• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권17호
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• pp.7959-7965
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• 2015

Background: Identification of predictive markers for the efficacy of platinum-based chemotherapy is necessary to improve the quality of the life of cancer patients. Materials and Methods: We detected proteins recognized by autoantibodies in pretreated sera from patients with lung adenocarcinoma (AC) evaluated as showing progressive disease (PD) or a partial response (PR) after cisplatin-based chemotherapy by proteomic analysis. Then, the levels of the candidate autoantibodies in the pretreated serum were validated by dot-blot analysis for 22 AC patients who received platinum-based chemotherapy, and the expression of identified proteins was immunohistochemically analyzed in 40 AC biopsy specimens. Results: An autoantibody against galectin-3 (Gal-3) was detected in pretreated sera from an AC patient with PD. Serum IgG levels of anti-Gal-3 autoantibody were significantly higher in patients evaluated with PD than in those with PR and stable disease (SD) (p = 0.0084). Furthermore, pretreated biopsy specimens taken from patients evaluated as showing PD following platinumbased chemotherapy showed a tendency to have a higher positive rate of Gal-3 than those with PR and SD (p = 0.0601). Conclusions: These results suggest that serum IgG levels of anti-Gal-3 autoantibody may be useful to predict the efficacy of platinum-based chemotherapy for patients with lung AC.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2010년도 정기총회 및 춘계학술발표회
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• pp.14-14
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• 2010

Plastid proteomics are essential organelles present in virtually all cells in plants and green algae. Plastids are responsible for the synthesis and storage of key molecules required for the basic architecture and functions of plant cells. The proteome of plastid, and in particular of chloroplast, have received significant amounts of attention in recent years. Various fractionation and mass spectrometry (MS) techniques have been applied to catalogue the chloroplast proteome and its sub-organelles compartments. To better understanding the function of the lumenal sub-organelles within the thylakoid network, we have carried out a systematical analysis and identification of the lumenal proteins in the thylakoid of wheat by using Tricine-SDS-PAGE, and LTQ-ESI-FTICR mass spectrometry followed by SWISS-PROT database searching. We isolation and fractionation these membrane from fully developed wheat leaves using a combination of differential and gradient centrifugation couple to high speed ultra-centrifuge. After collecting all proteins to eliminate possible same proteins, we estimated that there are 407 different proteins including chloroplast, chloroplast stroma, lumenal, and thylakoid membrane proteins excluding 20 proteins, which were identified in nucleus, cytoplasm and mitochondria. A combination of these three programs (PSORT, TargetP, TMHMM, and TOPPRED) was found to provide a useful tool for evaluating chloroplast localization, transit peptide, transmembranes, and also could reveal possible alternative processing sites and dual targeting. Finally, we report also sub-cellular location specific protein interaction network using Cytoscape software, which provides further insight into the biochemical pathways of photosynthesis. The present work helps understanding photosynthesis process in wheat at the molecular level and provides a new overview of the biochemical machinery of the thylakoid in wheat.

• 한국작물학회지
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• 제60권1호
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• pp.114-122
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• 2015

침종 기간과 침종 후 발아의 유무에 따른 단백질 발현을 이차원전기영동을 이용하여 단백질 발현양상을 확인하고 비교 분석한 결과, 침종 기간과 침종 후 발아의 유무에 따른 단백질 발현 양상은 전반적으로 매우 유사하였으며, 주요 단백질의 발현에는 차이가 없었다. 침종 기간에 따른 품종별 단백질 발현 양상은 침종 기간이 길어짐에 따라 단백질 발현정도가 점차 증가되는 것을 확인할 수 있었다. 공시품종들 중 황금콩, 단엽콩, Peking이 다른 품종들에 비하여 침종 4일후에 단백질 발현정도가 급격히 증가하는 것을 알 수 있었다. 침종 후 발아 유무에 따른 단백질 발현양상은 소수의 단백질 spot들을 제외하고는 전반적으로 모든 공시 품종들에서 발아한 종자에서의 단백질 발현정도는 미발아 종자에서보다 높게 확인되었다.

