• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제52권6호
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• pp.691-694
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• 2014

The purpose of this study was to conduct a survey of Dirofilaria immitis infection among stray cats in Korea using nested PCR. We included 235 stray cats (121 females and 114 males) and evaluated each for the presence of feline heartworm infection. Blood samples were collected from 135 cats in Daejeon, 50 cats in Seoul, and 50 cats from Gyeonggi-do (Province). Of the 235 DNA samples, 14 (6.0%) were positive for D. immitis. The prevalence of infection in male cats (8/114, 7.0%) tended to be higher than that in female cats (6/121, 5.0%), but the difference was not statistically significant. In each location, 8, 2, and 4 cats were positive for infection, respectively, based on DNA testing. No significant differences in the prevalence were observed among the geographic regions, although the rate of infection was higher in Gyeonggi-do (8.0%) than Daejeon (5.9%) and Seoul (4.0%). We submitted 7 of the 14 D. immitis DNA-positive samples for sequencing analysis. All samples corresponded to partial D. immitis cytochrome c oxidase subunit I gene sequences with 99% homology to the D. immitis sequence deposited in GenBank (accession no. FN391553). To the best of our knowledge, this is the first survey using nested PCR to analyze the prevalence of D. immitis in stray cats in Korea.

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.105-111
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• 2009

노로바이러스는 급성 위장염을 일으키는 Caliciviridae 과(family)에 속하는 바이러스로 유전자형이 매우 다양하다. 본 연구에서는 노로바이러스 국내분리주의 게놈 RNA로부터 3개의 open reading frame (ORF) 모두의 염기서열을 분석하고, 유전학적 계통분석을 통하여 분자생물학적 특성을 분석하였다. 본 연구에 사용된 노로바이러스(Hu/NLV/Gunpo/2006/KO)는 바이러스성 식중독, 장염 증세를 보이는 2세 여아 가검물로부터 분리되었다. 역전사반응과 PCR 증폭을 통해서 바이러스의 게놈 RNA를 3개의 중첩되는 cDNA 단편으로 합성하였으며, 합성된 cDNA를 염기서열 분석에 직접 사용하였다. 시퀀싱 결과 Hu/NLV/Gunpo/2006/KO는 3개의 ORF (ORF1, 5,100 bp; ORF2, 1,647 bp; ORF3, 765 bp)로 구성되어 있음을 알 수 있었다. 35개의 노로바이러스 국외 분리주와 비교한 결과, ORF1은 ORF2 또는 ORF3에 비해서 상대적으로 염기의 변이율이 낮았으며, 특히 ORF2와 ORF3의 C-말단 부위에서 높은 변이율을 관찰하였다. 유전학적 계통도를 분석한 결과, Hu/NLV/Gunpo/2006/KO는 genogroup II 에 속하며, Saitama U1, Gifu'96, Mc37, Vietnam 026과 같은 클러스터를 형성하는 것을 알 수 있었다. 본 연구를 통하여 노로바이러스 Hu/NLV/Gunpo/2006/KO의 3개의 ORF 염기서열을 모두 밝힘으로써, 앞으로 노로바이러스의 검출법 개발과 유전학적 상관관계뿐 아니라, 유전자의 기능 분석과 관련된 기초연구에 중요한 기초자료를 제공할 수 있을 것으로 기대한다.

• Food Science and Biotechnology
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• 제16권4호
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• pp.531-536
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• 2007

The aerial part of Artemisia iwayomogi Kitamura has traditionally been used for inflammation, infectious disease, cancer, pyretic, diuretic, liver protective effect, and choleretic purposes in Korea. We investigated that the essential oil induces apoptosis in KB cell as evidenced by Hoechst-33258 dye staining, flow cytometry (cell cycles), and DNA fragmentation for nuclear condensation and Western blotting for activation of caspases-3, -8, -9, Bax, Bcl-2, cytochrome c, and poly (ADP-ribose) polymerase (PARP) cleavage. In the present study, we found that the essential oil could induce apoptosis in KB cells, as characterized by DNA fragmentation, activation of caspase-3, -8, and -9, and PARP cleavage. The efficacious induction of apoptosis was observed as a dose-dependent. The essential oil-induced apoptotic cell death was accompanied by up-regulation of Bax and down-regulation of Bcl-2. The essential oil also caused the loss of mitochondrial membrane potential and cytochrome c release from mitochondria to cytosol. These findings indicate that mitochondrial pathways might be involved in the essential oil-induced apoptosis and enhance our understanding of the anticancer function of the essential oil in herbal medicine.

