• 한국응용곤충학회지
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• 제35권3호
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• pp.209-215
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• 1996

복숭아혹진딧물(Myzus persicae Sulzer)은 두가지 서로 다른 기주선호성을 가지는데 이 기주선호성과 형태적 특징에 기초하여 담배진닷물(Myzus nicotinae Blackman)과 담배 이외의 다른 채소류에 서식하는 복숭아 혹진딧물(M. persicae)로 분류하였지만(Blachmean, 1987) 이 분류 방법에 동의하지 않는 학자들도 많다. 이런 이유로 RAPD-PCR 기법을 이용하여 한국에 서식하는 복숭아혹진딧물에 대하여 그들의 2차 숙주선호성에 따른 DNA의 변이 정도를 살펴보았다. 실험곤충으로는 담배와 배추에서 채집하여 사육한 진딧물 각 4 clones 씩을 사용하였다. 각 clone은 한 개체를 사육하여 얻은 자손들과 그들의 후손으로 이루어졌으며, 사육한 진딧물에서 핵 DNA를 추출하고, 10개 nucleotide 길이의 random primer 100가지를 사용하여 PCR한 후 1 % agarose gel 전기영동법으로 분석하였다. 사용한 100종류의 random primer 중 83가지에서 DNA 단편이 합성되었다. 증폭된 1개의 primer당 단편의 수는 1개에서 22개였고 평균 단편 수는 약 13개였으며, 각 각 단편의 길이는 500에서 20,000 base pair사이에 분포하였다. 82가지 primer의 경우에 일부 단편의 짙기에는 차이가 있었으나 단편종류의 분포는 동일하게 나타났다. 한가지 primer경우에만 담배섭식형 1개 c clone에서 다른 7가지 clones에 없는 band가 1개 나타났다. 이때 나머지 7 clones의 단편 분포 형태는 모두 동일하였다. 따라서 이 band는 숙주 선호성과는 무관한 것으로 보인다. 결국 이 실험에 사용한 100종류의 primer에 기초하여 RAPD-PCR기법으로 DNA를 증폭한 결과 복숭아혹진딧물의 숙주선호성이 개체군간의 유전적인 차이점에 기인한다는 가설을 뒷받침할 만한 증거를 찾지 못하였다.

• 원예과학기술지
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• 제32권4호
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• pp.525-534
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• 2014

Microsatellite 표지를 이용하여 국내에서 시판되고 있는 멜론 58품종의 식별과 멜론 육종 계통 '10H08'을 이용하여 $F_1$ 종자 순도를 평가하였다. 412개의 microsatellite 표지 중 다형성 정도가 높은 29개는 품종 그룹 내에서도 다양한 유전 변이를 나타내었으며 분자표지의 유전자형에 의해 모든 품종을 식별할 수 있었다. Microsatellite 표지의 대립유전자를 이용하여 멜론 58품종에 대한 계통도를 작성하였을 때 멜론의 형태적 특성과 일치하면서 2개의 대그룹으로 구분되었다. $F_1$ 종자의 순도 검정에 microsatellite 표지를 활용하기 위하여 29개의 표지를 '10H08' 계통의 양친에 대하여 검정하였을 때 5개의 프라이머가 다형성을 보였으며, 이 중 한 개의 프라이머 'CMGAN12'는 양친간에 뚜렷한 다형성 밴드를 나타내었다. 이 프라이머를 192개의 $F_1$ 종자에 대하여 검정하였을 때 자식주로 보이는 개체가 분석된 종자 내에서 명확하게 구분되었다. 본 연구 결과에서 선정된 멜론 품종 식별용 microsatellite 표지는 멜론 품종의 지문화뿐만 아니라 $F_1$ 종자의 순도 검정이 가능하여 종자회사에서 매우 유용하게 활용될 수 있는 것으로 나타났다.

