• 제목/요약/키워드: internal transcribed spacer(ITS)

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국내에서 발견된 Hypoxylon truncatum sensu Miller의 형태 및 유전적 특징 (First Note of Hypoxylon truncatum sensu Miller in Korea)

  • 윤철식;장현유;성기호
    • 한국균학회지
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    • 제25권3호통권82호
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    • pp.161-166
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    • 1997
  • 국내에서 처음으로 Hypoxylon truncatum을 채집하여 형태 및 유전적 특징을 관찰하였다. 채집된 균주의 형태적 특징은 문헌에 기록된 외국의 기존 균주의 특정과 일치하였으며 각기 다른 두 형태의 stromata를 지니고 있었다. 대상균주로부터 DNA를 추출한 후 ITS 부분에 대한 PCR-RFLPs를 이용하여 분석을 하였다. 그 결과, 총 6종의 제한효소로부터 유래된 절편들 중 대상균주간에는 서로 공통되는 절편이 관찰되지 않았다. 이러한 결과를 볼 때 다른 형태의 stromata를 지니고 있는 균주간에는 상당한 유전적 거리가 있다고 할 수 있다. 그러므로 다른 형태의 stromata를 지니고 있는 H. truncatum 균주는 다른 종일 것이라 사료된다. 또한 H. truncatum은 백목이 버섯의 인공재배에 있어서 아주 중요한 역할을 할 수 있으므로 본 균주를 사용하기 전에, 이 균에 대한 정확한 분류학적 개념 확립은 백목이 버섯 인공재배를 위한 정확한 균주 선발에 큰 도움이 되리라 생각된다.

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한국산 애주름버섯속의 신종 보고 (Notes on the New Species of Genus Mycena in Korea)

  • 석순자;진용주;유기범;홍승범;권순우;김수진;김정선
    • 한국균학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.224-230
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    • 2015
  • 본 연구는 1992년부터 2015년까지 강원도 치악산 등 23개 지역에서 수집하여 수레바퀴애주름버섯(Mycena stylobates)으로 명명되어 농촌진흥청 국립농업과학원 식물균류 표본보존센터에 보존되어 있는 38개의 표본에 대하여 형태관찰과 자실체로부터 포자분리한 4개 균주의 ITS 염기서열분석을 수행하였다. 그 결과 새로운 종(Mycena yangsupensiae)으로 확인되어 종특징을 기술하고 미세구조를 도해하여 한국의 버섯 종목록에 등재하고자 한다.

형태적 특징 및 분자적 분석에 의한 밤나무 흰가루병균 Erysiphe castaneigena의 확인 (Confirmation of Chestnut Powdery Mildew, Erysiphe castaneigena, in Korea with Morphological Characteristics and Molecular Analyses)

  • 조성은;이상현;이선근;신현동
    • 한국균학회지
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    • 제45권2호
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    • pp.145-152
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    • 2017
  • 국내에서 밤나무 흰가루병균은 1958년에 Microsphaera alni로 처음 기록되었다. 1988년에는 이 흰가루병균의 형태적 특징과 기주를 고려하여 M. sinensis로 동정되었다. 이 학명은 '식물명명에 관한 국제규약'의 규칙에 따라 2006년에 E. castaneigena로 변경되었다. 그럼에도 불구하고, 국내의 밤나무 흰가루병균의 형태적 특징 및 분자적 분석에 의한 분류학적 재검토가 이루어지지 않았다. 본 연구에서는 고려대학교 진균표본실에 보존된 34점의 밤나무 흰가루병균 시료를 대상으로 수행되었다. 무성세대와 유성세대의 형태적 특징을 현미경으로 관찰하고 ITS 영역의 염기서열을 분석함으로써, 한국의 밤나무 흰가루병균은 E. castaneigena로 확인되었다. 또한, 염기서열 분석을 통하여 E. castaneigena와 밤나무 유래의 E. alphitoides는 계통학적으로 근연 관계임을 제시하였다.

