• Journal of Plant Biology
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• 제39권1호
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• pp.57-61
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• 1996

Thermal denaturation, reassociation kinectics 및 핵부피 측정 방법으로 고추 게놈의 염기 조성, kinetic component 및 게놈 크기를 조사하였다. 변성온도(Tm)에 근거한 고추 게놈의 염기 조성은 37% (G＋C)였으며, Cot 커브에 근거한 고추 게놈은 카피수가 10,754, 178 및 1이고 kinetic complexity가 $5.6{\times}10^{3}\;bp,\;1.9{\times}10^{6}\;bp\;및\;1.9{\times}10^{8}\;bp$인 3개의 성분이 게놈의 4.2%, 26% 및 65%를 차지하고 있었다. 이로부터 계산한 고추 게놈의 크기는 $1.25{\times}10^{9}\;bp/C$인데, 이는 핵부피($62.4\;\mu\textrm{m}^3/C$)로부터 계산한 $4.053{\times}10^{9}\;bp/C$의 약 33%에 해당한다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제23권7호
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• pp.905-912
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• 2013

A novel species, Metschnikowia cibodasensis, is proposed to accommodate eight strains (ID03-$0093^T$, ID03-0094, ID03-0095, ID03-0096, ID03-0097, ID03-0098, ID03-0099, and ID03-0109) isolated from flowers of Saurauia pendula, Berberis nepalensis, and Brunfelsia americana in Cibodas Botanical Garden, West Java, Indonesia. The type strain of M. cibodasensis is ID03-$0093^T$ (= NBRC $101693^T$ =UICC $Y-335^T$ = BTCC-$Y25^T$). The common features of M. cibodasensis are a spherical to ellipsoidopedunculate shaped ascus, which contains one or two needle-shaped ascospores, and lyse at maturity. Asci generally develop directly from vegetative cells but sometimes from chlamydospores. The neighbor-joining tree based on the D1/D2 domain of nuclear large subunit (nLSU) ribosomal DNA sequences strongly supports that M. cibodasensis (eight strains) and its closest teleomorphic species, M. reukaufii, are different species by a 100% bootstrap value. The type strain of M. cibodasensis, ID03-$0093^T$, differed from M. reukaufii NBRC $1679^T$ by six nt (five substitutions and one deletion) in their D1/D2 region of nLSU rDNA, and by 18 nt (five deletions, four insertions, and nine substitutions) in their internal transcribed spacer regions of rDNA, respectively. Four strains representative of M. cibodasensis (ID03-$0093^T$, ID03-0095, ID03-0096, and ID03-0099) showed a mol% G+C content of $44.05{\pm}0.25%$, whereas that of M. reukaufii NBRC $1679^T$ was 41.3%. The low value of DNA-DNA homology (5-16%) in four strains of M. cibodasensis and M. reukaufii NBRC $1679^T$ strongly supported that these strains represent a distinct species.

• Biomolecules & Therapeutics
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• 제23권2호
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• pp.180-188
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• 2015

This study investigated the possible effects and molecular mechanisms of diallyl disulfide (DADS) against cyclophosphamide (CP)-induced hemorrhagic cystitis (HC) in rats. Inflammation response was assessed by histopathology and serum cytokines levels. We determined the protein expressions of nuclear transcription factor kappa-B (NF-${\kappa}B$), inducible nitric oxide synthase (iNOS), cyclooxygenase-2 (COX-2), and tumor necrosis factor-${\alpha}$ (TNF-${\alpha}$), oxidative stress, urinary nitrite-nitrate, malondialdehyde (MDA), and 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine (8-OHdG). Finally, we studied the involvement of mitogen-activated protein kinases (MAPKs) signaling in the protective effects of DADS against CP-induced HC. CP treatment caused a HC which was evidenced by an increase in histopathological changes, proinflammatory cytokines levels, urinary nitrite-nitrate level, and the protein expression of NF-${\kappa}B$, COX-2, iNOS, TNF-${\alpha}$, p-c-Jun N-terminal kinase (JNK), and p-extracellular signal regulated kinase (ERK). The significant decreases in glutathione content and glutathione-S-transferase and glutathione reductase activities, and the significant increase in MDA content and urinary MDA and 8-OHdG levels indicated that CP-induced bladder injury was mediated through oxidative DNA damage. In contrast, DADS pretreatment attenuated CP-induced HC, including histopathological lesion, serum cytokines levels, oxidative damage, and urinary oxidative DNA damage. DADS also caused significantly decreased the protein expressions of NF-${\kappa}B$, COX-2, iNOS, TNF-${\alpha}$, p-JNK, and p-ERK. These results indicate that DADS prevents CP-induced HC and that the protective effects of DADS may be due to its ability to regulate proinflammatory cytokines production by inhibition of NF-${\kappa}B$ and MAPKs expressions, and its potent anti-oxidative capability through reduction of oxidative DNA damage in the bladder.

