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작물학 분야 프로테오믹스의 응용과 전망 (Application and perspectives of proteomics in crop science fields)

  • 우선희
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2004년도 춘계 학술대회지
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    • pp.12-27
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    • 2004
  • Thanks to spectacular advances in the techniques for identifying proteins separated by two-dimensional electrophoresis and in methods for large-scale analysis of proteome variations, proteomics is becoming an essential methodology in various fields of plant sciences. Plant proteomics would be most useful when combined with other functional genomics tools and approaches. A combination of microarray and proteomics analysis will indicate whether gene regulation is controlled at the level of transcription or translation and protein accumulation. In this review, we described the catalogues of the rice proteome which were constructed in our program, and functional characterization of some of these proteins was discussed. Mass-spectrometry is a most prevalent technique to identify rapidly a large of proteins in proteome analysis. However, the conventional Western blotting/sequencing technique us still used in many laboratories. As a first step to efficiently construct protein data-file in proteome analysis of major cereals, we have analyzed the N-terminal sequences of 100 rice embryo proteins and 70 wheat spike proteins separated by two-dimensional electrophoresis. Edman degradation revealed the N-terminal peptide sequences of only 31 rice proteins and 47 wheat proteins, suggesting that the rest of separated protein spots are N-terminally blocked. To efficiently determine the internal sequence of blocked proteins, we have developed a modified Cleveland peptide mapping method. Using this above method, the internal sequences of all blocked rice proteins (i. e., 69 proteins) were determined. Among these 100 rice proteins, thirty were proteins for which homologous sequence in the rice genome database could be identified. However, the rest of the proteins lacked homologous proteins. This appears to be consistent with the fact that about 30% of total rice cDNA have been deposited in the database. Also, the major proteins involved in the growth and development of rice can be identified using the proteome approach. Some of these proteins, including a calcium-binding protein that fumed out to be calreticulin, gibberellin-binding protein, which is ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase activate in rice, and leginsulin-binding protein in soybean have functions in the signal transduction pathway. Proteomics is well suited not only to determine interaction between pairs of proteins, but also to identify multisubunit complexes. Currently, a protein-protein interaction database for plant proteins (http://genome .c .kanazawa-u.ac.jp/Y2H)could be a very useful tool for the plant research community. Recently, we are separated proteins from grain filling and seed maturation in rice to perform ESI-Q-TOF/MS and MALDI-TOF/MS. This experiment shows a possibility to easily and rapidly identify a number of 2-DE separated proteins of rice by ESI-Q-TOF/MS and MALDI-TOF/MS. Therefore, the Information thus obtained from the plant proteome would be helpful in predicting the function of the unknown proteins and would be useful in the plant molecular breeding. Also, information from our study could provide a venue to plant breeder and molecular biologist to design their research strategies precisely.

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핵소체 단백 B23과 세포질 단백 p80의 유사성에 관한 연구 (Study of an ER bound p80 Homologous to Nucleolar B23)

  • 이혜정;윤상인;최용천;안영수
    • 대한약리학회지
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    • 제31권2호
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    • pp.241-250
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    • 1995
  • Protein B23 is one of the major nucleolar phosphoproteins associated with pre-ribosomal particles, and is localized in the granular region of the nucleolus. Recent studies suggest that protein B23 shuttles between nucleus and cytoplasm and also interacts with HIV Rev. These findings indicate that protein B23 is important in nucleocytoplasmic relationship and viral replication. However, the exact function of protein B23 is not clear yet. In acute nucleolar hypertrophy of rat liver, treated with thioacetamide, there was observed an increase of not only protein B23 but also B23-like protein p45 when anti-B23 monoclonal antibody (MAb) was used for identification. On the basis of the large B23 specific epitope structure composed of 68 amino acids, a hypothesis was formulated to examine that p45 is the pre-B23 resulting from excessive production of B23. In an attempt to investigate the precursor of B23, we analyzed the subcellular fractions and microsomal subfractions. Subsequently, we analyzed the finger printings of B23-like proteins using the tryptic peptide mapping. The results are summarized: 1) Using B23 MAb, we observed the presence of B23-like proteins in nucleolar fraction, nucleoplasmic fraction and microsomal fraction. 2) In the further microsomal subfractionation, we could partially purify B23-like protein in 2M layer of sucrose gradient. 3) When ion exchange chromatography was employed, there were protein species 80kDa(p80), 65kDa(p65) and 60kDa(p60). 4) Based on the tryptic map analysis of $^{125}I$ labeled proteins, the similarity between B23 and p80 was found only in 9 out of 14(B23) and 21(p80) peptides, and difference was found in the remaining peptides. p80 and p60 had 18 common peptides, and all the peptides of p60 were similar to those of p80. From these results, it is proposed that p45 is an abnormal metabolite resulting from carcinogenesis by thioacetamide, and it is not the precursor of B23. In addition, we suggest that p80 may be a precursor of p45.

