• 제목/요약/키워드: markov models

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A Short Report on the Markov Property of DNA Sequences on 200-bp Genomic Units of Roadmap Genomics ChromHMM Annotations: A Computational Perspective

  • Park, Hyun-Seok
    • Genomics & Informatics
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    • 제16권4호
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    • pp.27.1-27.6
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    • 2018
  • The non-coding DNA in eukaryotic genomes encodes a language that programs chromatin accessibility, transcription factor binding, and various other activities. The objective of this study was to determine the effect of the primary DNA sequence on the epigenomic landscape across a 200-base pair of genomic units by integrating 127 publicly available ChromHMM BED files from the Roadmap Genomics project. Nucleotide frequency profiles of 127 chromatin annotations stratified by chromatin variability were analyzed and integrative hidden Markov models were built to detect Markov properties of chromatin regions. Our aim was to identify the relationship between DNA sequence units and their chromatin variability based on integrated ChromHMM datasets of different cell and tissue types.

2단계 은닉 마코프 모델을 이용한 논문 모집 공고의 자동 요약 (An Automatic Summarization of Call-For-Paper Documents Using a 2-Phase hidden Markov Model)

  • 김정현;박성배;이상조;박세영
    • 한국지능시스템학회논문지
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    • 제18권2호
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    • pp.243-250
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    • 2008
  • 본 논문에서는 은닉 마코프 모델을 이용하여 논문 모집 공고에서 정보를 추출하는 시스템을 제안한다. 논문 모집 공고는 완전히 정형화된 형식을 가지지는 않지만, 내용의 출현 순서에 따른 흐름이 어느 정도 존재한다. 따라서 순차적인 데이터를 해석하는데 강점을 지닌 은닉 마코프 모델을 논문 모집 공고를 분석하는데 사용한다. 하지만, 논문 모집 공고를 은닉 마코프 모델로 직관적으로 모델링하면 정보 경계가 정확히 인식되지 않는 문제가 발생한다. 본 논문에서는 이 문제를 해결하기 위해 2-단계의 은닉 마코프 모델을 사용한다. 즉, 첫 번째 단계에서, 문서를 구로 모델링한 P-HMM(Phrase hidden Markov model)이 지역적으로 문서를 인식한다. 그리고 두 번째 단계에서 D-HMM(Document hidden Markov model)은 문서가 가진 전체적인 구조와 정보의 흐름을 파악한다. 웹에서 수집된 400개의 논문 모집 공고에 대한 실험 결과, F-measure 성능이 0.49를 보인다. 이는 직관적인 은닉 마코프 모델보다 F-measure로 0.15 정도 향상된 결과이다.

에센셜 그래프를 바탕으로 한 격자 조건부 독립 모델 (Lattice Conditional Independence Models Based on the Essential Graph)

  • Ju Sung, Kim;Myoong Young, Yoon
    • 한국산업정보학회논문지
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    • 제9권2호
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    • pp.9-16
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    • 2004
  • 결측치가 존재하는 비 단조형 데이터에 대한 패턴 분석과 비 내포형 종속 회귀 모형 분석에 격자 조건부 독립 모델이 최근 도입되고 있다. 이러한 접근 방법은 데이터 패턴 분석에 성공적으로 적용되고 있지만 격자 조건부 독립 모델을 찾는 계산적 부담이 따른다. 본 논문에서는 이러한 단점을 극복하기 위하여 에센셜 그래프를 바탕으로 격자 조건부 독립 모델(LCIM)을 찾는 새로운 방법을 제안한다. 또한, LCIM 클래스가 특정한 비 순환 방향 그래프 모델과 마르코프 동등한 모든 추이적 비 순환 방향 그래프의 모델 클래스와 일치함을 밝혔다.

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영과잉 회귀모형에 대한 베이지안 분석 (Bayesian Analysis for the Zero-inflated Regression Models)

  • 장학진;강윤회;이수범;김성욱
    • 응용통계연구
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    • 제21권4호
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    • pp.603-613
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    • 2008
  • 셀 수 있는 이산 자료 중에서 일반적인 모형에 비하여 영의 빈도가 과도하게 많이 관측되는 자료가 있다. 이러한 경우에 포아송 또는 음이항회귀모형과 같은 일반적인 회귀모형에 의한 분석은 적절하지 못하다. 본 논문에서는 영과잉 포아송회귀모형과 영과잉 음이항회귀모형에 대하여 베이지안 분석을 하였다. 또한, 마코브 연쇄 몬테카롤로 방법으로 계산한 베이즈 요인을 이용하여 모형선택을 하였다. 실제 교통사고 자료를 분석하여 이론적인 결과들을 뒷받침하였다.

Reliability of Phased Mission Systems of where Phase Durations are Random Variables

  • Kim, Kuk
    • 한국신뢰성학회:학술대회논문집
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    • 한국신뢰성학회 2002년도 정기학술대회
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    • pp.263-272
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    • 2002
  • Reliability of multi-phased mission system is represented where redundant components are repairable. Failures and repairs of components follow Markovian property Under some constraints, 4 models are available. Two models are represented here. The solutions are obtained as recursive equations using Markov model and eigenvalue system.

