• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권3호
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• pp.161-170
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• 2002

인삼 모상근의 프로테옴 분석에 의해 얻은 질량분석 스펙트럼 데이터는 MALDI/TOF/MS에서 얻는 질량 스펙트럼과 ESI/Q-TOF/MS에서 얻는 탄뎀 질량 스펙트럼으로 구분된다. 질량 스펙트럼은 단백질이 효소에 의해 분해된 펩타이드들의 분자량 정보를 제공하며, 탄뎀 질량 스펙트럼에서는 아미노산 단위로 분해된 절편 단백질의 분자량으로부터 아미노산 서열을 결과로 얻는다. 펩타이드의 아미노산 서열을 BLAST로 검색하면 유사한 단백질을 GenBank에서 검색할 수 있다. 이러한 단백질 동정 방법은 완전한 유전체 서열이 알려진 생물체의 경우 높은 정확도로 단백질을 동정할 수 있으나, 그렇지 않은 경우는 유사한 단백질이 데이터베이스에 존재하지 않아 분석이 용이하지 않다. 본 연구에서는 질량 스펙트럼 및 절편 단백질의 아미노산 서열을 EST (expressed sequence tag) 서열과 비교하여 프로테옴 데이터와 일치하는 EST 서열을 찾아내고 이를 BLAST검색에 의해 단백질 동정에 활용하였다. ESI/Q-TOF/MS 에서 얻은 아미노산 서열은 길이는 짧지만 데이터의 신뢰도가 높으므로 EST 서열과의 연관 관계를 밝힘으로써 단백질에 대한 정보를 보완할 수 있었다. ESI/Q-TOF/MS에서 얻은 펩타이드의 아미노산 서열을 EST 서열과 비교한 결과 90%의 아미노산 서열이 EST DB에서 발견되었다. NCBI의 nr 데이터베이스에서 아미노산 서열을 검색하여 찾은 단백질이 68%임에 비하여, 인삼 EST 서열에 의한 검색이 22% 더 많은 결과를 얻었다. MALDI/TOF/MS의 질량 스펙트럼에서 nr 데이터베이스로 검색한 결과와 인삼 EST 데이터베이스를 검색한 결과가 일치하는 경우는 47개 중 9개인 19%에 불과하여, 탄뎀 질량 분석으로 아미노산 서열을 얻지 않고, 단지 질량 스펙트럼으로부터 단백질을 동정하는 방법으로는 단백질 동정의 정확한 결과를 기대하기 어려움을 확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제26권3호
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• pp.296-301
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• 2016

메기(Silurus asotus)의 껍질로부터 항균성 펩타이드를 정제하였다. 메기 껍질의 산 추출물은 단계적 농도구배조건으로 Sep-Pak C₁₈에 의해 부분적으로 정제되었으며, 그 중에서 특히 60% 메탄올 분획(RM60)이 Escherichia coli D31에 대해 가장 좋은 항균활성을 나타내었다. 이 RM60을 사용하여 이온교환 및 5단계의 연속적인 역상 HPLC로 정제하였다. 정제된 펩타이드의 분자량과 아미노산 서열분석은 MALDI-TOF MS와 에드만 분해법으로 분석하였다. 이 펩타이드의 분자량은 약 4182.1 [M+H]⁺이었으며, 분석된 이 물질의 부분적인 일차구조서열은 다음과 같다; PALXXKARREAKVKF. 이러한 결과는 메기의 껍질에서 존재하는 이 펩타이드가 메기의 껍질에서 반응하는 선천성 방어 시스템에서 중요한 역할을 하고 있다고 여겨진다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제30권3호
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• pp.235-240
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• 2002