• 대한미생물학회지
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• 제35권1호
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• pp.19-29
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• 2000

Although most persons infected with Helicobacter pylori harbor a single strain of the organism, multiple strain colonization in the same patient is also occasionally reported in developed countries. The aims of this study were to determine the prevalence of multiple strain colonization in Korean patients and to detect the cagA, iceA1, and babA status of H. pylori isolated from the antrum and body of the stomach. H. pylori was obtained from 35 patients from the antrum and body of the stomach. The genomic diversity of H. pylori was determined by random amplified polymorphic DNA analysis. The status of cagA, iceA1, and babA genes of H. pylori was assessed by polymerase chain reaction with appropriate primers. Clearly different diversity patterns were identified among the isolates from 35 individual patients. Eighteen (51.4%) patients had a single strain of H. pylori. Eight (22.9%) and nine (25.7%) patients had subtypically (one or two bands difference) and typically (clearly different pattern) different strains of H. pylori in the antrum and body, respectively. Among the 70 isolates of H. pylori from 35 patients, the positive rates of 349-bp and 208-bp cagA gene fragments and the iceA1 gene were 68/70 (97.1%), 68/70 (97.1%), and 58/70 (82.9%), respectively. However, the babA gene was found in 22/66 cases (31.4%). In five out of 18 patients with a single strain, the genetic status of cagA, iceA1, and babA varied between the isolates from the antrum and the body. In 8/17 patients with sub typically or typically different strains, the gene status differed between antrum and body isolates. The prevalence of co-colonization with typically or subtypically different strains is high in Korea, and sub-clones with different pathogenic gene status exist within strains of identical RAPD patterns.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제51권5호
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• pp.361-368
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• 2009

본 연구는 제주재래마의 염색체 핵형을 제시하기 위하여 G-banding, C-banding 및 AgNORs를 분석하였다. 공시축은 제주도 축산진흥원에서 사육중인 천연기념물로 지정 된 제주재래마 37두와 대조축으로 더브렛종 24두를 대상으로 각 개체 별 혈액배양을 이용한 핵형분석을 수행하였다. 제주재래마의 핵형은 2n=64, XX 또는 XY로서 상염색체는 13쌍의 metacentic 또는 submetacentic 염색체와 18쌍의 acrocentic 염색체로 구성되어 있으며, X 염색체는 5번째 크기의 submetacentric이며, Y염색체는 30번째 크기의 acrocentric 형태이다. 제주재래마의 전체적 G-band 양상은 모든 상 염색체의 동원체 부위가 공히 light band로 나타나고, 그 이외의 부위는 상동 염색체 별 동일한 특징적 band 양상을 나타내었다. 전반적인 제주재래마의 핵형 양상은 국제 말 표준핵형위원회에서 제시한 말의 염색체 표지와 거의 차이가 없는 것으로 나타났다. 제주재래마의 C-banding 양상은 대부분 염색체의 동원체부분에서 일관된 heterochromatin 분포양상을 보이고 있고, 8번 염색체 동원체 부위에 heterochromatin 양적 다형성이 존재하였다. 제주재래마의 NORs 분포 양상은 품종 간, 개체 간 및 세포 간에 수와 발현량의 다형 현상을 보이기는 하나 모든 세포에서 1번 염색체 p-arm 말단부와 26, 31번 염색체의 동원체 부위에 나타나며, 세포 당 평균 NORs의 수는 4.68개로 분석되었다. 이상의 결과로부터 제주재래마에 대한 종의 기본적 유전 표지로서 제주재래마 염색체의 G-, C-, NOR-분염 표준 핵형을 제시하고자 한다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권4호
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• pp.247-252
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• 2002

1.5% NaCl이 함유된 배지에 캘러스를 치상하여 방사선을 처리한 결과 무처리구보다 처리구 (30, 50 Gy)에서 캘러스 생존율 및 재분화율이 증가하여 내염성 캘러스를 선발하는데 방사선의 적용이 효과적임을 알 수 있었고, 내염성 캘러스에서 재분화된 M$_3$세대 종자에서 내염성 계통들은 모품종보다 초장, 근장 및 근수의 생육이 우수하여 이러한 계통은 내염성 연구를 위한 유용한 유전자원으로 이용할 수 있을 것으로 생각된다. 또한 RAPD 기술은 대조구와 내염성 캘러스에서 재분화된 계통을 구분하는데 유용한 기술임을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제15권3호
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• pp.474-478
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• 2005

