• 제목/요약/키워드: read rate

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일루미나에서 제작된 TSLRH (Truseq Synthetic Long-Read Haplotyping)와 10X Genomics에서 제작된 The Chromium Genome 시퀀싱 플랫폼을 이용하여 생산된 한우(한국 재래 소)의 반수체형 페이징 및 단일염기서열변이 비교 분석 (A Comparative Analysis of the Illumina Truseq Synthetic Long-read Haplotyping Sequencing Platform versus the 10X Genomics Chromium Genome Sequencing Platform for Haplotype Phasing and the Identification of Single-nucleotide variants (SNVs) in Hanwoo (Korean Native Cattle))

  • 박원철;크리스나무티 스리칸스;박종은;신동현;고해수;임다정;조인철
    • 생명과학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.1-8
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    • 2019
  • 한우(한국 재래 소)에서 반수체형 페이징을 위한 고밀도 시퀀싱을 이용한 비교 분석 논문은 많지가 않다. 이런 고밀도 시퀀싱 플랫폼 중에서, 일루미나에서 서비스 하는 Truseq Synthetic Long-Read Haplotyping 시퀀싱 플랫폼(TSLRH)과 10X Genomics에서 서비스하는 The Chromium Genome 시퀀싱 플랫폼을 특별히 비교 분석하는 논문은 없다. 우리는 한우 연구소의 한우 종모우(아이디: TN1505D2184 or 27214)의 정액에서 DNA를 추출하였으며, 이 DNA로부터 각각의 시퀀싱 플랫폼을 이용하여 시퀀싱 데이터를 생산하였다. 그 후, 우리는 각각의 시퀀싱 플랫폼에 맞는 분석 방법을 이용하여 단일염기서열변이들은 찾아냈다. 그 결과, TSLRH과 10XG의 전체 리드 수는 각각 355,208,304, 1,632,772,004, 맵핑 리드의 개수는 351,992,768(99.09%), 1,526,641,824(93.50%), Q30(%)은 89.04%, 88.60%, 평균 밀도는 13.04X, 74.3X, 가장 긴 페이즈 블락은 1,982,706bp, 1,480,081 bp, N50 페이즈 블락은 57,637 bp, 114,394 bp, 전체 단일염기서열변이는 4,534,989, 8,496,813, 전체 페이징 비율은 72.29%, 87.67%였다. 더욱이, 우리는 각각의 시퀀싱 플랫폼을 비교해서 각각의 시퀀싱 플랫폼의 고유한 단일염기서열변이와 두 시퀀싱 플랫폼에서 공통적으로 존재하는 단일염기서열변이를 각 염색체 별로 확인하였으며, 단일염기서열변이의 개수는 염색체 길이에 정비례한다는 결과를 확인하였다. 결론적으로, 본 연구에서 추천하는 바는 연구비가 충분하지 않을 시에는 TSLRH 보다 10XG을 사용하는 것을 추천한다. 왜냐하면 전체 리드 및 단일염기서열변이 개수, N50 페이즈 블락, 가장 긴 페이즈 블락, 페이즈 비율 그리고 평균 밀도 등이 TSLRH 보다 10XG가 더 높거나 좋기 때문이다.

온도 손실의 최소화를 위해 Sub-Frame 제어 기법을 적용한 적외선 영상 투사기용 신호입력회로 (A Read-In Integrated Circuit for IR Scene Projectors Adopting a Sub-Frame Control Technique for Minimizing the Temperature Loss)