방선균은 토양속에 서식하는 그람 양성 세균으로 세포성 장의 어느 시기에 영양세포가 이어져 연쇄상의 기균사를 형성하고 그 끝에 포자를 형성하는 동시에 생리학적 분화로 표현되는 다양한 이차대사물질을 생산한다. 이들의 복잡한 생활사에 따른 분화에는 진핵생물의 ser/thr protein kinase와 원핵생물의 his/asp acid protein kinase 등과 같은 다양한 신호전달 단백질들이 조절을 담당하고 있다. Akt kinase는 진핵생물에서 보고된 ser/thr kinase로.세포내의 다양한 신호전달기구를 조절하고 있으며, 세포내의 Akt kinase의 활성화 또는 불활성화가 세포 증식, 분화, 생존, 세포사등의 신호전달에 결정적인 역할을 담당한다. 방선균으로부터 Akt kinase와 유사한 기능을 갖는 신호전달 단백질을 규명하기 위하여, Akt kinae의 target단백질들의 인산화 부위 보존영역으로부터 나타나는 아미노산의 consensus sequence를 기초로 하여 형광물질로 라벨시킨 합성 peptide(FITC-TRRSRfESIT)를 제작하였다 제작한 기질 peptide에 인산화가 일어나면 아가 로스 전기영동상에서의 운동성에 차이가 나타나고, 이를 자외선하에서 형광 peptide를 관찰하는 방법으로 인산화 assay를 실시하였다. S. griseus IFO 13350을 배양한 cell-free extract로부터 ammonium sulfate fractionation과 DEAE-Sepharose, Mono Q, Resource Phenyl-Superose, Gel permeation 등 수 단계의 column chromatography를 통하여 Akt 유사 단백질을 정제하였다. 그 결과 방선균에도 고등생 물의 Akt와 유사한 기질특이성을 갖는 인산화 단백질이 존재하는 것으로 판단되었으며, 그 중의 하나는 분자량이 39 kDa 정도의 크기를 갖는 단백질로 판명되었다. 지금까지의 인산화 단백질 연구는 활성측정법이 어려워 연구자들에게 많은 제한을 주어 왔지만, 본 연구에서 사용한 합성 peptide를 이용하는 방법을 보다 다양한 인산화 단백질에 대하여 적용한다면, 인산화 단백질 및 조절물질 개발에 많은 도움이 될 수 있을 것으로 예상된다.

• 한국축산식품학회지
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• 제37권3호
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• pp.402-409
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• 2017

A novel peptide having free radical scavenging activity was separated, using an on-line high-performance liquid chromatography (HPLC) - ABTS screening method, from bovine skim milk fermented by Lactococcus lactis SL6 (KCTC 11865BP). It was further purified using reverse phase-HPLC (RP-HPLC) and sequenced by RP-HPLC-tandem mass spectrometry. The amino acid sequence of the identified peptide was determined to be Phe-Ser-Asp-Ile-Pro-Asn-Pro-Ile-Gly-Ser-Glu-Asn-Ser-Glu-Lys-Thr-Thr-Met-Pro-Leu-Trp (2,362 Da), which is corresponding to the C-terminal fragment of bovine ${\alpha}_{s1}$-casein (f179-199). The hydroxyl radicals scavenging activity ($IC_{50}$ $28.25{\pm}0.96{\mu}M$) of the peptide chemically synthesized based on the MS/MS data showed a slightly lower than that of the natural antioxidant Trolox ($IC_{50}$ $15.37{\pm}0.52{\mu}M$). Furthermore, derivatives of the antioxidant peptide were synthesized. The antioxidative activity of the derivatives whose all three proline residues replaced by alanine significantly decreased, whereas replacement of two proline residues in N-terminal region did not affect its antioxidative activity, indicating that $3^{rd}$ proline in C-terminal region is critical for the antioxidative activity of the peptide identified in this study. In addition, N-terminal region of the antioxidant peptide did not show its activity, whereas C-terminal region maintained antioxidative activity, suggesting that C-terminal region of the peptide is important for antioxidative activity.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권2호
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• pp.264-269
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• 2012

Recently, we reported that the synthetic Coprisin analog peptide 9-mer dimer CopA3 (consisted of all-L amino acid sequence) was designed based on a defensin-like peptide, Coprisin isolated from Copris tripartitus. The 9-mer dimer CopA3 (L-CopA3) had antibacterial activity and induced apoptosis in human leukemia cells via a caspase-independent pathway. In this study, all of amino acid sequences of L-CopA3 were modified to all D-form amino acids (DCopA3) to develop a more effective antimicrobial peptide. We investigated whether D-CopA3 had antimicrobial activities against pathogenic microorganisms and pro-apoptotic effects in human leukemia cells (U937, Jurkat, and AML-2). The synthetic peptide D-CopA3 had antimicrobial activities against various pathogenic bacteria and yeast fungus with MIC values in the 4~64 ${\mu}M$ range. Moreover, D-CopA3 caused cell growth inhibition, and increased the chromosomal DNA fragmentation and the expression of inflammatory cytokines, TNF-${\alpha}$ and IL1-${\beta}$, transcripts in human leukemia cells. The all-D amino acid peptide DCopA3 proved as effective as the L-CopA3 reported previously. These results provide the basis for developing D-CopA3 as a new antibiotic peptide.