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추론 비용 감소를 위한 Jess 추론과 시멘틱 웹 RL기반의 모바일 클라우드 상황인식 시스템 (Mobile Cloud Context-Awareness System based on Jess Inference and Semantic Web RL for Inference Cost Decline)

  • 정세훈;심춘보
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제1권1호
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    • pp.19-30
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    • 2012
  • 상황인식 서비스라는 개념은 컴퓨팅과 통신을 기반으로 서비스를 제공 받는자의 주변 상황을 컴퓨터가 인식하고 스스로 판단하여 사용자에게 유용한 정보를 제공하는 서비스이다. 그러나 모바일 환경에서 제한된 모바일 기능과 메모리 공간 및 추론 비용 증가로 인해 소규모의 상황인식 처리 능력을 가지는 단점과 추론 엔진의 부분 개발로 인한 상황 정보 추론 방식의 제한적인 형태로 나타나고 있다. 이에 본 논문에서는 특정 플랫폼에 종속되지 않고 다양한 모바일기기에서 상황인식 서비스를 제공받을 수 있도록 PaaS기반의 GAE을 이용한 모바일 클라우드 상황인식 시스템을 제안한다. 제안하는 시스템의 추론 설계 방식은 OWL의 온톨로지와 SWRL 규칙으로 표현되는 시멘틱 추론을 이용한 지식베이스 프레임워크와 규칙 기반의 추론 엔진을 제공하는 Jess를 활용하여 설계한다. 아울러 기존 추론 질의 방식인 시멘틱 검색의 SparQL 질의 추론 방식의 단점을 극복하고자 SWRL형태의 Rule 규칙 정보인 Class, Property, Individual등의 속성값들을 특정 플러그인을 이용하여 Jess 추론 엔진에 연결하도록 설계한다.

대화형 유전자 알고리즘을 이용한 감성기반 비디오 장면 검색 (Emotion-based Video Scene Retrieval using Interactive Genetic Algorithm)

  • 유헌우;조성배
    • 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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    • 제10권6호
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    • pp.514-528
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    • 2004
  • 본 논문에서는 감성에 기반한 장면단위 비디오 검색방법을 제안한다 먼저 특정 줄거리를 담은 장면 비디오 클립에서 급진적/점진적 샷 경계 검출 후. "평균 색상 히스토그램", "평균 자기", "평균 에지 히스토그램", "평균 샷 시간", "점진적 샷 변화율"의 5가지 특징을 추출하고, 이 특징과 사람이 막연하게 가지고 있는 감성공간과의 매핑을 대화형 유전자 알고리즘(IGA, Interactive Genetic Algorithm)을 통하여 실현한다. 제안된 검색 알고리즘은 초기 모집단 비디오들에 대해 찾고자 하는 감성을 내포하고 있는 비디오를 선택하면 선택된 비디오들에서 추출된 특징 벡터를 염색체로 간주하고 이에 대해 교차연산(crossover)을 적용한다. 다음에 새롭게 생성된 염색체들과 특징벡터로 색인된 데이타베이스 비디오들간에 유사도 함수에 의해 가장 유사한 비디오들을 검색하여 다음 세대의 집단으로 제시한다. 이와 같은 과정을 여러 세대에 걸쳐서 실행하여 사용자가 가지고 있는 감성을 내포하는 비디오 집단들을 얻게 된다 제안된 방법의 효과성을 보이기 위해, 300개의 광고 비디오 클립들에 대해 "action", "excitement", "suspense", "quietness", "relaxation", "happiness" 의 감성을 가진 비디오를 검색한 결과 평균 70%의 만족도를 얻을 수 있었다.

