• Mycobiology
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• 제42권1호
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• pp.46-51
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• 2014

A degenerated strain of Pleurotus eryngii KNR2312 was isolated from a commercial farm. Random amplified polymorphic DNA analysis performed on the genomic DNA of the normal and degenerated strains of this species revealed differences in the DNA banding pattern. A unique DNA fragment (1.7 kbp), which appeared only in the degenerated strain, was isolated and sequenced. Comparing this sequence with the KNR2312 genomic sequence showed that the sequence of the degenerated strain comprised three DNA regions that originated from nine distinct scaffolds of the genomic sequence, suggesting that chromosome-level changes had occurred in the degenerated strain. Using the unique sequence, three sets of PCR primers were designed that targeted the full length, the 5' half, and the 3' half of the DNA. The primer sets P2-1 and P2-2 yielded 1.76 and 0.97 kbp PCR products, respectively, only in the case of the degenerated strain, whereas P2-3 generated a 0.8 kbp product in both the normal and the degenerated strains because its target region was intact in the normal strain as well. In the case of the P2-1 and P2-2 sets, the priming regions of the forward and reverse primers were located at distinct genomic scaffolds in the normal strain. These two primer sets specifically detected the degenerate strain of KNR2312 isolated from various mushrooms including 10 different strains of P. eryngii, four strains of P. ostreatus, and 11 other wild mushrooms.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제24권1호
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• pp.51-56
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• 1997

Recently, through the development of the primer extension preamplification(PEP) method which amplifies the whole genome, simultaneous multiple DNA analysis has become possible. Whole genome from each single cell can be amplified using 15 base oligonucleotide random primer. The greatest advantage of PEP-PCR is the ability to investigate several loci simultaneously and confirm results by analysing multiple aliquots for each locus. This technique led to the development of preimplantation genetic disease diagnosis using blastomere from early embryo, sperm, polar body and oocyte. In this study, we applied PEP-PCR in 20 cases of single amniocyte and 20 cases of single chorionic villus cell for the clinical application of the prenatal and preimplantational genetic diagnosis. We analysed 7 gene loci simultaneously which are 46, 47 exons related to dystrophin gene, two VNTR (variable number tandem repeat) markers using 5'dysIII, 3'CA related to dystrophin gene and DYZ1, DYZ3, DYS14 regions on chromosome Y. In all the tests, 97.5% of PEP-PCR amplifications with single cells were successful. We obtained 38/40 (95%) accuracy in gender determination through chromosome analysis comparison. Therefore, these results have significant implications for a sperm or oocyte analysis and prenatal or preimplantational genetic diagnosis.

• Applied Biological Chemistry
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• 제42권1호
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• pp.34-38
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• 1999

토마토의 genome내에는 적어도 5개 이상의 PAL유전자 좌가 존재한다는 사실을 이 등(1992)이 이미 genomic Southern blot hybridization으로 확인하여 보고하였다. 그러나 본 연구에서 제작한 genomic DNA libraries를 대상으로 검색한 결과 기존에 보고된 PAL유전자 이외에 약 15 kb 와 10 kb에 해당하는 큰 EcoRI 단편을 확보 할 수 있었다. 이들 단편을 BamHI, HindIII등 9종의 제한효소를 사용하여 Southern blot hybridization을 행한 결과 PAL X1의 경우는 모든 효소에 대하여 2개의 단편이 hybridization 되었으며, 특히 BamHI으로 절단하여 얻은 3개의 단편중 두 개는 PAL5 유전자의 exon 2 부위에서 취한 oligomer(18 mer)와 primer extension 반응이 진행되어서 약 200 bp의 PAL유전자와 아주 높은 상동성을 갖는 염기서열이 확인되었다. 따라서 PAL X1유전자는 2 copy의 유전자가 나란히 존재하거나 아니면 염색체 재배열이 진행된 것으로 추정된다. 이러한 결과는 적어도 7개 이상의 PAL유전자 좌가 토마토 염색체내에 존재하는 것으로 사료된다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제23권1호
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• pp.13-21
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• 2007

