• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제57권5호
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• pp.481-487
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• 2019

Mitochondrial DNA sequence variability of Spirometra erinaceieuropaei in GenBank was observed by reinvestigation of mitochondrial cox1 and cytb sequences. The DNA sequences were analyzed in this study, comprising complete DNA sequences of cox1 (n=239) and cytb (n=213) genes. The 10 complete mitochondrial DNA sequences of Spirometra species were compared with those of Korea, China and Japan. The sequences were analyzed for nucleotide composition, conserved sites, variable sites, singleton sites and parsimony-informative sites. Phylogenetic analyses was done using neighbor joining, maximum parsimony, Bayesian inference and maximum-likelihood on cox1 and cytb sequences of Spirometra species. These polymorphic sites identified 148 (cox1) and 83 (cytb) haplotypes within 239 and 213 isolates from 3 Asian countries. Phylogenetic tree topologies were presented high-level confidence values for the 2 major branches of 2 Spirometra species containing S. erinaceieuropaei and S. decipiens, and S. decipiens sub-clades including all sequences registered as S. erinaceieuropaei in cox1 and cytb genes. These results indicated that mitochondrial haplotypes of S. erinaceieuropaei and S. decipiens were found in the 3 Asian countries.

• 생명과학회지
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• 제22권3호
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• pp.293-297
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• 2012

분자 운동 단백질은 신경세포 내의 세포체에서 특정 목적지까지 소포를 이동시키는데 관여한다. 오징어의 거대 축삭은 간단한 제거조작으로 축삭을 분리 가능하기 때문에 신경세포내 물질이동기전 연구의 좋은 모텔로 활용 가능하다. 이전연구에서 오징어 거대축삭의 소포들은 미세소관을 따라 이동하는 키네신 항체에 의하여 운반됨이 확인되었다. 본 연구는 오징어 뇌에 존재하는 키네신들을 크로닝하고, 분리된 유전자의 분석을 행하기 위하여 키네신 운동 도메인에서 잘 보존된 아미노산 배열에 해당되는 영역에 DNA primer을 이용하여 새로운 6종류의 키네신을 분리하였다. 오징어의 키네신들과 생쥐의 키네신들의 motor 영역의 아미노산분석에서 보존된 영역이 존재하며, Maximum Parsimony (MP) 방법, Neighbor-Joining (NJ) 방법, Minimum Evolution (ME) 방법, 그리고 Maximum likelihood (ML) 방법을 기초로 한 계통분석에서 생쥐의 키네신과 높은 상동성을 나타내었으며, 또한 계통수에서도 높은 상관관계가 확인되었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제25권1호
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• pp.96-104
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• 2012

한국산 담배풀속(Carpesium L.) 7분류군과 3개의 외군(Inula britannica L., Inula germanica L., Rhanteriopsis lannginosa(DC.) Rauschert)을 대상으로 유연관계를 파악하기 위하여 nuclear ribosomal DNA(nrDNA) 중 ITS(internal transcribed spacer) 지역의 계통분류학적 분석을 수행하였다. 계통분류학적 연구방법은 maximum parsimony, neighbor-joining와 maximum likelihood 방법을 사용하였다. 정렬된 계통분의 총 길이는 731 bp이며, ITS1, ITS2와 5.8S 부위의 길이는 각각 284~297 bp, 264~266 bp와 164 bp로 나타났다. 계통분류학 변이를 보이는 site는 111개로 확인 되었으며, 그 중 64개의 site가 계통학적으로 유효한 것으로 나타났고, ITS1 지역이 ITS2 지역보다 염기 변이가 다양하게 나타나는 것으로 확인되었다. 그 결과, 한국산 담배풀속은 단계통을 형성하였으며, 담배풀(C. abrotanoides L.)이 가장 기저부에 위치하였다. 여우오줌(C. macrocephalum Franch. & Sav.)와 두메담배풀(C. triste Maxim.)은 가까운 유연관계를 나타냈으며, 애기담배풀(C. rosulatum Miq.)와 천일담배풀(C. glossophyllum Maxim.) 그리고 좀담배풀(C. cernuum L.)와 긴담배풀(C. divaricatum Siebold & Zucc.)도 유연관계가 가깝게 나타났다. 이와 같은 결과로 담배풀속 nrDNA의 ITS 지역 염기서열에 기초한 분자 계통학적 연구는 계통분류를 이해하는데 유용한 방법으로 판단된다.