• 생명과학회지
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• 제23권8호
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• pp.1050-1056
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• 2013

Streptococcus pneumoniae는 전 세계적으로 급성 호흡기 질환 높은 사망률 나타내며, 정상인의 비인후부에 존재하여 호흡기 감염을 통해 폐렴, 수막염, 중이염, 패혈증, 복막염, 골수염 등을 일으킨다. 그러나 S. pneumoniae가 폐 조직에 침입하는 분자적 메커니즘과 혈류를 통한 침입은 많은 연구에도 불구하고 아직 명확하게 알려지지 않았다. 그러므로 본 실험에서는 S. pneumoniae D39의 감염 및 침입에 대한 분자 메카니즘을 알고자 사람의 폐암상피 세포 유래 A549 세포를 이용하여 감염 후 시간의 경과에 따라 변화되는 A549 세포의 모양을 관찰하였으며, 또한 숙주세포의 단백질 패턴 변화를 조사하였다. 일부 A549 세포는 감염 후 2 시간부터 세포의 모양이 둥근형태로 변화된 것으로 관찰되었으며, 감염 3 시간째에는 세포의 모양이 둥글며 filopodia가 아주 잘 발달하였다. 감염 4 시간에 도달하게 되면 거의 모든 A549 세포가 둥글며 잘 발달된 filopodia를 형성하였다. 감염 후 각 시간 별 A549 세포의 총 단백질들을 추출하여 시간의 경과에 따라 특이적으로 양 적인 변화를 나타내는 단백질을 MALDI-TOF 분석법을 사용하여 동정하였다. Streptococcus pneumoniae D39 감염 후 시간에 따라 변화하는 단백질 중 대다수가 특이하게도 molecular chaperone에 속하는 단백질들이었다. 대표적인 cytosol chaperone인 Hsp90과 Hsp70의 경우 감소하는 패턴을 나타낸 반면에 endoplasmic reticulum (ER)에 존재하는 chaperone인 Grp94와 Grp78 (BiP)은 감염 후 점차 증가하는 패턴을 나타내었다. ER chaperone인 Grp94와 Grp78의 증가는 ER stress signaling pathway와 관련 있는 것으로 알려져 있어, S. pneumoniae D39의 감염에 의한 이들 단백질의 변화 패턴을 ER stress를 유발 시켰을 때와 비교하였다. Tunicamycin 또는 thapsigargin으로 처리하여 ER stress를 유발시킨 A549 세포의 형태는 변화하지 않았으며 흡착세포의 형태를 유지하였다. 그러나 Western blot을 통한 molecular chaperone의 분석 결과는 S. pneumoniae D39 감염의 경우와 일치하였다. 본 연구에서 얻은 결과는 S. pneumoniae D39의 감염은 A549 세포의 형태적 변화를 유발하며 또한 molecular chaperone 증가와 감소를 유발한다는 것을 보여주며, 특이적으로 Grp94와 Grp78이 증가되는 것으로 보아 S. pneumoniae D39 감염은 A549 세포 내 ER stress를 유발한다고 생각된다.

• 한국초지조사료학회지
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• 제31권2호
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• pp.99-106
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• 2011

프로테오믹스 기법을 이용하여 벼 고온 스트레스 관련 단백질을 분리 동정하기 위하여 $42^{\circ}C$에서 고온처리한 벼의 줄기로부터 단백질을 분리하였다. 분리한 단백질로부터 Rubisco 단백질을 제거하기 위해 15% PEG fractionation을 실시한 후 상등액 분획의 단백질을 이차원전기 영동한 후, CBB 염색을 통해 차별적 발현을 보이는 단백질을 분석하였다. 총 46개의 단백질 spot이 발현양에 변화를 보였으며, 그 중 24개의 단백질이 고온 스트레스에 의해 발현이 증가되었으며, 22개의 단백질이 감소하는 발현 양상을 나타내었다. 이들 단백질을 MALDI-TOF MS와 database를 통해 동정한 결과 에너지 대사관련 단백질, 산화 환원 관련 단백질 및 저분자량 small HSP 등, 10개의 단백질이 동정되었다. 이들 동정된 단백질들은 식물의 고온 스트레스에 대한 적응기작을 이해하는데 중요한 단서를 제공할 것이며, 특히 미토콘드리아 small HSP는 프로테옴 분석법에 의해 최초로 동정되었으며, 금후 내하고성 목초 분자육종에 활용될 수 있는 좋은 유전자로 판단된다.

