• 제목/요약/키워드: rDNA sequence

검색결과 1,276건 처리시간 0.035초

갯지렁이(Perinereis aibuhitensis)에서 분리한 광염성 해양 미생물 Bacillus sp. EBW4의 특성 및 유기물 분해능 분석 (Characterization and Organic Hydrocarbons Degradation Potential of Euryhaline Marine Microorganism, Bacillus sp. EBW4 Isolated from Polychaete (Perinereis aibuhitensis))

  • 신세연;;이상석;이동헌;강경호;강형일
    • 미생물학회지
    • /
    • 제49권1호
    • /
    • pp.38-45
    • /
    • 2013
  • 본 연구에서는 연안갯벌 갯지렁이(Perinereis aibuhitensis)에서 분리한 광염성 미생물, Bacillus sp. EBW4의 특성과 다양한 환경조건에서 유기물 분해능을 분석하였다. 16S rRNA 염기서열에 기초하여 동정한 결과, 균주 EBW4는 Bacillus hemicentroti $JSM076093^T$와 98.3%, Bacillus hwajinponensis SW-$72^T$와 97.96% 그리고 Bacillus algicoa $KMM3737^T$와 96.28%의 상동성을 보였다. EBW4의 생장 가능한 온도 범위는 $4-40^{\circ}C$, 염분도 범위는 0-17%, pH 범위는 5-9로 나타나 EBW4는 광염성 균주로 밝혀졌다. EBW4의 세포막을 구성하는 주요 지방산으로는 anteiso $C_{15:0}$, iso $C_{16:0}$, anteiso $C_{17:0}$, iso $C_{14:0}$ 등으로 각각 48.2, 12.1, 11.6, 9.4% 비율로 나타났다. EBW4는 탄수화물, 단백질, 지방 등 다양한 고분자 유기물을 분해할 수 있는 DNase, amylase, protease, lipase 등의 효소 활성뿐만 아니라, alkaline phosphatase, esterase (C4), leucine arylamidase 그리고 ${\alpha}$-chymotrypsin 효소활성도 가지고 있었다. 다양한 염분 농도 조건에서 합성폐수를 이용한 실험에서 EBW4은 조사한 모든 범위의 염분 조건에서도 유기물 분해능이 우수하였다.

한국 전통젓갈에서 분리한 Bacillus subtilis JKK238 균주 유래 세 종류 Lipopeptide의 분리 및 특성 (Isolation and Characterization of Three Kinds of Lipopeptides Produced by Bacillus subtilis JKK238 from Jeot-Kal of Korean Traditional Fermented Fishes)

  • 윤상홍;김정봉;임융호;홍성렬;송재경;김삼선;권순우;박인철;김수진;여윤수;구본성
    • 한국미생물·생명공학회지
    • /
    • 제33권4호
    • /
    • pp.295-301
    • /
    • 2005
  • 한국 전통 젓갈로부터 항균성 lipopeptide를 생산하는 JKK238 균주를 분리하여 16S rDNA및 세포벽의 지방산 조성 분석 등에 따라 Bacillus subtilis로 동정하였다. JKK238 균주를 3일간 배양한 TSB 액체배지의 $25\%$ ammonium sulfate 침전물이 대부분의 lipopeptide를 포함하고 이들이 다양한 식물병원성 곰팡이나 세균의 성장을 강력히 저해함을 알 수 있었다. 또한 FPLC에 의해 분리 및 정제된 각 lipopeptide의 Maldi-tof분석에서, 이 균주가 iturin A, fengycin, surfactin과 같은 세 종류의 lipopeptide의 isomer들을 동시에 생산하는 균주임을 밝혔다.

단일 박테리오파지를 이용한 볏짚 유래 Bacillus cereus free 스타터 컬쳐의 개발 (The Use of the Pathogen-specific Bacteriophage BCP8-2 to Develop a Rice Straw-derived Bacillus cereus-free Starter Culture)

