• 제목/요약/키워드: journal profiling analysis

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Effects on microbial diversity of fermentation temperature (10℃ and 20℃), long-term storage at 5℃, and subsequent warming of corn silage

  • Zhou, Yiqin;Drouin, Pascal;Lafreniere, Carole
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제32권10호
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    • pp.1528-1539
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    • 2019
  • Objective: To evaluate the effects on microbial diversity and biochemical parameters of gradually increasing temperatures, from $5^{\circ}C$ to $25^{\circ}C$ on corn silage which was previously fermented at ambient or low temperature. Methods: Whole-plant corn silage was fermented in vacuum bag mini-silos at either $10^{\circ}C$ or $20^{\circ}C$ for two months and stored at $5^{\circ}C$ for two months. The mini-silos were then subjected to additional incubation from $5^{\circ}C$ to $25^{\circ}C$ in $5^{\circ}C$ increments. Bacterial and fungal diversity was assessed by polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) profiling and biochemical analysis from mini-silos collected at each temperature. Results: A temperature of $10^{\circ}C$ during fermentation restricted silage fermentation compared to fermentation temperature of $20^{\circ}C$. As storage temperature increased from $5^{\circ}C$ to $25^{\circ}C$, little changes occurred in silages fermented at $20^{\circ}C$, in terms of most biochemical parameters as well as bacterial and fungal populations. However, a high number of enterobacteria and yeasts (4 to $5\;log_{10}$ colony forming unit/g fresh materials) were detected at $15^{\circ}C$ and above. PCR-DGGE profile showed that Candida humilis predominated the fungi flora. For silage fermented at $10^{\circ}C$, no significant changes were observed in most silage characteristics when temperature was increased from $5^{\circ}C$ to $20^{\circ}C$. However, above $20^{\circ}C$, silage fermentation resumed as observed from the significantly increased number of lactic acid bacteria colonies, acetic acid content, and the rapid decline in pH and water-soluble carbohydrates concentration. DGGE results showed that Lactobacillus buchneri started to dominate the bacterial flora as temperature increased from $20^{\circ}C$ to $25^{\circ}C$. Conclusion: Temperature during fermentation as well as temperature during storage modulates microorganism population development and fermentation patterns. Silage fermented at $20^{\circ}C$ indicated that these silages should have lower aerobic stability at opening because of better survival of yeasts and enterobacteria.

사료 급여 방식에 따른 반추위액 내 휘발성지방산과 단당류 비교 분석과 대사산물 분석 (Comparison of Volatile Fatty Acids, Monosaccharide Analysis and Metabolic Profiling in Rumen Fluid According to Feeding Methods)

  • 엄준식;이신자;이유경;이성실
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제19권12호
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    • pp.814-824
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    • 2018
  • 거세한우 3두를 $3{\times}3$ Latin square design 시험방법에 적용하여 사료 적응 기간 10일 후 사료 급여 방식에 따른 반추위액 내 휘발성지방산과 단당류 비교 분석 및 대사산물 분석에 대한 연구를 수행하였다. 연구 결과 HPLC와 HPAEC에서 측정되지 않은 휘발성지방산과 단당류들은 $^1H-NMR$에서는 측정이 가능 한 것을 알 수 있었다. $^1H-NMR$에서 측정된 대사산물 중, carbohydrate 계열 대사산물 pyruvate는 사료 급여 전 반추위액에서만 측정 되었으며, succinate는 사료 급여 전 후에서 모두 측정 되었다. Amino acid 계열 대사산물은 총 9가지가 측정 되었다. Lipid 계열 대사산물 ethylene glycol는 사료 급여 전 Con구에서 유의적(P<0.05)으로 높게 측정 되었다. Aiphatic acylic compounds 계열 대사산물 trimethylamine N-oxide는 유의적인 차이는 보이지 않았다. 이번 연구를 통해 $^1H-NMR$를 이용하여 반추위액 내 많은 대사산물 측정이 가능한 것을 알 수 있었으며 사료 급여 전 후 급여 방식에 따라 대사산물의 변화가 나타나는 것을 확인 할 수 있었다.