Sweet potato feathery mottle virus(SPFMV) is one of the most prevalent viruses infecting sweet potatoes and occurs widely in sweet potato cultivating areas in Korea. To assess their genetic variation, a total of 28 samples infected with SPFMV were subjected to restriction fragment length polymorphism(RFLP) analysis using DNAs amplified by RT-PCR with specific primer sets corresponding to the coat protein(CP) region of the virus. The similarity matrix by UPGMA procedure indicated that 28 samples infected with SPFMV were classified into three groups based on the number and size of DNA fragments by digestion of CP-encoding regions with 7 enzymes including SalI, AluI, EcoRI, HindIII, FokI, Sau3AI, and DraI bands. Four primer combinations out of 5 designed sets were able to differentiate SPFMV and sweet potato virus G infection, suggesting that these specific primers could be used to differentiate inter-groups of SPFMV. Sequence analysis of the CP genes of 17 SPFMV samples were 97-99% and 91-93% identical at the intra-group and inter-groups of SPFMV, respectively. The N-terminal region of the CP is highly variable and examination of the multiple alignments of amino acid sequences revealed two residues(residues 31 and 32) that were consistently different between SPFMV-O and SPFMV-RC.

• 한국균학회지
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• 제38권2호
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• pp.105-111
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• 2010

잣버섯(Lentinus lepideus)은 외국에서 철도의 침목을 부후시켜 기차가 탈선되는 원인을 제공하는 곰팡이로 알려져 있으나 예로부터 맛과 영양이 좋고 약리효과도 높아서 야생에서 채취하여 이용해왔다. 최근 이 버섯의 새로운 품종과 인공 재배법이 개발되면서 한국산 잣버섯의 유전적 다양성과 유연관계의 규명이 필요하게 되었다. 이에 우리나라의 여러 지역에서 수집한 14개의 잣버섯 균주와 3개의 표고균주를 대상으로 rDNA의 ITS region 염기서열과 genomic DNA의 RAPD-PCR을 수행하였다. ITS1과 ITS2 영역의 염기의 수는 각각 173에서 179와 203에서 205 염기쌍으로 계통에 따라 변이가 있었는데 ITS1 영역의 염기서열이 ITS2의 영역보다변이가 많았고 5.8S 지역은 염기의 수가 156쌍으로 모든 균주가 동일하였다. 각각의 균주 간 유연관계를 알아보기 위해 ITS 영역의 염기서열을 이용하여 분지도를 작성해 본 결과 실험에 사용한 균주는 4개의 클러스터로 나눠지는 것으로 나타났고 실험에 사용한 3개의 표고는 잣버섯과는 다른 새로운 클러스터로 나눠졌다. 또한 20 종류의 primer를 이용하여 RAPD를 수행한 결과 10개의 primer가 효과적으로 염색체 DNA를 증폭하는 것으로 나타났다. 증폭의 양상은 잣버섯의 계통과 primer의 종류에 따라 변이가 있었는데, 증폭된 DNA의 단편 수는 적은 것은 5개에서 많은 것은 37개, 단편의 크기는 0.2 kb에서 2.6 kb까지 다양하였다. 본 실험 결과 실험에 사용한 한국산 잣버섯의 계통과 품종간의 유연관계는 높았으나 유전적 다양성은 낮았다.