• 한국수산과학회지
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• 제37권5호
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• pp.414-422
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• 2004

To infer phylogenetic relationships among Epinephelus species inhabiting coastal regions of Korean peninsula, mitochondrial cytochrome b genes from 9 species belonging to the subfamily Epinephelinae were PCR-amplified, cloned and sequenced. Aligned cytochrome b sequences of 10 species containing one additional sequence from GenBank were 1,140 base pairs in length, including 439 variable and 330 parsimony informative sites. The cytochrome b genes of 10 species, as other vertebrates studied to date, exhibit unequal base compositions: an entirely low G content ($15.2{\pm}0.3{\%}$on average) and almost equal T, C and A contents ($29.3{\pm}0.8{\%},\;30.7{\pm}1.0{\%},\;and\;24.8{\pm}0.5{\%}$ on average, respectively).In third codon positions, transitional substitutions especially between Epinephelus species and outgroup species are almost certainly saturated or near saturation. Phylogenetic analyses were performed with sequence data from 8 Epinephelus species and 2 outgroup species (Cephalopholis urodela and Vaviola louti) by using distance-based (neighbor-joining and minimum evolution) and parsimony-based (maximum parsimony) methods. The results showed that the monophyly of the genus Epinephelus was supported by relatively high bootstrap values. However, phylogenetic relationships among E. areolatus, E. moara, E. septemfasciatus, and Epinephelus sp were poorly resolved. Within the genus Epinephelus, three resolved monophyletic groups were found: clade 1 included E. akaara and E. awoara;, clade 2 included E. fasciatus and E. merra; and clade 3 included E. akaara, E. awoara, E. fasciatus, E. merra, E. areolatus, E. moara, E. septemfasciatus and Epinephelus Sp.

• 한국패류학회지
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• 제21권2호
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• pp.147-161
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• 2005

백합 상과의 계통분류학적 유연관계를 알아보기 위하여 14 종의 이치 아강 이매패류와 3 종의 익형 아강 패류를 대상으로 28S rRNA의 일부 염기서열을 분석한 뒤 GenBank에 등록된 관련 종들의 염기서열을 취득하여 PAUP 프로그램을 이용하여 최대 절약분석을 실시한 결과 다음과 같은 결과를 얻었다. 분석된 1,480 개의 형질 (gap 포함) 중 560 개의 형질이 parsimony 결과 informative하였다. 하나의 가장 절약적인 분지도를 구했을 경우 전체 분지의 길이는 2765였고 consistency index (Cl) = 0.4843, homoplasy index (Hl) = 0.5157, Retention index (Rl) = 0.6291 로 나타났다. 동일 종 표본, Corbicula fluminea와 Sinonovacula constricts의 경우 각각 3.1%, 1.2%의 차이를 보였다. Pitarinae-Cyclininae-Meretrinae가 하나의 분지를 이루고 있었고, Samaranginae-Chioninae-Dorsininae가 다른 하나의 분지를 이루고 있었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제24권4호
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• pp.358-369
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• 2011

괭이눈속 식물에 대한 계통 유연관계를 알아보기 위하여 핵 rDNA의 internal transcribed spacer(ITS) 지역에 대한 염기서열을 분석하였다. 5.8s를 포함한 ITS 염기서열은 647-653 bp로 그중 219개의 염기에서 유전적 다양성을 나타내었다. 정렬된 염기서열은 bootstrap을 포함한 parsimony 방법과 neighbor-joining 방법을 통하여 계통수를 평가하였다. 그 결과 C. pseudofauriei(선괭이눈)이 군내군의 가장 기부에 분계조를 형성하였고, Ser. Pilosa and Ser. Oppositifolia와 Ser. Alternifolia and Ser. Flagellifera가 높은 bootstrap 값으로 두 개의 분계조를 각각 형성하였다. Neighbor-joining 분석의 결과도 일치하였다. 본 연구결과 핵 rDNA의 ITS 염기서열 분석은 괭이눈속의 계통학적 연구에 유용한 마커로 확인되었으며, 최종적으로 ITS 염기서열과 종자 형태형질을 바탕으로 C. sphaerospermum Maxim. and C. valdepilosum (Ohwi) S.H. Kang & J.W. Han에 대한 분류학적 검토를 하였다.

• Animal cells and systems
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• 제6권1호
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• pp.13-18
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• 2002

Phylogenetic relationships of Korean Acidiella species were tested using mitochondrial 16S ribosomal RNA gene sequences. We used 16 published sequences as outgroup, and 10 new sequences for nine Korean Acidiella species as ingroup. The number of aligned sites was 1,281 bp, but 1,135 bp were used for the analysis after excluding sites with missing data or gaps. Among these 1,135 sites, 464 sites were variable and 340 were informative for parsimony analysis. Phylogenetic information was extracted from this data set using neighbor-joining, maximum likelihood and maximum parsimony methods and compared to a morphology-based phylogenetic hypothesis. Our molecular data suggest that: (1) the tribe Trypetini appears to be monophyletic even when the nine additional Acidiella species are added to our previous phylogenetic analysis; (2) all the Korean Acidiella species belong to the Trypeta group, but the genus Acidiella is not supported as monophyletic; (3) the close relationship of A. circumvaga, A. issikii, and A. sapporensis is supported; (4) the close relationship of A. pachypogon and two additional new Acidiella species is strongly supported; and (5) the possible presence of two or more cryptic species among the specimens previously identified as A. obscuripennis is suggested. Sequence data from the mitochondrial 16S rDNA allowed us to better understand the systematic status of Korean Acidiella species. They indicated that the current concept about the genus Acidiella is insufficient and needs to be refined further. This study also showed a few interesting relationships, that had not been recognized by morphological study alone. Based on this study, we were able to plan further experiments to analyze relationships within the Trypeta Group.

