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Microarray Analysis of Long Non-coding RNA Expression Profile Associated with 5-Fluorouracil-Based Chemoradiation Resistance in Colorectal Cancer Cells

  • Xiong, Wei;Jiang, Yong-Xin;Ai, Yi-Qin;Liu, Shan;Wu, Xing-Rao;Cui, Jian-Guo;Qin, Ji-Yong;Liu, Yan;Xia, Yao-Xiong;Ju, Yun-He;He, Wen-Jie;Wang, Yong;Li, Yun-Fen;Hou, Yu;Wang, Li;Li, Wen-Hui
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권8호
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    • pp.3395-3402
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    • 2015
  • Background: Preoperative 5-fluorouracil (5-FU)-based chemoradiotherapy is a standard treatment for locally advanced colorectal cancer (CRC). However, CRC cells often develop chemoradiation resistance (CRR). Recent studies have shown that long non-coding RNA (lncRNA) plays critical roles in a myriad of biological processes and human diseases, as well as chemotherapy resistance. Since the roles of lncRNAs in 5-FU-based CRR in human CRC cells remain unknown, they were investigated in this study. Materials and Methods: A 5-FU-based concurrent CRR cell model was established using human CRC cell line HCT116. Microarray expression profiling of lncRNAs and mRNAs was undertaken in parental HCT116 and 5-FU-based CRR cell lines. Results: In total, 2,662 differentially expressed lncRNAs and 2,398 mRNAs were identified in 5-FU-based CRR HCT116 cells when compared with those in parental HCT116. Moreover, 6 lncRNAs and 6 mRNAs found to be differentially expressed were validated by quantitative real time PCR (qRT-PCR). Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway analysis for the differentially expressed mRNAs indicated involvement of many, such as Jak-STAT, PI3K-Akt and NF-kappa B signaling pathways. To better understand the molecular basis of 5-FU-based CRR in CRC cells, correlated expression networks were constructed based on 8 intergenic lncRNAs and their nearby coding genes. Conclusions: Changes in lncRNA expression are involved in 5-FU-based CRR in CRC cells. These findings may provide novel insight for the prognosis and prediction of response to therapy in CRC patients.

큰느타리버섯 신품종 '송아'의 육성 및 그 특성 (Characteristics and breeding of a new cultivar Pleurotus eryngii, Song-A)

  • 신평균;유영복;박윤정;공원식;장갑열;정종천;오세종;이금희
    • 한국버섯학회지
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    • 제9권2호
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    • pp.59-62
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    • 2011
  • 큰느타리(Pleurotus eryngii)의 품종 육성을 위하여 ASI 2824(큰느타리2호)와 ASI 2887(애린이3호)를 교잡하여 G09-21를 계통 선발하였다. 계통선발된 G09-21과 다수성을 보여주는 ASI 2844와 교잡하여 5계통을 우량계통으로 선발하였다. 선발된 우량계통 중에서 품질이 가장 우수한 Pe21-51를 농작물직무육성 신품종 선정심의회에서 '송아'로 명명되었다. 주요특성은 균사생장 적온은 $25{\sim}30^{\circ}C$이며 pH의 범위가 pH5~8까지 넓게 형성되었고, 자실체 발생 최적온도는 1$16^{\circ}C$였다. 균사체 배양에서 대선형성유무는 모균주 큰느타리2호, 애린이3호 및 ASI 2844와는 뚜렸한 대선을 형성하였다. 자실체 수량은 병당 $94.7{\pm}29.5$로 큰느타리2호의 수량지수를 100으로 보았을 때 106이었다. 또한 대길이는 큰느타리2호보다 길고 굵으면서 유효경수가 적었다. 2종류의 primer를 이용하여 새로운 품종 '송아'와 모균주에 대한 RAPD pattern를 분석한 결과 모균주와는 같은 pattern를 가지면서 다른 밴드도 존재하였다. 신품종 '송아'는 유효경 수가 적은 소발생형으로 대가 길고 굵어 솎음작업이 필요치 않은 적정 재배조건 확립으로 노동력 및 인건비 절감으로 농가 소득증대에 기여할 것으로 기대된다.

