Jang Jung Yeon;Kim Dockyu;Bae Hyun Won;Choi Ki Young;Chae Jong-Chan;Zylstra Gerben J.;Kim Young Min;Kim Eungbin
Journal of Microbiology
/
v.43
no.4
/
pp.325-330
/
2005
Rhodococcus sp. strain YU6 was isolated from soil for the ability to grow on o-xylene as the sole carbon and energy source. Unlike most other o-xylene-degrading bacteria, YU6 is able to grow on p-xylene. Numerous growth substrate range experiments, in addition to the ring-cleavage enzyme assay data, suggest that YU6 initially metabolizes 0- and p-xylene by direct aromatic ring oxidation. This leads to the formation of dimethylcatechols, which was further degraded largely through meta-cleavage path-way. The gene encoding meta-cleavage dioxygenase enzyme was PCR cloned from genomic YU6 DNA using previously known gene sequence data from the o-xylene-degrading Rhodococcus sp. strain DK17. Subsequent sequencing of the 918-bp PCR product revealed a $98\%$ identity to the gene, encoding meth-ylcatechol 2,3-dioxygenase from DK17. PFGE analysis followed by Southern hybridization with the catechol 2,3-dioxygenase gene demonstrated that the gene is located on an approximately 560-kb megaplasmid, designated pJY J1
A rhodium-catalyzed reductive cleavage reaction of carbon-cyano bonds is developed using hydrosilane as a mild reducing agent. A wide range of nitriles, including aryl, benzyl, and $\beta$-hydrogen containing alkyl cyanides are applicable to this decyanation reaction. The method is also applicable to organic synthesis, in which benzyl cyanide is used as a benzyl anion equivalent and a cyano group functions as a removable ortho-directing group.
In this study, aniline dioxygenase genes responsible for initial catabolism of aniline in Burkholderia sp. HY1 and Delftia sp. HY99 were cloned and the amino acid sequences were comparatively analyzed, which already have been reported as bacteria utilizing aniline as a sole source of carbon and nitrogen, B. sp. HY1 was found to have at least a plasmid, and the plasmld-cured strain, B. sp. HY1-PC obtained using mitomycin C was tested with wild type strain to investigate whether the former maintained the degradability for aniline. This proved that the aniline oxygenase gene from B. sp. HY1 was located in chromosomal DNA, not in plasmid DNA. Aniline dioxygenase small subunits from B. sp. HY1 and D. sp. HY99 were found, based on 146 amino acids, to share 79% similarity. Notably, ado2 genes from B. sp. HY1 and D. sp. HY99 which were found to be terminal dioxygenase of aniline dioxygenase small subunit showed 99% similarity in the deduced amino acid sequences with tdnA2 of Frateuria sp. ANA-18 and danA2 of D. sp. AN3, respectively. Besides, enzyme assay and amino acid sequence analysis of catechol dioxygenase supported the previous report that B. sp. HY1 might occupy ortho-cleavage pathway using catechol 1,2-dioxygenase, while D. sp. HY99 might occupy catechol 2,3-dioxygenase for meta-cleavage pathway.
There is a possibility that carvone, a monoterpene from spearmint (Mentha spicata), could induce the bph degradative pathway and genes in Alcaligenes eutrophus H850, which is a known Gram-negative PCB degrader with a broad substrate specificity that was thoroughly investigated with Arthrobacter sp. BIB, a Gram-positive PCB degrader. The strains BIB and H850 were unable to utilize and grow on the plant terpene [(R)-(-)-carvone] (50ppm) to be recognized as a sole carbon source. Nevertheless, the carvone did induce 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase (encoded by bphC) in the strain B lB, as observed by a resting cell assay that monitors accumulation of a yellow meta ring fission product from 4,4'-dichlorobiphenyl (DCBp). The monoterpene, however, did not appear to induce the meta cleavage pathway in the strain H850. Instead, an assumption was made that the strain might be using an alternative pathway, probably the ortho-cleavage pathway. A reverse transcription (RT)-PCR system, utilizing primers designed from a conserved region of the bphC gene of Arthrobacter sp. M5, was employed to verify the occurrence of the alternative pathway. A successful amplification (182bp) of mRNA transcribed from the N-terminal region of the bphC gene was accomplished in H850 cells induced by carvone (50ppm) as well as in biphenyl-growth cells. It is, therefore, likely that H850 possesses a specific PCB degradation pathway and hence a different substrate specificity compared with B1B. This study will contribute to an elucidation of the dynamic aspects of PCB bioremediation in terms of roles played by PCB degraders and plant terpenes as natural inducer substrates that are ubiquitous and environmentally compatible.
A bacterial strain which formed a distinct colony on agar plate containing phenol as a vapor phase and grew well in a liquid minimal medium was isolated and identified as Acinetobac- ter sp. GEM2. The optimal temperature and initial pH for the growth of Acinetobacter sp. GEM2 were 30$\circ$C and 7.0, respectively. Cell growth was inhibited by phenol at the concentration over 1500 ppm. Cell growth dramatically increased from 10 hours after cultivation and almost showed a stationary phase within 24 hours at which 95% of phenol was concomitantly degraded. Acinetobac- ter sp. GEM2 was capable of growing on aromatic compounds, such as benzoic acid, phenol, m- cresol, o-cresol, P-cresol, catechol, gentisic acid, and toluene, but did not grow on benzene, salicylic acid, p-toluic acid, and p-xylene. By the analysis of catechol dioxygenase, it seemed that catechol was degraded through both meta- and ortho-cleavage pathway. The growth-limiting log P value of Acinetobacter sp. GEM2 on organic solvents was 2.0.