본 연구는 RAPD 기법을 이용한 종 특이 marker 개발 및 이 marker의 SCAR marker로의 개발을 목표로 수행되었다. Random primer 700개에 대하여 PCR 수행결과, 품종간, 개체간에 많은 다형성이 관찰되었으며 품종특이적인 양상을 나타내는 MG30, MG53의 primer는 각각 2.0kb, 2.3kb의 위치에서 제주말과 더러브렛종의 특이적인 RAPD 단편을 나타내었다. 이들 단편들 중 품종 특이적인 단편을 클로닝한 후 random primer가 포함된 부분의 염기서 열을 결정하였다. 10 bp의 RAPD random primer에 10bp의 염기를 추가하여 SCAR primer를 제작하였다. SCAR marker의 수행결과 RAPD marker와 같은 2.3kb, 2.0kb의 크기에서 제주마와 더러브렛종에 특이적인 하나의 밴드가 증폭되었다. 따라서 이 Cnh-SCAR marker는 보다 안정적이고 재현성 있는 marker로서 사용이 가능하여 제주말의 판별에 유용하게 사용될 수 있을 것이다.

• 한국균학회지
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• 제42권2호
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• pp.159-164
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• 2014

큰느타리 품종구분을 위한 마커의 개발을 위하여 큰느타리 전체 유전자 염기서열을 바탕으로 제작한 484개의 SSR마커를 사용하여 다형성 분석을 실시하였다. 그 결과 각 275개의 primer에서 다형성이 관찰되었다. 이 중 품종간에 다양한 패턴을 나타내는 5개의 마커를 최종 선발하였다. 이들 마커의 PIC 값은 0.6627에서 0.6848로 나타났고, 평균값은 0.6775였다. 이 결과를 밴드 이미지 인식 방법으로 dendrogram을 작성하였다. UPGMA 집괴분석 결과, 큰느타리 품종은 크게 Cluster 1과 Cluster 2로 구분되었다. SSR primer를 이용한 PCR 결과 나타나는 품종별 고유의 DNA 밴드를 품종특이적 마커로 개발하기 위하여, 선발된 마커중에서 SSR312과 SSR366, SSR178과 SSR 277 마커를 조합하여 초위성체 유래 다중 표지 세트를 개발하였다. Multiplex-SSR 마커의 사용을 통해 두번의 PCR 반응만으로 본 연구에서 사용된 12개의 큰느타리 품종을 구분할 수 있었다.

• 한국동물위생학회지
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• 제31권1호
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• pp.1-16
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• 2008

Salmonella infections cause the disease in pigs but also some zoonotic Salmonella serotypes can be transmitted to human through swine products, resulting in food poisoning. The objective of this study was to investigate the bacteriological prevalence and detection of invA gene using Salmonella specific polymerase chain reaction (PCR), the epidemiological characteristics related to Salmonella strains cultured from pig samples in Gangwon areas using serotyping, random amplified polymorphic DNA (RAPD) and pulsed field gel electrophoresis (PFGE) methods. During the period of November 2001 through April 2002, 1,174 ileocecal lymph node were collected from the slaughtered pigs raised in 38 farms located in Gangwon province. The samples were submerged in boiling water and macerated in saline and lymph node homogenates were inoculated into Tetrathionate broth with iodine (TTB, Difco, 0.5% iodine was added) for enrichment growth. Then additional tests were performed using several mediums, and suspects were identified by API 20E kit (BioMerieux) and PCR. Of total 1,174 samples from 38 farms, 44 (3.7%) were isolated as Salmonella spp from 13 farms (34.2%). Of 44 isolates, 31 were in Yangyang region, followed by 9 in Goseong, 2 in both Gangneung and Sokcho. However, there was no difference in regional isolation frequency. All isolates have a 521bp amplified product in Salmonella specific PCR with primer invA which encodes in proteins for invasion of epithelial cells. Of 44 recovered serotypes, 23 (52.3%) were S Eingedi, 10 (22.7%) S Schwarzengrund, 9 (20.5%) S Typhimurium, and 2 (4.5%) S Mbandaka. In RAPD analysis, there appeared to be unique bands distinguishing each serotype, although similarities exist between the different serotypes. Four serotypes of 44 Salmonella isolates appeared to fall into 14 different RAPD types. In PFGE analysis, 9 S Typhimurium were tested with XbaI enzyme and SpeI enzyme. The combination of results obtained with two enzymes subdivided the 9 S Typhimurium into 4 PFGE types.

