• 한국정보통신학회:학술대회논문집
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• 한국정보통신학회 2012년도 추계학술대회
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• pp.991-993
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• 2012

rifampin 내성 유전자 부위인 $rif^{rr}$를 포함하는 RNA polymerase beta subunit gene (rpoB) (351 bp)의 DNA 서열을 분석을 이용하여 rifampin 내성 마이코박테리아의 rpoB DNA 변이를 조사하였다. 본 연구를 위해 국립마산병원과 결핵원으로 부터 기존의 재래 배양방법으로 동정한 rifampin에 대한 내성 마이코박테리아를 수집하였다. 본 연구실에서는 수집된 rifampin 내성 마이코박테리아에서 rpoB 유전자의 DNA 서열 분석을 수행하였다. 본 연구의 분석 결과로 rifampin 내성 마이코박테리아에서 $rif^{rr}$를 포함한 rpoB의 보고되지 않은 다양한 변이들이 조사되었다.

• 한국임상수의학회지
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• 제31권1호
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• pp.36-39
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• 2014

Many bacteria colonized in the horse semen affect quality of the sperm and some may cause infection in the mare reproductive tract and infertility of susceptible mare. This study was initiated to determine the prevalence of bacteria in testes of Jeju horses by determining rRNA sequence. The samples were swabed from the testes of nine Jeju horses (aged from 8 to 12 months after birth). Bacteria isolated from testes were identified by 16S rDNA sequencing. 1.6-kbp PCR products for 16S rRNA coding region were obtained using the universal primers. The PCR products were further purified and sequenced. Maximum similar species were found by BLAST search in the GenBank DNA database. BLAST results showed that the sequences were similar to those of Acinetobacter sp (A. schindleri, A. ursingii)., Bacillus cereus, Corynebacterium glutamicum, Escherichia coli, Gamma proteobacterium, Micrococcus luteus, Pseudomonas mendocina, Shigella sonnei, Sphingomonas sp., Staphylococcus sp (S. cohnii, S. saprophyticus, S. xylosus)., and Stenotrophomonas maltophilia. DNA sequences for 16S rRNA is provided useful informations for species identification of pathogenic microorganisms for the reproductive organs in horses.

• 미생물학회지
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• 제40권4호
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• pp.302-306
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• 2004

한국 근해와 염전으로부터 40 균주의 색소 생성 호염세균을 분리하여, 16S rDNA PCR-RELP와 16S rDNA 염기서열 분석을 통하여 다양성을 파악하였다. 분리된 호염성 색소 생성 세균들은 Pseudoalteromonas, Photobacterium, Vibrio, Halobavillus, Bacillus, Paracoccus, Salinicoccus, Tenacibaculum, Flavobacterium의 다양한 속의 세균 종이었다. 해양에서 분리한 색소생성 호염 세균의 $80\%$ 이상이 그람음성인 Pseudoalteromonas 속이었으며, 염전에서 분리한 세균의 대부분은 그람양성의 Halobavillus속 세균이었다. 또한 Salinicoccus 속에 속하는 신종 가능성이 있는 균주 KK7을 분리하였다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제45권10호
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• pp.1263-1272
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• 2002

목 적 : 레트증후군이란 1966년 Andreas Rett에 의해 처음 기술되었으며 생후 6개월에서 18개월 정도까지 비교적 정상 발달을 한 후 두위 발달의 감소와 함께 습득했던 인지 및 운동능력의 상실, 언어기능의 상실, 그리고 특징적인 손동작(상동행동)을 보이는 X 염색체 우성유전으로 생각되는 질환이다. 1999년 미국에서 그 결함 유전자인 MECP2 유전자가 Xq28에서 밝혀졌으나 우리 나라에서는 이 질환에 대한 전반적 이해가 부족하며 유전자 연구는 거의 전무한 상태이다. 이에 저자들은 우리 나라의 Rett 증후군 환아에서 MECP2 유전자의 결함이 어느 정도 나타나는지를 알고자 이 연구를 시행하였다. 방 법 : 2000년 2월부터 2001년 3월까지 본원을 방문한 Rett 증후군 환아 34례의 말초혈액을 EDTA (Ethylenediaminetetraacetic acid) 처리하여 5 cc 채취하여 냉동 보관한 후 해빙하여 DNA 표본을 추출했다. DNA의 추출은 E.Z.N.A blood DNA kit을 사용하였다. MECP2 유전자 네 종류의 axon은 PCR을 이용해 증폭하였고 primer sequence는 1999년 Amir 등에 의해 디자인 된 것(AF030876)을 사용하였다. ABI 377 DNA sequencer와 ABI PRISM dye cycle sequencing reaction kit을 사용하여 DNA sequencing을 시행하였고 우리 나라에서 최초로 발견된 유전자 변이에 대해서는 RFLP 분석을 통해 확인하였다. 결 과 : 1) MECP2 유전자의 변이를 보인 환아는 23례로 67.6%에서 관찰되었다. 2) 9종의 missense mutation과 3종의 nonsense mutation을 합해 총 12종의 유전자 변이가 관찰되었다. 3) 이들 돌연 변이 중 L100V, G161E, 그리고 T311M은 전세계적으로 우리 나라에서 처음 발견된 변이이다. 4) 23례의 유전자 변이는 대부분(78.3%) MBD와 TRD라는 기능영역에서 발견되었다. 5) 본 연구에서 T158M, R270X, 그리고 R306C가 자주 나타나는 유전자 변이였다. 결 론 : 우리 나라의 Rett 증후군 환아에서도 MECP2 유전자의 변이는 비교적 흔히 관찰되어 MECP2 유전자의 이상이 Rett 증후군을 유발하는 주 유전자 이상임을 확인하였고 Rett 증후군 환아의 확진을 위해 MECP2 유전자 검사가 필요할 것으로 사료된다.