• International Journal of Oral Biology
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• 제39권1호
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• pp.23-33
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• 2014

Several studies have shown that curcumin, which is derived from the rhizomes of turmeric, possesses antimicrobial, antioxidant and anti-inflammatory properties. The antitumor properties of curcumin have also now been demonstrated more recently in different cancers. This study was undertaken to investigate the modulation of cell cycle-related proteins and the mechanisms underlying apoptosis induction by curcumin in the SCC25 human tongue squamous cell carcinoma cell line. Curcumin treatment of the SCC25 cells resulted in a time- and dose-dependent reduction in cell viability and cell growth, and onset of apoptotic cell death. The curcumin-treated SCC25 cells showed several types of apoptotic manifestations, such as nuclear condensation, DNA fragmentation, reduced MMP and proteasome activity, and a decreased DNA content. In addition, the treated SCC25 cells showed a release of cytochrome c into the cytosol, translocation of AIF and DFF40/CAD into the nuclei, a significant shift in the Bax/Bcl-2 ratio, and the activation of caspase-9, caspase-7, caspase-6, caspase-3, PARP, lamin A/C, and DFF45/ICAD. Furthermore, curcumin exposure resulted in a downregulation of G1 cell cycle-related proteins and upregulation of $p27^{KIP1}$. Taken together, our findings demonstrate that curcumin strongly inhibits cell proliferation by modulating the expression of G1 cell cycle-related proteins and inducing apoptosis via proteasomal, mitochondrial, and caspase cascades in SCC25 cells.

• 한국약용작물학회지
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• 제16권1호
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• pp.39-43
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• 2008

The effect of colchicine treatment on the agronomic performance and polyploid formation of Bupleurum falcatum using flow cytometry technique was investigated. The roots of 4-leaf stage plants were treated with colchicine (0.5%) for 3, 6, 12, and 24 hours and then transplanted in the field. Agronomic characters (survival rate, plant height, chlorophyll content, bolting rate) were recorded at 4 weeks and 6 months after transplanting while flow cytometry technique was conducted for determination of polyploid formation. Flow cytometry technique revealed polyploid nuclear DNA formation in colchicine treated plants. The highest number of polyploids was obtained at the shortest colchicine treatment time indicating an inverse relationship between colchicine treatment time and polyploid formation. Results also showed that survival and bolting rates were inversely related with the treatment time while plant height and chlorophyll were not significantly affected by the treatment. This study showed a convenient method for determination of colchicine-induced polyploid in B. falcatum and its superior agronomic performance at shorter treatment time.

• 농업과학연구
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• 제50권2호
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• pp.193-206
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• 2023

Orchidaceae species account for one-tenth of all angiosperms including more than 30,000 species having significant ecological, evolutionary, and economic importance. Despite Orchidaceae being one of the largest families among flowering plants, crucial cytogenetic information for studying species diversification, inferring phylogenetic relationships, and designing efficient breeding strategies is lacking, except for 10% or less of orchid species cases involving mostly chromosome number or karyotype analysis. Also, only approximately 1.5% of the identified orchid species from less than a hundred genera have genome size data that provide crucial information for breeders and molecular geneticists. Various molecular cytogenetic techniques, such as fluorescence in situ hybridization (FISH) and genomic in situ hybridization (GISH), have been developed for determining ploidy levels, analyzing karyotypes, and evaluating hybridity, in several ornamental crops including orchids. The estimation of genome size and the determination of nuclear DNA content using flow cytometry have also been employed in some Orchidaceae subfamilies. These different techniques have played an important role in supplementing beneficial knowledge for effective plant breeding programs and other related plant research. This review focused on orchid breeding summarizes the status of current cytogenetic tools in terms of background, advancements, different techniques, significant findings, and research challenges. Principal roles and applications of cytogenetics in orchid breeding as well as different ploidy level determination methods crucial for breeding are also discussed.

• 한국자원식물학회지
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• 제19권1호
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• pp.54-58
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• 2006

한국, 중국, 러시아에서 자생하고 있는 가시오갈피에 대한 유전적 유연관계를 파악하기 위해 ITS (internal transcribed spacer)의 염기서열을 분석하였다. Universal primer를 사용하여 PCR로 증폭시킨 후 염기서열을 결정한 결과 ITS의 길이는 162 bp의 5.8S rRNA 유전자를 포함하여 한국산과 중국산은 608 bp 그리고 러시아산은 611 bp로 나타났다. ITS영역의 G+C 함량은 한국산과 중국산이 60.20%이고 러시아산이 60.06%였다. 한국산과 중국산의 ITS영역은 100% 동일하였으며, 러시아산은 한국산과 비교했을 때 3 bp의 염기삽입과 2 bp의 염기치환이 존재하여 99.2%의 상동성을 나타내었다. 따라서 한국산 가시오갈피는 러시아산보다 중국산과 유전적 유연관계가 더 가까운 것으로 추정된다. 또한 동일 속내에서는 오갈피나무보다는 음나무와 ITS 염기서열이 유사한 것으로 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제26권3호
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• pp.188-196
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• 1988