식물기생성 선충 포식곰팡이의 형태 및 계통분류학적 특성 (Morphological and Phylogenetic Characteristics of Nematophagous Fungi)

  • 강두선;전한기;손희성;황경숙;조천휘
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제50권2호
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    • pp.101-106
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    • 2007
  • 국내 다양한 토양시료로부터 우수 선충포식곰팡이 9 균주를 선발하였다. 순수분리된 선충포식곰팡이는 포식기관의 형태에 따라 3차원적 점착성 그물구조(3-dimensional adhesive nets)를 나타내는 선충포식곰팡이(A 그룹), 2차원적 점착성 그물구조(2-dimensional adhesive nets)를 나타내는 선충포식곰팡이(B 그룹)와 수축성 고리구조(constricting ring)를 나타내는 선충포식곰팡이(C 그룹)로 크게 3개의 형태그룹으로 분류되었다. 이들 각 그룹에 속하는 선충포식곰팡이의 균사체, 분생포자병, 분생포자의 모양과 크기, 분생포자 형성 개수, 분생포자 마디(node), 분생포자 격막의 수와 격막의 위치, 휴면포자의 형성과 크기 및 색 등 형태학적 특징과 선충포식곰팡이의 rDNA ITS 영역을 PCR로 증폭하여 염기서열을 분석한 결과, 분리된 포식곰팡이는 Monacrosporium thaumasium(Kan-2, Kan-4, Kan-11), Arthrobotrys oligospora(Kan-9, Kan-13, Kan-20, Kan-21), A. musiformis (Kan-12), A. dactyloides(Kan-22)로 동정되었다.

터널에서 미학적 문제를 야기하는 진균 및 항진균 활성을 가진 탄산칼슘 형성세균의 분리와 특성 (Isolation of Fungal Deteriogens Inducing Aesthetical Problems and Antifungal Calcite Forming Bacteria from the Tunnel and Their Characteristics)

  • 박종명;박성진;김사열
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제39권3호
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    • pp.287-293
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    • 2011
  • 본 연구는 터널표면의 퇴색 및 변색을 초래할 것으로 생각되는 주요 균사형진균을 결정하고, 그 진균을 방제하기 위해 부근 장소에서 분리된 세균들이 항진균 길항능을 가지는 동시에 탄산칼슘 형성을 확인하였다. 이 균주를 이용하여 모르타르에 적용했을 때 항진균 및 압축강도 증진효과를 가진 세균자원을 확보하는데 그 목적이 있다. 터널내의 오염된 지역에서 시료를 취하여 다양한 배지를 이용하여 곰팡이, 효모 및 세균을 분리하였고, 분리된 진균의 ITS-5.8S rRNA gene sequene와 세균의 16s rDNA sequence를 이용해 부분동정을 실시했다. 분리된 미생물의 터널 내 분포를 결정하였으며, 분리된 세균 5종의 탄산칼슘 형성능력을 확인하였다. 터널내 오염지역에서 가장 널리 분포하는 곰팡이인 C. sphaerospermum KNUC253 과 감수성 시험에 널리 이용되는 공시균인 A. niger KCTC6906을 대상으로 항진균 시험을 실시하였다. 터널 분리세균 5종 모두 urea-$CaCl_2$ 고체배지에서 배양했을 때 콜로니 주변부 에서 종 특이적으로 다양한 크기와 형태의 탄산칼슘을 형성함을 확인하였다. 그 중 B. aryabhatti KNUC205는 감수성 곰팡이를 대상으로 뛰어난 항진균 길항능을 보였다.