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비동질성 Markov 모형의 시간강수량 모의 발생을 이용한 IDF 곡선 및 홍수빈도곡선의 유도 (Derivation of Intensity-Duration-Frequency and Flood Frequency Curve by Simulation of Hourly Precipitation using Nonhomogeneous Markov Chain Model)

  • 최병규;오태석;박래건;문영일
    • 한국수자원학회논문집
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    • 제41권3호
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    • pp.251-264
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    • 2008
  • 본 연구에서는 비동질성 Markov 모형을 이용한 시간강수량의 모의발생을 수행하였다. 즉, 대상유역을 선정하고 시간강수량을 모의하여, 모의된 시간강수량을 이용한 확률강수량 및 확률홍수량을 산정하여 관측자료와 비교함으로써 비동질성 Markov 모형의 적용성을 평가하였다. 모의발생된 강수자료와 관측강수자료의 통계적 특성은 매우 유사한 것으로 나타났으며, 특히 모의년수가 증가할수록 극치값이 증가하는 경향을 나타냈다. 또한, 모의자료를 이용해 산정한 확률홍수량은 관측강수량을 이용해 산정한 결과보다 큰 재현기간에서 관측유입량 자료를 빈도해석하여 산정한 확률홍수량과 더 근사한 결과를 보였다. 따라서, 비동질성 Markov 모형을 이용하여 보다 신뢰성 있는 수공구조물의 설계수문량 산정 등에 많이 활용될 수 있을 것으로 판단되며 수자원 개발시 불확실성 분석을 위한 입력 자료인 강수자료로도 활용이 가능할 것으로 판단된다.

숨은마코프모형을 이용하는 음성구간 추출을 위한 특징벡터 (A New Feature for Speech Segments Extraction with Hidden Markov Models)

  • 홍정우;오창혁
    • Communications for Statistical Applications and Methods
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    • 제15권2호
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    • pp.293-302
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    • 2008
  • 본 논문에서는 숨은마코프모형을 사용하여 음성구간을 추출하는 경우에 사용되는 새로운 특징벡터인 평균파워를 제안하고, 이를 멜주파수 켑스트럴 계수(met frequency cepstral coefficients, MFCC)와 파워계수와 비교한다. 이들 세 가지 특징벡터의 수행력을 비교하기 위하여 일반적으로 추출이 상대적으로 어렵다고 알려진 파열음을 가진 단어에 대한 음성 데이터를 수집하여 실험한다. 다양한 수준의 잡음이 있는 환경에서 음성구간을 추출하는 경우 MFCC나 파워계수에 비해 평균파워가 더 정확하고 효율적임을 실험을 통해 보인다.

Human Activity Recognition Using Spatiotemporal 3-D Body Joint Features with Hidden Markov Models

  • Uddin, Md. Zia;Kim, Jaehyoun
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제10권6호
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    • pp.2767-2780
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    • 2016
  • Video-based human-activity recognition has become increasingly popular due to the prominent corresponding applications in a variety of fields such as computer vision, image processing, smart-home healthcare, and human-computer interactions. The essential goals of a video-based activity-recognition system include the provision of behavior-based information to enable functionality that proactively assists a person with his/her tasks. The target of this work is the development of a novel approach for human-activity recognition, whereby human-body-joint features that are extracted from depth videos are used. From silhouette images taken at every depth, the direction and magnitude features are first obtained from each connected body-joint pair so that they can be augmented later with motion direction, as well as with the magnitude features of each joint in the next frame. A generalized discriminant analysis (GDA) is applied to make the spatiotemporal features more robust, followed by the feeding of the time-sequence features into a Hidden Markov Model (HMM) for the training of each activity. Lastly, all of the trained-activity HMMs are used for depth-video activity recognition.

은닉 마코프 모델을 이용한 음성 인식 시스템 설계 (Design of A Speech Recognition System using Hidden Markov Models)

  • 이철원;임인칠
    • 전자공학회논문지B
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    • 제33B권1호
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    • pp.108-115
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    • 1996
  • 본 논문에서는 이산 은닉 마코프 모델(Discrete Hidden Markov Model)을 이용한 연결 음성 인식에 관한 알고리듬 및 모델 토폴로지를 제안한다. 제안된 모델은 인식률과 인식할 수 있는 어휘를 고려하여 2 음소열 및 3 음소열 모델을 사용하며, 보다 정확한 음소 간의 세그멘테이션과 알고리듬의 수행 속도를 고려하여 2 음소열에서는 첫 번째 상태와 마지막 상태를 안정 상태, 나머지 상태는 천이 상태인 4 개의 상태를 갖도록 하고, 또한 3 음소열에서는 7 개의 상태를 갖도록 하며, 여기서 7개의 상태는 3 개의 안정 상태와 4개의 천이 상태를 갖도록 개선한다. 또한, 제안된 음성 인식 알고리듬은 인식 과정 내에서 음소의 발음 구간을 검출하도록 설계한다.

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마코프 국면전환을 고려한 이자율 기간구조 연구 (The Behavior of the Term Structure of Interest Rates with the Markov Regime Switching Models)

  • 이유나;박세영;장봉규;최종오
    • 대한산업공학회지
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    • 제36권3호
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    • pp.203-211
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    • 2010
  • This study examines a cointegrated vector autoregressive (VAR) model where parameters are subject to switch across the regimes in the term structure of interest rates. To employ the regime switching framework, the Markov-switching vector error correction model (MS-VECM) is allowed to the regime shifts in the vector of intercept terms, the variance-covariance terms, the error correction terms, and the autoregressive coefficient parts. The corresponding approaches are illustrated using the term structure of interest rates in the US Treasury bonds over the period of 1958 to 2009. Throughout the modeling procedure, we find that the MS-VECM can form a statistically adequate representation of the term structure of interest rate in the US Treasury bonds. Moreover, the regime switching effects are analyzed in connection with the historical government monetary policy and with the recent global financial crisis. Finally, the results from the comparisons both in information criteria and in forecasting exercises with and without the regime switching lead us to conclude that the models in the presence of regime dependence are superior to the linear VECM model.