• 제목/요약/키워드: isolation forest

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교배형 분석을 활용한 표고 교배균주 육성 및 자실체 발생 특성 (Characteristics of Lentinula edodes Fruiting Bodies Formed by Mono-mono Hybridization Using Mating Type Analysis)

  • 장영선;박미정;김은진;김민준;정연석;가강현
    • 한국균학회지
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    • 제51권4호
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    • pp.389-396
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    • 2023
  • 본 연구에서는 교배형 분석을 활용하여 표고의 교배균주를 육성하고 그로부터 발생한 자실체의 특성을 알아보고자 하였다. 단핵균주 분리에는 산백향과 청흥1호 품종을 이용하였는데, 산백향은 버섯으로부터 100여개의 단포자를 분리하였으며, 청흥1호는 원형질체 분리 및 재생과정을 통해 단핵균주를 얻었다. 이렇게 얻는 단핵균주는 우선 교배형 분석을 실시하였으며, 교배 가능한 조합을 확인하고 총 60개의 균주를 교배하였다. 톱밥재배는 2 kg 사각블럭배지를 이용하였으며, 배양 120일 후에 버섯 발생처리를 하였다. 그 결과 60균주의 교배성공률은 100%에 이르렀으며, 그 중 55개인 91.7%의 균주에서 버섯이 발생하였다. 모든 균주에서 정상적인 버섯이 발생하였으며, 그 중 10개 균주에서는 주름살을 온전하게 형성하지 않는 기형버섯도 발생하는 것을 확인하였다. 버섯의 형태적인 특성은 매우 다양하게 나타났으며, 이러한 특성을 사전에 파악하기 위해서는 교배모본의 특성을 평가할 수 있는 연구가 더 필요하다.

Variation in trn-L/trn-V and trn-F/trn-T spacer regions of cpDNA in Abies koreana Wilson and A. nephrolepis Traut./Maxim

  • Kormutak, A.;Hong, Y.-P.;Kwon, H.-Y.;Kim, C.-S.
    • 한국산림과학회지
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    • 제96권2호
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    • pp.131-137
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    • 2007
  • The first evidence has been provided about the variation within trnL-trnV and trnF-trnT spacer regions of cpDNAs in Korean fir and Manchurian fir, revealed by PCR-RFLP analysis. Four cpDNA haplotypes have accordingly been recognized by being analyzed using the trnL-trnV/Tru11 primer-enzyme combination and 3 haplotypes using the trnF-trnT/TagI combination, which exhibited inter and intraspecific variation. A total of 6 cpDNA haplotypes were recognized by pooling the PCR-RFLP variants observed in both combinations. Haplotypes 2 and 3 were common for both species investigated, whereas haplotypes 1, 4, and 5 were detected only in Korean fir and haplotype 6 was detected only in Manchurian fir. Although haplotypes 2 and 3 were common in both species, haplotype 2 was major haplotype for Korean fir and haplotype 3 was one of the 2 major haplotypes for Manchurian fir. Restricted occurrence of haplotype 4 in Mt. Halla and haplotype 5 in Mt. Jiri of the Korean fir may represent the existence of geographic isolation by the sea between them. Diagnostic potential of individual haplotypes in discriminating between the two species as well as between their populations is discussed.

구강암에 대해 항암효과를 나타내는 methanol 자화 방선균의 분리 및 동정 (Isolation and Identification of Methylotrophic Actinomycetes capable of Producing Anti-oral Cancer Activity)

  • 김정;김선숙
    • 한국치위생학회지
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    • 제1권2호
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    • pp.193-200
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    • 2001
  • An appropriate amount of samples, collected from three each paddy forest, field and riverside soil near Taegu city, was suspended in sterile water and then diluted in order to isolation of antagonistic to oral cancer. The diluted samples were inoculated on separating medium in the routing spreading method. So, seven hundred and eighteen strains were isolated on HV agar and 220 strains were on methanol medium from soil samples. So, during the screening of anti-oral cancer activity from soil, we isolated microorganisms showing powerful antagonistic activity. Among them, No. 78 strain exhibited the most strongly anti-oral cancer activity. Microbiological properties were investigated by the methods described in the Bergey's Manual of Systematic Bacteriology and experimental methods of identification of actinomycetes by Hamada et al. As a result, a methylotrophic actinomycetes strain No. 79 was estimated as Amycolatopsis sp. based on taxonomic studies.