• 식물병연구
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• 제25권1호
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• pp.16-21
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• 2019

잿빛곰팡이병은 Botrytis cinerea가 원인균으로 알려져 있으며 장미 재배와 유통 시에 문제가 되고 있다. 그러나 병원균 균주와 장미 품종에 따른 발병정도의 차이를 연구한 결과가 없어 이를 구명하고자 하였다. 장미 재배 지역에서 분리한 균주를 수집하고 병원 균주별 장미 품종별 발병정도를 확인한 결과는 다음과 같다. 서울시립대에서 11종, 국립원예특작과학원에서 3종, 경기도농업기술원 장미재배온실에서 2종을 분리하였으며, 분리한 균주를 ribosomal DNA의 ITS region에 특이적인 primer를 사용하여 동정하였고, sequencing을 통해 염기서열을 비교한 결과 큰 차이가 없음을 확인하였다. 잿빛곰팡이 균주별 발병정도의 차이를 확인하기 위해 장미 품종인 샤만트 품종에 대하여 Botrytis cinerea 균주별 발병정도의 차이를 0-5의 단계로 나누어 조사하고, Kruskal-Wallis ANOVA를 통해 분석한 결과, 균주에 따라 병원성이 유의적으로 차이를 나타냈다. WNG6_5의 경우 0.24 로 병원성이 가장 낮았으며, WNG6_3의 경우 3.20로 병원성이 가장 높아, 균주별 병원성의 차이는 거의 3.0 정도의 차이를 보였다. 장미 9품종에 대한 발병정도의 차이를 확인하기 위해 균주 WNG6_5, Hwa_1, WNG6_3을 선발하여 분석한 결과 러브레터 품종이 3가지 균주에 대해 저항성을 보였으며, 아이스베어 품종이 감수성을 나타내었다. 본 연구를 통해 장미 품종 및 병원균의 종류에 따라 발병정도의 유의적인 차이와 교호작용의 효과가 존재함을 확인할 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제27권1호
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• pp.1-9
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• 1989

SV40 바이러스가 원숭이 세포(CVIP)에 감염한 후기에 생기는 poly A(-) 19S RNA의 5'끝과 splicing 유형을 알아보기 위하여 primer extension 및 그 변형방법을 행하였다. 이 RNA의 5' 끝은 SV40 후가 RNA들이 가장 많이 사용하는 cap 자리 인 잔기 325 위치임이 밝혀졌다. 또한 splicing 유형도 세포질의 polyA(+)인 19S RNA와 같은 잔기 373에서 잔기 5581까지의 intron이 제거된 형태이었다. Sl 뉴클리아제에 의한 분석결과 이 RNA의 3' 끝은 polyadenylation 위치로부터 상위로 약11kb에 걸쳐 다양하게 존재함을 알았다. 정상적인 cap 자리와 splicing 형태를 지닌 이 RNA가 왜 핵에 축적되는지의 이유를 조사하였다. 이 RNA상에 사용되지 못한채로 남아있는 3' splice 부위가 핵내 편재를 유발했는지의 여부를 알아보기 위하여, 3' splice 부위를 결손시킨 돌연변이 SV 40 pNA를 세포에 도입시켰다.. 그 결과 3'splice 자리가 없는 RNA는 세포질에 많이 축적됨을 관찰하였다. 이 결손 RNA의 세포질내 축적은 결손으로 인해 RNA의 안정성이 증가함으로써 비롯된 것이 아니라는 것을 actinomycin D 추적실험을 통해 밝혔다. 따라서 정상적인 19S spliced RNA가 세포질로 이동되는 과정을 방해하는 것은 사용되지 않은 3' splice 부위에 형성된 pre-splicing 복합체 때문인 것으로 여겨진다.

• 생명과학회지
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• 제24권2호
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• pp.181-185
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• 2014

