• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권7호
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• pp.779-788
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• 2005

목 적 : Echinacea는 면역증강제로 이미 사용되고 있는 재래 식물로서 최근에 Echinacea의 추출물로 단구를 중심으로 면역세포들에 의한 면역증강효과에 대한 연구가 이루어지고 있다. 본 연구는 단구와 수지상세포에서 Echinacea에 의해 유전자의 발현이 증가되는 면역관련 유전자들을 cDNA microarray chip을 사용하여 선별하고 이들을 토대로 Echinacea의 면역증강 효과에 대한 연구를 할 때 기초 자료가 되고자 하였다. 방 법 : 실험 1과 2는 3명의 공여자의 말초혈 단구로 실험하였는데 실험 1은 단구에 최종 농도가 $50{\mu}g/mL$ 되게 Echinacea를 첨가하여 1일간 배양하였고, 실험 2는 실험 1의 대조군으로서 Echinacea를 첨가하지 않고 배양하였다. 실험 3과 4는 2명의 공여자의 단구로 실험하였는데 실험 3은 GM-CSF와 IL-4를 첨가하여 5일간 배양시켜 수지상세포로 분화시킨 뒤 Echinacea를 첨가하여 1일간 더 배양시켰고, 실험 4는 실험 3의 대조군으로서 수지상세포로 분화시킨 뒤 Echinacea를 첨가하지 않고 1 일간 더 배양하였다. Echinacea에 의한 단구와 수지상세포의 유전자발현 효과를 알아보기 위해서 cDNA microarray chip을 이용하여 대조군에 대한 실험군의 각 유전자의 발현비를 구하였다. Echinacea를 첨가하지 않은 단구(실험 2의 단구)에 대한 Echinacea를 첨가한 단구(실험 1의 단구)의 각 유전자들의 발현 비를 구하였고, Echinacea를 첨가하지 않은 수지상세포(실험 4의 수지상세포)에 대한 Echinacea를 첨가한 수지상세포(실험 3의 수지상세포)의 각 유전자들의 발현비를 구하였다. 여기서 실험 1과 2에서는 세 공여자의 단구에서 나온 유전자 발현비의 결과를, 실험 3과 4에서는 두 공여자의 수지상세포에서 나온 유전자 발현비의 결과를 평균하여 그 발현비가 2.5 이상 되는 것을 의미있게 발현된 유전자로 보았다. 결 과 : Echinacea를 첨가하지 않은 단구를 대조군으로 하여 Echinacea를 첨가한 단구의 유전자 발현비가 2.5 이상으로 증가한 것들 중 면역과 관계된 유전자들은 17개였다. Echinacea를 첨가하지 않은 수지상세포를 대조군으로 하여 Echinacea를 첨가한 수지상세포의 유전자 발현비가 2.5 이상으로 증가한 것들 중 면역과 관계된 유전자들은 24개였고, 실험에 사용한 수지상세포들은 모두 미성숙 수지상세포의 특징적인 표면항원들을 가지고 있음을 유세포 분석으로 확인하였다. Echinacea가 단구와 수지상세포 둘 다에서 의미있게 유전자발현비가 증가된 것들이 7개 있었는데, 이들은 CD44, IFI 30, MRC 1, CCR 7, CLK 2, syntenin, cytochrome C oxidase subunit VIII 등의 유전자들이었다. 특히 발현비가 3.5 이상으로 높은 유전자들을 그 발현비 순으로 나열하면 단구에서는 IFI 30, CLK 2, syntenin, superoxide dismutase 2 등 4개의 유전자들이 있었고, 수지상세포에서는 somatomedin A, methyl-CpG binding domain protein 3, IFI 30, small inducible cytokine subfamily A(Cys-Cys), member 22, ubiquitin-conjugating enzyme E2L 6, hexosaminidase B, nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor epsilon, CCR 7 등 8개의 유전자들이 있었다. 결 론 : 본 연구는 Echinacea가 $CD14^+$ 단구 및 수지상세포에서 발현을 증가시키는 면역관련 유전자들을 cDNA microarray chip을 이용하여 검색하였고, 향후 이 유전자들을 기초로 정량적이고 기능적으로 분석할 수 있는 토대를 마련하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제44권4호
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• pp.563-570
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• 2016