• Molecules and Cells
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• 제38권8호
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• pp.685-696
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• 2015

Rice is a model plant widely used for basic and applied research programs. Plant cell wall proteins play key roles in a broad range of biological processes. However, presently, knowledge on the rice cell wall proteome is rudimentary in nature. In the present study, the tightly-bound cell wall proteome of rice callus cultured cells using sequential extraction protocols was developed using mass spectrometry and bioinformatics methods, leading to the identification of 1568 candidate proteins. Based on bioinformatics analyses, 389 classical rice cell wall proteins, possessing a signal peptide, and 334 putative non-classical cell wall proteins, lacking a signal peptide, were identified. By combining previously established rice cell wall protein databases with current data for the classical rice cell wall proteins, a comprehensive rice cell wall proteome, comprised of 496 proteins, was constructed. A comparative analysis of the rice and Arabidopsis cell wall proteomes revealed a high level of homology, suggesting a predominant conservation between monocot and eudicot cell wall proteins. This study importantly increased information on cell wall proteins, which serves for future functional analyses of these identified rice cell wall proteins.

• 생명과학회지
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• 제31권2호
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• pp.219-222
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• 2021

본 연구에서는 저분자펩타이드로부터 유래되는 단백질을 확인하기 위해 갈색거저리의 유충, 번데기, 성충의 저분자 단백질체 분석을 수행하였다. 저분자 펩타이드 분석으로부터 유래된 54 단백질이 최종적으로 확인되었다. 확인된 단백질 중 성체에만 존재하는 단백질이 가장 높은 빈도로 존재하였고, 그 다음은 성체와 유충에 동시 존재하는 단백질이 높은 빈도로 탐색되었다. 그러나 번데기를 포함하는 그룹들은 모두 낮은 빈도로 감지되었다. 분석된 단백질에 orthologous classification의 결과에서 일반적 기능 예견만(general function prediction only) 보이는 단백질이 가장 높은 빈도로 조사되었다. 크로마틴 구조와 동적상태(chromatin structure and dynamics)에 연관된 단백질은 비교적 높은 빈도로 탐색되었다. 또한, 아미노산 수송과 물질대사(amino acid transport and metabolism) 및 탄수화물 수송 및 물질대사(carbohydrate transport and metabolism)와 연관된 단백질도 높은 빈도로 분석되었다. 그러나 뉴클레오타이드 수송 물질대사, 코엔자임 수송 및 물질대사, 세포외 구조, 모빌로좀(mobilome), 및 핵 구조와 연관된 단백질은 전혀 탐지되지 않았다. 따라서 크로마틴, 아미노산, 탄수화물 물질대사와 연관된 단백질들이 보다 쉽게 저분자 펩타이드로 전환되어 체액 중에 잔존될 수 있는 것으로 보이며, 이들 펩타이드들이 생리활성물질로써 기능을 수행할 수 있을 가능성이 높은 것으로 추정된다.