• 한국환경생태학회지
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• 제25권4호
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• pp.470-478
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• 2011

본 연구는 멸종위기식물인 단양쑥부쟁이(Aster altaicus var. uchiyamae)의 개체군을 대상으로 유전다양성을 유지하는데 필요한 최소개체수를 산정하기 위하여 수행되었다. 단양쑥부쟁이가 분포하고 있는 네 지역에서 각각 유전다양성 및 유전적 분화도를 분석하였다. AFLP(amplified fragment length polymorphism) 마커를 이용한 유전적 변이의 분석결과, 총 4개의 프라이머 조합에 대해서 936개의 밴드가 확인되었으며, 그 중 934개의 밴드(99.8%)가 다형성을 보여주었다. 단양쑥부쟁이 개체군 내에서 유전다양성(PPB = 45.3%, h = 0.104, I = 0.168, hs = 0.108)은 높은 수준으로 나타났으며, 개체군 간 유전적 분화도($G_{ST}$ = 0.075, ${\theta}^B$ = 0.079)는 낮은 수준이었다. AMOVA(Analysis of molecular variance)분석 결과에서도 전체 유전적 변이 중 91%가 개체군 내에서 보이는 반면, 9%는 개체군 간 변이에 기인한 것으로 나타났다. 단양쑥부쟁이 개체군에서 보이는 유전적 특성은 개체군 간의 빈번한 유전자 이동에 기인한 것으로 사료된다. 최대화 전략법에 의하여 경기도 여주일대의 3개 개체군을 대상으로(굴암, 도리섬, 삼합) 개체군 내 최소개체수를 산정한 결과 도리섬개체군에서는 17개체, 삼합개체군에서는 16개체, 굴암개체군에서는 11개체로 파악되었다. 단양쑥부쟁이 개체군의 최소개체수에 대한 정보는 효율적인 현지 외 보전을 위한 가이드라인을 제시해 줄 수 있다.

• 한국균학회지
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• 제38권1호
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• pp.34-39
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• 2010

느티만가닥버섯의 품종구분을 위하여 국내 버섯보존기관으로부터 수집한 30종의 품종에 대한 RAPD 분석을 실시하였다. 이를 위하여 고체배지상의 균사로부터 염색체 DNA를 분리하였고 이를 주형으로 하여 3개의 random primer로 PCR 반응을 수행하였다. 그 결과 각 PCR 반응에서 200 bp에서 3000 bp 범위의 크기를 가진 DNA 밴드 약 30종이 관찰되었다. DNA 밴드 패턴은 UPGMA 방법으로 분석하여 그 결과를 dentrogram으로 나타내었다. 느티만가닥버섯은 2개의 클러스터로 분석되었으며, 클러스터 1은 다시 3개의 작은 그룹으로 나눌 수 있었다. 반면, 클러스터 2의 경우에는 유전적으로 클러스터 1보다 다양한 품종으로 구성되어 있었다. 흥미롭게도 덕유산에서 채집된 야생종 Hm3-10의 경우 어느 클러스터에도 속하지 않는 고유의 품종임을 확인하였다. RAPD 결과 나타나는 품종별 고유의 DNA 밴드를 품종특이적 마커로 개발하기 위하여, Hm0-4 품종의 250 bp 특이밴드를 TA-클로닝하고 염기서열을 결정하였다. 결정된 염기서열을 바탕으로 PCR primer를 디자인하였고 이를 이용하여 PCR 반응을 수행하였다. 그 결과 250 bp DNA 밴드는 Hm0-4 품종에서만 관찰되었으며 이는 이러한 접근법이 품종특이적 마커개발에 잘 적용됨을 보여주는 것이다.