• Plant Resources
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• 제4권1호
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• pp.41-47
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• 2001

This study was conducted to investigate the occurrence of Soil borne wheat mosaic virus(SbWMV) in barley fields in Korea and to examine the host pathogenicity of SbWMV. By using the ELISA test, SbWMV was detected in the six regions : Suwon, Milyang, Jinju, Youngkwang, Iksan, and Chonju. SbWMV was isolated from the two strains, Albori strain from Jinju and Eunpamil strain from Milyang. SbWMV was collected from leaves showing mosaic, yellowing and necrosis stripes. SbWMV was inoculated mechanically on 1∼1.5 leaf stages with leaf-rubbing to identify the host pathogenicity of 36 Korean barley cultivars, a wheat cultivar, two rye cultivars, three Japanese barley cultivars and Chenopodium amaranticola. Viral sympoms of inoculated leaves appeared on moulted loaves about 4 to 6 weeks of inoculation. Baegdong and Tapgolbori, infected from Albori strain and Eunpamil strain infected from Samdobori showed much higher susceptibility than C. amaranticola and C. quinoa which showed ring spots and chlorotic spots respectively. Virus particles were observed by the electron microscope. They were rod-shapes, which are bipartite, of 142 nm or 281 nm in length with 20 nm diameter on infected leaves. Specific detection and identification of SbWMV was set up using the RT-PCR. PCR fragments of SbWMV(0.5kb) were obtained by using the designed primers for SbWMV RNA 2.

• Molecules and Cells
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• 제25권1호
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• pp.20-29
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• 2008

Cytoplasmic male sterility (CMS), one of the most important traits in crop breeding, has been used for commercial seed production by $F_1$ hybrid cultivars of pepper (Capsicum annuum L.). To develop reliable molecular markers for allelic selection of the Restorer-of-fertility (Rf) gene, which is known to be a major determinant of pollen fertility restoration in peppers, a sequence of approximately 10 kb flanking an RAPD fragment closely linked to the Rf locus was obtained by genome walking. A homology search revealed that this sequence contained an LTR retrotransposon and a non-LTR LINE-like retrotransposon. Sequencing of this Rf-linked region to search for polymorphisms between a dominant and recessive allele revealed 98% nucleotide sequence identity between them. A third polymorphic haplotype of the Rf-linked sequence, which has 94-96% nucleotide sequence identity with the two previously isolated haplotypes, was identified among a large number of breeding lines. Utilizing polymorphic sequences in the haplotypes, PCR markers were developed for selection of particular haplotypes and used to examine the distribution of the haplotypes in diverse breeding lines, cultivars, and C. annuum germplasms. Surprisingly, the third haplotype was the predominant type in C. annuum germplasms, while its frequency in $F_1$ hybrid cultivars was relatively low. Meanwhile, analysis of breeding lines whose Rf allele genotypes and male-sterility phenotypes were already known revealed that the third haplotype was mainly present in exotic breeding lines that cause unstable male-sterility when combined with sterile cytoplasms.

• 원예과학기술지
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• 제29권2호
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• pp.130-134
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• 2011