• BMB Reports
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• 제40권2호
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• pp.189-195
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• 2007

Although the incidence and severity of atopic dermatitis (AD) is steadily increasing at an alarming rate, its pathogenic mechanisms remain poorly understood yet. Recently, we found that the expression of Grb7 protein was markedly decreased in AD patients using proteomic analysis. In the present study, human Grb7 gene was fused with PEP-1 peptide in a bacterial expression vector to produce a genetic in-frame PEP-1-Grb7 fusion protein. The expressed and purified PEP-1-Grb7 fusion proteins transduced efficiently into skin cells in a time- and dose-dependent manner when added exogenously in culture media. Once inside the cells, the transduced PEP-1-Grb7 protein was stable for 48 h. In addition, transduced PEP-1-Grb7 fusion protein markedly increased cell viability in macrophage RAW 264.7 cells treated with LPS by inhibition of the COX-2 expression level. These results suggest that the PEP-1-Grb7 fusion protein can be used in protein therapy for inflammatory skin disorders, including AD.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제59권7호
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• pp.16.1-16.6
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• 2017

Background: This study was performed to investigate the impact of exogenous ghrelin on the pancreatic ${\alpha}$-amylase outputs and responses of pancreatic proteins to ghrelin that may relate to pancreatic exocrine. Methods: Sprague-Dawley male rats (9 weeks old, $300{\pm}10g$) were injected with ghrelin via intraperitoneal (i.p.) infusion at dosage of 0, 0.1, 1.0 and $10.0{\mu}g/kg$ body weight (BW), respectively. The plasma ghrelin and cholecystokinin (CCK) level were determined using enzyme immunoassay kit; the mRNA expression of ghrelin receptor ($GHSR-1{\alpha}$) and growth hormone (GH) receptor were assessed by reverse transcription PCR; the expressions of pancreatic ${\alpha}$-amylase activity, extracellular-signal-regulated kinases (ERK), phosphorylated extracellular-signal-regulated kinases (pERK) and c-Jun N-terminal kinase (JNK) were evaluated by western blotting; moreover the responses of pancreatic proteins to ghrelin were analyzed using the two-dimensional gel electrophoresis system. Results: The exogenous ghrelin (1.0 and $10.0{\mu}g/kg\;BW$) elevated the level of plasma ghrelin (p < 0.05), and suppressed the expression of pancreatic ${\alpha}$-amylase at a dose of $10.0{\mu}g/kg\;BW$ (p < 0.05). No difference in the level of plasma CCK was observed, even though rats were exposed to any dose of exogenous ghrelin. In addition, a combination of western blot and proteomic analysis revealed exogenous ghrelin ($10.0{\mu}g/kg\;BW$) induced increasing the JNK and ERK expressions (p < 0.05) and four proteins such as Destrin, Anionic trypsin-1, Trypsinogen, and especially eukaryotic translation initiation factor 3 in rat pancreas. Conclusions: Taken together, exogenous ghrelin by i.p. infusion plays a role in the pancreatic exocrine secretion via mitogen-activated protein kinase signaling pathway.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제20권2호
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• pp.201-211
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• 2016

Although the antioxidant and cardioprotective effects of NecroX-5 on various in vitro and in vivo models have been demonstrated, the action of this compound on the mitochondrial oxidative phosphorylation system remains unclear. Here we verify the role of NecroX-5 in protecting mitochondrial oxidative phosphorylation capacity during hypoxia-reoxygenation (HR). Necrox-5 treatment ($10{\mu}M$) and non-treatment were employed on isolated rat hearts during hypoxia/reoxygenation treatment using an ex vivo Langendorff system. Proteomic analysis was performed using liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) and non-labeling peptide count protein quantification. Real-time PCR, western blot, citrate synthases and mitochondrial complex activity assays were then performed to assess heart function. Treatment with NecroX-5 during hypoxia significantly preserved electron transport chain proteins involved in oxidative phosphorylation and metabolic functions. NecroX-5 also improved mitochondrial complex I, II, and V function. Additionally, markedly higher peroxisome proliferator-activated receptor-gamma coactivator-$1{\alpha}$ ($PGC1{\alpha}$) expression levels were observed in NecroX-5-treated rat hearts. These novel results provide convincing evidence for the role of NecroX-5 in protecting mitochondrial oxidative phosphorylation capacity and in preserving $PGC1{\alpha}$ during cardiac HR injuries.