• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제16권12호
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• pp.1816-1821
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• 2003

Reliable PCR based identification of lactobacilli has been described utilizing the sequence of 16S-23S rRNA intergenic spacer region. Those sequence comparisons showed a high degree of difference in homology among the strains of L. rhamnosus, L. casei, L. acidophilus and L. helveticus whose 16S-23S rRNA intergenic small SR's sizes were 222 bp, 222 bp, 206 bp and 216 bp respectively. The sequence of 16S-23S rRNA intergenic spacer region of L. rhamnosus ATCC 53103 revealed the close relatedness to those of L. casei strains by the homology ranges from 95.4% to 97.2%. 16S-23S rRNA intergenic spacer region nucleotide sequence of L. acidophilus showed some distant relatedness with L. rhamnosus ATCC 53103 with the homology ranges from 40.3% to 41.8% and that with L. helveticus was shown to be 30% of homology, which exists at the most distant phylogenetic relatedness. The identification of species and strain of lactobacilli was possible on the basis of these results. The common sequences among the 17 strains were CTAAGGAA located in the initiating position of the DNA and some discrepancies were found between the same strains based on these results.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제45권3호
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• pp.473-482
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• 2003

Lactobacillus spp. 급여에 의하여 Salmonella enteritidis 감염에 의한 치사율의 저하 성향, 시험관내 억제활성, 장액 내의 총 IgA 농도변화와 Lactobacillus casei.의 16S-23S rRNA intergenic spacer region의 sequence를 측정 비교한 결과는 다음과 같다. Lactobacillus spp. 5균주는 시험관내 Salmo- nella enteritidis 억제활성 측정 결과 모든 시험균주가 억제활성을 나타내었고 그 억제활성의 차이가 통계적인 유의성을 보였으며, 억제활성의 차이는 L. helveticus CU 631 > L. rhamnosus GG ATCC 53103 > L. johnsonii C-4 > L. acidophilus ATCC 4356 > L. casei YIT 9018 인 것으로 나타났다. Lactobacillus spp. 급여에 의하여 Salmonella enteritidis challenge에 의한 치사율 저하효과는 Lb. helveticus CU 631은 대조구의 생존률 62%에 대하여 100%로서 가장 높은 치사율 저하효과를 나타내었고, L casei YIT 9018, L johnsonii C-4의 생존률이 70%와 50%를 나타내었다. Lactobacillus spp.의 16S-23S rRNA intergenic spacer region의 sequence를 측정하고 gene bank에 등록된 균주의 sequence와 비교한 결과 homology의 차이를 나타내었다.

• 한국어병학회지
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• 제17권2호
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• pp.91-98
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• 2004

본 연구의 목적은 국내 어류 연쇄구균증 병원체 동정에 있어서 Streptococcus iniae에 대한 구체적인 국내 연구 보고가 없어, 기존에 수행되고 있는 동정방법을 근간으로 16S-23S intergenic spacer region (ISR)의 염기서열을 분석하여 보다 명확한 동정을 실시하고자 하였다. API 20 strep system에 의한 생화학적 성상을 분석해본 결과 정확한 종 동정은 이루어지지 않았지만 기존의 연구에서 보고된 API 20 strep system에 의한 S. iniae의 생화학적 성상과 높은 유사성을 보이는 10균주를 분리할 수 있었다. S. iniae 16S rRNA gene 서열 유래 종 특이적 primer Sin-1 5'-CTAGAGTACACATGTACT(AGCT)AAG-3'와 Sin-2 5'-GGATTTTC CACTCCCATTAC-3'에 의한 PCR-assay 결과 시험균주 10 균주 모두 동일하게 약 300bp의 증폭산물이 관찰되었고, 비 특이적인 반응은 관찰되지 않았다. 시험균주 모두 3개의 16S-23S ISR operon 구조가 관찰되었으나 S. iniae 표준균주 (KCTC 3657)의 경우 단일 구조가 관찰되었다. 16S-23S intergenic spacer region (ISR)의 염기서열을 분석해본 결과 기존에 보고된 S. iniae (Genbank accession number AF 048773)와 96%의 상동성을 보였으며 전체서열에서 상동성을 보이는 근연종이나 근연속은 검색되지 않아 최종적으로 S. iniae로 동정하였다.

