• 제목/요약/키워드: proteobacteria $\alpha$-

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Culture and Identification of Bacteria from Marine Biofilms

  • Lee, Yoo-Kyung;Kwon, Kae-Kyung;Cho, Kyeung-Hee;Kim, Hyo-Won;Park, Jae-Hyun;Lee, Hong-Kum
    • Journal of Microbiology
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    • 제41권3호
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    • pp.183-188
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    • 2003
  • We isolated and cultured bacteria that inhabited marine biofilms, and identified them by phylogenetic analysis using 16S rDNA sequences. In the marine environment, biofilms cover most subtidal and intertidal solid surfaces such as rocks, ships, loops, marine animals, and algae. The bacteria in most biofilms are embedded in extracellular polymeric substances that comprise mainly of exopolysaccharides. The exopolysaccharides are excreted from multiple bacterial species; therefore, biofilms are a good source for screening exopolysaccharide-producing bacteria. Thirty-one strains were cultured, and a total of 17 unique strains were identified. Phylogenetic analysis using 16S rDNA sequences indicated that the 17 strains belonged to ${\alpha}$-Proteobacteria (Ochrobactrum anthropi, Paracoccus carotinifaciens); ${\gamma}$-Proteobacteria (Pseudoalteromonas agarovorans, P. piscicida, Pseudomonas aeruginosa, Shewanella baltica, Vibrio parahaemolyticus, V. pomeroyi); CFB group bacteria (Cytophaga latercula, Tenacibaculum mesophilum); high GC, Gram-positive bacteria (Arthrobacter nicotianae, Brevibacterium casei, B. epidermidis, Tsukamurella inchonensis); and low GC, Gram-positive bacteria (Bacillus macroides, Staphylococcus haemolyticus, S. warneri).

세균군집의 구조분석을 통한 장기간 농약사용이 토양생태계에 미치는 영향 평가 (Evaluating the Impacts of Long-Term Use of Agricultural Chemicals on a Soil Ecosystem by Structural Analysis of Bacterial Community)

  • 윤병준;김성현;이동헌;오계헌;강형일
    • 미생물학회지
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    • 제39권4호
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    • pp.260-266
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    • 2003
  • 본 연구는 장기간 동안 지속적인 농약의 사용이 토양생태계에 미치는 영향을 세균군집의 구조분석을 통하여 그 관련성을 평가하고, 이에 대한 기초 자료를 얻고자 수행하였다. 30년 이상 매년 수시로 농약을 사용하여온 제주지역의 한 감귤원 토양과 비농지 토양에 존재하는 세균군집을 16S rRNA clonal library로부터 얻은 각 100 개 클론의 유전자 염기서열을 기초로 하여 비교 분석한 결과 지속적으로 농약을 사용해온 감귤원 토양에서는 3개의 아문(Proteobacteria $\alpha$, $\gamma$, $\delta$)을 포함하는 Proteobacteria를 비롯한 5개 문 18개의 속 그룹에 포함되는 세균군집의 구조를 보였고, 농약을 사용하지 않은 비농지 토양에서는 4개의 아문(Proteobacteria $\alpha$, $\beta$, $\gamma$, $\delta$)을 포함하는 Proteobacteria를 비롯한 12개 문, 44개의 속 그룹에 포함되는 군집구조를 나타냈다. 감귤원 토양에서 가장 많은 분포를 보인 세균은 Proteobacteria g group에 속하는 것으로 전체 clone의 56%로 상당한 우점현상을 나타내었고, Acidobacteria group에 속하는 균이 25%, Firmicutes group, 5%, Planctomycetes group, 2%, Proteobacteria $\alpha$$\delta$ group이 각 1%, Cyanobacteria group, 1% 등의 순서로 우점현상을 보였다. 반면, 비농지 토양에서는 Acidobacteria group에 속하는 균이 14%, Planctomycetes group, 13%, Proteobacteria $\alpha$, $\gamma$, $\delta$ group이 각각 10%, 9%, 9%, Firmicutes group, 8%, Verrucomicrobia group, 8%, Actinobacteria group, 6%, Proteobacteria $\gamma$ group, 3%, Bacteroidetes group, 3%, Gemmatimonadetes group, 3%, Cyanobacteria group이 1% 등의 순서로 장기간 농약을 사용해 온 토양에 비하여 훨씬 다양한 미생물군집의 분포빈도를 나타냈다. 이러한 결과는 지속적인 비료 및 농약의 사용이 토양생태계를 구성하는 세균군집의 다양성을 크게 감소시키거나 또는 특정 미생물을 소멸 시킬 수 있음을 제시해 주었다.