유당함유 울질로부터 알코올을 생산하기 위해 Saccharomyces cerevisiae X 2180-1 A, Candida pseudotropicalis ATCC 8619와 CBS 607 사이에 속간 및 종내 원형질체 융합을 시도하였다. S. cerevisiae X2180-1A(ade rho)와 C. pseudotropicalis CBS 607 (his met)간의 속간 융합율은 $1.0\times 10^{-5}$ C. pseudotropicalis ATCC 8619와 CBS 607 사이의 종내 융합율은 $3.9\times 10^{-6}$ - $1.0\times 10^{-4}$ 이었다. 이는 bovme serum albumin, myoinositol 그리고 ergosterol을 처리하지 않고 얻어진 원형질체 융합율과 비교해서 약 2-3.5배의 증가를 보여 이들 화합물이 속간 및 종내 융합을 증진시킨 것으로 사료된다. DNA 함량, 핵염색, UV 조사에 따른 생존력 비교 그리고 형질분리 후 교잡형 출현 등을 통해서 속간 (S. cerevisiae와 C. pseudotropicalis)과 종내 ( C psemdotropica/is strains) 융합체에서 핵융합이 일어난 것을 알 수 있었다. 또한 양친형과 비교해서 알코올 생성능이 증가된 종내 융합체를 얻었다.

• Journal of Oral Medicine and Pain
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• 제38권3호
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• pp.221-233
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• 2013

담즙산은 지방의 흡수와 콜레스테롤의 항상성을 조절하는 유전자의 전사에 관여하는 필수 콜레스테롤의 생성물이다. 담즙산 합성유도체인 HS-1200이 여러 가지 암세포에서 세포자멸사(apoptosis)를 유도한다는 것이 알려져 있다. 본 연구는 사람혀 편평세포암종세포(SCC25 cells)에서 담즙산 합성유도체인 HS-1200과 대표적인 항암제인 cisplatin의 병용처리 후 세포자멸사 증가효과가 있는지 알아보기 위해 수행하였다. HS-1200과 cisplatin의 병용처리가 단독처리에 비해서 효과적인 세포생존율 감소가 있는지 확인하기 위해서 MTT법을 시행하였고, 세포자멸사의 유도와 증가를 알기 위해서는 DNA 전기영동법, Hoechst 염색법, DNA hypoploidy법 을 사용하였다. 그리고 세포자멸사에 관계하는 단백질의 발현 변화와 세포내에서의 이동을 밝혀내기 위해서 Western blot 분석과 면역형광 염색법을 수행하였다. 더 나아가서 proteasome 활성도와 사립체막 전위 변화를 측정하였다. 본 연구에서는 HS-1200과 cisplatin을 병용처리한 SCC25 세포에서 핵의 농축, DNA분절, MMP와 proteasome 활성도의 감소, Bax의 증가와 Bcl-2의 감소, DNA양의 감소, cytochrome c의 세포질로의 유리, AIF와 DFF40(CAD)의 핵으로의 이동, caspase-9, caspase-7, caspase-3, PARP 그리고 DFF45(ICAD)의 활성화와 같은 다양한 세포자멸사 증거를 보였다. 반면에 상기 물질들에 단독처리 된 SCC25 세포에서는 세포자멸사 현상이 거의 없었다. 24시간 동안 $25{\mu}M$의 HS-1200, $4{\mu}g/ml$의 cisplatin 을 각기 단독처리 한 결과에서는 세포자멸사를 거의 유도하지 못했으나, 병용처리한 결과에는 아주 탁월하고 명확한 세포자멸사의 유도를 보였다. 그러므로 본 실험결과는 HS-1200과 cisplatin 의 병용요법이 사람구강편평세포암종 환자를 위해 새로운 치료전략으로서의 가능성을 보여준다고 생각한다.

• 한국양식학회지
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• 제20권2호
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• pp.140-143
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• 2007

우리나라 고유 담수 어종인 쉬리(Coreoleuciscus splendidus; Cyprinidae)를 대상으로 세포크기, 염색체 수 분석, 핵형 분석, 세포당 DNA 함량 조사 등 세포유전학적 연구를 실시하였다. 쉬리 암,수의 염색체 modal number는 모두 2n = 48로 나타났으나 암,수간 형태가 다른 성염색체(sex chromosome)가 관찰되었다. 쉬리 암컷은 10쌍의 중부염색체, 6쌍의 차중부염색체, 8쌍의 차단부염색체 그리고 XX 염색체로 나타났고, 반면 수컷은 10쌍의 중부, 6쌍의 차중부 및 8쌍의 차단부염색체와 함께 XY 성염색체를 나타냄으로써 전형적인 XX-XY의 성 결정 기작(sex determination mechanism)을 갖는 것으로 나타났다. 또한 쉬리는 1쌍의 Ag-NOR을 차단부 상동염색체에 갖고 있었고, 쉬리의 세포당 평균 DNA 함량은 flow cytometry 분석을 통해 2.4 pg/cell로 나타났다. 적혈구 세포 크기를 분석을 통해 핵 용적을 평가한 결과 암수 모두 $28\;{\mu}m^3$를 나타내었다. 본 세포유전학적 분석 결과를 통해 본 어종은 진화과정 중 여러 잉어과 어류에서 관찰되는 배수성에 의한 진화 보다는 유전자 재조합 등 점 돌연변이가 진화가 기본 기작이었을 것으로 판단된다.