감마 나이프 방사선 수술시 필름 선량 측정에 의한 조직 불균일성에 대한 연구 (Evaluation of Tissue Inhomogeneity for Gamma-knife Radiosurgery Using Film Dosimetry)

  • 조흥래;손승창;서현숙
    • Radiation Oncology Journal
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    • 제16권3호
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    • pp.325-335
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    • 1998
  • 목적 : 감마 나이프에 사용되고 있는 코발트-60의 골에 의한 흡수 선량 감소는 -3.5$\%$이다. 그러나 모든 방사선 수술 치료 계획 시스템은 치료 부위를 단위밀도 (unit density)로 가정하여 계산을 시행하므로 조직 불균일성에 대한 고려를 하지않고 있다. 중두개와 (mid cranial fossa) 부위는 여러 두께의 골로 구성되어 있기 때문에 감마 나이프를 이용한 방사선 조사시 중두개와에 위치한 병변인 뇌하수체 종양 지점이나 청신경 초종 지점의 치료시 흡수되는 방사선량은 방사선 수술 계획 시스템에 의하여 계산한 값과 차이가 날 가능성이 있다. 이 연구는 이러한 중두개와에 위치한 병변의 치료시 골에 의한 흡수 선량의 감소에 대한 검증을 위하여 시행하였다. 대상 및 방법 : Alderson Rando phantom (이하 인체 모형 판톰-human phantom-이라 명명)의 두개골 부위에 4개의 핀에 의해 Leksell stereotactoc frame을 고정시키고 뇌단층 촬영을 시행하였다. 뇌 단층 촬영 상에 뇌하수체 종양과 청신경 초종(acoustic neurimona)에 해당되는 각각의 지점을 정한 후 먼저 뇌하수체 지점에 인체 모형 판톰의 모양에 맞게 자른 코닥 X-omat V 필름을 사이에 넣고 인체 모형 판톰을 잘 고정한 후에 14 mm 조준기 (collimator)를 부착하여 방사선을 조사하였다. 한 지점당 3회 반복 시행하였다. 18 mm 조준기를 이용하여 동일한 방법으로 3회 반복 시행하였다. 두 번째 지점인 청신경 초종 지점에 필름을 넣은 뒤 첫 번째와 동일한 방법으로 14 mm 조준기와 18 mm 조준기를 사용하여 각각 3회 반복 시행하였다. 동일한 실험 조건으로 균일한 밀도로 이루어진 16 cm 지름의 구형 폴리스티렌 판톰 내에 폴리스티렌 카세트에 맞는 필름을 삽입하여 14 mm, 18 mm 조준기 각각에 대하여 방사선 조사를 시행하였으며 이 과정을 3회 반복 시행하였다. 이후 필름들을 현상하여 VXR-12 필름 광학 측정기를 이용하여 등선량 곡선을 얻는다. 여기서 얻어진 등선량 곡선 (isodose curve)을 기초로 하여 off axis ratio 곡선을 얻었다. 결과 : 중두개와에 위치한 병소에 대하여 감마 나이프를 이용한 방사선 조사를 시행할 때 골에 의한 흡수 선량 감소는 뇌하수체 종양 지점이 청신경 초종 지점보다 많이 나타났으며 (0.2-3.0 mm vs. 0.1-1.3 mm) 조준기 크기에 따라 14 mm 조준기일 경우가 18 mm 조준기보다 더 많은 흡수 선량 감소 (0.4-3.0 mm vs. 0.2-2.2 mm)를 보였다. 결론 : 흡수 전량 감소가 실제 임상에서 치료 계획을 세우는데 있어서는 큰 영향을 미치지 않는 범위 내 (1 mm)에서 일어남으로 골에 의한 흡수 선량 감소를 고려하여 치료계획을 조정해야 할 필요는 없을 것으로 생각된다.