• 한국어병학회지
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• 제11권2호
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• pp.129-136
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• 1998

1997년 3월 전라남도 및 경상남도의 해산어 육상 및 가두리 양식장에서 양성 중이던 넙치가 HRV(hirame rhabdovirus, Rhabdovirus olivaceus) 감염증과 유사한 증상을 나타내어 그 원인을 조사한 결과 새로운 rhabdovirus가 분리 되었다. 분리 바이러스(DF-9708)는 RTG-2 및 EPC 세포주에서 $15^{\circ}C$로 배양하였을 때 랩도바이러스 특유의 세포변성효과(CPE)를 나타내었으나 CHSE-214에서는 증식되지 않았다. 투과전자현미경으로 감염 세포내의 바이러스 입자 형태를 관찰해본 결과 bullet-shape의 크기 $70nm{\times}100\sim150nm$으로 인벨롭을 가진 바이러스였다. 분리바이러스는 pH 3 및 diethyl ether의 처리 조건에서는 감염성을 상실하였고, 열($50^{\circ}C$ 5 min, $60^{\circ}C$ 1 min)에도 약한 성상을 나타내었다. DNA 저해제인 IUdR $10^{-4}$M 처리에 의해서는 바이러스 감염가에 영향을 받지 않았다. 분리 바이러스는 Anti-HRV(8401-H) rabbit serum에 의해서만 중화 되었고, 전염성 조혈기 괴사증 바이러스(IHNV), 연어과 레오바이러스(CSV), 바이러스성 선회병 바이러스(RVS) 및 전염성 췌장괴사증 바이러스(IPNV) 등의 국내에서 분리되어지는 바이러스 항체로는 중화되지 않았다. 초원심법으로 정제한 분리 바이러스를 전기영동 한 결과 polymerase(L), glycoprotein(G), nucleoprotein(N) 및 2개의 matrix proteins(M1 및 M2)으로 구성되어져 있었으며, 각 단백질의 분자량은 L, 160 kDa; G, 55 kDa; N, 45 kDa; M1, 26 kDa; M2, 22 kDa의 크기로 계산되었다. 새롭게 분리된 바이러스는 외부증상으로는 기존의 HRV 감염과 유사한 점을 나타내었으나 그 바이러스학적 특성에 있어 약간의 차이점이 있어 본 분리바이러스를 우선 Nubchi rhabdovirus(NRV)(HRV-like)로 부르기로 한다.

• 생명과학회지
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• 제23권3호
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• pp.347-354
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• 2013

선천성 면역은 감염성 매개체를 자기(self)로부터 변별할 수 있다. 선천성 면역은 감염 초기에 숙주인 자기를 보호하는 인식분자와 효과인자들로 구성되어 있다. Mannose 결합 렉틴(Mannose-binding lectin, MBL)은 $Ca^{2+}$ 의존형 렉틴에 속하며, 콜라겐 유사 domain을 함유하는 C-type 렉틴으로 선천성 면역의 중요한 분자이다. 혈액내 낮은 MBL 농도는 면역결핍 증후군을 나타내며 감염에 대한 심각한 위험성을 초래한다. 사람의 MBL 결핍증은 coding 영역의 돌연변이에 의해 나타나며, 이 돌연변이의 영향을 연구하기 위해 쥐의 상동성 유전자인 MBL-A를 이용하고 있다. 돌연변이 MBL의 기능적, 세포 생리적 연구를 위해 선행연구에서 rat wild type MBL-A 유전자를 클로닝하였으며, 본 연구에서 이 유전자에 콜라겐 유사 domain에서 발견된 세 가지 돌연변이, R40C, G42D, G45E를 site-directed mutagenesis 방법으로 모두 도입하였다. 세 가지 돌연변이가 존재하는 MBL 단백질은 정상 MBL과 마찬가지로 세포 내에서 정상적으로 발현되었으며, 여전히 렉틴 기능을 가지고 있었다. 이는 세 가지 돌연변이가 렉틴 기능을 나타내는 C-말단 쪽의 carbohydrate recognition domain에는 구조적으로, 또한 기능적으로도 영향을 미치지 않는다는 결과이다. 그러나 이 돌연변이는 MBL 단백질이 세포 밖으로 분비되는 것을 방해하였으며, 그 결과로 소포체 내에 잔류하여 소포체 망상구조(endoplasmic reticulumn network)에 커다란 손상을 주며 비정상적인 형체를 초래하였다. 이 같은 결과는 돌연변이 MBL에 의해 나타난 세포 내 병리현상의 새로운 발견으로 향후 MBL의 구조 형성과 분비 연구에 기여를 할 것으로 생각된다.