기업의 이미지 전략에 따른 근무복 디자인 개발 연구 - D 기업사레를 중심으로 - (A Case Study on Working Clothes Design Development - focused on D Enterprise -)

  • 박혜원;조민영
    • 패션비즈니스
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    • 제12권5호
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    • pp.1-13
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    • 2008
  • This study is largely aimed at presenting ways to improve the working clothes and help companies create more positive images by suggesting designs of the clothes, which take into accounts the corporate image, symbolism, function and aesthetic appreciation through introduction of companies' CIP. And, it is significant to propose working clothes development condition and process with introduction of companies' CIP(Corporate Identity Program : work that systematize and simplify visually images which companies or public bodies have) A way of this study was made up with working clothes design development process which a student planned. First of all, this study looked into Company D's Corporate Identity Program(CIP) to develop the design that corresponds with the characteristics of the company's favorite design, working environment and demands of the employees. And, then, the study conducted a survey of 30 employees and intensive interviews with heads of four teams including the Safety Team, the Working Clothes Management Team and the General Affairs Team to find out the requirements of the clothes and the characteristics of the company. Based on them, the concrete image that the company pursues and the direction of design were set up through image positioning. In the end, three different concept designs were presented through image-mapping and the concrete design of each item was developed. A total of seven items including upper and lower garments (a jacket and trousers) for the spring-summer seasons, upper and lower garments (a jumper and trousers) for the winter season, cold-protecting vest and winter clothes (a coat and trousers) were presented in accordance with the three concepts. One of the concept designs, which was selected through evaluation by employees of Company D, was produced as a sample and then the final design was chosen after a discussion attended by the head of each team and representatives of the employees. Based on the aforementioned design planning, one design was selected from each of the three concept designs for production. And each of these was requested to special production enterprise and manufactured. Following the result of study, by looking into a case of a practical joint design project between a university and a company, this study suggested ideas for business to improve working clothes through the academic-industrial cooperation and presented conditions and process of design development. And, this study also aims to examine the feasibility of academic-industrial cooperation based on the cases in which enterprises and universities staged joint projects to develop working clothes.

구름레이더를 이용한 대기 공기의 연직속도 추정연구 (Study on the Retrieval of Vertical Air Motion from the Surface-Based and Airborne Cloud Radar)

  • 정은실
    • 대기
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    • 제29권1호
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    • pp.105-112
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    • 2019
  • 대기 중에 지름이 약 1.68 mm 이상인 물방울이 존재하는 경우, 연직방향으로 주사하는 구름레이더에서 미(Mie) 기법을 사용하여 공기의 연직속도를 구할 수 있다. 이 리뷰논문에서는 강수가 있는 작은 적운 구름에서 구름레이더를 사용하여 공기의 연직속도를 구할 수 있는 방법을 정리하였다. 공기의 연직속도는 첫 번째 미(Mie) 최소치가 이론적으로 가지는 낙하속도와 스펙트럼상에서 첫 번째 미(Mie) 최소치가 실제로 관측된 시선속도와의 차이로 추정할 수 있다. 구름레이더가 항공기에 탑재된 경우에는, 항공기의 운동 및 자세각이, 관측된 도플러속도의 연직성분에 영향을 미치므로 이 항들을 보정하여 공기의 연직속도를 구할 수 있다. 항공용 도플러 레이더의 경우, 미(Mie)기법으로 구한 공기의 연직속도는 구름입자로부터 직접 후방산란 되어 관측된 연직속도 및 항공기 운항시스템으로부터 구한 연직속도와 잘 일치하는 결과를 보여주었다. 구름 레이더로부터 미(Mie) 산란 특징을 이용하여 연직속도를 추정하는 이 기술은 강수 및 비강수 구름시스템에서의 연직속도장 매핑(mapping)에 응용할 수 있다. 또한 여러 고도에서의 항공기 관측을 통하여, 연직속도의 총체적인 구조뿐 만 아니라 폭풍우의 성장, 발달, 소멸 주기(life cycle)를 재구성할 수 있을 것으로 기대된다.

