• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권14호
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• pp.5815-5818
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• 2014

For an exact comparison of mRNA transcription in different samples or tissues with real time quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (qRT-PCR), it is crucial to select a suitable internal reference gene. Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) and beta-actin (ACTB) have been frequently considered as house-keeping genes to normalize for changes in specific gene expression. However, it has been reported that these genes are unsuitable references in some cases, because their transcription is significantly variable under particular experimental conditions and among tissues. The present study was aimed to investigate which reference genes are most suitable for the study of gastric cancer tissues using qRT-PCR. 50 pairs of gastric cancer and corresponding peritumoral tissues were obtained from patients with gastric cancer. Absolute qRT-PCR was employed to detect the expression of GAPDH, ACTB, RPII and 18sRNA in the gastric cancer samples. Comparing gastric cancer with corresponding peritumoral tissues, GAPDH, ACTB and RPII were obviously upregulated 6.49, 5.0 and 3.68 fold, respectively. Yet 18sRNA had no obvious expression change in gastric cancer tissues and the corresponding peritumoral tissues. The expression of GAPDH, ${\beta}$-actin, RPII and 18sRNA showed no obvious changes in normal gastric epithelial cells compared with gastric cancer cell lines. The carcinoembryonic antigen (CEA), a widely used clinical tumor marker, was used as a validation gene. Only when 18sRNA was used as the normalizing gene was CEA obviously elevated in gastric cancer tissues compared with peritumoral tissues. Our data show that 18sRNA is stably expressed in gastric cancer samples and corresponding peritumoral tissues. These observations confirm that there is no universal reference gene and underline the importance of specific optimization of potential reference genes for any experimental condition.

• 한국방사선학회논문지
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• 제13권1호
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• pp.111-118
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• 2019

흉부 디지털 단층영상합성장치는 기존 DR의 낮은 깊이 해상도, CT의 높은 피폭선량 문제를 해결할 수 있는 획기적인 영상장치로 대두되고 있다. 그러나 제한된 스캔 각도로 인해 프로젝션이 X 선 소스 동작 방향으로 흉부를 완전히 포함 할 수 없어 재구성 된 슬라이스의 위, 아래 방향 경계를 따라 강도의 불연속성이 발생하게 되는데 이러한 현상을 잘림 아티팩트 (Truncation artifact)라고 한다. 이 연구의 목적은 가중 정규화 접근법을 사용하여 잘림 아티팩트를 줄이고 리스템에서 개발한 프로토 타입 흉부 디지털 단층영상합성장치 시스템에 대한 이 접근법의 성능을 평가하는 것이다. 이 시스템의 source-to-image distance는 1100 mm 이고 X 선원의 회전 중심은 검출기 표면에서 100mm 위로 설정되었다. LUNGMAN 팬텀을 사용하여 ${\pm}20^{\circ}$의 투영 뷰를 $1^{\circ}$ 간격으로 41장을 얻은 후, filtered back projection 알고리즘으로 재구성했다. 정량적 평가를 위하여 시뮬레이션을 이용하여 기준영상을 재구성 후 peak signal to noise ratio와 structure similarity index 값을 평가하였으며 실제 실험 데이터를 이용하여 mean value of specific direction 값을 평가하였다. 시뮬레이션 결과로 아티팩트 보정 전 일반적인 filtered back projection 알고리즘으로 재구성 한 영상과 비교하여 peak signal to noise ratio값과 structure similarity index값 모두 각각 증가하였으며, 실제 실험 재구성 영상의 mean value of specific direction 결과는 아티팩트의 영향이 감소됨을 확인할 수 있었다. 결론적으로, 가중 정규화 방법은 잘림 아티팩트를 줄임으로써 진단의 어려움을 발생시키는 가능성을 개선시킬 수 있는 방법으로 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제27권4호
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• pp.471-478
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• 2014

Investigating gene expression of immune cells of whole blood or peripheral blood mononuclear cells (PBMC) under polyinosinic:polycytidylic acid (poly I:C) stimulation is valuable for understanding the immune response of organism to RNA viruses. Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) is a standard method for quantification of gene expression studies. However, the reliability of qRT-PCR data critically depends on proper selection of reference genes. In the study, using two different analysis programs, geNorm and NormFinder, we systematically evaluated the gene expression stability of six candidate reference genes (GAPDH, ACTB, B2M, RPL4, TBP, and PPIA) in samples of whole blood and PBMC with or without poly I:C stimulation. Generally, the six candidate genes performed a similar trend of expression stability in the samples of whole blood and PBMC, but more stably expressed in whole blood than in PBMC. geNorm ranked B2M and PPIA as the best combination for gene expression normalization, while according to NormFinder, TBP was ranked as the most stable reference gene, followed by B2M and PPIA. Comprehensively considering the results from the two programs, we recommended using the geometric mean of the three genes, TBP, PPIA and B2M, to normalize the gene expression of whole blood and PBMC with poly I:C stimulation. Our study is the first detailed survey of the gene expression stability in whole blood and PBMC with or without poly I:C stimulation and should be helpful for investigating the molecular mechanism involved in porcine whole blood and PBMC in response to poly I:C stimulation.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제21권8호
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• pp.417-428
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• 2020