  • 신의섭;조민지;강우진;조영민;이희철
    • 전자공학회논문지
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    • 제53권8호
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    • pp.113-118
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    • 2016
  • 본 논문에서는 30 Hz의 프레임률로 동작하는 적외선 영상 투사기 (IR scene projector, IRSP)에서 투사되는 적외선 영상의 유효온도 감소를 최소화하기 위해 sub-frame 제어 기법을 적용한 IRSP용 신호입력회로 (read-in integrated circuit, RIIC)를 제안한다. 제안하는 sub-frame 제어 기법은 단위 프레임을 8개의 sub-frame으로 나누어 동일한 영상 데이터를 8회 refresh함으로써 픽셀 내 커패시터에 sampling된 영상 데이터가 유지 기간 동안 MOSFET 스위치를 통한 누설 전류로 인해 손실되는 정도를 감소시킨다. Emitter에서 투사되는 적외선 영상의 높은 유효온도를 위해 전류 구동형 RIIC를 설계하였으며, 외부의 DAC로부터 아날로그 전압 형태의 영상 데이터를 전송 받는다. 시제품 $64{\times}32$ RIIC array 칩은 매그나칩/SK하이닉스 $0.35{\mu}m$ 2-poly 4-metal CMOS 공정으로 제작되었으며, 출력 가능한 최대 데이터 전류는 $230.3{\mu}A$이다. 이를 $15k{\Omega}$의 저항 값을 갖는 시제품 emitter 소자에 인가할 시 mid-wavelength IR (MWIR) 대역을 기준으로 최대 $366.2^{\circ}C$의 유효온도를 갖는 적외선 영상의 투사가 가능하다.

Hybrid SSD 시스템을 위한 재사용 간격 기반 블록 교체 기법 (Block Replacement Scheme based on Reuse Interval for Hybrid SSD System)

  • 유상현;김경태;윤희용
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제16권5호
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    • pp.19-27
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    • 2015
  • 최근 SSD(Solid State Drive)는 빠른 읽기/쓰기, 저전력 등 다양한 장점을 가지고 있어 스마트폰, 노트북, 서버 등의 저장장치로 사용 영역이 확대되고 있다. 하지만, 플래시 메모리의 읽기 및 쓰기의 비대칭적 성능과 제한된 쓰기 횟수가 SSD의 수명을 단축시키는 문제가 있어서 캐쉬(cache)로 사용되는 SSD의 내용을 변경시키는 블록 교체 기법(block replacement policy)이 매우 중요하다. Hybrid SSD의 수명을 향상 시킬 수 있는 방법 중 하나로 LARC 기법이 있으나, LARC는 SSD블록 관리를 위해 기존 LRU알고리즘을 사용하기 때문에 빈번히 참조되는 블록이 오래된 블록 대신 교체되어 SSD 미스율을 증가시킴으로써 시스템의 성능이 저하되는 문제점이 발생한다. 따라서, 본 논문에서는 다양한 데이터 읽기, 쓰기 환경에 효과적으로 대응하기 위해 블록의 재사용 간격을 고려한 새로운 블록 교체 기법을 제안한다. 제안된 기법은 블록 재사용 간격(Reuse interval)과 Age를 기반으로 최근성(Recency)을 추출하고 참조빈도(Frequency)를 같이 고려하여 블록을 교체한다. Workload 기반 Trace를 이용한 실험결과, 제안하는 기법은 여러가지의 기존 블록 교체 기법 및 LARC 알고리즘과 비교하여 쓰기 횟수 감소와 히트율 향상을 통해 시스템 성능과 SSD의 수명을 연장시킨다.

사진 탁본 기법을 이용한 금석문 판독 - 무위사 선각대사편광탑비를 중심으로 - (Epigraph Reading by Photographic Reading Techniques - Focused on Pyeongwangtapbi Monument of Seonggak Daesa -)

  • 장선필;한상준
    • 헤리티지:역사와 과학
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    • 제44권2호
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    • pp.58-75
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    • 2011
  • 이 연구는 금석문에 대한 기존의 탁본과 사진 탁본을 비교하여 사진 탁본이 비교적 우수하고 정확한 판독이 가능함을 증명해 보이고자 한다. 이를 위해 무위사 선각대사편광탑비에 새겨진 미판독 금석문을 사진 탁본을 통해 재판독을 시도하였다. 선각대사편광탑비는 탁본(拓本)에 의해 정리, 기록되어 있어 문헌에 따라 상이한 판독결과와 오독(誤讀)한 글자 또한 적지 않음을 확인할 수 있었다. 이는 탁본 수행자와 그 방법 등에 따라 탁본 결과물이 달라질 뿐 아니라 탁본 결과물을 바탕으로 판독을 실시하기 때문이다. 선각대사편광탑비는 훼손되지 않았을 경우 총 2,049자 인 것으로 파악되며 그중 1,763자를 판독하였다. 이중에서 그동안 일부 문헌에서 판독하지 못했거나 서로 다르게 판독한 글자 등 총 308자를 바로 잡았다. 다만, 선각대사편광탑비의 탁본은 최소한 30~100여 년 전에 탁본을 실시하였기 때문에 동일한 조건에서 사진 탁본을 실시한다면 훨씬 좋은 결과를 얻을 수 있을 것이라 생각한다. 사진 탁본 연구를 기초로 하여 내용적인 오류 수정을 위한 후속 연구가 필요하다고 생각한다.