In this study, the chromosome-encoded pcuRCAXB genes that are required for p-cresol degradation have been identified by using a newly constructed green fluorescent protein (GFP)-based promoter probe transposon in the long-chain alkylphenol degrader Pseudomonas alkylphenolia. The deduced amino acid sequences of the genes showed the highest identities at the levels of 65-93% compared with those in the databases. The transposon was identified to be inserted in the pcuA gene, with the promoterless gfp gene being under the control of the pcu catabolic gene promoter. The expression of GFP was positively induced by p-cresol and was about 10 times higher by cells grown on agar than those in liquid culture. In addition, p-hydroxybenzoic acid was detected during p-cresol degradation. These results indicate that P. alkylphenolia additionally possesses a protocatechuate ortho-cleavage route for p-cresol degradation that is dominantly expressed in colonies.
Aromatic hydrocarbons, such as phenol, have been detected frequently in wastewater, soil, and groundwater because of the extensive use of oil products. Bacterial strains (56 isolates) that degraded phenol were isolated from soil and industrial wastewater contaminated with hydrocarbons. GN13, which showed the best cell growth and phenol degradation, was selected for further analysis. The GN13 isolate was identified as Neisseria sp. based on the results of morphological, physiological, and biochemical taxonomic analyses and designated as Neisseria sp. GN13. The optimum temperature and pH for phenol removal of Neisseria sp. GN13 was $32^{\circ}C$ and 7.0, respectively. The highest cell growth occurred after cultivation for 30 hours in a jar fermentor using optimized medium containing 1,000 mg/l of phenol as the sole carbon source. Phenol was not detected after 27 hours of cultivation. Based on the analysis of catechol dioxygenase, it seemed that catechol was degraded through the meta- and ortho-cleavage pathway. Analysis of the biodegradation of phenol by Neisseria sp. GN13 in artificial wastewater containing phenol showed that the removal rate of phenol was 97% during incubation of 30 hours. The removal rate of total organic carbon (TOC) by Neisseria sp. GN13 and activated sludge was 83% and 78%, respectively. The COD removal rate by Neisseria sp. GN13 from petrochemical wastewater was about 1.3 times higher than that of a control containing only activated sludge.
The bacterium NFQ-1 capable of utilizing quinoline (2,3-benzopyridine) as the sole source of carbon, nitrogen and energy was enriched and isolated from soil samples of dead coal pit areas. Strain NFQ-1 was identified as Pseudomonas nitroreducens NFQ-1 by BIOLOG system, and assigned to Pseudomonas sp. NFO-1. Pseudomonas sp. NFQ-1 was used with the concentration range of 1 to 10 mM quinoline. Strain NFQ-1 could degrade 2.5 mM quinoline within 9 hours of incubation. Initial pH 8.0 in the culture was reduced to 6.8, and eventually 7.0 as the incubation was proceeding. 2-Hydroxyquinoline, the first intermediate of the degradative pathway, accumulated transiently in the growth medium. The highest concentration of quinoline (15 mM) in this work inhibited cell growth and quinoline degradation. Pseudomonas sp. NFQ-1 was able to utilize various quinoline derivatives and aromatic compounds including 2-hydroxyquinoline, p-comaric acid, benzoic acid, p-cresol, p-hydroxybenzoate, protocatechuic acid, and catechol. The specific activity of catechol oxygenases was determined to approximately 184.7 unit/㎎ for catechol 1.2-dioxygenase and 33.19 unit/㎎ for catechol 2,3-dioxygenase, respectively. As the result, it showed that strain NFQ-1 degraded quinoline via mainly orthp-cleavage pathway, and in partial meta-cleavage pathway.
The major portions of two DNA fragments, one from degradative plasmid, pRA4000 from Pseudomonas putida NCIMB 9866, and the other from degradative plasmid, pRA500 from P. putida NCIMB 9869, which harbor the structural genes for the flavoprotein (pchF) and cytochrome (pchC) subunits of p-cresol methylhydroxylase (PCMH), have been sequenced. The DNA and deduced amino acid sequences for pchC and pchF have been published. In these fragments, a coding region (dhal) for an aldehyde dehydrogenase has been identified. It is proposed that this gene encodes for the aldehyde dehydrogenase which converts p-hydroxybenzyaldehyde to p-hydroxybenzoate. p-Hydroxybezealdehyde is the product of oxidation of p-cresol by PCMH. The fragment from P. putida 9869 also harbors the genes for the ${\alpha}$ (pcaG) and ${\beta}$ (pcaH) subunits of protocatechuate 3,4-dioxigenase. The fragment from 9866 does not have any portion of these genes in the corresponding region A possible open reading frame (ORF) between pchC and pchF is seen for both clones, and a second putative open reading frame (ORF') also exists in the 9866 clone. The gene organizations are dhal-pchC-ORF-pchF-pcaGH for the DNA fragment from 9869, and ORF-dhal-pchC-ORF-pchF for the DNA fragment from 9866.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.