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소나무 자엽(子葉)을 이용(利用)한 원형질체(原形質體) 나출(裸出) 및 배양(培養) (Isolation and Culture of Protoplasts from Embryonic Cotyledons of Pinus densiflora S. et Z.)

  • 이경준;이재순;윤양;이석구
    • 한국산림과학회지
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    • 제71권1호
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    • pp.9-13
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    • 1985
  • 침엽수류(針葉樹類)의 원형질체(原形質體) 배양(培養)의 가능성(可能性)을 시험(試驗)하기 위하여 소나무 종자(種子)의 자엽(子葉)에서 원형질체(原形質體)를 나출(裸出)하여 배양(培養)을 시도(試圖)하였다. 9일(日)동안 발아(發芽)시킨 채종원산(採種園産) 소나무 종자(種子)에서 길이가 3~4mm 가량 되는 자엽(子葉)을 잘라내서 Cellulase Onozuka R-10과 Macerozyme을 첨가(添加)한 효소용액(酵素溶液)에서 8시간(時間) 처리(處理)하여, 활성(活性)이 높은 원형질체(原形質體)를 대상(大量)으로 얻었다. 나출(裸出)된 원형질체(原形質體)를 $B_5$ 배양(培養)의 무기염(無機鹽), 비타민, 아미노산, 유기산(有機酸), 당류(糖類), 식물(植物)홀몬이 들어있는 배지(培地)에 배양(培養)하였을 때, 12시간(時間) 경과(經過) 후(後) 첫 budding이 관찰(觀察)되었으며, 3~4일(日) 후(後) 3~4개(個)의 세포(細胞)로 분열(分裂)하였다. 세포분열(細胞分裂)은 적도판(赤道板)을 가운데 둔 이등분식(二等分式) 분열(分裂)이 아니고, 대부분(大部分) 효모균(酵母菌)과 같이 budding에 의한 분열(分裂)이었다. 세포분열(細胞分裂)은 4개(個)의 세포상태(細胞狀態)에서 중단(中斷)되어 더 이상 진전(進展)되지 않았다. 소나무 종자(種子)를 17일(日) 혹은 24일간(日間) 발아(發芽)시켜서 완전(完全)히 자란 자엽(子葉)을 사용(使用)했을 때에는 원형질체(原形質體) 나출(裸出)은 쉽게 이루어졌으나, 배양시(培養時)에 세포분열(細胞分裂)이 이루어지지 않았다.

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AFLP 마커를 이용한 당단풍나무 집단의 유전다양성과 유전구조 (Genetic Diversity and Genetic Structure of Acer pseudosieboldianum Populations in South Korea Based on AFLP Markers)

  • 안지영;홍경낙;백승훈;이민우;임효인;이제완
    • 한국산림과학회지
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    • 제105권4호
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    • pp.414-421
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    • 2016
  • 국내 당단풍나무 집단의 유전다양성, 유전분화 및 유연관계를 알아보기 위해 AFLP 분석을 실시하였다. 14개 당단풍나무 집단에 대한 7개 AFLP 프라이머 조합을 적용한 결과 유효대립유전자 수($A_e$)가 1.4개, 다형적 유전자좌 비율(%P)이 82.2%, Shannon의 다양성 지수(I)가 0.358, 이형접합도 기대치($H_e$)가 0.231이었고, 베이즈 방법으로 추론한 이형접합도 기대치(Hj)는 0.253으로 나타났다. 당단풍나무의 유전다양성은 단풍나무속 수종들과 비교했을 때 중간수준이었고, 생활사나 생태적 특성이 유사한 수종들에 비해 낮았다. 베이즈 방법으로 추정된 평균 $F_{IS}$값은 0.712로 나타나 자가수분이나 근연관계 개체 간 교배에 의한 동형접합체 증가가 유전다양성에 영향을 준 것으로 생각된다. AMOVA로 추정한 당단풍나무의 유전분화율(${\Phi}_{ST}$)은 0.107이었고, 베이즈 방법으로 추정한 유전분화율(${\Phi}^{II}$)은 0.110이었다. 당단풍나무는 생활사나 생태적 특성이 유사한 종들에 비해 유전분화가 적게 이루어진 것으로 나타났다. 유연 관계 분석에서 울릉도 집단은 내륙의 집단들과 유전적으로 가장 상이한 집단으로 나타났다. 울릉도 집단은 유전다양성이 가장 낮은 집단으로서, 내륙의 집단 일부가 이주하면서 생긴 창시자 효과와 유전적 부동에 의해 유전다양성 감소가 이루어졌고 내륙과의 지리적 격리로 인해 유전자 교류가 감소했기 때문으로 추정된다.