우리나라에서 파프리카(착색단고추)는 재배면적, 생산량 및 수출량이 해마다 증가하는 추세에 있어 농가 소득에 매우 중요한 채소작물의 하나이지만 재배되고 있는 파프리카 종자는 전량 외국 종자회사에서 개발된 일대잡종종자를 수입하고 있다. 최근 파프리카 품종의 국산화를 위하여 정부의 지원을 받아 국내 종묘회사에서 파프리카 품종 개발에 힘쓰고 있다. 파프리카 일대잡종종자의 생산은 주로 유전자적 웅성불임성을 이용한다. 하지만 파프리카 품종에 사용된 유전자적 웅성불임성이 어떤 종류인지 몇 가지 종류가 사용되고 있는지 잘 알려져 있지 않다. 따라서 본 연구에서는 시판되고 있는 8개의 파프리카 품종('Special', 'Debla', 'Plenty', 'Fiero', 'Boogie', 'Fiesta', 'Derby' 및 'Minibell')을 사용하여 이들의 유전자적 웅성불임 유전자가 같은 것인지 다른 것인지를 확인하기 위하여 반 이면교잡(half diallel cross)를 수행하였는데, 'Minibell'을 제외한 나머지 7개의 파프리카 품종은 같은 유전자적 웅성불임을 사용하였다는 것을 알아냈다. 또한 어떤 종류의 유전자적 웅성불임 유전자인지를 확인하기 위하여 세 종류의 유전자적 웅성불임 계통(GMS3, GMSP 및 GMSK)에 교배하여 대립유전자 검정을 수행하였는데, 'Minibell'은 $ms_k$ 유전자를 사용하였고, 나머지 7개의 품종은 $ms_p$ 유전자를 사용하였다는 것을 알아냈다. 따라서, 'Minibell' 품종에서는 기 개발된 GMSK-CAPS 분자표지를 사용할 수 있음을 확인하였고, 'Fiesta' 및 'Derby' 품종에서는 PmsM1-CAPS 분자표지가 사용될 수 있음을 확인하였다. 또한 'Plenty', 'Fiero' 및 'Boogie' 품종 등에 사용할 수 있는 새로운 분자표지 PmsM2-CAPS를 개발하였다. 이들 분자표지는 새로운 파프리카 웅성불임(모계) 계통 및 품종개발에 큰 도움이 될 것으로 판단된다.

• 한국버섯학회지
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• 제19권1호
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• pp.76-80
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• 2021

느타리 품종구분을 위한 마커의 개발을 위하여 곤지7호의 어버이 일핵 균사중의 하나인 MT07156-97의 전체 유전자 염기서열을 바탕으로 제작한 251개의 SSR 프라이머를 제작하였다. 우선적으로 수한1호, 곤지7호, 흑타리 품종에 다형성 여부를 관찰하여 20개의 SSR을 선발하고, 이를 10개 품종에 적용하였다. 단일의 프라이머로는 일부 품종이 구분되지 않았으므로, 선발된 프라이머 간의 다양한 조합(multiplex 방식)을 적용한 결과 모든 품종을 판별할 수 있는 분자마커 다형성을 보인 프라이머 "166+115" 조합을 선발하였다. 별도로 프라이머 115와 166가 만들어 낸 산술적인 유전자좌(loci) 31개보다 12개 많은 40개의 유전자좌가 증폭되어 다양한 품종에 특이적인 분자마커를 제공할 수 있었다. 개발된 분자마커는 종균의 품질관리, 품종의 판별, 신품종 보호에 활용될 수 있을 것이다.

• 한국육종학회지
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• 제42권5호
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• pp.495-501
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• 2010

복숭아의 기원은 중국으로 알려져 있으며, 저장기간이 짧아 소비자들의 선호도가 낮았다. 이런 이유로 육종가들은 저장성을 높이는 것과 향과 맛을 좋게 하는데 육종 목표를 설정했으며, 국립원예특작과학원 육종가들은 이 목표에 따라 새로운 품종('천홍', '수홍', '하홍', '유명', '백미조생', '천향', '진미', '수미', '미스홍', '유미')을 육성하였다. 국립원예특작과학원 과수과에서는 육성 품종의 보호와 특허권을 확보하기 위해 분자생물학적 마커의 개발이 필요하여, 235 세트의 Operon 프라이머를 이용하여 품종 특이적인 DNA 절편 134개를 확보했고, 염기서열 분석을 통해 SCAR 마커를 개발하였다. 개발된 마커 14 세트를 이용하여 육성 품종과 육성 품종의 모본 부본이 포함된 30품종에 대해 구분이 가능하였다. 이 결과를 토대로 국립원예특작과학원 과수과에서 육성한 품종에 대한 분자생물학적 근거로 특허권을 확보하고, 묘목시장에서 품종에 대한 정확한 근거를 제시할 것으로 기대된다.