Transcriptome profiling identifies immune response genes against porcine reproductive and respiratory syndrome virus and Haemophilus parasuis co-infection in the lungs of piglets

  • Zhang, Jing;Wang, Jing;Zhang, Xiong;Zhao, Chunping;Zhou, Sixuan;Du, Chunlin;Tan, Ya;Zhang, Yu;Shi, Kaizhi
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제23권1호
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    • pp.2.1-2.18
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    • 2022
  • Background: Co-infections of the porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) and the Haemophilus parasuis (HPS) are severe in Chinese pigs, but the immune response genes against co-infected with 2 pathogens in the lungs have not been reported. Objectives: To understand the effect of PRRSV and/or HPS infection on the genes expression associated with lung immune function. Methods: The expression of the immune-related genes was analyzed using RNA-sequencing and bioinformatics. Differentially expressed genes (DEGs) were detected and identified by quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR), immunohistochemistry (IHC) and western blotting assays. Results: All experimental pigs showed clinical symptoms and lung lesions. RNA-seq analysis showed that 922 DEGs in co-challenged pigs were more than in the HPS group (709 DEGs) and the PRRSV group (676 DEGs). Eleven DEGs validated by qRT-PCR were consistent with the RNA sequencing results. Eleven common Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathways related to infection and immune were found in single-infected and co-challenged pigs, including autophagy, cytokine-cytokine receptor interaction, and antigen processing and presentation, involving different DEGs. A model of immune response to infection with PRRSV and HPS was predicted among the DEGs in the co-challenged pigs. Dual oxidase 1 (DUOX1) and interleukin-21 (IL21) were detected by IHC and western blot and showed significant differences between the co-challenged pigs and the controls. Conclusions: These findings elucidated the transcriptome changes in the lungs after PRRSV and/or HPS infections, providing ideas for further study to inhibit ROS production and promote pulmonary fibrosis caused by co-challenging with PRRSV and HPS.

메타버스 내 아바타 정체성 확인에 영향을 미치는 요인에 관한 연구 (How do people verify identity in the Metaverse: Through exploring the user's avatar)

  • 김기현;이성원;서길수
    • 지능정보연구
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    • 제29권2호
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    • pp.189-217
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    • 2023
  • 메타버스는 아바타를 이용하여 사회적, 경제적, 문화적 활동을 하게 되는 가상의 세계이며, 아바타는 가상 세계에서 나를 대신하는 '또 다른 자신'이다. 최근 메타버스는 전 세계적으로 관심을 받고 있으나, 메타버스 내에서 아바타를 통해 구현되는 정체성을 탐구하는 연구는 부족한 실정이다. 본 연구는 메타버스에서 아바타 사용 관련 네 가지 IT 아티팩트 특성(아바타 표현, 아바타 공현존감, 아바타 프로파일링, 아바타-공간 상호작용)이 지각된 아바타 정체성 확인을 매개하여 메타버스 사용에 대한 만족도와 지속 사용 의도에 미치는 영향에 대해 조사하였다. 이를 위해 제페토 플랫폼 유경험자 196명을 대상으로 설문을 실시하였으며 구조방정식 분석을 통해 가설을 검증하였다. 분석 결과에 따르면, 아바타 표현, 아바타 프로파일링, 아바타-공간 상호작용을 가능하게 하는 IT 아티팩트의 사용이 지각된 아바타 정체성 확인에 긍정적인 영향을 주는 것으로 확인되었다. 이렇게 충족된 자기 확인은 지속 사용 의도에 만족도를 거쳐 간접적으로 영향을 주는 것이 확인되었다. 본 연구는 처음으로 메타버스 내 아바타에 투영한 정체성에 영향을 미치는 메타버스 기술 요소들을 검증하였다는 점에서 학문적으로 기여를 한다. 또한 메타버스 플랫폼 기업에게 메타버스를 디자인하고 구현하는 데 있어서 효과적인 가이드를 제공할 것으로 기대된다.

기능성 표시식품형 난소화성말토덱스트린 첨가 감바스 알 아히요(Gambas al ajillo) 레토르트 식품의 관능 및 품질특성 (Sensory and Quality Characteristics of Gambas al Ajillo Retort Foods with Nondigestible Maltodextrin as Functional Labeling Foods)