• 한국패류학회지
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• 제20권2호
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• pp.171-181
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• 2004

백합 과 (family Veneridae) 패류, Saxidomus purpuratus (개조개), Meretrix lusoria (백합), Meretrix petechialis (말백합), Pitar sulfureum (쇠백합), Ruditapes philippinarum (바지락), Ruditapes variegata (애기바지락), Gomphina aequilatera (대복), Cyclina sinensis (가무락), Dosinella corrugata (주름떡조개) 등 9종과 outgroup으로 Corbicula fluminea (재첩) 를 이용하여 primer로 017 (5'-GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3'), 018 (5'-TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3') 를 사용하여 부분적인 mitochondrial cytochrome oxidaxe subunit Ⅰ 유전자에 대한 염기서열을 얻었다. 이밖에도 GenBank에 보고된 Meretrix lamarki, Ruditapes philippinarum, Mercenaria mercenaria 등 3 종에 대한 mCOI 염기서열을 얻어서 maximum parsimony와 neighbor-joining방법으로 분석을 시행하였다. samarangiinae에 속한 3종의 패류 (Ruditapes philippinarum, Ruditapes variegata, Gomphina aequilatera)는 단계통을 보였다. Meretrix lusoria와 M. petechialis는 동일 조상을 갖고 있었으며 Pitarinae에 속한 Saxidomus purpuratus와 CYclinae에 속한 Cyclina sinensis와 동일 조상을 갖는 종들로 나타났다. Pitarinae의 Pitar sulfureum 과 Saxidomus purpuratus는 각기 다른 분지를 이루고 있었다.

• 생명과학회지
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• 제14권4호
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• pp.593-607
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• 2004

유해성 적조생물 Cochlodinium polykrikoides/Gyrodinium aurelum을 포함한 43 종류의 와편조류를 대상으로 SSU 부위 유전자를 분석했다. 유전자 염기서열에 의거한 상호 계통수는 parisomny, distance, maxium 방법으로 실행했다. Noctilura scintillans, Gonyaulax spinifera와 Crythecodinium cohnii 종들은 와편모조류 중 가장 유전적으로 먼 것으로 보였다. Alexandrium과 Symbiodinium 종간의 bootstrap는 70% 이상의 상호 단일 계통도를 보인 반면에, Gymnodinium과 Gyrodinium은 근립절약계수와 최대 유사도 방법에서 다형 계통도를 나타내었다. Gyroddinium aurelum과 G. dorsum/G. galathenum의 유전적 분화율은 7.4% (45 bp) 였고, G. aurelum과 G. mikimotoi 상호간에는 0.9% (5bp) 밖에 나타나지 않았다. 또한 C. polykrikoides와 G. aurelum도 5.2% (31bp)로 낮은 유전적 분화율을 보였다. 계통도를 분석한 결과 G. aureolum과 C. polykrikoides는 Gyrodinium 보다 Gymnodinim 속에 훨씬 더 근접하게 나타났다.

• 식물분류학회지
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• 제39권2호
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• pp.89-99
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• 2009

한국산 꿩의다리속 식물의 계통 및 유연관계를 밝히기 위해 39개의 형태 형질을 바탕으로 Maximum parsimony와 Neighbor-joining을 분석하였다. 식물재료는 한국 고유종을 포함해 내군 21분류군과 외군 1분류군이 사용되었다. 좀꿩의다리절과 금꿩의다리절은 각각 100% 부트츠랩 값과 83% 부트츠랩 값으로 단계통군을 형성하였고, 금꿩의다리절은 좀꿩의다리절의 자매군으로 나타났다. 꽃꿩의다리절과 산꿩의다리절은 측계통군을 형성하였다. 그늘꿩의다리를 제외한 산꿩의다리절은 방사상분지로 나타났다. 꿩의다리절과 발톱꿩의다리절은 각각 독립적인 분계군를 형성하였다. 꿩의다리속 식물에서 주요한 형질인 수술의 모양은 곤봉형이 가장 원시적이며, 원시적인 곤봉형에서 봉형, 그리고 실형으로 파생되는 것으로 나타났다. 수술의 형태는 수분방법(충매, 풍매), 개화시 꽃받침의 존재유무 등 꿩의다리속 식물의 꽃 진화에도 관련되어 있다고 판단된다.