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조미료가 창자 운동과 흡수기능에 미치는 영향 -소장의 피동적 흡수에 대한 고추의 영향- (The Effect of Seasoning on the Intestinal Absorption -Absorption by Passive Transport and the Effect of Red Pepper-)

  • 신동훈;김중수;고재평;안승운
    • The Korean Journal of Physiology
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    • 제7권1호
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    • pp.23-31
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    • 1973
  • Numerous factors concern with the absorption of substances through the membrane of the gastrointestinal tract. To simplify the experimental condition, present work has been restricted to observe the disappearance rate of substance from the intestinal loop which was made in the jejunum, 70 cm apart from the pylorus of the adult rabbit. The purpose of the study is to clarify the absorption of urea through the jejunal wall is solely attributable to the concentration difference between the luminal fluid and plasma, and to observe the effect of adding red pepper upon the rate of absorption. The rabbits were anesthetized with nembutal, 35mg/kg I.V. Jejunal loop was made by ligating at 2 spots, 70 cm and 80cm apart from the pylorus. After rinsing with normal saline solution through the polyethylene tubing inserted from the end of the loop, 8 ml of test solution was placed through the same tubing. The test solution contained 200 mg% of urea and 150mg% of polyethylene glycol(M.W. 4,000) in normal saline solution. Right after placing the test solution the first specimen was taken through the tubing, and successive samplings were performed at 5, 10, 20, and 30 minutes. Logarithm of the difference of urea concentration between the luminal fluid and plasma was plotted against time elapsed after the onset of the experiment. If straight line is revealed, it would verify the nature of transport mechanism as diffusion, obeying the Fick's principle. The concentration of polyethylene glycol (PEG) was also measured in order to examine the change in the volume. PEG was used as the marker substance because it is not absorbable in the intestinal tract. Consequently the concentration of PEG relates inversely to the volume of the loop. Instantaneous concentration of urea in the loop times the volume will give the amount of urea remaining in the luminal fluid. The change in the amount of any substance is directly relate to the volume of the compartment and differs from the change in the concentration which is independent of the volume. After completion of the experiment without red pepper, it was added in the test solution and was centrifuged after thorough mixing. Supernatant of the mixture was placed in the loop and similar sampling were performed with the same time intervals that of previous run in order to observe the effects of the red pepper on the passive transport of the water soluble small substance, urea. The results obtained were as follows: 1. Logarithm of the concentration difference of urea between the luminal fluid and plasma was diminished exponentially as time elapsed. The decay constant in the experiment without red pepper was 0.0563/min. By adding red pepper in the test solution as much as the concentration rose to 4,000 mg% and 8,000 mg%, the decay constants were lowered to 0.0493/min and to 0.0506/min, respectively. The time interval by which the concentration difference dropped to one half of the initial value was prolonged. Without red pepper the half concentration time was 13.30 minutes, and by adding extract of red pepper, 15.31 minutes and 15.71 minutes were revealed. 2. The profile of the diminishing rate of tile amount of urea was quite different from that of the concentration because of the change in the volume of the loop during the observed period. 3. By adding the extract of red pepper, it slowed down the rate of absorption of urea in the intestinal loop, suggesting an increase in the diffusional barrier. 4. Larger dosage of red pepper brought an increase in the secretion of intestinal fluid with concomitant expansion of the luminal volume, and the retardation of the absorption of urea was noticed. This effect was largely dependent on the sensitivity of the individual animal to the red pepper, extract. The amount of urea remained after 10 minutes interval was 55.5% of the initial amount in the experiment without red pepper. On the other hand it was not consistent after administration of red pepper, showing 50.6% and 66.5% of the initial figures by adding 400 mg and 800 mg of red pepper in the test solution, respectively. It was postulated that symptom of diarrhea often encountered by taking a hot (red pepper) food might be attributable to the increase of secretion and the retardation of absorption in the intestinal tract.

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원자힘 현미경으로 측정된 리튬화 실리콘 나노선의 나노기계적 성질 (Nanomechanical Properties of Lithiated Silicon Nanowires Probed with Atomic Force Microscopy)