• 한국식물병리학회지
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• 제3권3호
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• pp.174-179
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• 1987

1978년부터 1985년까지 8년간 전국에서 수집 분리한 도열병균 4,885균주를 공시하여 레이스를 판별하였다. $1978\~1980$년까지 일본 구판별품종에 의한 레이스 판별 결과는 통일계품종 침해레이스 6, T-레이스군 2, C-레이스군 5, N-레이스군 2 등 15개 레이스였고 $1981\~1985$년까지 한국 판별품종에 의한 레이스 판별 결과는 통일계품종과 일반계품종에 병원성이 있는 KI-레이스군 11, 일반계품종에만 병원성이 있는 KJ-레이스군 7종 등 18개 레이스로 판별되었다. 시험기간 중 우점레이스는 도열병이 다발된 $1978\~1979$년은 레이스 $N-2^{+t},\;1980\~1985$년은 레이스 KJ-301이었으며 현재 재배되고 있는 통일계품종 대부분에 병원성을 갖는 레이스 KI-315a, ki-315b가 1983년에 출현 그 분포가 증가하였다. 레이스의 지역적 분포는 강원도 지역에는 저항성유전인자 Pi-k, Pi-i를 갖는 품종을 침해하는 레이스 KJ-105, KJ-201의 분포가 많았고, 충북, 전남 지역에는 레이스 KI-315b가 타지역보다 많이 분포하였다.

• 원예과학기술지
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• 제33권4호
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• pp.598-604
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• 2015

본 연구는 종자친과 화분친을 구별할 수 있는 분자마커를 개발하고 이를 이용하여 교잡종 실생묘를 조기 선발하는 프로토콜을 확립하고자 본 연구를 진행하였다. 종자친으로 3종의 온주밀감('성전온주', '남감20호', '궁천조생')과 화분친으로 7종의 만다린 감귤('병감', 'Lee', '기주밀감', '신예감', '부지화', '탐나는봉', 'Sunburst') 품종을 사용하여 RAPD 분석방법을 이용하여 교잡종 실생묘를 선발 할 수 있는 화분친 특이적 프라이머 37개를 선발하였다. PCR 분석결과 이중 2개의 프라이머는 모든 교배조합에서 교잡종 실생묘를 선발할 수 있었다. 또한 "남감20호 ${\times}$ 기주밀감", "남감20호 ${\times}$ 병감" 그리고 "궁천조생 ${\times}$ Sunburst"의 교잡종 실생묘는 UBC 27프라이머를 사용하여 각각 40개체 중 29개체(73%), 47개체 중 9개체(19%) 그리고 45개체 중 13개체(29%)의 교잡종 실생묘를 선발할 수 있었다. 위 결과는 화분친 특이적인 마커를 사용하여 감귤에서 효과적으로 교잡종 실생묘를 동정 할 수 있음을 보여준다.

• 한국작물학회지
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• 제48권2호
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• pp.113-119
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• 2003

Soybean sprout pathogenic bacteria were isolated from the large, deep containers of a commercial factory. Over a period of one year, 40 pathogenic-like bacteria were isolated among a total of 732 isolates. In addition to bacteria previously reported to be associated with rotting, such as Pseudomonas putida and Erwinia carotovora, several other genera were also identified: Acinetobacter spp., Chryseobacterium spp., Klebsiella sp., Pantoea agglomerans, Bacillus sp. Fatty acid methyl ester (FAME) analysis using the Microbial ID (MIDI) system, and 16s rRNA sequence analysis, yielded identical results, confirming the identities of these microorganisms. Several types of selective media were not good for identification and determination of population structure in commercial environments, as colony type was not specific to the genus. There was no dominant bacterium, and we were not able to find the main bacterium responsible for soybean spout rot. Even though we did not identify a major target for controlling rot or screening for resistant cultivars, the results of this study indicated that bacterial rot of soybean sprout is endemic. In addition, it emerged that factory epidemics in summer are not caused by the bacteria isolated in this study.