부여 큰독골 유적 출토 인골 조직 및 외부 토양의 세균 군집의 비교연구 (Comparative Study of Soil Bacterial Populations in Human Remains and Soil from Keundokgol Site at Buyeo)

  • 김윤지;김수훈;권은실;조은민;강소영
    • 헤리티지:역사와 과학
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    • 제47권4호
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    • pp.92-105
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    • 2014
  • 인골과 인골 주변 토양에 분포하는 세균의 군집구조를 비교하기 위해 부여 오수리 큰독골 유적에서 발굴된 조선시대 회곽묘 인골 중 상대적으로 시료 상태가 좋지 않은 4호 인골과 상태가 양호한 5호 인골 및 주변 토양에서 DNA를 추출하였다. 추출한 DNA의 16S rDNA 염기서열 분석을 수행한 결과, 4호 인골에서 구축된 319개 클론은 ${\alpha}$, ${\beta}$, ${\gamma}$-Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Planctomycetes, Chloroflexi, Chlorobi, Bacteroidetes, Firmicutes 그리고 novel gene group 등 총 11개의 계통군이 확인되었다. 인골 주변 토양에서 구축된 462개 콜론은 ${\alpha}$, ${\beta}$, ${\gamma}$, ${\delta}$-Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Verrucomicrobia, Planctomycetes, Chloroflexi, Chlorobi, Firmicutes, Thermodesulfobacteria, Fibrobacteres, Gemmatimonadetes, Verrucomicrobia 그리고 novel gene group 등 총 16개 계통군이 확인되었다. 5호 인골에서 구축된 271개 클론은 ${\alpha}$, ${\gamma}$-Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Planctomycetes, Chloroflexi, Bacteroidetes, Firmicutes 그리고 novel gene group 등 총 10개의 계통군이 확인되었으며, 인골 주변 토양에서 구축된 497개 클론은 ${\alpha}$, ${\beta}$, ${\gamma}$-Proteobacteria, Actinobacteria, Acidobacteria, Chloroflexi, Firmicutes, Gemmatimonadetes, Planctomycetes, Bacteroidetes 그리고 Verrucomicrobia 등 총 11개 계통군으로 확인되었다. 4호, 5호의 모든 시료에서 Actinobacteria 계통군이 가장 높은 비율을 차지하고 있으며, ${\alpha}$-Proteobacteria 계통군 또한 높은 비율을 차지하는 것으로 분석되었다. 인골은 주변 토양 세균의 군집에 의해 광범위하게 오염되어 있다는 것이 확인되었으며, 본 결과는 인골의 보존과 관리를 위한 중요 자료로 활용될 것이다.

순천만에 자생하는 염생식물 근권에서 유래한 해양세균의 계통학적 분석 및 다양성 (Phylogenetic Analysis and Diversity of Marine Bacteria Isolated from Rhizosphere Soils of Halophyte in Suncheon Bay)

