• Genomics & Informatics
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• 제1권1호
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• pp.55-60
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• 2003

The nucleotide sequence of pZMO1, a small cryptic plasmid of Zymomonas mobilis ATCC10988 was determined. Analysis of 1,680 bp of sequence revealed $69\%$ identity with Shigella sonnei plasmid, pKYM and $61\%$ identity with Nostoc sp. ss DNA replicating plasmid. Analysis of a deduced amino acid sequence of an orf of pZMO1 revealed $75\%$ identity and $90\%$ similarity with the repA gene of Synechocystis sp. plasmid pCA2.4. The upstream region of the repA gene of pZMO1 possesses six directed repeat sequences and two inverted repeat sequences at downstream of the IR consensus sequence of nick region of rolling circle replication (RCR) plasmid. A typical terminator hairpin structure was found at the downstream region of repA gene. Degradation of single-stranded plasmid DNA by S1 nuclease was detected by Southern hybridization. It suggests that pZMO1 replicates by a rolling circle mechanism in Z. mobilis ATCC10988 cells.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제15권5호
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• pp.319-327
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• 1987

알코올 생산성이 높은 Zymomonas 균주의 기질 이용성을 넓히기 위한 목적으로 natural replicon을 포함하며 적당한 항생제 저항표지를 갖는 plasmid vector의 제조를 시도하였다. Z. mobilis ATCC10988에서 분리된 몇 개의 plasmid중 3.9kb의 적당한 크기를 갖는 pZM3를 선정하여 수종의 제한효소로 처리하여 절편의 크기에 따라 유전자 지도를 작성하였다. pZM 3의 replicon과 pBR 325의 chloramphenicol 저항유전자를 포함한 재조합 plasmid인 pHZ22를 개발하고 이 plasmid vector가 숙주세포인 Z. mobilis ATCC31821에서 독립적으로 replication됨을 확인하였다. 또 하나의 항생제 저항표지로서 RP4의 tetracycline 저항유전자를 분리하여 pHZ22에 도입함으로써 pHZT224를 제조하였는데 이 plasmid vector도 Zymomonas로 conjugation에 의해 전이되어 안정하게 유지 되었다. 본 연구를 통하여 개발된 plasmid vector는 Z. mobilis와 E. coli에 공히 작용하는 shuttle vector 로서 외부 유전자를 Zymomonas에 도입시킬 수 있는 유용한 유전자 운반체임이 확인되었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제16권4호
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• pp.270-274
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• 1988

우리나라 연근해역의 해양오염중 주종을 이루는 Bunker-C유를 대상으로 부산 및 충무, 울산항구의 해수를 균원으로 접종하여 enrichment culture시켰다. 이와 같은 혼합배양 해양세균들의 plasmid DNA분포를 agarose gel 전기영동상에서 조사하여 보았다. 우선 오염되지 않은 해수로부터 분리한 세균들의 Plasmid 분포(22%)와 만성적으로 유류오염이 예상되는 각 항구의 세균 plasmid 분포(25%)에는 조금 차이는 있었으며 enrichment culture중에는 29%정도로서 plasmid 분포비율이 증가하였다. 각종 탄화수소 화합물들에 성장하는 세균중 약33%는 plasmid룰 함유하고 있었으며, 또 약 62%정도는 Gram 음성균이었다. Plasmid 함유 세균중 23% 정도는 2종 이상의 plasmid를 갖고 있으며, 41%의 plasmid는 20kb 이상의 크기를 가지고 있는 것으로 나타났다.