  • 이현수;신원호;권상구;최장욱;박정영
    • 한국진공학회지
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    • 제20권6호
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    • pp.395-402
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    • 2011
  • 원자힘 현미경을 이용하여 실리콘 기판 위에 증착된 실리콘 나노선과 리튬화된 실리콘 나노선의 나노기계적 성질을 연구했다. 금 촉매를 사용하여 스테인리스 기판 위에서 증기-액체-고체 과정을 통해 실리콘 나노선을 합성하였다. 완전히 리튬화된 실리콘 나노선을 얻기 위해서 전기 화학적 방법을 사용했고, 이를 실리콘 기판 위에 증착하였다. 접촉모드 원자힘 현미경으로 측정된 표면 거칠기는 실리콘 나노선에서 $0.65{\pm}0.05$ nm에 비해 리튬화된 실리콘 나노선에서 $1.72{\pm}0.16$ nm으로 더 큰 값을 보여주었다. 탐침과 표면 사이의 접착력에서 리튬화의 영향을 조사하기 위해 힘 분광기법을 사용했다. 실리콘 나노선의 접착력이 실리콘 기판과 ~60 nN으로 흡사한 반면에, 리튬화된 실리콘 나노선은 ~15 nN으로 더 작은 값을 나타냈다. 또한, 탄성적으로 부드러운 무정형 구조 때문에 국부적 탄성 스프링 상수도 실리콘 나노선 66.30 N/m보다 완전히 리튬화된 실리콘 나노선이 16.98 N/m으로 상대적으로 작았다. 실리콘 나노선과 완전히 리튬화된 실리콘 나노선에서 탐침과 표면 사이에 마찰력의 수직항력 의존성과 스캔 속도 의존성을 조사하기 위하여 각 0.5~4.0 Hz와 0.01~200 nN으로 측정했다. 본 연구에서 실리콘과 리튬화된 실리콘의 기계적 성질에 관련된 접착력과 마찰력의 경향성이 보여졌고 이러한 방향의 연구는 충-방전 동안 리튬화된 나노수준의 영역의 화학적 맵핑에 응용성을 보여준다.

A Randomized Phase III Study of Patients With Advanced Gastric Adenocarcinoma Without Progression After Six Cycles of XELOX (Capecitabine Plus Oxaliplatin) Followed by Capecitabine Maintenance or Clinical Observation

  • Guk Jin Lee;Hyunho Kim;Sung Shim Cho;Hyung Soon Park;Ho Jung An;In Sook Woo;Jae Ho Byun;Ji Hyung Hong;Yoon Ho Ko;Der Sheng Sun;Hye Sung Won;Jong Youl Jin;Ji Chan Park ;In-Ho Kim;Sang Young Roh;Byoung Yong Shim
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제23권2호
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    • pp.315-327
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    • 2023
  • Purpose: Oxaliplatin, a component of the capecitabine plus oxaliplatin (XELOX) regimen, has a more favorable toxicity profile than cisplatin in patients with advanced gastric cancer (GC). However, oxaliplatin can induce sensory neuropathy and cumulative, dose-related toxicities. Thus, the capecitabine maintenance regimen may achieve the maximum treatment effect while reducing the cumulative neurotoxicity of oxaliplatin. This study aimed to compare the survival of patients with advanced GC between capecitabine maintenance and observation after 1st line XELOX chemotherapy. Materials and Methods: Sixty-three patients treated with six cycles of XELOX for advanced GC in six hospitals of the Catholic University of Korea were randomized 1:1 to receive capecitabine maintenance or observation. The primary endpoint was progression-free survival (PFS), analyzed using a two-sided log-rank test stratified at a 5% significance level. Results: Between 2015 and 2020, 32 and 31 patients were randomized into the maintenance and observation groups, respectively. After randomization, the median number of capecitabine maintenance cycles was 6. The PFS was significantly higher in the maintenance group than the observation group (6.3 vs. 4.1 months, P=0.010). Overall survival was not significantly different between the 2 groups (18.2 vs. 16.5 months, P=0.624). Toxicities, such as hand-foot syndrome, were reported in some maintenance group patients. Maintenance treatment was a significant factor associated with PFS in multivariate analysis (hazard ratio, 0.472; 95% confidence interval, 0.250-0.890; P=0.020). Conclusions: After 6 cycles of XELOX chemotherapy, capecitabine maintenance significantly prolonged PFS compared with observation, and toxicity was manageable. Maintenance treatment was a significant prognostic factor associated with PFS.