  • 박지훈;최유리;조혜정;김진;권용진;김진수;이정석
    • 한국수산과학회지
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    • 제56권6호
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    • pp.781-789
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    • 2023
  • We investigated the sensory and quality characteristics of gambas al ajillo retort foods with nondigestible maltodextrin (trial gambas) compared with commercially available frozen gambas al ajillo (control). Trial gambas demonstrated approximate compositions of 75.8% moisture, 11.3% protein, 5.8% lipid, 1.7% ash, and 5.4% carbohydrates, indicating lower lipid and carbohydrate contents but higher moisture, protein, and ash levels than that of the control. Sensory assessments conclusively established the superior overall acceptability of trial gambas over the control. Trial gambas exhibited a total amino acid content of 9.62 g/ 100 g, surpassing the 5.39 g of the control. The major amino acids, such as lysine, leucine, arginine, aspartic acid, and glutamic acid, contributed significantly to its enhanced nutritional profile. Mineral analysis revealed higher calcium, phosphorus, magnesium, and iron levels in trial gambas and lower potassium levels than that in the control. Fatty acid profiling identified 18:1n-9 (67.8%) and 16:0 (11.9%) as the predominant fatty acids, in concordance with the control. This study substantiates trial gambas with the health-oriented preferences of the MZ generation while presenting superior sensory and quality attributes compared with the control.

유방암에서 자기공명영상 근거 영상표현형과 유전자 발현 프로파일 근거 위험도의 관계 (Correlation between MR Image-Based Radiomics Features and Risk Scores Associated with Gene Expression Profiles in Breast Cancer)

  • 김가람;구유진;김준호;김은경
    • 대한영상의학회지
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    • 제81권3호
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    • pp.632-643
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    • 2020
  • 목적 자기공명영상 근거 영상표현형과 생체분자학적 아형, 유전자 발현 프로파일 근거 위험도 등 유방암 유전체 특징의 관계를 분석하고자 하였다. 대상과 방법 The Cancer Genome Atlas와 and the Cancer Imaging Archive에 공개된 자료를 이용하였다. 122개의 유방암의 자기공명영상에서 영상표현형이 추출되었다. 유전자 발현 프로파일에 따라 PAM50아형을 분류하고 위험도를 지정하였다. 영상표현형과 생체분자학적 특징의 관계를 분석하였다. 예측모델을 알아보기 위해 penalized generalized regression analysis를 이용하였다. 결과 PAM50아형은 maximum 2D diameter (p = 0.0189), degree of correlation (p = 0.0386), 그리고 inverse difference moment normalized (p = 0.0337)와 유의하게 관련이 있었다. 위험도 시스템 중에 GGI와 GENE70이 통계적으로 유의하게 8개의 영상표현형 특징을 서로 공유하였다(p = 0.0008~0.0492). Maximum 2D diameter가 두 위험도 시스템에서 가장 유의하게 관련있는 특징이었으나(p = 0.0139, p = 0.0008) 예측모델의 전반적인 연관 정도는 약했고 가장 높은 연관계수는 GENE70이 0.2171이었다. 결론 영상표현형 중에 maximum 2D diameter, degree of correlation, 그리고 inverse difference moment normalized가 PAM50 아형 그리고 GENE70과 같은 유전자 발현 프로파일 근거 위험도와 그 연관도는 약하였으나 유의한 관련을 보였다.

사례분석을 통한 경호 전문성 제고 (Professionalism raising of the escort which leads an instance analysis)

  • 유형창
    • 시큐리티연구
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    • 제18호
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    • pp.73-99
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    • 2009
  • 본 논문에 분석자료로 소개되는 요인암살 및 위해사건은 3가지인 바 미국의 레이건대통령 저격사건, 한국의 박정희대통령 저격사건, 이스라엘의 라빈수상 암살사건이다. 1981년 레이건대통령이 워싱턴의 힐튼호텔 앞에서 연설을 마치고 백악관으로 이동하기 위하여 차량에 탑승하기 직전, 범인 힝클리가 33구경 리볼버 권총으로 대통령의 가슴과 공보비서 및 경호원 등을 실탄6발로 저격한 사건이 발생하였으며, 한국에서는 제일동포 2세 문세광이 1974년 서울 장충동 소재 국립극장에서 거행된 29주년 8. 15광복절 기념식 행사장에서 박정희대통령을 시해하려다 실패하고 육영수여사를 저격하여, 우측두부에 총상을 입혀 사망케 한 사건이 발생하였고, 이스라엘 라빈수상은 1995년 이스라엘 텔아비브 시청 앞에서 중동평화정착 계획지지 군중대회를 마치고 차량에 탑승하려는 순간 범인 이갈 아미르가 쏜 총탄에 피격되어 사망하였다. 이러한 사건들은 경호분석 측면에서 큰 교훈을 남겼으며, 경호기관에서 교육훈련시 활용되고 있는 소재들이다. 한국에서도 대통령실 경호처는 물론이고, 전국 경호관련학과에서 '경호분석학', '경호실무', '경호방법론' 등의 교과목에 주요한 위해사건 모델로 다루어지고 있다. 경호임무를 수행함에 있어 경호기법은 가장 중요한 사안이다. 더불어 정치 사회 문화와의 제반관계와 밀접한 관련성을 가지고 있다. 본 연구에서는 경호분석적 측면에서 주요 모델로 다루어지고 있는 이 사건들을 소개 수준을 넘어, 경호기법적 측면에서 분석하여 재평가하고자 하는데 연구의 목적을 두었다. 특히 미국 레이건대통령 암살미수사건은 현장의 근접경호원들이 총성 이후 10초 만에 경호 대상자인 레이건 대통령을 사건 현장에서 즉시 대피시키는 신속성을 발휘한 부분에 있어서 1963년 케네디 대통령 암살 사건과 비교해 볼 때 경호원들의 행동이 상당히 전문화 되었다는 긍정적 성공사례로 평가되고 있으나 본 연구에서 제기된 행사장 외곽 취재구역 근무요원의 방심, 수시사용 행사장에 대한 안일한 자세, 무선교신 혼란과 무선보안 누설위험, 의무기록철 비치 미비, 위해 인물 프로파일링 미비, 병원 및 응급실 사전 미확보 등의 문제점을 발생시켰음을 부인할 수 없다.