식물생장용 저압챔버 내의 기온, 상대습도 및 압력의 변화 (Variations of Air Temperature, Relative Humidity and Pressure in a Low Pressure Chamber for Plant Growth)

  • 박종현;김용현
    • 생물환경조절학회지
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    • 제18권3호
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    • pp.200-207
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    • 2009
  • This study was conducted to analyze the variations of air temperature, relative humidity and pressure in a low pressure chamber for plant growth. The low pressure chamber was composed of an acrylic cylinder, a stainless plate, a mass flow controller, an elastomer pressure controller, a read-out-box, a vacuum pump, and sensors of air temperature, relative humidity, and pressure. The pressure leakage in the low pressure chamber was greatly affected by the material and connection method of tubes. The leakage rate in the low pressure chamber with the welding of the stainless tubes and a plate decreased by $0.21kPa{\cdot}h^{-1}$, whereas the leakage in the low pressure chamber with teflon tube and rubber O-ring was given by $1.03kPa{\cdot}h^{-1}$. Pressure in the low pressure chamber was sensitively fluctuated by the air temperature inside the chamber. An elastomer pressure controller was installed to keep the pressure in the low pressure chamber at a setting value. However, inside relative humidity at dark period increased to saturation level.. Two levels (25 and 50kPa) of pressure and two levels (500 and 1,000sccm) of mass flow rate were provided to investigate the effect of low pressure and mass flow rate on relative humidity inside the chamber. It was concluded that low setting value of pressure and high mass flow rate of mixed gas were the effective methods to control the pressure and to suppress the excessive rise of relative humidity inside the chamber.

장시간 절연체 열화실험을 위한 부분방전측정기술 연구 (A Study on the Technology Measuring Partial Discharge for Long Term Aging Experiments of Insulation Materials)

  • 선종호;김광화;박정후;조정수
    • 대한전기학회논문지:전기물성ㆍ응용부문C
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    • 제49권12호
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    • pp.665-672
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    • 2000
  • This paper described the measurement technology to analyze the partial discharge characteristics for long term aging of insulations. This system was consisted of high voltage generation and measurement part, PD detection part, digital conversion and signal processing part. We used the VXI system for digital conversion and signal processing part. In the digital conversion part, we studied the error of partial discharge magnitude and memory capacity for reading digital signal with the sampling rate. In the signal processing part, we showed the program algorithm to count pulses and read peak values of partial discharge. The allowable minimum sampling rate of digizer was decided to 250kS/s through analyzing test. We confirmed that this system was very useful in the study of $\phi-q-n$ characteristics of long term PD experiments with specimens being consisted of internal void defects and CIGRE II electrodes.

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정지궤도 위성통신 환경모의를 위한 100 MHz 대역폭의 위성링크 시뮬레이터 개발 (Satellite Link Simulator Development in 100 MHz Bandwidth to Simulate Satellite Communication Environment in the Geostationary Orbit)