• 대한화학회지
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• 제41권11호
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• pp.604-607
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• 1997

• 생명과학회지
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• 제12권4호
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• pp.477-482
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• 2002

효모 glucoamylase의 promoter와 분비신호서열 그리고 MF$\alpha$1의 prosequence를 이용하여 곤충 defensin을 S. cerevisiae 2805에서 항균활성을 보유한 형태로 발현 및 분비하는데 성공하였다. 발현된 defensin의 대부분이 세포 외로 분비되어 거의 모든 항균활성이 배양 상등액에 존재하였다. 이것은 S. cerevisiae에서 발현된 defensin이 glucoamylase의 분비신호서열과 MF$\alpha$1의 prosequenre에 의해 효율적으로 processing되어 분비됨을 시사한다. Defensin의 다른 미생물에 대한 항균활성을 조사한 결과 병원균인 St. aureus와 L. monocytogenes에 대해서도 항균활성이 존재하였다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제21권1호
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• pp.127-132
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• 2010

We have characterized full-length cDNA encoding Gall-6-tox protein, which was cloned from the fat body of the immunized Galleria mellonella larvae. The cloned cDNA of Gall-6-tox consists of 1301 nucleotides and contained an open reading frame of 891 nucleotides corresponding to a protein of 296 residues that includes a putative 16-residue signal sequence and a 280-residue mature peptide with a calculated mass of 30,707.73 Da. The deduced mature peptide contains conserved tandem repeats of six cysteine-stabilized alpha beta ($Cs{\alpha}{\beta}$) motifs, which was detected in scorpion toxins and insect defensins. In the sequence homology search, mature Gall-6-tox showed 34% and 28% amino acid sequence homology with Bomb-6-tox from Bombyx mori and Spod-11-tox from Spodoptera frugiperda, respectively. Gall-6-tox orthologs were only found in Lepidopteran species, indicating that this new immune-related gene family is specific to this insect order. RT-PCR analysis revealed that Gall-6-tox was expressed primarily in the larval fat bodies, hemocytes, and midgut against invading bacteria into hemocoel. Moreover, the expression time course of Gall-6-tox was examined up to 24 h in the fat bodies and midgut after injection of E. coli. Altogether, these results suggest that Gall-6-tox is derived from defensins and Gall-6-tox may play a critical role in Lepidoptera immune system.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제8권2호
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• pp.109-112
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• 2005

A peptide that inhibits angiotensin-converting enzyme (ACE) was isolated from a hydrolysate of Manila clam (Ruditapes philippinarum) proteins prepared with thermolysin. Amino acid sequence of the peptide was determined to be Leu-Leu-Pro. Chemically synthesized Leu-Leu-Pro had an $IC_{50}\;value\;of\;158\;\mu{M}$. Peptides related to the Manila clam-derived peptide were synthesized to study the structure-activity relationships. The tetrapeptide, Leu-Leu-Pro-Pro, had a very weak effect on the enzyme. However, Leu-Leu-Pro-Asn showed no inhibitory activity.

• Mass Spectrometry Letters
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• 제10권2호
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• pp.50-55
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• 2019

The fragmentation statistics of ion trap CID (Collision-Induced Dissociation) spectra using 87,661 tandem mass spectra of doubly charged tryptic peptides are analyzed here. In contrast to the usual method of using intensity information, the frequency of occurrence of fragment ions, with respect to the position of the cleavage site and the residues at these sites is studied in this paper. The analysis shows that the frequency of occurrence of fragment ion peaks is more towards the middle of the peptide than its ends. It was noted that amino acid with an aromatic and basic side chain at N- & C- terminal end of the peptide stimulates more peaks at the lower end of the spectrum. The residue pair effect was shown when the amide bond occurs between acidic and basic residues. The fragmentation at these sites (D/E-H/R/K) stimulates the generation of the y-ion peak. Also, the cleavage site H-H/R/K stimulates the generation of b-ions. K-P environment in the peptide sequence has more tendency to generate y-ions than b-ions. Statistical analysis helps in the visualization of the CID fragmentation pattern. Cleavage pattern along the length of the peptide and the residue pair effects, enhance the knowledge of fragmentation behavior, which is useful for the better interpretation of tandem mass spectra.