스쿨존 보행환경 개선을 위한 시민참여형 스마트시티 리빙랩 커뮤니티 플랫폼 구현 (Implementation of a citizen-driven smart city living lab community platform to improve pedestrian environment of school zone)

  • 장선영;김두식
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제22권1호
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    • pp.415-423
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    • 2021
  • 스마트시티의 성공을 위한 주요한 전략 중 하나로 시민참여와 리빙랩이 주목받고 있다. 리빙랩은 기술의 최종 사용자인 시민들이 문제를 정의하고 해결하기 위한 대안의 탐색에 참여하며, 순환적 과정으로 대안을 검증하기 위한 실험을 반복한다. 본 연구의 목적은 도시문제 개선을 위한 시민참여형 온라인 커뮤니티 플랫폼의 운영모델을 제시하고, 이를 구현 및 테스트하여 활용 가능성을 확인하는 것이다. 이를 위해 도시문제 개선을 위한 시민참여형 온라인 커뮤니티 플랫폼의 운영모델을 제시하고, 운영모델이 추구하는 기능이 반영될 수 있도록 온라인 플랫폼을 설계 및 구현하였다. 최종적으로 경기도 고양시 일산서구 소재 오마초등학교를 사례로 하여 기능에 대한 파일럿 테스트를 수행하였다. 본 연구에서 제시한 운영모델은 도시의 여러 문제가 밀집될 수 있는 보행환경과 위험 환경에 취약한 어린이를 염두에 두고 계획되었다. 결과적으로 참여자들 간에 도시문제 사례의 공유와 이에 대한 의사소통이 이루어지는 것을 통해 커뮤니티 플랫폼의 활용 가능성을 확인하였다. 커뮤니티 플랫폼의 관리자는 위치정보를 기반으로 사용자가 게시한 도시문제 사례를 지도로 가시화하여 볼 수 있었으며, 이를 히트 맵 형식으로 가시화함으로써 도시문제가 밀집된 위치들을 파악할 수 있었다.

동해에서 식물플랑크톤 군집 분포 분석을 위한 GOCI 활용 연구 (A Study on the Application of GOCI to Analyzing Phytoplankton Community Distribution in the East Sea)

  • 최종국;노재훈;;;이미진
    • 대한원격탐사학회지
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    • 제36권6_1호
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    • pp.1339-1348
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    • 2020
  • 식물성플랑크톤은 영양염, 광합성, 탄소순환 등의 측면에서 해양의 생태계를 제어하는데, 해양 환경에 미치는 영향의 정도는 식물성플랑크톤의 크기에 좌우된다. 원격탐사 기술을 기반으로 해양의 식물성플랑크톤 크기 별 생체량을 식별하려는 많은 연구가 있었으며, 그 중 가장 성공적인 접근법 중 하나는 식물성플랑크톤의 크기를 세 등급(micro-plankton;> 20 ㎛, nano-; 2-20 ㎛ 및 pico-; <2 ㎛)으로 구분하여 각 그룹별 엽록소 농도를 추정하는 삼성분 모델(three-component model)이다. 이 연구에서는 동해에서 식물성플랑크톤의 크기 별 생체량 분포를 추정하기 위한 GOCI 자료의 활용 가능성에 대해 검토하였다. 각 크기 별 엽록소 농도(CHL)를 도출하기 위해, 연구지역에서 수 년 동안 수집된 식물성플랑크톤 색소자료를 기반으로 회귀분석을 통해 삼성분 모델의 계수를 산출하였다. 새롭게 산출된 삼성분 모델을 시간 별 GOCI 기반 엽록소 농도 이미지에 적용하여, 전체 엽록소 농도 중 각 식물성플랑크톤 크기 별 생체량이 차지하는 비율을 산출하였다. 또한, 이 결과를 이용하여 동해에서 2013년 여름 대규모 적조가 발생한 시기의 크기 별 엽록소-a 농도 분포를 분석하였다.