• 한국축산식품학회지
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• 제38권4호
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• pp.816-822
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• 2018

Bifidobacterium is recognized as one of the most beneficial microorganisms in our gut. Many researches on bifidobacteria have been done to understand their roles in the gut. The objective of the present study was to develop a bioluminescent labelling plasmid vector for bifidobacteria to facilitate their visualization in vitro, in situ, and in vivo. A plasmid replicon (2.0 kb) of plasmid pFI2576 previously identified from B. longum FI10564 was amplified by PCR and cloned into pUC19 plasmid vector (2.68 kb). The cloned replicon was subcloned into pTG262 ($luc^+$) recombinant plasmid vector (7.4 kb) where a luciferase gene ($luc^+$) from pLuc2 (8.5 kb), an Escherichia coli and lactobacilli shuttle vector, was inserted into pTG262 plasmid vector. The final recombinant DNA, pTG262::pFI2576 rep ($luc^+$), was transferred into a B. catenulatum strain. This recombinant strain showed 3,024 relative luminescence units at $OD_{600}$ value of 0.352. Thus, this recombinant plasmid construct can be broadly used for labelling bifidobacteria.

• 한국어병학회지
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• 제12권2호
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• pp.115-121
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• 1999

양식넙치에서 분리된 Edwardsiella tarda가 갖는 약제내성을 전달하는 R plasmid의 특성을 알아보기 위하여, 16종의 화학요법제에 대한 E. tarda의 감수성 정도를 비교하였으며, 내성형태 및 내성전달을 확인하고 transferable R plasmid를 분리하였다. E. tarda는 ampicillin, amoxicillin, erythromycin, flumequine, doxycycline(DOXY), nalidixic acid, novobiocin, oxolinic acid, oxytetracycline(OTC), thiamphenicol(TP) 그리고 sulfonamide의 11약제에 대하여 다양한 조합으로 복합내성을 보였으며, DOXY, OTC, TP 내성이 Escherichia coli로 전달되었다. 복합내성의 두 균주에서 transconjugant가 형성되었으며 이들로부터 분리된 transferable R plasmid는 서로 상이한 DNA 구조였다. 이는 넙치에서 분리되는 E. tarda에는 적어도 두 종류 이상의 thansferable R plasmid가 분포한다는 것을 의미한다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권10호
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• pp.1614-1620
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• 2015

Plasmid-cured derivative strains of Bacillus anthracis are frequently used in laboratory studies. Plasmid incompatibility, which does not increase the risk of chromosomal mutation, is a useful method for plasmid curing. However, in bacteria containing multiple plasmids, it often requires the sequential introduction of multiple, specific incompatibility plasmids. This lengthy process renders the traditional plasmid incompatibility method inefficient and mutation-prone. In this study, we successfully cured plasmids pXO1 and pXO2 from B. anthracis A16 simultaneously using only one recombinant incompatible plasmid, pKORT, to obtain a plasmid-free strain, designated A16DD. This method may also be useful for the simultaneous, one-step curing of multiple plasmids from other bacteria, including Bacillus thuringiensis and Yersinia pestis.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제12권1호
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• pp.31-38
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• 2002

Bacteria have evolved various types of resistance mechanism to toxic heavy metals, such as arsenic and antimony. An arsenical and antimonial resistant bacterium was isolated from a shallow creek draining a coal-mining area near Taebaek City, in Kangwon-Do, Korea. The isolated bacterium was identified and named as Pseudomonas sp. KM20 after biochemical and physiological studies were conducted. A plasmid was identified and its function was studied. Original cells harboring the plasmid were able to grow in the presence of 15 mM sodium arsenite, while the plasmid-cured (plasmidless) strain was sensitive to as little as 0.5 mM sodium arsenate. These results indicated that the plasmid of Pseudomonas sp. KM20 does indeed encode the arsenic resistance determinant. In growth experiments, prior exposure to 0.1 mM arsenate allowed immediate growth when they were challenged with 5 mM arsenate, 5 mM arsenite, or 0.1 mM antimonite. These results suggested that the arsenate, arsenite, and antimonite resistance determinants of Pseudomonas sp. KM20 plasmid were indeed inducible. When induced, plasmid-bearing resistance cells showed a decreased accumulation $of\;73^As$ and showed an enhanced efflux $of\;^73As$. These results suggested that plasmid encoded a transport system that extruded the toxic metalloids, resulting in the lowering of the intracellular concentration of toxic oxyanion. In a Southern blot study, hybridization with an E. coli R773 arsA-specific probe strongly suggested the absence of an arsA cistron in the plasmid-associated arsenical and antimonial resistance determinant of Pseudomonas sp. KM20.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제27권12호
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• pp.1263-1269
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• 2004