현사시나무에서 Basic Leucine Zipper 유전자의 분리와 특성 구명 (Isolation and Characterization of a Basic Leucine Zipper Gene in Poplar (Populus alba × P. glandulosa))

  • 윤서경;이효신;배은경;최영임;김준혁;노설아
    • 한국산림과학회지
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    • 제103권2호
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    • pp.189-195
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    • 2014
  • Basic leucine zipper(bZIP) 단백질은 식물의 성장과 발달 그리고 스트레스 반응을 조절하는 전사인자이다. 본 연구에서는 현사시나무(Populus alba ${\times}$ P. glandulosa)에서 SE3 그룹에 속하는 bZIP인 PagbZIP1 유전자를 분리하여 구조와 발현 특성 등을 조사하였다. 현사시나무의 PagbZIP1 유전자는 844개의 염기쌍으로 이루어져 있으며, 144개의 아미노산으로 구성되는 예상 분자량 16.6 kDa의 단백질을 암호화한다. PagbZIP1은 보존영역인 basic domain과 leucine zipper domain을 가지고 있으며, 현사시나무의 염색체에 2 copy가 존재하는 것으로 나타났다. PagbZIP1은 현사시나무의 뿌리와 배양세포에서 특이적으로 발현하며, 배양세포의 생장주기에서는 정지기에 높게 발현하였다. 또한 건조와 염 그리고 저온 스트레스 뿐 아니라 식물호르몬인 ABA 처리에 의해서도 발현이 유도되어, ABA를 경유한 신호전달경로를 따라 유전자 발현을 조절하는 것으로 판단되었다. 본 연구결과는 PagbZIP1 유전자의 도입과 발현조절을 통한 바이오매스 증진 및 스트레스 내성 나무의 개발에 도움을 줄 것으로 생각된다.

Isolation, Identification and Characterization of Phytophthora katsurae, Causing Chestnut Ink Disease in Korea

  • Lee, Jong-Kyu;Jo, Jong-Won;Shin, Keum-Chul;Lee, Sang-Hyun;Lee, Sang-Yong
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제25권2호
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    • pp.121-127
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    • 2009
  • Since July 2005, survey of chestnut ink disease was carried out in chestnut stands located at southern parts of Korea. Dead chestnut trees showing inky ooze on necrotic trunks were found in two different locations. In order to isolate and identify the causal fungus, infected tissues and soil samples around dead or dying trees were collected and placed on Phytophthora-selective medium. Rhododendron and chestnut tree leaves were used as a bait to isolate the fungus from soil samples by attracting zoospores in soil suspensions. On V-8 culture medium, the isolates produced homothallic oogonia with protuberances ($34.0-46.2{\times}21.9-26.7{\mu}m$) abundantly, but did not produced sporangia. Mass production of sporangia was possible by immersing agar plugs with actively growing mycelium in the creek water at $18^{\circ}C$ for 3 days. Sporangia were papillate, and ovoid to obpyriform ($17.0-38.9{\times}14.6-29.2{\mu}m$) in shape. Comparison of the ITS sequences revealed that the isolates had 100% identity to the P. katsurae isolates from Japan and New Zealand and 99.6% identity to other P. katsurae isolates. All of the examined isolates from Korea were completely identical to each other in ITS sequence. Numerous sporangia were formed in filtered as well as unfiltered creek water, but no sporangia formed in sterilized distilled water. Light induced sporangia formation, but has no influence on oospore formation. Amendments of ${\beta}$-sitosterol in culture media have no significant effect on mycelial growth but significantly stimulate oospore and sporangia formation.