• 한국균학회지
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• 제32권2호
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• pp.148-151
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• 2004

본 연구는 Phellinus linteus와 관련 담자균류 속간의 IGS I 영역의 분석에 기초한 분류체계를 정립하기 위해서 실시하였다. 실험에 사용된 Phellinus linteus 균주의 IGS I 영역은 730 bp였고 다른 담자균류의 IGS I 영역과 비교시 5' 말단부위의 $1{\sim}280\;base$까지는 각 균주들간의 보존성이 높게 나타났으며 3' 말단부위로 갈수록 보존성이 감소하다가 다시 증가하는 경향을 보였다. 담자균류의 IGS 영역에 대한 연구가 앞으로 진행된다면 ITS 영역의 비교와 더불어 새로운 계통분류지표로 이용될 수 있을 것이다.

• Journal of Microbiology
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• 제39권4호
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• pp.265-272
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• 2001

Variation within the intergenic spacer(IGS) of the ribosomal DNA gene for twenty-two strains of E. oxysporum and its formae speciales was examined by PCR, couped with RELP analysis. The length of the amplified IGS region was about 2.6 kb in all strains except F.oxysporum f. sp. cucumer-inum from Korea and F. oxysporum f. sp. niveum. Those two strains were 2.5 kb long. Restriction digestion of IGS-RELP regions by Eco RI, NruI, HincII, SAlI, SmaI, BalIi, HindIII, XhoI and KpnI gave rise to nine IGS hapoltypes among all strains. Cluster analysis based on the presence of absence of comigrating restriction reagments show the two groups based on 44% genetic similarity. These results demonstrated that analysis of IGS showed some difference within and between F. oxysporum formae speciales.

• 생명과학회지
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• 제23권10호
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• pp.1260-1266
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• 2013

본 연구에서는 H. marmoreus 3-10균주와 H. marmoreus 1-1균주의 ribosomal DNA (rDNA) cluster의 분석이 수행되었다. Small subunit (SSU)와 intergenic spacer 2 (IGS 2)는 부분적으로 염기서열이 결정되었고, internal transcribed spacer 1 (ITS 1), 5.8S, internal transcribed spacer 2 (ITS 2), large subunit (LSU), intergenic spacer 1 (IGS 1), 5S는 완전하게 염기서열이 결정 되었다. 팽이버섯 H. marmoreus 3-10균주와 H. marmoreus 1-1균주의 rDNA cluster는 총 7,049 bp로 결정되었다. SSU은 1,796 bp, ITS1은 229 bp, 5.8S은 153 bp, ITS2는 223 bp, LSU은 3,348 bp, IGS1은 390 bp, IGS2은 900 bp로 염기서열이 분석되었다. 결정된 rDNA cluster의 총 7,049 bp 중에서 17 bp가 다름이 확인되었고, 각각 SSU (2 bp), ITS (3 bp), LSU (9 bp), IGS (3 bp)에서 차이를 확인하였다. ITS regions의 2차 구조 결과 5개의 stem-loop가 있음이 드러났다. 흥미롭게도, 이들 stem-loop 사이에서 stem-loop V에서 한 개의 상이한 염기가 다른 2차 구조를 나타냄을 확인하였다.

• 미생물학회지
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• 제38권1호
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• pp.7-12
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• 2002

Fusarium section Liseola에 속하는 균주들의 rDNA IGS 부위를 중폭하고 여러개의 제한 효소로 처리하였다. 증폭된 IGS 부위의 길이는 F. moniliforme 12 만이 약 2.9 Kb 이고 나머지 균주들은 모두 약 2.6 Kb였다. 제한 효소 EcoRI, HincII, SalI, PstI 등은 ICS 부위를 절단하여 11균주들에서 9 haplotypes을 확인할 수 있었다. 본 연구에서의 Section Liseola에 속하는 균주들에 대한 결과에 앞서 연구되어진 Section Elegans에 속하는 균주들의 결과를 종합하여 dendrogram을 그렸을 때, IGS 부위를 종내에서와 마찬가지로 종간, section 간의 관계를 밝힐 수 있는 가능성을 제시하여 주었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제16권5호
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• pp.252-256
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• 2000