• KSBB Journal
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• 제19권1호
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• pp.72-77
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• 2004

건강에 대한 관심의 증대로 인한 저염식품의 개발 필요성에 맞추어 오이발효에 염의 농도를 낮추게 되면 정상적 일차발효 후에 이차발효가 진행됨으로써 결국 부패하게 된다. 장기간에 걸쳐 다양한 균의 복합적 작용으로 진행되는 저염 발효오이의 부패 과정을 이해하기 위하여 이에 관련된 균을 분리 동정하였다. 부패발효액을 무기배양하여 균을 분리하고 이들의 16s rRNA 유전자 부분을 universal primer를 이용한 PCR로서 증폭하여 서열분석 하였다. 분석된 800 염기 길이의 서열 전체를 그대로 이용하여 NCBI의 BLAST로서 유사종을 찾고 RDP의 Sequence Aligner와 Sequence Match에서 재확인하여 분리된 균을 3속 8종으로 동정하였다. Database 내의 표준균 서열을 기반으로 한 제한효소 지도와 동정된 균의 PCR 생성묵의 제한효소 처리결과(RFLP)를 비교하여 동정 결과를 실험으로 검정하였다. 동정과정에서 sequencing 결과 전체를 이용하는 점과 RDP를 통한 확인과 RFLP를 이용한 검정은 동정 결과에 대한 신뢰도를 한층 증가시켰다. 또 분리된 8종은 개별적 특징의 조사나 적절한 조합을 이룰 때의 상호 의존도 등을 조사할 수 있게 함으로써 여러 균에 의한 복합적 과정인 부패를 순차적 혹은 요인별로 나누어 살펴보는 연구를 가능하게 한다.

• 한국어병학회지
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• 제23권3호
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• pp.313-322
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• 2010

Edible tunicate Halocynthia roretzi, one of the most commercially important aquatic organisms in Korea, has been killed by tunic softness syndrome since last decade. The intracellular protistan parasite observed by the transmission electron microscope in hemocytes of the tunicate was considered to be the causative agent of the mass mortality. The goal of the present work is to examine the characteristic features of the parasite by identifying the 18S rDNA sequences of the parasite. The experiments conducted include amplification of presumptive 18S rDNA from diseased tunicate tissues with UNonMet-PCR and sequencing the product. A preliminary phylogenetic analysis was performed on the presumptive parasite rDNA. A digoxigenin labeled DNA probe was designed on the basis of the sequences of rDNA. Dig-ISH assay was conducted to diagnose the protistan parasite. A PCR using UNonMet-PCR primer generated 595 bp SSU rDNA fragment. Subsequently, PCRs with primer pair expended this sequence to 1542 bp. This is the first partial sequences of SSU rDNA gene to be published on the protistan parasite that has presumed causing the mass mortality of tunicate. Since the Dig-ISH technique demonstrated the presence of infection in hemocytes on the all host tissues, the fragment was confirmed to be the intracellular protistan parasite SSU rDNA. A phylogenetic analysis suggested that the protistan parasite may be a unique eukaryote that is closely related to Apicomplexa.