Formaldehyde에 반응하는 애기장대 단백질의 분리 (Isolation of formaldehyde-responsive proteins in Arabidopsis)

  • 권미;박현진;서재현
    • Journal of the Korean Wood Science and Technology
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    • 제35권4호
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    • pp.52-60
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    • 2007
  • 포르말린과 톨루엔 처리에 의한 애기장대의 표현형 변화 및 포르말린에 의한 단백질의 발현변화를 관찰하였다. 톨루엔의 휘발량이 포르말린보다 많음에도 불구하고 포르말린 처리구에서 애기장대의 표현형 변화가 더욱 현저한 것을 확인하였다. 포르말린에 의한 표현형의 변화가 미비한 6h 처리구에서도 애기장대 단백질의 발현에 많은 변화가 나타났으며 이러한 발현변화는 처리시간이 길어질수록 더욱 뚜렷하였다. 포르말린에 의하여 발현량이 변하는 단백질의 분자량을 automated gel electrophoresis system을 이용하여 예측한 후, 그 결과를 토대로 formaldehyde-responsive proteins을 분리하였다. 분리한 5개의 단백질은 전사수준에서 formaldehyde-dependent expression을 나타내었으며 formaldehyde-responsive proteins (FRP)으로 명명하였다. FRP5를 제외한 네 개의 단백질은 그 기능이 밝혀지지 않은 novel protein으로 식물의 방어기작에 관여하는 단백질과 높은 상동성을 나타내는 것을 알 수 있었다.

현사시나무에서 SENESCENCE 1 유전자의 분리와 발현특성 구명 (Isolation and Characterization of a Putative SENESCENCE 1 Gene from Poplar (Populus alba × P. glandulosa))

  • 김준혁;이효신;최영임;배은경;윤서경;노설아
    • 한국자원식물학회지
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    • 제27권4호
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    • pp.392-399
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    • 2014
  • 본 연구에서는 식물의 노쇠와 관련된 SENESCENCE 1 (SEN1) 유전자를 현사시나무에서 분리하고, 여러 가지 조건에서 발현 특성을 분석하였다. 현사시나무의 SEN1 유전자(PagSEN1)는 243개의 아미노산으로 이루어져 있고, 한 개의 rhodanese domain을 가지고 있다. Southern blot 분석 결과 PagSEN1 유전자는 현사시나무에서 2 copy 정도가 존재하는 것으로 나타났다. 조직 특이적 발현양상을 분석한 결과 PagSEN1 유전자는 성숙잎에서 가장 높게 발현하고, 뿌리에서 가장 낮게 발현하는 것으로 나타났다. 또한 mannitol과 염 스트레스 처리에 의해 300배 이상 발현이 증가한 반면에 저온 스트레스에는 반응하지 않았다. 식물 호르몬 처리에서는 ABA와 JA 처리 10시간 후에 발현이 3.5배와 2.4배 이상 증가하는 것으로 나타났다. 따라서 PagSEN1 유전자는 건조와 염 스트레스에 반응하며, 식물의 자연적 노쇠과정 뿐 아니라 스트레스와 같은 환경변화에 의해 유발되는 노쇠과정에도 관여하는 것으로 판단된다.

In vivo Pathogenicity Test of Oak Wilt Fungus (Raffaelea quercus-mongolicae) on Oriental Chestnut Oak (Quercus acutissima)

  • Yi, Su Hee;Lee, Jin Heung;Seo, Sang Tae;Lee, Jong Kyu
    • Journal of Forest and Environmental Science
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    • 제33권4호
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    • pp.342-347
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    • 2017
  • Since the first report of the oak wilt disease at 2004 in Korea, the disease distributed over Korean peninsula and are still giving severe damages. The management of oak wilt disease in Korea has mainly focused on the control of insect vector, Platypus koryoensis. Neverthless the effective method for evaluating the pathogenicity of the pathogen, Raffaelea quercus-mongolicae (Rqm), and for screening chemical or biological agents with strong inhibitory activity against the pathogen, is absolutely necessary, an reliable method is not available so far. This study was conducted to develop the effective method for evaluating the pathogenicity of Rqm in oak trees. The culture suspensions of Rqm were artificially injected to the saplings of Quercus acutissima by using ChemJet tree injector. Three months after treatments, the treated saplings were cut and dipped into 1% fuchsin acid solution. There were significant differences in non-conductive area (%), discoloration area (%) and vertical discoloration length between the pathogen-injected and distilled water-injected control treatments. These results indicated that the pathogen is the causal agent for the dysfunction of water conductive tissue, which will finally result in wilt symptom. Re-isolation of the pathogen and PCR detection using specific primers for the pathogen also confirmed the presence of Rqm in the sapwood chips of the pathogen-injected saplings. These observations would be greatly applied to other related researches for evaluating the pathogenicity of tree wilt pathogens and biocontrol efficacy of the selected antagonistic microorganisms, in case that the wilt symptom is not easily shown by artificial inoculation of the causal agent.