제천 의림지 호저퇴적물 퇴적환경과 형성시기 고찰 (Depositional Environment and Formation Ages of Eurimji Lake Sediments in Jaechon City, Korea)

  • 김주용;양동윤;이진영;김정호;이상헌
    • 한국제4기학회지
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    • 제14권1호
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    • pp.7-31
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    • 2000
  • 의림지 퇴적층의 형성환경, 성인 및 형성시기를 해석하기 위하여 제천시 모산동 일대에 위치하는 의림지 일대에서 제4기 지질조사와 물리탐사를 실시하였다. 연구의 목적을 달성하기 위하여 음향측심, 호저 표층시료 및 수상시추에 의한 주상시료 채취, GPR 물리탐사, 호저 퇴적물의 입도분석, 화분분석 및 탄소연대를 측정하였다. 야외조사와 실내분석 결과, 의림지 호저 표층은 부분적으로 인위적으로 교란되거나 매립되기도 했던 흔적이 있으며, 호저의 자연구배를 따른 유수작용으로는 설명할 수 없는 굴곡부를 보이고 있다. 대부분의 호저 퇴적물은 계절적인 집중호우시에 발달하는 범람유수, 의림지 주변 교량부근 계곡과 수로들을 따라 유입되는 하천수 등에 의하여 의림지 안에 조약성 내지 부유성 입자들이 많이 유입되어 집적된 것으로 해석된다. 그리고 대부분 균질 부유물은 의림지의 중앙이나 제방이 있는 하류부에 집적되어 있다. 의림지 호저 표층에는 퇴적물의 CM 다이그램분석에서 나타나듯이 교란류나 니류작용이 발달하여 있으며 이는 의림지하부에 기반암 위에 발달하는 퇴적층으로부터 피압수가 형성되어 상승류가 작용하기 때문인 것으로 판단된다. 시추 주상치료 중에서 ER-1호공과 ER-3-1호공의 시료는 인간간섭이나 퇴적층의 교란이 적으며, 입도 분석 결과, 분급도는 불량하고, 대부분 세립질 모래와 니질물로 구성되어 있으며, 입도의 첨도와 왜도변화가 아주 다양하게 나타나고 있어, 의림지의 호저 퇴적층은 여러 번의 상이한 기작에 의한 퇴적작용이 중첩되어 형성된 퇴적층으로 해석된다. 시추주상도, 음향측심 및 GPR 물리탐사 단면과 이의 해석자료에 의하면 의림지의 퇴적층은 하류의 제방으로 갈수록 두꺼워지며, 바닥까지의 수심도 GPR 측선9에서와 같이 약 8m로 특히 깊어지는 것으로 나타났다. 한편, 의림지의 2개 시추주상시료(ER-1호공과 ER-3-1호공)에 대한 화분분석 결과, 2개의 화분대로 구분됨이 밝혀졌으며, 하부분대는 목본류 화분이 초본류보다 우점하고 있으며, 상부분대는 반대로 초본류가 목본류보가 더 우점하는 현상을 보이고 있다. 이들 화분대는 현재 습한 온대지역의 수성 혹은 수성주변 환경이 지배하는 산악이나 구릉지에서 흔히 나타나는 침엽수-낙엽활엽수의 혼합림 식생상태를 잘 대변해 주고 있는 것으로 판단된다. 끝으로, 의림지 호저 퇴적층 중에서 인위적인 교란흔적이 없는 암회색 유기질 니층에 대한 탄소연대측정 결과, 제1호공 12번 시료에서 950$\pm$40 years B.P을 얻었으며, 제3-1호공에서도 아래로 내려가면서 8, 10, 11번 시료에 대하여 500$\pm$30 years B.P, 650$\pm$30 years B.P, 800$\pm$40 years B.P의 연대측정 결과를 획득하였다. 이상과 같은 의림지 호저 퇴적층의 형성환경과 형성시기 연구를 통하여 의림지의 제방축조의 최초시기를 해석해 보면, 의림지의 제방은 적어도 과거 약 827년 전에서 866년 전에는 이미 축조되어 있었음을 알 수 있다. 과거 제천 일대에 살았던 옛사람들이 의림지 하류의 곡지중앙과 고기 충적선상지에 대한 관계용 용수조달의 필요성에 부응하여 상류부 곡지하천의 자연입지 환경을 최대한 이용하여 축조한 것으로 판단된다.

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