  • 유영현;박종명;이명철;김종국
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제43권1호
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    • pp.65-78
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    • 2015
  • 순천만의 염생식물 근권에서 정주하는 세균의 분리를 위해 순천만에서 우점하는 자생식물인 칠면초 군락 3개 지점을 선발하여 샘플링 하였다. 시료는 marine broth, tryptic soy broth 한천배지를 통해 분리되었으며, 형태학적인 구분을 통해 순수분리되었다. 분리주의 16S rDNA를 분석하여 총 92 균주가 동정되었다. 이들의 유연관계 확인을 위한 계통수 작성 결과, 각각 firmicutes (56.5%), gamma-proteobacteria (29.3%), alpha-proteobacteria (5.4%), actinobacteria (5.4%), bacteroidetes (3.3%)에 속하였다. Shannon’s Diversity index (H')를 산출하였을 때 각각 1.675, 1.924, 2.04로, 채취 지점별로 종 다양성의 차이를 보였다.

16S rRNA 유전자 분석에 의한 전남 순천만 갯벌의 세균 다양성 (Bacterial Diversity in the Mud Flat of Sunchon Bay, Chunnam Provice, by 16S rRNA Gene Analysis)

  • 이명숙;홍순규;이동훈;배경숙
    • 미생물학회지
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    • 제37권2호
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    • pp.137-144
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    • 2001
  • 순천만 갯벌의 세균 군집의 다양성을 조사하기 위해 16S rDNA의 다양성을 조사하였다. 갯벌로부터 전체 핵산을 분리한 후, 세균에 상보적인 universal primer로 증폭된 16S rDNA로부터 클론 라이브러리를 만들었다. 총 111개의 클론으로부터 HaeIII를 이용하여 amplified rDNA restriction analysis (ARDRA)를 수행하고, Gelcompar II 프로그램을 이용하여 pattern을 clustering하였다. 111개의 클론 중 100가지의 서로 다른 RFLP type이 조사되었고, 이들 중 전체 클론 라이브러리를 대표할 수 있는 20개의 클론을 선별하여 부분적인 염기서열을 분석하여 세균 다양성을 분석하였다. 20개의 클론중에는 RDP와 GenBank에서 제공하는 small subunit RNA database와 동일한 클론은 존재하지 않았으며, 이미 알려진 배양 가능한 세균의 16S rRNA 염기서열과 비교 하였을때 77∼96.8%의 유사도를 보였다. 또한 이들 20개의 클론은 alpha-, delta-, gamma-Proteobacteria, low G+C Gram positive bacteria, high G+C Gram positive bacteria, Sphingobacteria (Cytophaga); Cyanobacteria (Chloroplast)등 주요한 7개 lineage에 속했으며, 클론들 중 Proteobacteria가 우점종을 차지하고 있었다.

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16S rDNA 분석을 이용한 강화도 장화리 갯벌 퇴적물 내 미생물 군집구조 및 다양성 (Bacterial Community Structure and Diversity Using 16S rDNA Analysis in the Intertidal Sediment of Ganghwa Island)

  • 조혜연;이정현;현정호
    • 미생물학회지
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    • 제40권3호
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    • pp.189-198
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    • 2004
  • 강화도 장화리 갯벌 퇴적물 내의 두 층(0-1cm, 6-7cm 깊이)에 서식하는 미생물 군집구조 및 다양성을 비교하기 위해 16S rDNA의 서열에 기초한 말단제한절편 다형성(terminal-restriction fragment length polymorphism ; T-RFLP)분석과 클론의 염기서열 분석을 실시하였다. 제한 효소HhaI을 이용한 T-RFLP분석 결과표층(0-1cm)에서는 다양한 크기(($60{\pm}2$) bp-($667{\pm}2$)bp)의 말단제한절편(T-RF)들이 고른 분포로 나타났으며, 저층(6-7 cm)에서는 ($60{\pm}2$)bp와 ($93{\pm}2$) bp의 T-RF가 우세하게 나타나 표층에 비해 미생물 군집구조가 단순한 것으로 조사되었다. 총 172개의 클론의 16S rDNA부분 염기서열 분석 결과 98% 유사도 수준에서 98%의 클론이 GenBank에 등록된 염기서열 중 배양된 어떤 미생물과도 일치하지 않는 것으로 조사되었으며, 이 중 148개의 클론(86%)이 서로 다른 계통형(phylotype)으로 분류되어 다양한 미생물이 서식하고 있음을 알 수 있었다. 대부분의 클론들은 $\alpha$-, $\gamma$, $\delta$-Proteobacteria, Acidobacteria/Holophaga 그리고 green nonsulfur bacteria 그룹 내에 속하였고, 이 중 Proteobacteria 그룹이 표층에서는 전체의 69%, 저층에서는 46%의 높은 비율을 차지하였다. 또한 황원소의 산화와 환원에 관련된 $\gamma$-Proteobacteria와 $\delta$-Proteobacteria 그룹이 각각 21.5%와 15.7%로 우세하게 나타나 갯벌의 미생물 군집 구조가 혐기성 환경에서의 황환원에 의해 생성된 황의 거동과 밀접한 연관이 있음을 시사하였다.