S. griseus wild type에서 dasA 유전자의 과발현에 의해 유도된 기저균사의 ectopic sporulation 관련 유전자를 알아보기 위해서, empty vector가 삽입된 균주와 dasA가 과발현된 균주의 전사체를 DNA microarray법으로 비교하였다. DNA microarray 결과를 토대로 dasA 유전자 과발현 균주에서 2배이상 발현량이 증가되었으며 p-value가 0.05 미만(p-value < 0.05)인 유전자들 중에서 false positive 를 제외시키는 작업을 통하여 최종적으로 4개의 유전자(SGR794, SGR2469, SGR3656, SGR3657)와 3개의 cluster (SGR795-797, SGR2377-2378, SGR6997-6998)를 선발하였다. 이들의 전사량은 low resolution Sl nuclease mapping 법을 통하여 dasA 유전자 과발현 균주에서 증가된 것을 확인하였다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제49권4호
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• pp.341-347
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• 2011

Acanthamoeba infection is difficult to treat because of the resistance property of Acanthamoeba cyst against the host immune system, diverse antibiotics, and therapeutic agents. To identify encystation mediating factors of Acanthamoeba, we compared the transcription profile between cysts and trophozoites using microarray analysis. The DNA chip was composed of 12,544 genes based on expressed sequence tag (EST) from an Acanthamoeba ESTs database (DB) constructed in our laboratory, genetic information of Acanthamoeba from TBest DB, and all of Acanthamoeba related genes registered in the NCBI. Microarray analysis indicated that 701 genes showed higher expression than 2 folds in cysts than in trophozoites, and 859 genes were less expressed in cysts than in trophozoites. The results of real-time PCR analysis of randomly selected 9 genes of which expression was increased during cyst formation were coincided well with the microarray results. Eukaryotic orthologous groups (KOG) analysis showed an increment in T article (signal transduction mechanisms) and O article (posttranslational modification, protein turnover, and chaperones) whereas significant decrement of C article (energy production and conversion) during cyst formation. Especially, cystein proteinases showed high expression changes (282 folds) with significant increases in real-time PCR, suggesting a pivotal role of this proteinase in the cyst formation of Acanthamoeba. The present study provides important clues for the identification and characterization of encystation mediating factors of Acanthamoeba.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제21권1호
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• pp.11-18
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• 2008

We created a cDNA microarray representing approximately 3,500 pig genes for functional genomic studies. The array elements were selected from 6,494 cDNA clones identified in a large-scale expressed sequence tag (EST) project. These cDNA clones came from normalized and subtracted porcine adipose tissue cDNA libraries. Sequence similarity searches of the 3,426 ESTs represented on the array using BLASTN identified 2,790 (81.4%) as putative human orthologs, with the remainder consisting of "novel" genes or highly divergent orthologs. We used the gene microarray to profile transcripts expressed by adipose tissue of fatty Chinese Xiang pig (XP) and muscley Large White (LW). Microarray analysis of RNA extracted from adipose tissue of fatty XP and muscley LW identified 81 genes that were differently expressed two fold or more. Transcriptional differences of four of these genes, adipocyte fatty acid binding protein (aP2), stearyl-CoA desaturase (SCD), sterol regulatory element binding transcription factor 1 (SREBF1) and lipoprotein lipase (LPL) were confirmed using SYBR Green quantitative RT-PCR technology. Our results showed that high expression of SCD and SREBF1 may be one of the reasons that larger fat deposits are observed in the XP. In addition, our findings also illustrate the potential power of microarrays for understanding the molecular mechanisms of porcine development, disease resistance, nutrition, fertility and production traits.

• 대한화장품학회지
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• 제30권4호
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• pp.479-483
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• 2004

MITF는 미백관련 유전자의 대표적인 조절 인자 단백질로서 미백관련 유전자의 E-box와의 결합정도를 단백질 칩을 이용하여 측정하였다. 융합 단백질 형태의 MITF를 유리 칩에 고정시켰고 E-box를 포함하는 DNA oligomer가 결합하는 것을 확인하였다. 형광법, SPR (surface plasmon resonance), SPRi (surface plasmon resonance imaging)방법 중 형광법이 가장 효과적이었으며, DNA 저해제를 사용시 결합이 감소하는 것을 확인하였다. 이 결과 MITF를 이용한 미백원료의 고속스크리닝(HTS)의 가능성을 보여주었다.

• Genomics & Informatics
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• 제11권4호
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• pp.200-210
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• 2013

Studying biological networks, such as protein-protein interactions, is key to understanding complex biological activities. Various types of large-scale biological datasets have been collected and analyzed with high-throughput technologies, including DNA microarray, next-generation sequencing, and the two-hybrid screening system, for this purpose. In this review, we focus on network-based approaches that help in understanding biological systems and identifying biological functions. Accordingly, this paper covers two major topics in network biology: reconstruction of gene regulatory networks and network-based applications, including protein function prediction, disease gene prioritization, and network-based genome-wide association study.