• 생명과학회지
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• 제27권5호
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• pp.524-529
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• 2017

본 연구에서는 zebrafish에 인간의 KCNE1 유전자가 삽입된 형광단백질 vector를 microinjection하고, 그 발현 여부를 확인하고자 하였다. 먼저 양 말단에 제한효소(EcoRΙ, BamHΙ) site를 넣어 제작한 primer들로 genomic DNA에서 KCNE1 유전자를 분리하였다. 그 결과는 약 402 bp 크기의 DNA band였고 이 PCR 산물을 형광단백질 vector인 pPB-CMVp-EF1-GreenPuro 속에 클로닝하여 pPB-CMVp-hKCNE1-EF1-GreenPuro plasmid를 제작하였다. 이렇게 준비된 형광 vector를 zebrafish 수정란에 microinjection하였고, 부화된 치어에서 RT-PCR과 DNA sequencing을 통해 GFP 및 hKCNE1의 발현을 최종 확인하였다. 본 연구는 향후 QT 연장증후군(LQTs)에 대한 동물 모델로써 신경자극 전도, 유전자 치료, 유용 유전자 클로닝을 위한 기술 개발에 응용될 수 있을 것으로 기대된다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제40권2호
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• pp.171-191
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• 2024

Identification of Helicotylenchus species is very challenging due to phenotypic plasticity and existence of cryptic species complexes. Recently, the use of rDNA barcodes has proven to be useful for identification of Helicotylenchus. Molecular markers are a quick diagnostic tool and are crucial for discriminating related species and resolving cryptic species complexes within this speciose genus. However, DNA barcoding is not an error-free approach. The public databases appear to be marred by incorrect sequences, arising from sequencing errors, mislabeling, and misidentifications. Herein, we provide a comprehensive analysis of the newly obtained, and published DNA sequences of Helicotylenchus, revealing the potential faults in the available DNA barcodes. A total of 97 sequences (25 nearly full-length 18S-rRNA, 12 partial 28S-rRNA, 16 partial internal transcribed spacer [ITS]-rRNA, and 44 partial cytochrome c oxidase subunit I [COI] gene sequences) were newly obtained in the present study. Phylogenetic relationships between species are given as inferred from the analyses of 103 sequences of 18S-rRNA, 469 sequences of 28S-rRNA, 183 sequences of ITS-rRNA, and 63 sequences of COI. Remarks on suggested corrections of published accessions in GenBank database are given. Additionally, COI gene sequences of H. dihystera, H. asiaticus and the contentious H. microlobus are provided herein for the first time. Similar to rDNA gene analyses, the COI sequences support the genetic distinctness and validity of H. microlobus. DNA barcodes from type material are needed for resolving the taxonomic status of the unresolved taxonomic groups within the genus.

• 미생물학회지
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• 제39권1호
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• pp.45-50
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• 2003

분자 생물학적 방법 인 DGGE를 이용하여 저온에서 김치가 발효되는 동안 관여하는 미생물의 다양성과 변화양상을 분석하였다. 김치를 저온 ($4^{\circ}C$)에서 발효시키는 60 일 동안 5 일 마다 시료를 채취하였으며, 채취한 김치 시료에서 genomic DNA를 추출하여 실험을 수행하였다. 김치 시료 genomic DNA로부터 16S rDNA의 V3영역을 증폭하여 DGGE를 수행한 결과에서 관찰된 amplicon들의 염기서열을 분석한 결과 저온에서 김치가 발효되는 동안 젖산균들이 주요 미생물 군집으로 나타났으며, 그 중에서도 Weissella koreensis가 발효 전 과정 동안, Lactobacillus sakei의 경우는 발효 10 일째부터, 그리고 Leuconostoc gelidurn은 발효30 일째부터 amplicon들의 농도가 진하게 나타나 이들이 저온에서 김치 발효 과정 동안의 우점종 균주들 임을 알 수 있었다.

• Journal of Microbiology
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• 제42권1호
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• pp.9-13
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• 2004

Culture-independent approaches, based on 16S rDNA sequences, are extensively used in modern microbial ecology. Sequencing of the clone library generated from environmental DNA has advantages over fingerprint-based methods, such as denaturing gradient gel electrophoresis, as it provides precise identification and quantification of the phylotypes present in samples. However, to date, no method exists for comparing multiple bacterial community structures using clone library sequences. In this study, an automated method to achieve this has been developed, by applying pair wise alignment, hierarchical clustering and principle component analysis. The method has been demonstrated to be successful in comparing samples from various environments. The program, named CommCluster, was written in JAVA, and is now freely available, at http://chunlab.snu.ac.kr/commcluster/.