제주 연안의 괭생이모자반(Sargassum horneri)에서 분리된 세균의 계통학적 다양성 및 군집 구조 분석 (Phylogenetic Diversity and Community Structure of Microbiome Isolated from Sargassum Horneri off the Jeju Island Coast)

  • 문경미;박소현;허문수
    • 생명과학회지
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    • 제28권10호
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    • pp.1179-1185
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    • 2018
  • 최근 괭생이모자반(Sargassum horneri)은 제주의 해안가와 해변, 연근해 양식장 등 매년 대량으로 속출되어 인근 양식업자 및 주민에게 막대한 피해를 주고 있는 추세이다. 본 연구에서는 제주 인근 연안으로 흘러 들어온 괭생이 모자반에 서식하고 있는 미생물의 다양성을 탐색하고 동정을 통한 미생물의 기능을 파악함으로써 생태학적 문제에 관한 기초자료를 제공하고자 하였다. Proteobacteria는 분리 된 균주 중 88%를 차지한 우점문으로 ${\alpha}-proteobacteria$강은 6속 10종으로 Pseudorhodobacter속이 40%를 차지하고 Paracoccus속 20%, Rhizobium, Albirhodobacter, Skermanella 및 Novosphingobium 속은 각각 10%를 차지했다. ${\beta}-proteobactera$강은 5속 10종으로 Hydrogenophaga속이 50%, Azoarcus 20%, 나머지 Oxalicibacterium, Duganella, Xenophilus속은 각각 10%를 차지했다. ${\gamma}-proteobacteria$강은 13속 57종으로 Proteobacteria문에서 74%로 우점강을 차지했고, Shewanella는 23%, Pseudomonas속 12%, Cobetia 19%, Rahnella, Vibrio 및 Serratia속은 4%, 나머지 Rheinheimera, Raoultella, Pantoea, Acinetobacter, Moraxella 및 Psychrobacter속은 2%를 차지했다. Actinobacteria는 1속 2종으로 Gordonia와 Nocardioides속이 각각 50%를 나타냈다. Bacteroidetes문은 3속 5종으로 Lacihabitans, Mariniflexile속은 33%, 나머지 Dyadobacter, Cellulophaga와 Ferruginibacter속은 11%를 차지했다.

초염기성 사문암 토양 중 세균군집의 계통학적 특성 (Phylogenetic Characteristics of Bacterial Populations Found in Serpentinite Soil)