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웹툰 콘텐츠 추천을 위한 소비자 감성 패턴 맵 개발 (Development of Customer Sentiment Pattern Map for Webtoon Content Recommendation)

  • 이준식;박도형
    • 지능정보연구
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    • 제25권4호
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    • pp.67-88
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    • 2019
  • 웹툰은 인터넷의 특징적 요소들을 활용하여 제작되는 만화 콘텐츠를 온라인 환경에서 소비 가능한 형태로 유통하는 한국형 디지털 만화 플랫폼이다. 최근 웹툰 산업의 급격한 성장과 함께 웹툰 콘텐츠의 공급량이 기하급수적으로 증가함에 따라, 효과적인 웹툰 콘텐츠 추천 방안의 필요성이 커지고 있다. 웹툰은 회화적 요소와 문학적 요소, 디지털 요소의 복합적 산물로서, 독자로 하여금 재미를 느끼게 하고 웹툰이 연출하는 상황에 이입·공감하게 하는 등 소비자의 감성을 자극하는 디지털 콘텐츠 상품이다. 따라서 웹툰이 소비자에게 전달하는 감성이 소비자가 웹툰을 선택함에 있어 중요한 기준으로 작용할 것이라 기대할 수 있다. 본 연구는 기존에 충분히 논의되지 않았던 소비자 감성을 중심으로, 웹툰 콘텐츠의 효과적인 추천을 지원할 수 있는 소비자 감성 패턴맵의 개발을 목적으로 한다. 본 연구의 수행을 위해 '네이버 웹툰' 플랫폼에서 서비스되는 200개 작품에 대한 메타데이터와 소비자 감성어휘 정보를 수집하였다. 분석 목적에 부합하지 않는 작품을 제외한 127개 작품에 대해 488개의 감성어휘가 수집되었다. 이후 수집된 감성어휘들 간 유사감성 통합, 중복감성 배제 과정을 Bottom-up 접근으로 수행하여 총 63개 감성유형으로 축소된 웹툰 특화 감성지표를 구축하였다. 구축한 감성지표에 대한 탐색적 요인분석을 수행하여 웹툰 유형을 분류할 수 있는 3개의 중요 차원을 도출하고, 이를 기준으로 K-Means 클러스터링을 수행하여 전체 웹툰을 4개 유형으로 분류하였다. 각각의 유형에 대해 웹툰-감성 2-Mode 네트워크를 구축하여 웹툰 유형별로 나타나는 감성 패턴의 특징을 살펴보았으며, 프로파일링 분석을 통해 웹툰 유형별 인사이트와 실무적으로 의미 있는 전략적 시사점을 도출할 수 있었다. 본 연구의 결과를 통해 웹툰의 추천 및 분류의 영역에서 소비자 감성의 활용 가능성을 확인하고, 웹툰 생태계 내 구성원들이 소비자를 보다 잘 이해하고 전략을 수립할 수 있도록 돕는 가이드라인을 제시하였다는 점에서 의의가 있다.