  • 나디카 반다라;정서진;정도연;김광표
    • 한국식품과학회지
    • /
    • 제46권1호
    • /
    • pp.115-120
    • /
    • 2014
  • 본 연구는 목적은 단일 박테리오파지를 이용하여 볏짚으로부터 B. cereus가 제거된 스타터 컬쳐를 개발하는 것이다. 다양한 배지 가운데 5% 콩 갈은 물(GB)이 볏짚 미생물의 증식과 박테리오파지 BCP8-2의 활성에 적합한 배지로 선정되었다. GB를 이용하여 다양한 볏짚 샘플과 BCP8-2를 함께 처리한 결과 모든 샘플들에서 총균수는 $10^9$ CFU/mL 수준으로 동일하였고, B. cereus의 경우 BCP8-2를 처리하지 않은 샘플에서 $10^7$ CFU/mL까지 증식하였고, 박테리오파지 처리군에서는 검출되지 않음을 확인하였다. 샘플에 존재하는 미생물 군집을 16S rDNA 염기서열을 바탕으로 한 DGGE와 pyrosequencing을 통해 분석한 결과 BCP8-2 처리군과 미처리군 사이에 매우 유사한 미생물 군집을 확인하였고, 더 나아가 계대 배양에 따른 미생물 군집이 안정적으로 유지됨을 확인했다. 이러한 결과들은 볏짚 등에서 특정 박테리오파지를 이용하여 특정 유해균을 제거한 컬쳐의 개발이 가능함을 보여주는 것이고, 안전한 전통장류의 생산에 기여할 것이다.

알긴산 분해능을 갖는 Pseudoalteromonas 및 Vibrio 속 해양세균들의 분리 및 특성분석 (Isolation and characterization of marine bacteria with alginate degrading activity)

  • 윤영준;김정완
    • 미생물학회지
    • /
    • 제51권4호
    • /
    • pp.364-373
    • /
    • 2015
  • 알긴산의 응용을 위하여 인천지역에서 수집한 다양한 패류와 해수로부터 알긴산 분해효소 활성이 우수한 103개의 균주를 분리하고 그 중 M1-2-1, M6-1, C8-15 등 분해능이 가장 우수한 3균주를 선발하여 그 특성을 분석하였다. 이들은 모두 그람 음성 간균이었고, 운동성이 있는 호염성 세균이었다. 또한 생리 생화학적 특성 분석과 16S rRNA 유전자의 염기서열 분석으로 M1-2-1과 M6-1은 Pseudoalteromonas 속, C8-15은 Vibrio 속에 속하는 세균으로 동정되었다. 이들의 알긴산 분해효소 활성은 알긴산이 유일한 탄소원인 APY 배지에 접종하여 $25^{\circ}C$에서 6-8시간 배양했을 때 최대로 나타났고, NaCl을 가했을 때 생장 및 효소 활성 모두 증진되었다. 이 분리 균주들의 알긴산 분해 조효소들은 $45^{\circ}C$와 pH 7.0-8.0에서 가장 높은 활성을 나타냈으며, Pseudoalteromonas sp. M1-2-1과 M6-1 균주는 각각 2.7232 g/L와 1.976 g/L의 환원당 생성능을 보여, 산업적으로 활용 가능성이 높은 것으로 사료되었다.

Isolation and characterization of a novel gossypol-degrading bacteria Bacillus subtilis strain Rumen Bacillus Subtilis

  • Zhang, Yunhua;Zhang, Zhengyou;Dai, Li;Liu, Ying;Cheng, Maoji;Chen, Lijuan
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
    • /
    • 제31권1호
    • /
    • pp.63-70
    • /
    • 2018
  • Objective: The aim of the study was to isolate gossypol-degrading bacteria and to assess its potential for gossypol degradation. Methods: Rumen liquid was collected from fistulated cows grazing the experimental pasture. Approximately 1 mL of the rumen liquid was spread onto basal medium plates containing 2 g/L gossypol as the only source of carbon and was then cultured at $39^{\circ}C$ to isolate gossypol-degrading bacteria. The isolated colonies were cultured for 6 h and then their size and shape observed by microscope and scanning electron microscope. The 16S rRNA gene of isolated colonies was sequenced and aligned using National Center for Biotechnology Information-Basic Local Alignment Search Tool. The various fermentation conditions, initial pH, incubation temperature, inoculum level and fermentationperiod were analyzed in cottonseed meal (CSM). The crude protein (CP), total gossypol (TG), and free gossypol (FG) were determined in CSM after fermentation with isolated strain at $39^{\circ}C$ for 72 h. Results: Screening results showed that a single bacterial isolate, named Rumen Bacillus Subtilis (RBS), could use gossypol as a carbon source. The bacterium was identified by 16S rDNA sequencing as being 98% homologous to the sequence of Bacillus subtilis strain GH38. The optimum fermentation conditions were found to be 72 h, $39^{\circ}C$, pH 6.5, moisture 50%, inoculum level $10^7cell/g$. In the optimum fermentation conditions, the FG and TG content in fermented CSM decreased 78.86% and 49% relative to the control. The content of CP and the essential amino acids of the fermented CSM increased respectively, compared with the control. Conclusion: The isolation of a gossypol-degrading bacterium from the cow rumen is of great importance for gossypol biodegradation and may be a valuable potential source for gossypol-degradation of CSM.