하우스키핑 유전자는 에너지생성, 물질합성, 세포사멸 및 세포방어 등과 같은 세포의 기본적인 기능을 수행하기 때문에 모든 유기체의 세포에서 발현된다. 세포의 기본적인 기능을 유지하기 때문에 발현 수준이 상대적으로 일정하여 단백질 발현 및 목적 유전자의 mRNA 발현 분석 등과 같은 유전자 발현 연구에서 기준 유전자로 사용되고 있다. 그러나 이들 유전자의 발현 수준은 조직과 세포마다 다를 수 있으며, 특정 환경 하에서 변할 수 있다. 그러므로 하우스키핑 유전자의 발현 안정성을 탐색하여 유전자 발현 연구에서 최적의 기준 유전자를 선택하는 것이 중요하다. 이 리뷰는 문헌을 통해 인간, 닭, 돼지 그리고 쥐에서 발견된 하우스키핑 유전자를 요약하고, geNorm, NormFinder 그리고 BestKeeper 소프트웨어를 통해 발현 안정성을 추정하였다. 하우스키핑 유전자의 발현 안정성에 대한 탐색은 유전자 발현 연구에서 실험 조건에 따라 가장 적합한 기준 유전자를 선별할 수 있고, 데이터의 정규화를 위해 적용될 수 있다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제17권12호
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• pp.5229-5235
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• 2016

Prostate cancer (PCa) remains one of the most widespread and perplexing of all human malignancies. Assessment of gene expression is thought to have an important impact on cancer diagnosis, prognosis and therapeutic decisions. In this context, we explored combined expression of PCa related target genes AMACR and PCA3 in 126 formalin fixed paraffin embedded prostate tissues (FFPE) from Moroccan patients, using quantitative real time reverse transcription-PCR (RT-qPCR). This quantification required data normalization accomplished using stably expressed reference genes (RGs). A panel of twelve RG was assessed, data being analyzed using GenEx V6 based on geNorm, NormFinder and statistical methods. Accordingly, the hnRNP A1 gene was identified and selected as the most stably expressed RG for reliable and accurate gene expression quantification in prostate tissues. The ratios of both PCA3 and AMACR gene expression relative to that of the hnRNP A1 gene were calculated and the performance of each target gene for PCa diagnosis was evaluated using receiver-operating characteristics. PCA3 and AMACR mRNA quantification based on RT-qPCR may prove useful in PCa diagnosis. Of particular interesting, combining PCA3 and AMACR quantification improved PCa prediction by increasing sensitivity with retention of good specificity.

• The Plant Pathology Journal
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• 제38권4호
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• pp.287-295
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• 2022

Citrus tristeza virus (CTV) is efficiently transmitted in a semi-persistent manner by the brown citrus aphid (Toxoptera citricida (Kirkaldy)). Currently, the most sensitive method for detecting plant viruses in insect vectors is reverse-transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). In this study, the elongation factor-1 alpha (EF-1α) gene and acidic p0 ribosomal protein (RPAP0) gene were confirmed to be suitable reference genes for RT-qPCR normalization in viruliferous T. citricida aphids using the geNorm, NormFinder, and BestKeeper tools. Then the relative CTV titer in aphids (T. citricida) at different post-acquisition feeding times on healthy plants was quantified by RT-qPCR using EF-1α and RPAP0 as reference genes. The relative CTV titer retained in the aphids gradually decreased with increasing feeding time. During the first 0.5 h of feeding time on healthy plants, the remaining CTV titer in aphids showed about 80% rapid loss for the highly transmissible isolate CT11A and 40% loss for the poorly transmissible isolate CTLJ. The relative CTV titer in aphids during more than 12 h post-acquisition times for CT11A was significantly lower than at the other feeding times, which is similar to the trend found for CTLJ. To our knowledge, this is the first report about the relative titer variation of CTV remaining in T. citricida at different post-acquisition feeding times on healthy plants.

• 핵의학기술
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• 제17권1호
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• pp.11-17
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• 2013