The objective of this study was to characterize immunoliposomes carrying plasmid DNA with optimal encapsulation efficiency and antibody density. Plasmid DNA was encapsulated by the freezing/thawing method into liposomes composed of POPC (1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycerol- 3-phosphocholine), DDAB (didodecyl dimethyl ammonium bromide), DSPE-PEG 2000 (distearoyl phosphatidyl ethanolamine polyethylene glycol 2000) and DSPE-PEG 2000-maleimide. The liposomes carrying plasmid DNA were extruded through two stacked polycarbonate filters, of different pore size, to control the liposome size. Then, rat IgG molecules were conjugated to the liposomes. The immunoliposomes containing plasmid DNA were separated from the free plasmid DNA and unconjugated IgG by Sepharose CL-4B column chromatography. The DNA amount encapsulated was affected by DDAB (cationic lipid) concentration, the initial amount of plasmid DNA between 10 ${\mu}g$ and 200 ${\mu}g$, the total lipid amount and plasmid DNA size, but not significantly by liposome size. By varying the ratio of DSPE-PEG 2000-maleimide to IgG, the number of IgG molecules per liposome was changed significantly.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제13권4호
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• pp.345-348
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• 1985

Mannitol hypertonic regeneration media를 사용하는 PEG-induced protoplast transformation system을 이용해서 pUB110과 pE194의 recombinant plasmid로 B. subtilis BR151을 transformation 시킴으로써 두 plasmid에서 유래되는 각각의 Neo$^{R}$와 Em$^{R}$을 동일한 recipient cell 내에서 동시에 발현시킬 수 있었다. Neomycin과 erythromycin을 함께 함유하는 mannitol regeneration media상에서 recombinant plasmid의 transformation frequency는 6.5 $\times$ $10^{-5}$이었다. 한편 transformant cell 내에서 recombinant plasmid의 replication이 agarose gel electrophoresis로 확인되었다.

• 미생물학회지
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• 제31권4호
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• pp.286-291
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• 1993

수계환경에서 세균의 접합에 의해 나타난 conjugant 에서 plasmid 의 재배열과 $Km^{r}$ 유전자의 행방을 조사하기 위하여 자연계 분리균주와 유전공학적 변형균주(GMM)의 $Km^{r}$ 유전자의 전이빈도를 조사하는 동시에 3.9 kb 의 $Km^{r}$ 유전자를 DNA probe 로 사용하여 Southern analysis 를 실시하였다. $Km^{r}$ 유전자의 전이빈도는 실험실 환경에서 GMM 균주가 자연계균주(DK1) 보다 100배 더 높게 나타났으나, 무심천에서는 균주에 따라 차이가 없었다. 실험실환경에서 DK1 균주를 donor 로 하여 LB 나 FW 에서 얻은 conjugant 들은 모두 같은 수의 plasmid 를 가지고 있었으나 크기는 다르게 재배열하였다으며, $Km^{r}$ 유전자는 donor 의 R plasmid 인 pDK101 과 비슷한 위치에서 발견되었다. GMM 균주가 donor 일 때에는 180 kb 의 plasmid 가 새로 나타났으며, 특히 FW 수질에서 donor 가 DKC600 일 때는 $Km^{r}$ 유전자가 염색체에 삽입되어 있었다. 무심천의 자연계 수질환경에서는 DK1 이나 DKB701 이 donor 일 때 4개 및 8개의 plasmid 가 새로 나타났으며, $Km^{r}$ 유전자는 재배열된 4개의 plasmid 와 염색체에서 발견되었다. DKC600 이 donor 일 때는 recipient 의 작은 plasmid 가 모두 소실되었으나, $Km^{r}$ 유전자는 새로 나타난 plasmid 와 염색체에서 발견되었다. 그러므로 자연환경에서의 수질에서는 plasmid 의 재배열이 더 다양했으며, $Km^{r}$ 유전자도 다양한 크기로 재배열된 plasmid 에서 발견되었다.