  • 이성재;김용선;한태균
    • 한국군사과학기술학회지
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    • 제14권5호
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    • pp.842-849
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    • 2011
  • The transponder simulator designed to simulate the transponder of military satellite communication systems in the geostationary orbit is required to have time delay function, because of 250 ms delay time, when a radio wave transmits the distance of 36,000 km in free space. But, it is very difficult to develop 250 ms time delay device in the transponder simulator of 100 MHz bandwidth, due to unstable operation of FPGA, loss of memory data for the high speed rate signal processing. Up to date, bandwidth of the time delay device is limited to 45 MHz bandwidth. To solve this problem, we propose the new time delay techniques up to 100 MHz bandwidth without data loss. Proposed techniques are the low speed down scaling and high speed up scaling methods to read and write the external memory, and the matrix structure design of FPGA memory to treat data as high speed rate. We developed the satellite link simulator in 100 MHz bandwidth using the proposed new time delay techniques, implemented to the transponder simulator and verified the function of 265 ms time delay device in 100 MHz bandwidth.

통계적 분석에 의한 금융통장 인식용 광학필터 최적 조합 선정에 관한 연구 (Determination of Optimal Combination of Optical Filter for Recognizing Financial Account Using Statistical Analysis)

  • 유형근;이강원
    • 한국전기전자재료학회논문지
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    • 제27권5호
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    • pp.328-341
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    • 2014
  • The object of this paper is to develop optimal optical filter, which can be used to identify the financial account and read the information. The five factors which affect the performance of the optical filter are identified as optical glass type, existence of Fe, Photo pic coating type, and coating form. In this study we seek to determine the optimal combination for the best design of the optical filter. For each combination, the performances of optical filter are investigated using the proper experimental equipments and methods. White-state voltage, black-state voltage, and black-state error rate are used for the performance measures. Through the statistical analysis of the performance data collected, we have determined the optimal design of the optical filter.

$Ca(OH)_2/CaO$계 화학 열펌프에 있어서 고체 반응층의 전열해석 (Numerical Analysis of Heat Transfer in Packed Bed of $Ca(OH)_2/CaO$ for Chemical Heat Pump)

  • 김종식
    • 태양에너지
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    • 제17권1호
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    • pp.67-77
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    • 1997
  • 본 연구는 에너지 밀도와 승온효과가 큰 화학 열펌프시스템 개발을 위해 무기 수화물계인$Ca(OH)_2/CaO$ 원주형 충전층내 핀을 주입 전열 촉진한 경우에 있어서 반응촉진 효과의 이론적 평가를 행하였다. 그 결과 충전층내 수화 탈수 반응시 반응층내 시간에 따른 온도 분포변화 및 반응율 분포에 대한 수치 해석 결과 전열핀 주입에 따른 반응완결 시간이 절반이하로 줄일 수 있다고 한 실험결과와 잘 일치됨을 알 수 있었다. 또한 해석결과 열화학 반응은 주로 온도 및 농도에 의존하였고 경계조건과 입자 충전층의 열전도에 의해 크게 좌우됨을 알 수 있었다.

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ERRATUM: 'LONG-TERM X-RAY VARIABILITIES OF SEYFERT GALAXY MCG-2-58-22: GRADUAL DECREAES AND FLARES' (JKAS, 35, 1, [2002])

  • CHOI CHUL-SUNG;DOTANI TADAYASU;CHANG HEON- YOUNG;YI INSU
    • 천문학회지
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    • 제36권2호
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    • pp.73-73
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    • 2003
  • Proof correction to the equation in the third paragraph of the DISCUSSION AND CONCLUSION has not been carried faithfully to the published version of the paper. The corrected equation should read ${\approx}10^{-3}\;M_8^4/^3(N_{\ast}/10^6\;pc^{-3})({\sigma}/300 km\;s^{-l})^{-l}(r/r_t)\;yr^{-1}$, where Ms is the mass of the SMBH in units of $10^8\;M_{\bigodot}$, $\sigma$ is the virial velocity of the stars, $r_t$ is the tidal radius of the SMBH. This estimates the frequency that a star would pass within a sphere with the radius r from the SMBH, rather than the frequency of the tidal disruption event. Therefore, it increases with the mass of the SMBH. However, the loss cone effect should also be taken into account, which reduces the actual event rate. Here, we adopted a factor of one hundred to consider the deficiency from the isotrophic rate. The authors sincerely regret this error.