Characterization of Newly Bred Cordyceps militaris Strains for Higher Production of Cordycepin through HPLC and URP-PCR Analysis

  • Lee, Hyun-Hee;Kang, Naru;Park, Inmyoung;Park, Jungwook;Kim, Inyoung;Kim, Jieun;Kim, Namgyu;Lee, Jae-Yun;Seo, Young-Su
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제27권7호
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    • pp.1223-1232
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    • 2017
  • Cordyceps militaris, a member of Ascomycota, a mushroom referred to as caterpillar Dong-chung-ha-cho, is commercially valuable because of its high content of bioactive substances, including cordycepin, and its potential for artificial cultivation. Cordycepin (3'-deoxyadenosine) is highly associated with the pharmacological effects of C. militaris. C. militaris is heterothallic in that two mating-type loci, idiomorph MAT1-1 and MAT1-2, exist discretely in two different spores. In this study, nine C. militaris strains were mated with each other to prepare newly bred strains that produced a larger amount of cordycepin than the parent strains. Nine strains of C. militaris were identified by comparing the internal transcribed spacer sequence, and a total of 12 single spores were isolated from the nine strains of C. militaris. After the MAT idiomorph was confirmed by PCR, 36 mating combinations were performed with six single spores with MAT1-1 and the others with MAT1-2. Eight mating combinations were successfully mated, producing stroma with perithecia. Cordycepin content analysis of all strains by high-performance liquid chromatography revealed that the KASP4-bred strain produced the maximum cordycepin among all strains, regardless of the medium and stroma parts. Finally, universal rice primer-PCR was performed to demonstrate that the bred strains were genetically different from the parental strains and new C. militaris strains. These results may be related to the recombination of genes during mating. The newly produced strains can be used to meet the industrial demand for cordycepin. In addition, breeding through mating suggests the possibility of producing numerous cordycepin-producing C. militaris strains.

Probe-based qPCR Assay for Rapid Detection of Predominant Candida glabrata Sequence Type in Korea

  • Bae, Jinyoung;Lee, Kyung Eun;Jin, Hyunwoo
    • 대한의생명과학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.407-416
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    • 2019
  • Recent years have seen an increase in the incidence of candidiasis caused by non-albicans Candida (NAC) species. In fact, C. glabrata is now second only to C. albicans as the most common cause of invasive candidiasis. Therefore, the rapid genotyping specifically for C. glabrata is required for early diagnosis and treatment of candidiasis. A number of genotyping assays have been developed to differentiate C. glabrata sequence types (STs), but they have several limitations. In the previous study, multi-locus sequence typing (MLST) has performed with a total of 101 C. glabrata clinical isolates to analyze the prevalent C. glabrata STs in Korea. A total of 11 different C. glabrata STs were identified and, among them, ST-138 was the most commonly classified. Thus, a novel probe-based quantitative PCR (qPCR) assay was developed and evaluated for rapid and accurate identification of the predominant C. glabrata ST-138 in Korea. Two primer pairs and hybridization probe sets were designed for the amplification of internal transcribed spacer 1 (ITS1) region and TRP1 gene. Analytical sensitivity of the probe-based qPCR assay was 100 ng to 10 pg and 100 ng to 100 pg (per 1 μL), which target ITS1 region and TRP1 gene, respectively. This assay did not react with any other Candida species and bacteria except C. glabrata. Of the 101 clinical isolates, 99 cases (98%) were concordant with MLST results. This novel probe-based qPCR assay proved to be rapid, sensitive, highly specific, reproducible, and cost-effective than other genotyping assay for C. glabrata ST-138 identification.

Lipase-producing Filamentous Fungi from Non-dairy Creamer Industrial Waste

  • Triyaswati, Desty;Ilmi, Miftahul
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제48권2호
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    • pp.167-178
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    • 2020
  • Lipase-producing fungi have been isolated from environments containing lipids. The non-dairy creamer industrial waste has a high amount of lipids so it is a potential source for the isolation of lipase-producing fungi. However, the study of fungi that secrete lipase from this industrial waste has not been reported. The purpose of this study was to obtain lipase-producing filamentous fungi from non-dairy creamer industrial waste. Mineral salt and potato dextrose agar were used as media for the isolation process. The qualitative screening was conducted using phenol red agar medium and the quantitative screening using broth medium containing glucose and olive oil. Isolates producing the highest amounts of lipase were identified with molecular methods. We found that 5 out of 19 isolated filamentous fungi are lipase producers. Further analysis showed that isolate Ms.11 produced the highest amount of lipase compared to others. Based on ITS sequence Ms.11 was identified as Aspergillus aculeatus. The lipase activity in medium containing 1% glucose + 1% olive oil at pH 7.0 and 30℃ after 96 and 120 h of incubation was 5.13 ± 0.30 U/ml and 5.22 ± 0.59 U/ml, respectively. The optimum lipase activity was found at pH 7.0, 30℃ and using methanol or ethanol in the reaction tube. Lipase was more stable at 20-30℃ and maintained 85% of its activity. It was concluded that isolate Ms.11 is a potential source of lipase that catalyzes transesterification reactions. Further studies are required to optimize lipase production to make the strain suitable for industry purposes.