• 대한의생명과학회지
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• 제23권3호
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• pp.223-229
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• 2017

Fungal infections by human pathogenic fungi are increasing globally in elderly, children and immune suppressed or deficient patients. Aspergillus fumigatus is one of the well-known pathogenic fungi and causes aspergilloses in human world widely. However, current identification and classification methods based on its phenotypic characteristics still have limitations. Therefore, currently, molecular biological tools using their DNA sequences are used for genotype identification and classification. In the present study, in order to analyze genetic variations of A. fumigatus clinical isolates, a total of six housekeeping genes were amplified by PCR using specific primer pairs and multi-locus sequence typing (MLST) assay. Results from phylogenetic tree analysis showed that most A. fumigatus strains (88.9%) from respiratory specimens were classified into cluster A and B, and approximately half of A. fumigatus strains (46%) from non-respiratory specimens were classified into cluster C and D. Although the sample size was limited, genetic characteristics of A. fumigatus clinical isolates according to their origins were very similar and well-correlated with other clinical data.

• The Plant Pathology Journal
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• 제30권3호
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• pp.316-322
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• 2014

Recently, a Cucumber mosaic virus (CMV) strain, named as CMV-209, was isolated from Glycine soja. In this study, symptom expression of CMV-209 was analyzed in detail in Nicotiana benthamiana by comparing with that of CMV-Fny, which is a representative strain of CMV. Using infectious cDNA clones of CMV strains 209 and Fny, symptom expression of various pseudorecombinants between these two strains were examined in the early and late infection stages. In the early infection stage, the pseudorecombinants containing Fny-RNA2 induced stunting and leaf distortion on the newly emerged leaves whereas the pseudorecombinants containing 209-RNA2 caused no obvious symptoms. In the late infection stage, the pseudorecombinants containing 209-RNA1 and Fny-RNA2 induced severe leaf distortion and stunting, while CMV-209 induced mild symptom and CMV-Fny caused typical mosaic, general stunting, and leaf distortion symptoms, indicating that RNA 2 encodes a symptom determinant(s) of CMV, which is capable of enhancing symptoms. Furthermore, our results support the possibility that natural recombination between compatible viruses can result in emergence of novel viruses causing severe damages in crop fields.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권2호
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• pp.188-194
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• 2023

Microbacterium elymi KUDC0405^T was isolated from the rhizosphere of Elymus tsukushiensis from the Dokdo Islands. The KUDC0405^T strain was Gram-stain-positive, non-spore forming, non-motile, and facultatively anaerobic bacteria. Strain KUDC0405^T was a rod-shaped bacterium with size dimensions of 0.3-0.4 × 0.7-0.8 ㎛. Based on 16S rRNA gene sequences, KUDC0405^T was most closely related to Microbacterium bovistercoris NEAU-LLE^T (97.8%) and Microbacterium pseudoresistens CC-5209^T (97.6%). The dDDH (digital DNA-DNA hybridization) values between KUDC0405^T and M. bovistercoris NEAU-LLE^T and M. pseudoresistens CC-5209^T were below 17.3% and 17.5%, respectively. The ANI (average nucleotide identity) values among strains KUDC0405^T, M. bovistercoris NEAU-LLE^T, and M. pseudoresistens CC-5209^T were 86.6% and 80.7%, respectively. The AAI (average amino acid identity) values were 64.66% and 64.97%, respectively, between KUDC0405^T and its closest related type strains. The genome contained 3,596 CDCs, three rRNAs, 46 tRNAs, and three non-coding RNAs (ncRNAs). The genomic DNA GC content was 70.4%. The polar lipids included diphosphatydilglycerol, glycolipid, phosphatydilglycerol, and unknown phospholipid, and the major fatty acids were anteiso-C_17:0 and iso-C_16:0. Strain KUDC0405^T contained MK-12 as the major menaquinone. Based on genotypic, phylogenetic, and phenotypic properties, strain KUDC0405^T should be considered a novel species within the genus Microbacterium, for which we propose the name M. elymi sp. nov., and the type strain as KUDC0405^T (=KCTC 49411^T, =CGMCC1.18472^T).