재래식 된장에서 분리된 Bacillus licheniformis의 내열성 Protease 특성과 생산성 (Production and Characterization of Thermostable Protease from Bacillus licheniformis Isolated from Korean Traditional Soybean Paste)

  • 배영은;윤기홍
    • 미생물학회지
    • /
    • 제48권4호
    • /
    • pp.298-304
    • /
    • 2012
  • 가정에서 제조된 된장 16점으로부터 $60^{\circ}C$에서 성장하는 Bacillus속 균주 63주를 분리하였으며 이로부터 내열성 protease를 생산하는 1개 균주를 선발하였다. 분리균의 형태적, 생화학적 특성과 16S rRNA 유전자서열을 조사한 결과 Bacillus licheniformis로 확인되었다. 분리균의 배양상등액은 반응온도 $60-65^{\circ}C$와 pH11에서 최대 protease 활성을 보였으며, $60^{\circ}C$에서 30분간 열처리한 후에도 87%의 protease 활성을 유지하였다. 질소원, 탄소원, 금속이온, 인 등의 배지성분이 protease 생산성에 미치는 영향을 조사한 결과 유당과 soytone peptone이 분리균의 효소 생산을 증가시키는 탄소원과 질소원으로 확인되었다. 분리균은 말기대수기 이후부터 protease를 생산하기 시작하였으며, 유당 (3%), soytone peptone (1.5%), $MgSO_4$ (0.1%), $K_2HPO_4$ (0.03%)와 $KH_2PO_4$ (0.03%)로 구성된 최적화 배지에서 배양시간이 28시간일 때 protease의 생산성이 최대 550 U/ml에 이르렀다.

국내에서 분리된 G형 간염바이러스 NS-5 Region 염기서열의 계통학적 분석 (The Phylogenetic Analysis of the NS-5 Region Sequence of Hepatitis G Viruses Isolated in Korea)

  • 지영미;김기순;천두성;박정구;강영화;이윤성;정윤석;김지은;윤재득
    • 대한바이러스학회지
    • /
    • 제29권1호
    • /
    • pp.45-53
    • /
    • 1999
  • We examined the hepatitis G virus infections among 227 Koreans who were healthy or were suspected of hepatitis and determined the phylogenetic relationship based on a part of the NS-5 region of 5 positive samples. Viral RNA was extracted from sera and cDNA was synthesized and subsequently amplified by RT-PCR (reverse transcription-polymerase chain reaction) or RT-nested PCR using random hexamer and NS-5 specific primers (470-20-1-77F, 470-20-1-211R, HGVNESTFO, HGVNESTRE). Five positives were found to belong to samples of patients showing symptoms of viral hepatitis. Primers used for PCR or nested PCR were derived from the NS-5 region. On the other hand, no amplification was detected using primers derived from the 5'-NCR (G-146F, G-401R). We performed TA cloning and sequencing of 5 amplified fragments, and their sequences were compared with those of foreign isolates of HGV. The phylogenetic analysis using MegAlign programme of DNAstar has shown that the Korean isolates are clustered on the phylogenetic tree. In summary, we confirmed the hepatitis G virus infection in 5 cases out of 12 patients showing the symptoms of viral hepatitis. The phylogenetic analysis of sequences of 5 amplified fragments showed that their relations to each other were closer than those to the foreign HGV isolates reported.

  • PDF

원유에서 분리한 Lactobacillus zeae RMK354의 생리적 특성 및 ACE 억제능 (Physiological Characteristics and ACE Inhibitory Activity of Lactobacillus zeae RMK354 Isolated from Raw Milk)