• 생명과학회지
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• 제17권8호통권88호
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• pp.1115-1120
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• 2007

본 연구에서는 다섯 종류의 phytochemical (resveratrol, genistein, epicatechin gallate, diaIly disulfide, caffeic acid phenetyl ester)과 sulindac sulfide가 암 억제 단백질 p53을 유도할 수 있는지에 대해 연구하였다. 처리한 모든 phytochemical에 의해 p53 단백질의 발현이 강하게 유도된 반면, sulindac sulfide에 의해서는 p53 단백질이 유도되지 않았다. 처리한 phytochemical 중 포도껍질이나 와인에 많이 들어있는 resveratrol에 의해 p53 단백질이 농도의존적 혹은 처리시간 의존적으로 증가 발현되는 것을 확인하였다. 암 억제 단백질인 p53 하위 단계의 유전자들만 집적되어 있는 membrane microarray를 이용하여 실험을 수행한 결과, 25개의 유전자가 up-regulation 된 반면, 2개의 유전자가 down-regulation 되는 것을 확인하였다. Up-regulation 되는 유전자중 4개를 선택하여, RT-PCR을 수행한 결과 모두 membrane microarray 실험의 결과와 일치하였다. 게다가 p53 null인 HCT116 세포주를 이용한 RT-PCR을 통하여 TSP-1 유전자의 발현은 p53 의존적이지 않은 반면, MASPIN 유전자는 p53 의존적임을 확인하였다. 이러한 연구 결과는 resveratrol에 의한 화학적 암 예방법의 분자생물학적 기전을 이해하는데 도움을 줄 것으로 기대된다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제5권1호
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• pp.34-39
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• 2005

목적: KLF6는 모든 조직에서 발현되고 있는 zinc finger를 가진 종양억제유전자로 인체 여러 암에서 불활성화되어 있다. 연구자들은 KLF6 단백의 발현 변화가 위암의 발생에 관여하는 지를 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 85예의 파라핀 포매된 위암조직에서 암세포들으 각각 3군데에서 펀치하여 새로운 파라핀 블록으로 옮겨 위암의 tissue microarray를 제작하였다. Tissue microarray 절편에서 KLF6 단백에 대한 항체로 면역화학염색을 실시한 후 발현 양상을 병리 지표들인 조직학적 소견, 침습 정도, 림프절 전이 및 복막파종 등과의 연관성을 조사하였다. 결과: KLF6 단백은 위점막의 표면과 소와 상피세포에서 주로 발현되고 있었고 85예 중 28예($28.9\%$)에서 발현 소실이 관찰되었다. 흥미롭게도 KLF6 단백의 발현 소실은 림프절 전이와 통계적으로 연관성이 있었으나 조직학적 소견, 침습 정도와 복막파종과는 연관성이 없었다. 결론: 이러한 소견들은 KLF6 단백의 발현 소실이 위장관 상피세포의 비정상적인 성장과 분화를 유도하고 위암의 발생 및 진행에 관여한다는 것을 의미한다.

• 한국영양학회:학술대회논문집
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• 한국영양학회 2003년도 추계학술대회 및 정기총회
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• pp.84-84
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• 2003

• Journal of Acupuncture Research
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• 제20권5호
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• pp.50-62
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• 2003

Objective: Bee Venom(BV) has been used for various kinds of inflammatory or painful conditions in Oriental Medicine clinics, and there publishes reports on its therapeutic effects and the probable mechanism of those therapeutic effects, where CDs and cytokines plays important role. This study investigated the influences of bee venom on the expressions of CDs and cytokines of HMC cell line Methods: In this study we analysed the expression profile of HMC cell line treated with BV of 10-2ug/ml in relation to that of HMC cell line treated with vehicle by way of CD/cytokine microarray hybridization with 342 genes on it. Results: There were no upregulated genes by more than 3 fold, while there showed some downregulated genes by less than 1/3 fold as follows: colony stimulating factor 2, CD122, IL-7, CD112, TNF-alpha, CD138, CD166, TGFbetaR2, CD42b, CD62L, CD111, interleukin 10 receptor alpha, colony stimulating factor 1(macrophage), CD38 antigen(p45), CD121a, CD33 antigen(gp67), colony stimulating factor 1 receptor, B cell linker protein (SLP65) mRNA, CD94, alanyl(membrane) aminopeptidase, immunoglobulin(CD79A) binding protein 1, CD205, CD241, CD207, CDw121b, integrin alpha L(CD11a), integrin beta 1(CD29), CD91, CD42b. Conclusions: Bee venom treatment induced downregulation of some CDs or cytokines including $TNF-{\alpha}$. IL-1R with its possible implication in an antiinflammatory action of BV. Further research on expression profile changes induced by BV treatment is expected.