• 미생물학회지
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• 제40권4호
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• pp.295-301
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• 2004

최근 extended-spectrum $\beta-lactamase$ 생산 임상 균주의 급속한 증가와 확산은 매우 심각한 문제를 야기하고 있다. 이에 국내에서 extended-spectrum $\beta-lactamase$ 생산 임상 균주의 발생율을 파악하고자 국내 한 대학병원에 입원한 환자로부터 대장균을 분리하여 항생제 감수성 검사를 실시하였다. 충 233균주 중 184균주 $(78.9\%)$가 ampicillin에 대해 내성을 나타냈으며, 80균주$(34.3\%)$가 cephalothin에, 93균주$(39.9\%)$가 gentamicin에, 64균주$(27.5\%)$가 norfloxacin에 대해 내성을 나타내었다. 이중 17균주$(7.3\%)$가 double disk synergy test에 의해 양성반응을 나타낸 것으로 확인되었고, 이들에 대해서 6가지 항생제에 대한 최소 억제 농도를 추가적으로 시험한 결과, 13 균주가 4가지 이상의 다른 계열의 항생제에 대한 다중 약제 내성인 것으로 나타났다. Isoelectric focusing gel electrophoresis에 의한 pI값과 DNA 염기서열을 분석한 결과 5균주가 TEM-1,1균주가 TEM-15,1 균주가 TEM-20,4균주가 TEM-52,2균주가 TEM-1과 AmpC, 1균주가 TEM-1과 OXA-30,1 균주가 TEM-1과 OXA-33,1 균주가 TEM-1, CTX-M-3, AmpC, 그리 고 1 균주가 AmpC를 생산하는 것으로 나타났으며, SHV를 생산하는 균주는 없었다. 이들의 항생제내성 유전자가 전달되는지 확인한 결과 동물로부터 분리된 대장균 (CCARM No.1203)에 extended-spectrum $\beta-lactamase$생산 유전자가 전달되는 것을 확인하였다. Random amplified polymorphic DNA와 pulsed field gel electrophoresis분석을 사용하여 genomic DNA에 대한 유전형을 분석한 결과 균주간의 유전적 연관성은 매우 낮은 것으로 나타나 한 병원에서 발견되는 균주는 clonal spread에 의한 것이라는 일반적인 보고와 다른 결과를 얻었다.

• Plant Biotechnology Reports
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• 제3권4호
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• pp.277-283
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• 2009

One of the limitations to conducting maize Agrobacterium-mediated transformation using explants of immature zygotic embryos routinely is the availability of the explants. To produce immature embryos routinely and continuously requires a well-equipped greenhouse and laborious artificial pollination. To overcome this limitation, an Agrobacterium-mediated transformation system using explants of type II embryogenic calli was developed. Once the type II embryogenic calli are produced, they can be subcultured and/or proliferated conveniently. The objectives of this study were to demonstrate a stable Agrobacterium-mediated transformation of maize using explants of type II embryonic calli and to evaluate the efficiency of the protocol in order to develop herbicide-resistant maize. The type II embryogenic calli were inoculated with Agrobacterium tumefaciens strain C58C1 carrying binary vector pTF102, and then were subsequently cultured on the following media: co-cultivation medium for 1 day, delay medium for 7 days, selection medium for $4{\times}14$ days, regeneration medium, and finally on germination medium. The T-DNA of the vector carried two cassettes (Ubi promoter-EPSPs ORF-nos and 35S promoter-bar ORF-nos). The EPSPs conferred resistance to glyphosate and bar conferred resistance to phosphinothricin. The confirmation of stable transformation and the efficiency of transformation was based on the resistance to phosphinothricin indicated by the growth of putative transgenic calli on selection medium amended with $4mg\;1^{-1}$ phosphinothricin, northern blot analysis of bar gene, and leaf painting assay for detection of bar gene-based herbicide resistance. Northern blot analysis and leaf painting assay confirmed the expression of bar transgenes in the $R_1$ generation. The average transformation efficiency was 0.60%. Based on northern blot analysis and leaf painting assay, line 31 was selected as an elite line of maize resistant to herbicide.