  • 임상동;김기성;도청룡
    • 한국축산식품학회지
    • /
    • 제28권5호
    • /
    • pp.587-595
    • /
    • 2008
  • 본 연구는 국내 각 지역의 목장에서 수거한 원유에서 분리된 젖산균을 대상으로 10% 환원탈지유에 $37^{\circ}C$에서 pH 4.4에 도달할 때까지 배양한 다음 각각에서 얻어진 유청으로 ACE 저해율을 측정한 결과 88.6%인 우수한 균주를 선발하였다. 선정된 균은 Gram 양성, rod형태의 homo균이며, 당 발효실험과 16S rRNA 분석결과 Lactobacillus zeae로 판명되었고, Lactobacillus zeae RMK354로 명명하였다. 발효유에 적합한 starter인지 확인하기 위해 생리적 특성을 조사하였다. L. zeae RMK354는 배양온도 $40^{\circ}C$에서 빠른 생장을 보였고, pH4.3에 도달하는데 10시간이 소요되었다. 16종의 항생제 중 polymyxin B와 vancomycin에 대해 내성이 높았으며, 효소활성실험에서 esterase와 leucine arylamidase의 활성도가 높았다. 담즙에 대한 내성이 있는 것으로 나타났으며, pH 내성 실험결과 pH 2에서 큰 변화가 없음에 따라 내신성이 있었다. 항균력 시험에서는 Escherichia coli와 Staphylococcus aureus에 대해 억제력이 없었으나 Salmonella typhimurium에 대해 60.0%의 항균력을 보였다. 이러한 결과를 토대로 ACE 억제활성능이 우수한 기능성 발효유 제품의 스타터로 L. zeae RMK354는 적합하다고 할 수 있다.

동해 심층수로부터 Pseudoalteromonas sp. HJ 47의 분리 및 체외단백질분해효소 특성 (Isolation of Pseudoalteromonas sp. HJ 47 from Deep Sea Water of East Sea and Characterization of its Extracellular Protease)

  • 차인태;임형준;노동현
    • 생명과학회지
    • /
    • 제17권2호통권82호
    • /
    • pp.272-278
    • /
    • 2007
  • 단백질분해효소는 다른 단백질들의 아미노산 간에 존재하는 peptide 결합을 절단하며 생리학적, 상업적 측면에서 중요한 위치를 차지하는 효소의 한 부류이다. 이러한 단백질분해효소의 새로운 공급원을 찾기 위하여 비교적 저온에서 체외단백질분해효소를 생산하는 세균을 동해심층수로부터 분리하였다. 분리된 균 중 저온에서의 생육정도와 높은 활성을 가지는 균주를 선별하여 HJ 47이라 명명하였다. 형태학적, 생리생화학적 특성과 16s rRNA gene의 염기서열을 조사한 후 Pseudoalteromonas sp.에 포함하는 것으로 나타났다. 분리된 Pseudoalteromonas sp. HJ 47은 $10^{\circ}C$에서도 비교적 잘 자랐으며, $37^{\circ}C$에서 최적의 생육을 보여 주었다. 최적생육온도와는 달리 배양시간당 최대 체외단백질분해효소의 생산은 $20^{\circ}C$에서 최대였고 대수기 후반과 정지기에 생산이 시작되어 15시간 경과 후 최대의 생산을 보여주었다. 효소활성의 최적온도는 $35^{\circ}C$, 최적 pH는 8로 판명되었다.

신규 고온성 Geobacillus sp. AR1의 extracellular 지질분해효소 생산을 위한 배양조건 (Culture Conditions for Improving Extracellular Lipolytic Enzyme Production by a Novel Thermophilic Geobacillus sp. AR1)

  • 박수진;전숭종
    • 생명과학회지
    • /
    • 제23권1호
    • /
    • pp.110-115
    • /
    • 2013
  • Extracellular 지질분해효소를 생산하는 균주 AR1은 일본 벳부 온천수에서 분리하였다. 분리된 균주의 16s rRNA 염기서열을 분석하고 계통학적으로 분류한 결과, AR1 균주는 신규 Geobacillus sp.에 속하는 것으로 동정되었다. 본 연구는 Geobacillus sp. AR1 균주의 extracellular 지질분해효소 생산을 향상시키기 위한 새로운 방법에 초점을 맞추었다. AR1 균주는 $35{\sim}75^{\circ}C$의 넓은 온도 범위에서 생육하였고 최적온도는 $65^{\circ}C$이었다. 생육을 위한 최적 pH는 6.5인 반면, 효소 생산을 위한 pH는 8.5로 차이점을 보였다. 배양 중에 지질 화합물의 첨가는 지질분해효소 생산을 유도하였고, soybean oil을 대수증식기에 첨가 했을 때 가장 효율적인 유도 효과를 나타내었다. 한편, 계면활성제는 지질분해효소의 생산을 유도하고 세포 내외의 위치에 영향을 줄 수 있다. AR1 균주는 정지기에 Tween 20을 첨가할 경우, 효소의 세포 외 분비 효율이 크게 증가하였다. 이들 결과를 바탕으로 soybean oil과 Tween 20을 각각 대수증식기와 정지기에 첨가함에 따라 extracellular 효소 생산이 대조구에 비해 2.4배 증가하는 것으로 확인 되었다.