비대칭 왜곡 어안렌즈를 위한 영상 손실 최소화 왜곡 보정 기법 (Image Data Loss Minimized Geometric Correction for Asymmetric Distortion Fish-eye Lens)

  • 조영주;김성희;박지영;손진우;이중렬;김명희
    • 한국시뮬레이션학회논문지
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    • 제19권1호
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    • pp.23-31
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    • 2010
  • 180도 이상의 영역을 획득하는 어안렌즈(fisheye lens)는 최소의 카메라로 최대 시야각을 확보할 수 있는 장점으로 인해 차량 장착 시도가 늘고 있다. 이와 같이 어안렌즈를 통해 시야를 확보하고, 영상센서로 사용하기 위해서는 캘리브레이션 작업이 선행되어야 하며, 운전자에게 현실감 있는 영상을 제공하기 위해서는 이를 이용하여 방사왜곡(radial distortion)에 따른 기하학적인 왜곡 보정이 필요하다. 본 논문에서는 비대칭 왜곡을 가진 180도 이상 화각의 차량용 대각선 어안렌즈를 위해 영상 손실을 최소화하는 왜곡 보정 기법을 제안한다. 왜곡 보정은 왜곡 모델이 포함된 카메라 모델을 설정하고 캘리브레이션 과정을 통해 카메라 파라미터를 구한 후 왜곡이 보정된 뷰를 생성하는 과정으로 이루어진다. 먼저 왜곡모델로서 비선형의 왜곡 형상을 모방한 FOV(Field of View)모델을 사용한다. 또한 비대칭 왜곡렌즈의 경우 운전자의 좌우 시야각 확보에 중점을 두어 수직 화각보다 수평 화각이 크게 설계되었기 때문에 영상의 장축, 단축의 비율을 일치시킨 후 비선형 최적화 알고리즘을 사용하여 카메라 파라미터를 추정한다. 최종적으로 왜곡이 보정된 뷰 생성 시 역방향 사상과 함께 수평, 수직 방향에 대한 왜곡 보정 정도를 제어 가능하도록 함으로써 화각이 180도 이상인 영상에 대해서 핀홀 카메라 모델을 적용하여 2차원 평면으로 영상을 보정하는 경우 발생하는 영상 손실을 최소화하고 시각적 인지도를 높일 수 있도록 하였다.

가시광통신에서 Dimming Level 향상 및 Flicker 감소를 위한 적응-학습 코드할당 기법 (Adaptive-learning Code Allocation Technique for Improving Dimming Level and Reducing Flicker in Visible Light Communication)

  • 이규진;한두희
    • 융합정보논문지
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    • 제12권2호
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    • pp.30-36
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    • 2022
  • 본 논문에서는 가시광 통신시스템의 조명과 통신의 기능을 동시에 사용할 때, 조명의 Dimming Level 향상과 Flicker 현상을 줄일 수 있는 기법에 대해서 제안한다. 가시광 통신은 통신과 조명의 성능을 함께 만족해야 한다. 그러나 기존의 Data Code Mapping 방식은 전체 조명의 밝기를 감소시키는 결과를 나타낸다. 이는 조명의 성능 저하와 Flicker 현상을 유발한다. 이를 해결하기 위해, 본 논문에서는 전송 알파벳에 대해서 binary code 할당하고, 문자열에 알파벳의 발생 빈도율에 따라 할당된 binary code를 최적화하여 매칭 시키는 적응 학습형 코드 할당 기법을 제안하였다. 이를 통해, 각각의 문자열의 최대 Dimming level을 유지하면서 동시에 'OFF' 패턴이 연속적으로 발생하지 않도록 코드를 할당하여 통신 기능뿐만 아니라 조명으로써의 역할을 충실히 할 수 있는 기법에 대해서 연구하였다. 성능평가 결과, 전체 통신 성능에 큰 영향을 주지 않으면서, '1'의 발생 빈도가 유의미하게 증가하였고 반대로 연속적인 '0' 빈도율이 감소하여 시스템의 조명 성능이 크게 향상된 것을 보였다.