OFC1 유전자를 분리 증폭한 후, 염기 서열 분석을 통해서 대립유전자형을 밝히고, BLAST 와 Pedant-Pro 데이터베이스를 이용하여 단백질의 상동성 검색을 수행하였으며, 그 결과는 다음과 같다. 1. OFC1 유전자는 'CA' 연쇄반복서열을 가진 극소위성 표지자로 밝혀졌다. 2. 환자군과 대조군의 OFC1 유전자의 특별한 차이는 발견되지 않았다. 3. 한국인에서 나타난 'CA' 연쇄반복서열의 형태는 'ABI linkage map 2'의 TA(CA)11TA(CA)10과는 달리, TA(CA)n의 형태를 띄었으며, 연쇄반복의 수는 17회에서 26회로 다양하게 나타났다. 4. 'CA' 연쇄반복서열의 횟수에 따라서, 9가지의 대립유전자형이 발견되었으며, 나타나는 빈도는 환자군과 대조군에서 유사하였다. 5. 'ABI linkage map 2'의 'CA' 연쇄반복서열 사이의 염기서열 T가 한국인에서는 C로 치환되어 있었지만, ORF예측을 하였을 때 예상되는 아미노산의 배열 차이는 관찰되지 않았다. 6. 한국인 OFC1 유전자의 염기서열로 예측되는 단백질을 알아보기 위하여 BLAST 검색을 한 결과, Telomerase reverse transcriptase(TERT, locus 5p15.33, NCBI Genome Annotation ; NT023089)와 Nucleotide binding protein 2(NBP2, locus 17q22, NCBI Genome Annotation; NT010783)가 유사한 구조를 가지는 단백질로 밝혀졌다. 7. Pedant-Pro 데이터베이스로 단백질 구조의 상동성 검색을 한 결과, OFC1 유전자는 적어도 하나의 transmembrane region과 non-gloular region을 가지는 구조로 밝혀졌다.