고형암의 치료반응 평가 기준을 제시한 PERCIST에서는 제지방체중으로 표준화한 표준화 섭취계수 즉, SUL을 사용하도록 권고하고 있다. 이 연구에서는 전신 CT에서 측정된 제지방체중을 이용해 SUV를 표준화하여 얻은 SUL의 새로운 측정법을 제시하고 관찰자 사이 및 관찰자 내 재현성 여부를 평가하였다. 52명의 대상에서 전신 CT를 포함한 PET/CT를 시행하였고 -140~-30HU를 가지는 지방조직의 용적을 정확히 측정할 수 있었다. 이를 이용하여 개별 환자에서의 제지방체중을 계산하였고, 이를 이용해 SUV를 표준화하여 SUL을 측정하였다. 정상 참고 장기인 간, 복부 대동맥, 비장에 각각 지름 3 cm의 구형 VOI, $1{\times}2cm$의 원통형 VOI, 그리고 지름 2 cm의 구형 VOI를 그렸다. 경험 있는 두 명의 관찰자가 각 장기의 VOI에서 $SUL_{max}$와 $SUL_{mean}$ 을 측정하였다. 관찰자 1이 2주 간격으로 이전 측정결과를 알지 못하는 상태에서 반복 측정하였고 같은 방법으로 관찰자 2가 동일 환자에서 SUL을 측정하였다. 재현성을 평가하기 위해서 대응표본 t-test를 시행하고 Pearson의 상관계수 (CC)를 계산하였고, 측정오차를 알아보기 위해 TEM을 계산하였다. 관찰자 사이 재현성 즉, 관찰자 1과 관찰자 2가 측정한 간, 복부 대동맥, 비장의 $SUL_{max}$ 사이에는 통계적으로 유의한 차이가 없었고 이는 $SUL_{mean}$에서도 마찬가지였다. 관찰자 내 재현성 즉, 간에서 관찰자 1이 2주 간격으로 두 번 측정한 SUL 측정치 사이에도 통계적으로 유의한 차이가 없었다. 이 연구는 정상 참고 장기에서 SUL 측정이 매우 재현성이 있음을 보여준다. $SUL_{mean}$ 측정의 재현성이 $SUL_{max}$보다 약간 우수하였으며 SUL 측정치는 체중 의존성이 개선되었다. 전신 CT를 시행하여 측정한 제지방체중으로 표준화한 SUL의 새로운 측정법은 향후 여러 연구에서 유용하게 이용될 것으로 기대된다.

• 한국추진공학회지
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• 제8권2호
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• pp.32-38
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• 2004

추진제 주입압력 350 psi (2.41 Mpa) 에서 0.95 lbf (4.2 N) 의 정상상태 공칭추력을 내는 단일액체추진제 하이드라진 로켓엔진(추력기)의 성능검증 프로그램을 통하여 얻어진 연소시험 결과를 분석한다. 성능특성은 정상상태 연소모우드에서 추진제 주입압력 변이(400~50 psi)에 따른 추력 및 온도거동 등으로 검토되며, 추력 및 비추력 성능은 1 lbf급 표준형 로켓엔진의 기준 추력선도 상에서 비교되고 몇몇 특정 압력에서 규준화된다. 데이터 계측 및 자료변환에 대한 실제적인 공학적 접근법도 소개된다.

• 대한기계학회논문집B
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• 제21권12호
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• pp.1710-1719
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• 1997

An approximate analytical solution for the initial transient process of close-contact melting occurring between a phase change material kept at its melting temperature and an isothermally heated flat surface is derived. The model is so developed that it can cover both rectangular and circular cross-sectional solid blocks. Normalization of simplified model equations in reference to the steady solution enables the solution to be expressed in a generalized form depending on the liquid-to-solid density ratio only. A selected result shows an excellent agreement with the previously reported numerical data, which justifies the present approach. The solution appears to be capable of describing all the fundamental characteristics of the transient process. In particular, dependence of the solid descending velocity oft the density ratio at the early stage of melting is successfully resolved. The effects of other parameters except the density ratio on the transient behaviors are efficiently represented via the steady solution implied in the normalized result. A simple approximate method for estimating the effect of convection on heat transfer across the liquid film is also proposed.

• 한방재활의학과학회지
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• 제26권1호
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• pp.63-77
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• 2016

Objectives The objective of this study is to interpretate Yangsaeng-Doinbub presented in [Jebyungwonhuron Huhrobyungjehu] in a modern kinesiologic approach. Methods Based on the interpretation of [Jebyungwonhuron Huhrobyungjehu] and implementation of its kinesiology, this study presents similar kinesiologies and their purposed, with the reference to various documents on modern kinesiology. Results 1) Exercises in Yangsaeng-Doinbub presented in [Jebyungwonhuron Huhrobyungjehu], which are similar to resistance exercise, can be used for isometric exercise of knee joint extensor and cervical extensor. 2) Exercises in Yangsaeng-Doinbub presented in [Jebyungwonhuron Huhrobyungjehu], which are similar to stretching exercise, has its purpose to stretch semitendinosus m., semimembranous m., gastrocnemius m., quadriceps femoris m., upper trapezius m., levator scapulae m., serratus m., and splenius capitis m. 3) Exercises in Yangsaeng-Doinbub presented in [Jebyungwonhuron Huhrobyungjehu], which are similar to active exercise, can be used for strengthen quadriceps femoris m.. 4) Yangsaeng-Doinibub also describes breathing methods, which help normalization of breathing exercised and increase the efficiency of spine and joint exercises. Conclusions The modern interpretation on kinesiology of Yangsaeng-Doinbub presented in [Jebyungwonhuron Huhrobyungjehu] leads to a conclusion that Yangsaeng-Doinbub consists of various exercises for knee joint, neck and upper extremity.