The 16S-23S rRNA intergenic spacer regions (ISRs) were sequenced and analyzed to design specific primer for identification of Pectobacterium chrysanthemi. Two types ISRs, large and small ISRs, were identified from three strains (ATCC 11663, KACC 10163 and KACC 10165) of P. chrysanthemi and Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum ATCC 15713.Large ISRs contained transfer RNA-Ile(tRNA$^{Ile}$)and tRNA$^{Ala}$, and small ISRs contained tRNA$^{Glu}$. Size of the small ISRs of P. chrysanthemi ranged on 354-356 bp, while it was 451 bp in small ISR of P. carotovorum subsp. carotovorum ATCC 15713. From hypervariable region of small ISRs, species-specific primer for P. chrysanthemi with 20 bp length (CHPG) was designed from hypervariable region of small ISRs, which was used as forward promer to detect P. chrysanthemi strains with R23-1R produced PCR product of about 260bp size (CHSF) only from P. chrysanthemi strains, not from other Pectobacterium spp. and Erwinia spp. Direct PCR from bacterial cell without extracting DNA successfully amplified a specific fragment, CHSF, from P. chrysanthemi ATCC 11663. The limit of PCR detection was 1${\pm}10^2$ cfu/ml.

• 한국수산과학회지
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• 제36권3호
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• pp.239-246
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• 2003

We have examined the 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ISR) of Vibrio vulnificus KCTC 2959. ISRs were amplified by primers complementary to conserved regions of 16S and 23S rRNA genes. ISR amplicons were cloned and sequenced. Analysis of the ISR sequences showed that V. vulnificus KCTC 2959 contains five types of polymorphic ISRs. Size of ISRs ranged from 424 to 741 bp in length and the number of tRNA genes ranged from one to four. The ISRs were designated as ISR-E $(tRNA^{Glu}),\;ISR-IA\;(tRNA^{Ile}-tRNA^{Ala})$, ISR-EKV $(tRNA^{Glu}-tRNA^{Lys}-tRNA^{Val})$, ISR-IAV $(tRNA^{Ile}-tRNA^{Ala}-tRNA^{val})$ and ISR-EKAV $(tRNA^{Glu}-tRNA^{Lys}-tRNA^{Ala}-tRNA^{Val})$ based on their tRNA genes. Multiple alignment of representative sequences from different Vibrio species revealed several domains of high sequence variability. We used the sequences of variable domains to design species-specific primer for detection PCR. Specificity of the primers was examined using genomic DNA prepared from 18 different Vibrio species. The results showed that the PCR using primers designed in this study can be used to detect V. vulnificus from other Vibrio species.

• 미생물학회지
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• 제41권2호
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• pp.117-124
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• 2005

Rotifer와 병든 넙치 자어로부터 분리된 2개의 균주는 표현형적인 특성 확인 결과 Vibrio ichthyoenteri로 확인이 되었다. V. ichthyoenteri를 검출하기 위래 고감도 PCR 방법 개발을 하기 위래 V. ichthyoenteri 16S-23S rRNA intergenic spacer region(ISR)을 분석하였고, V. ichthyoenteri중 특이적 primer를 개발하였다. V. ichthyoenteri 의 ISR를 분석한 결과 1개의 다형성 ISR type서열을 포함하고 있었다. ISR서열은 길이는 348bp이며 tRNA gene을 가지고 있지 않았다. 이 서열을 가지고 이미 알려진 다른 Vibrio 종의 ISR 서열과 mutiple alignment를 수행한 결과 여러 영역에서 높은 가변성을 나타내어 가변 부위를 표적으로 하여 V. ichthyoenteri를 검출하기 위한 종 특이적 primer를 제작하였다. 제작된 primer의 특이성을 확인하기 위해 Vibrio 표준균주 19종의 genomic DNA와 분리균주 18 group에 genomic DNA 그리고 V. ichthyoenteri와 가장 유사한 서열을 가지고 있다고 알려진 Vibrio 종의 genomic DNA를 가지고 시험하였다. 그 결과 본 연구에서 제작된 종 특이적 primer를가지고 PCR 반응을 하면 V. ichthyoenteri를 검출 할 수가 있다.