  • 이종화;;황경숙
    • 미생물학회지
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    • 제39권1호
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    • pp.16-20
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    • 2003
  • 충남 홍성군 광천 사문암 토양지역의 석면폐광석(KS1)과 인근 토양(KG, KS2)은 pH8.5-9.2를 나타내어 초염기성 토양임이 확인되었다. KSI과 KS2 토양으로부터 통상농도의 alkaline 배지(AL)와 AL 배지를 $10^{-2}$로 희석한 DAL배지를 사용하여 평판법으로 세균수를 측정한 결과 AL 배지에서보다 DAL배지에서 10-100배 이상 높은 계수치를 나타내었다. 초염기성 사문암 토양으로부터 분리된 75균주에대해 통상농도의 AL 배지에서의 중식 유무를 확인한 결과, 통상농도의 AL배지에서 증식 가능한 [AL세균군]과 AL배지에서는 증식이 저해되고 DAL 배지에서만 증식 가능한 [DAL세균군으로 크게 나누었다. DAL세균(42균주)은 $10^{-3}$ AL 배지(약 6mg C/L)에서도 증식 가능한 저영양성세균(oligotrophic bacteria)으로 사문암 토양 중 50% 이상 분포해 있음이 확인되었다. 분리된 75 균주의 16S rDNA 염기서열을 결정하여 계통해석한 결과 proteobacteria $\alpha$-subdivision (3균주), $\beta$-subdivision (7균주), $\gamma$-subdivision (2균주), high G+C gram-positive bacteria (19균주)와 low G+C gram-positive bacteria (14 strains)의 계통군을 나타내었다. 이들 세균중 AL세균군(34균주)은 high G+C gram positive bacteria 에 속하는 streptomyces과 low G+C gram positive bacteria에 속하는 Bacillus로 구성되었다. 한편, DAL세균군(42균주)은 high G+C 및 low G+C gram positive 계통군 이외에도 proteobacteria -subdivision에 속하는 Afipia와 Ralstonia, proteobacteria -subdivision에 속하는 Variovorax, proteobacteria $\beta$-subdivision에 속하는Pseudomonas로 구성되어 계통학적으로 다양한 세균임이 확인되었다.

활성슬러지내의 전기화학적활성 박테리아 분포 특성 (Distribution of Electrochemically Active Bacteria in Activated Sludge Characteristics)

  • 손형식;손희종;김미아;이상준
    • KSBB Journal
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    • 제26권5호
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    • pp.407-411
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    • 2011
  • Microbial fuel cell (MFC) wes enriched using sludge in wastewater treatment. The microbial community of activated sludge and enriched MFC were analyzed by FISH (fluorescent in situ hybridization) and 16S rDNA sequencing. Bacteroidetes group were pre-dominant in activated sludge by FISH. ${\alpha}$ group, ${\gamma}$ group and Acintobacter group were dominant and they were similar to distribution. The average value of 10 peak of MFC is 0.44C. When MFC wase enriched by sludge, ${\gamma}$-Proteobacteria, Plantomycetes group increased 70% and 60%, respectively. In results of 16S rDNA sequencing, Sphiringomonas sp. was comprised in ${\alpha}$ proteobacteria and Enterobacter sp., Klebsiella sp., Acinetobacter sp., Bacillus sp. were comprised in ${\gamma}$ proteobacteria and Chryseobacterium sp. was comprised in Flavobacteria were isolated from sludge.

한국의 논 토양 미생물 다양성 분석을 위한 Quantitative Real-time PCR의 응용 (Assessment of Korean Paddy Soil Microbial Community Structure by Use of Quantitative Real-time PCR Assays)

  • 최명은;이인중;신재호
    • 한국환경농학회지
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    • 제30권4호
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    • pp.367-376
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    • 2011
  • 논 토양의 미생물 생태 다양성을 조사하기 위한 효과적인 방법으로 qRT-PCR을 적용하고자 본 연구를 수행하였다. 논 토양 미생물의 gDNA를 분리하기 위하여 Mo Bio kit를 사용한 효과적이고 안정적인 gDNA 분리 방법을 확립하였다. 논 토양 미생물 다양성을 qRT-PCR로 검출하기 위하여 bacteria를 세분한 ${\alpha}$-Proteobacteria, ${\beta}$-Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes 다섯 가지 문과 전체 bacteria, 전체 fungi를 구분할 수 있는 특이 primer set을 선정하여 다양한 조건의 시험을 통하여 최종 조건을 확립하였으며 재현성 실험을 통하여 방법의 유의성을 검증하였다.