First Molecular Characterization of Colletotrichum sp. and Fusarium sp. Isolated from Mangrove in Mexico and the Antagonist Effect of Trichoderma harzianum as an Effective Biocontrol Agent

  • Grano-Maldonado, Mayra I.;Ramos-Payan, Rosalio;Rivera-Chaparro, Fernando;Aguilar-Medina, Maribel;Romero-Quintana, Jose Geovanni;Rodriguez-Santiago, Amparo;Nieves-Soto, Mario
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제37권5호
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    • pp.465-475
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    • 2021
  • The aim of this study was to characterize potential fungal species affecting mangrove species in Mexico. The phytopathogens were identified based on morphological and molecular characteristics using internal transcribed spacer (ITS1/ITS4) primers then sequenced and compared with the other related sequences in GenBank (NCBI). Three fungal species were identified as Colletotrichum queenslandicum (Weir and Johnst, 2012) from black mangrove (Avicennia germinans); Colletotrichum ti (Weir and Johnst, 2012) from white mangrove (Laguncularia racemosa) and buttonwood mangrove (Conocarpus erectus); Fusarium equiseti (Corda) from red mangrove (Rhizophora mangle). In addition, C. ti and F. equiseti were identified from mango Mangifera indica L. sampled close by the mangrove area. This study provides first evidence of anthracnose on four mangrove species caused by Colletotrichum and Fusarium species in the "Términos" coastal lagoon in Campeche State southern Mexico. This is the first time that C. queenslandicum and C. ti are reported in Mexico. F. equiseti has not been reported affecting M. indica and R. mangle until the present work. Little is known regarding fungal diseases affecting mangroves in Mexico. These ecosystems are protected by Mexican laws and may be threatened by these pathogenic fungus. This is the first report of the effect of Trichoderma harzianum TRICHO-SIN as an effective biological control against of Colletotrichum and Fusarium species.

Sclerotinia sclerotiorum에 의한 갯기름나물 균핵병 발생 (Sclerotinia Rot of Peucedanum japonicum Thunb. Caused by Sclerotinia sclerotiorum)

  • 정원권;임양숙;김민기;김종수
    • 식물병연구
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    • 제27권3호
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    • pp.115-119
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    • 2021
  • 2020년 경상북도 포항군 연일읍의 갯기름나물 재배 농가포장에서 잎에 작은 갈색 반점이 형성되고 잎끝부터 갈변되며 고사하는 증상이 발생하였다. 균총은 흰색에서 연한 회색을 띠었다. 균핵은 검은색의 구형 또는 타원형이었다. 자낭반은 컵모양이며, 크기는 0.5-0.9 cm이었다. 자낭은 원통형이고 크기는 75-240×5.9-17.3 ㎛이었다. 자낭포자는 무색의 타원형이었으며 크기는 8.4-10.7×4.8-5.8 ㎛이었다. Internal transcribed spacer (ITS) 1과 ITS4 영역의 염기서열 분석결과 Sclerotinia sclerotiorum과 100% 일치하였으며, 이와 같은 병원균의 균학적 특징, 병원성 검정 결과 그리고 염기서열 분석결과를 바탕으로 갯기름나물 잎반점과 마름 증상의 원인균은 S. sclerotiorum으로 동정하였으며, 이 병을 갯기름나물 균핵병으로 명명할 것을 제안한다.