국내에서 사육되는 Holstein 젖소과 Jersey 젖소의 대변 미생물 분석 : 비교연구 (Fecal Microbiota Profiling of Holstein and Jersey, in South Korea : A Comparative Study)

  • 하광수;서지원;양희건;박세원;이수영;박영경;이란희;정도연;양희종
    • 생명과학회지
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    • 제33권7호
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    • pp.565-573
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    • 2023
  • 숙주 동물과 동물의 장내 미생물의 건강 또는 생산성에 대한 연구결과를 미루어 볼 때, 가축 동물의 장내 미생물에 대한 연구는 매우 중요하다. 본 연구는 국내에서 사육되는 젖소 중 홀스타인 종과 저지종 젖소의 장내 미생물을 분석하고 차세대 염기서열 분석을 통해 젖소 종에 따른 장내 미생물 군집 구조의 차이를 규명하고자 하였다. 젖소의 원유 생산과 관련있는 것으로 알려진 종 풍부도와 종 다양성 지수 분석 결과 대부분의 풍부도 및 다양성 지수가 홀스타인 종 보다 저지 종에서 유의한 수준으로 높은 것으로 나타났으나, 종 간의 계통학적 거리를 합산하여 산출되는 phylogenetic diversity 지수는 낮은 것으로 나타났다. 미생물 분포 분석 결과 홀스타인과 저지 종의 두 집단 장내 미생물 군집 구조가 다른 것으로 나타났다. 두 종의 젖소에서 과(family) 수준의 다양한 장내 미생물간의 분포에 상관관계가 있는 것으로 나타났으며, 특히 저지 종의 장내 미생물은 다양한 미생물 분포 사이에 매우 유의한 수준의 상관관계가 있는 것으로 나타났다. 두 종의 젖소 장내 미생물 구조에 차이가 있는지 확인하기 위해 beta-diversity 분석을 수행하였으며, PCoA 분석과 UPGMA clustering 분석 결과 두 그룹의 cluster가 명확히 분리되는 것을 시각적으로 확인하였으며, PERMANOVA 분석 결과 두 종의 장내 미생물 군집 구조가 통계적으로 매우 유의한 수준의 차이가 있는 것으로 나타났다. 두 젖소 종의 장내 미생물 군집 구조 차이에 기여하는 미생물을 확인하기 위해 LEfSe 분석을 수행하였으며, 그 결과 Firmicutes, Bacilli, Moraxellaceae, Pseudomonadales 등의 상대적인 미생물 분포 차이가 두 그룹간 장내 미생물 군집 구조 차이에 가장 큰 영향을 미치는 것으로 나타났다.

N-glycoproteomic analysis of human follicular fluid during natural and stimulated cycles in patients undergoing in vitro fertilization

  • Lim, Hee-Joung;Seok, Ae Eun;Han, Jiyou;Lee, Jiyeong;Lee, Sungeun;Kang, Hee-Gyoo;Cha, Byung Heun;Yang, Yunseok
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제44권2호
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    • pp.63-72
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    • 2017
  • Objective: Hyperstimulation methods are broadly used for in vitro fertilization (IVF) in patients with infertility; however, the side effects associated with these therapies, such as ovarian hyperstimulation syndrome (OHSS), have not been well studied. N-glycoproteomes are subproteomes used for the remote sensing of ovarian stimulation in follicular growth. Glycoproteomic variation in human follicular fluid (hFF) has not been evaluated. In this study, we aimed to identify and quantify the glycoproteomes and N-glycoproteins (N-GPs) in natural and stimulated hFF using label-free nano-liquid chromatography/electrospray ionization-quad time-of-flight mass spectrometry. Methods: For profiling of the total proteome and glycoproteome, pooled protein samples from natural and stimulated hFF samples were selectively isolated using hydrazide chemistry to obtain the total proteomes and glycoproteomes. N-GPs were validated by the consensus sequence N-X-S/T (92.2% specificity for the N-glycomotif at p<0.05). All data were compared between natural versus hyperstimulated hFF samples. Results: We detected 41 and 44 N-GPs in the natural and stimulated hFF samples, respectively. Importantly, we identified 11 N-GPs with greater than two-fold upregulation in stimulated hFF samples compared to natural hFF samples. We also validated the novel N-GPs thyroxine-binding globulin, vitamin D-binding protein, and complement proteins C3 and C9. Conclusion: We identified and classified N-GPs in hFF to improve our understanding of follicular physiology in patients requiring assisted reproduction. Our results provided important insights into the prevention of hyperstimulation side effects, such as OHSS.