본 연구에서는 eNOS 유전자에 대한 한국인 특이적 SNP를 확인하고자 하였다. eNOS (endothelial nitric oxide synthase)는 내피세포에서 발현되는 산화질소(nitric oxide, NO)를 합성하는 유전자로 관동맥 연축 및 혈압에 영향을 미친다. 이 유전자는 발현이 항상 일정한 constitutivegene으로 7번 염색체에 위치한다. 최근 연구 보고에 따르면 exon 7에 해당하는 894번째 염기 변이[G894T (Glu298Asp)]의 다형성이 심근경색 및 관상동맥 경련의 발병원에 기여하는 유전적 요소일 가능성으로 제시되었다. SNP가 모든 환자에게서 직접적으로 질환의 원인은 아닐지라도 일부 환자에게서는 상당한 연관성이 있다고 보여지고, 인종 간에도 차이가 있기 때문에 인종별로 이를 정확히 분석하는 것이 유전자 진단에 핵심이 될 것으로 생각된다. eNOS 유전자에서 다형성 부분에 해당하는 sense primer와 antisense primer를 고안, 제작하였으며, ARMS 기법에 기초한 방법으로 allele 특이적인 산물이 생성될 수 있게 하였다. eNOS의 G894T는 wild type (W/W)이 95명, heterozygote type (W/S)이 9명 확인되었다. SNP homozygote type (S/S)은 나타나지 않았다. 환자에서는 W/W 19명, W/S 1명으로 역시 S/S은 나타나지 않았다. 본 연구를 통해 eNOS에 대한 한국인 특이적 다형성의 확인과 진단이 보다 신속 정확하게 이루어질 수 있는 기반이 마련될 것으로 기대된다.

• 한국균학회지
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• 제27권2호통권89호
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• pp.132-137
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• 1999

본 연구는 느타리버섯 갈반병 병원균인 pseudomonas tolaasii의 진단을 위한 분자 marker를 개발하기 위해 수행되었다. 세균의 반복염기서열과 펙틴 분해효소 유전자로부터 제작된 여러개의 primer들을 이용해 식용버섯으로부터 분리된 Pseudomonas종들로부터 DNA 다형성을 유도한 바펙틴 분해 효소로부터 제작된 PEU1 primer는 다른 Pseudomonas종들로부터 P. tolaasii를 구분시키는 다형성 밴드를 생성하였다. P. tolaasii 6균주에 공통적으로 나타나는 1.0kb와 0.4kb의 두 가지 밴드를 pGEM-T에 클로닝하고 이들을 각기 pPTOP1과 pPTOP2로 명명하고 probe로 이용하였다. 0.4kb 크기의 pPTOP2의 삽입 DNA는 P. tolaasii 6균주와 hybridization이 이루어진 반면 다른 Pseudomonas종과는 반응하지 않았다. 0.4kb크기의 pPTOP2의 삽입 DNA를 probe로 이용해 dot blot hybridization한 결과 P. tolaasii는 $1.5{\times}10^3\;cfu$까지 검출이 가능함을 확인하였다.

• 한국약용작물학회지
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• 제11권5호
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• pp.377-384
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• 2003

본 연구는 고려인삼 재래종의 유전적 차이를 RAPD marker로 평가하였다. 재래종은 우리나라 주요 인삼재배 단지인 괴산, 금산, 남원, 포천, 양주, 연천, 영주로부터 수집한 인삼에서 10개체를 임의 선발하여 사용하였다. 9개 지역의 90개체를 대상으로 RAPD분석을 한 결과 48개의 primer 중 OPA 7, OPA 13, URP 2, URP 3, UBC 3의 5개 primer가 재현성이 있고 재래종 내 개체간에도 다형성인 band를 보였다. 재래종 집단간보다 재래종 내에서 유전적 다양성이 낮았다. 재래종 집단 간 또는 재래종 집단내의 유전적 차이가 있다는 것은 이 집단들이 헤테로라는 것을 의미한다. 이러한 결과는 우리나라에서 재배중인 고려 인삼은 유전 자원의 혼합으로 헤테로라는 것을 암시한다. 선발된 5개의 primer를 이용하여 90개체를 집괴분석한 결과 국내 재래종 인삼은 5개군으로 그리고 3개의 아군으로 구분되었다. 국내 재래종 인삼은 유전적 변이가 크므로 인삼 육종을 위한 재료로 이용될 수 있을 것이다.