• 원예과학기술지
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• 제28권5호
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• pp.828-835
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• 2010

사과 품종을 구분하는 일반적인 방법은 형태적인 특성 평가를 근거로 하지만 유전적으로 밀접하게 연관되어 있는 품종들은 형태적 형질에 의해 품종을 구별하기는 불가능하다. 본 연구는 사과 국내 육성 품종을 정확히 판별할 수 있는 DNA 마커를 개발하고자 수행하였다. 국내육성과 도입 사과 31품종으로부터 30종의 임의 프라이머를 이용한 RAPD 분석을 통해 품종 간 다형성을 나타내는 마커 83종을 얻었다. SCAR 마커로 전환하기 위해 52종의 RAPD 단편들을 클로닝 및 염기서열 분석을 하였고 이들 중에서 17종의 SCAR 마커가 클로닝된 RAPD 단편과 동일한 크기의 단일 밴드가 증폭되었다. SCAR 마커 중 6종(AN11_433, AN08_566, A408_592, AK17_653, AO04_711, AO04_779와 AW15_368, AN11_433, A408_592, AK17_653, AO04_711, AO04_779, 또 는 AL1_427, AN11_433, AN08_566, A408_592, AK17_653, AO04_779) 또는 7종의(AL1_427, AN11_433, AN08_566, A408_592, AK17_653, AM16_708, AO04_779와 A330_424, AN11_433, AG14_502, AN08_566, A408_592, AK17_653, AO04_779 또는 A330_424, AN11_433, AK14_564, A408_592, AK17_653, AM16_708, AT14_789) 조합을 이용하여 국내 육성 16품종의 판별이 가능하였다. 따라서 17종의 SCAR 마커를 적용하여 총 31품종의 국내 육성 또는 도입품종의 구분이 가능하였으며 이들 SCAR 마커는 금후 사과 국내 육성 품종 판별을 위해 효과적으로 이용될 수 있을 것으로 판단되었다.

• 원예과학기술지
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• 제31권6호
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• pp.772-781
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• 2013

본 연구의 목적은 상추(Lactuca sativa)의 expressed sequence tag(EST)로부터 simple sequence repeat(SSR) 마커를 개발하고, 개발된 EST-SSR 마커를 이용하여 상추의 3가지 야생종의 유전자원 9점과 61개의 유통품종을 식별하는 것이다. NCBI 데이터베이스로부터 총 81,330개의 상추 EST를 대상으로 SSR을 탐색하였고, 총 4,229개의 SSR을 발견하였다. SSR의 반복 motif 중 trinucleotide(59.12%, 2,500개)가 가장 많았고, 그 다음으로 dinucleotide(29.70%, 1,256개), hexanucleotide(6.62%, 280개) 순의 분포를 나타내었다. EST로부터 총 474개의 EST-SSR primers를 개발하였고, 이 중 267개의 primer를 9점의 유전자원과 61품종에 대한 유전적 다양성 평가에 활용하였다. 267개의 마커 중 47개의 EST-SSR 마커가 7개 품종 내에서 다형성을 보였으며, 이 중 다형성 정도와 반복 재현성 및 밴드의 선명성을 고려하여 26개의 EST-SSR 마커를 선발하였다. 최종 선발된 26개의 SSR 마커를 이용하여 70개 공시재료를 분석한 결과 대립유전자 수는 총 127개였으며, 최소 2개에서 9개의 분포를 나타내었으며 마커당 평균 대립유전자 수는 4.88개를 나타내었다. PIC평균값은 0.542로 나타났으며, 0.269-0.768의 범위를 나타내었다. 70개 공시재료의 유전적 거리는 0.05-0.94로 나타났으며, 유사도 지수 0.34를 기준으로 할 때 7개의 주요 그룹으로 나누어졌다. 26개의 EST-SSR 마커를 이용한 유전적 다양성 분석 결과 9점의 유전자원과 61개의 유통품종이 마커의 유전자형에 의해 모두 식별이 되었다. 본 연구를 통해 신규 개발된 EST-SSR 마커는 상추의 품종식별과 구별성, 균일성, 안정성 검정에 유용하게 활용될 수 있을 것으로 사료된다.