• 제목/요약/키워드: host-specificity

검색결과 155건 처리시간 0.028초

컴퓨터 모니터에 제시된 표적의 탐색과 선택과정에 관한 연구 (A study on the search and selection processes of targets presented on the CRT display)

  • 이재식;신현정;도경수
    • 인지과학
    • /
    • 제11권2호
    • /
    • pp.37-51
    • /
    • 2000
  • 컴퓨터 모니터에 제시되는 표적의 물리적 특성(표적의 크기, 표적까지의 거리, 표적의 방향, 주변자극들의 조밀도 등)이 입력도구에 따라서 표적의 탐색과 선택반응의 정확성과 반응시간에 미치는 영향을 밝히고자 하였다. 실험 1에서는 단순 표적이 현재의 커서위치로부터 방향과 거리를 달리하여 제시되었을 때 마우스를 이용한 포인팅 반응을 분석하였다. 그 결과, (1) 과대이동(overshooting)의 비율이 정확이동이나 과소이동(undershooting)보다 높았다. (2) 이러한 경향은 상하 혹은 좌우의 정방향보다는 사각방향으로 이동할 때 그리고 표적이 멀리 있을수록 증가하였다. (3) 과대/과소이동의 빈도는 사각에서 현저하였으나, 그 정도는 오히려 정방향에서 더 컸다. (4) 전체 수행과정을 계획, 이동, 조정, 반응수행단계로 구분할 때, 반응시간의 결정요인은 표적까기 마우스를 이동하는 단계였다. 실험 2에서는 실제 단어를 표적으로 사용하여 표적의 방향과 거리뿐만 아니라 표적의 크기와 방해자극들의 조밀도 수준을 체계적으로 변화시켰을 때, 키보드와 마우스에 의한 표적 선택시간을 분석하였다. 표적의 크기로는 한글 96의 글자크기 10, 12, 14를 사용하고, 자극들의 조밀도는 줄간격 100, 150 200%를 사용하였다. 그 결과, (1) 전반적으로는 키보드에 비해 마우스를 이용한 선택 반응시간이 짧았지만 커서를 상하 또는 좌우로만 이동하는 조건에서는 오히려 키보드의 반응시간이 더 짧았다. (3) 줄간격이 조밀하고(100%) 표적의 크기가 작을 때(10) 반응시간이 가장 길었다. (4) 키보드의 경우에는 줄간격 150% 조건에서 반응시간이 가장 짧은 반면, 마우스의 경우에는 줄간격이 커짐에 따라 반응시간이 증가하는 경향이 있었다. 마지막으로, 이 연구의 결과가 시사하는 입력도구의 특성과 표적의 물리적 특성간의 상호 관련성이 시스템의 설계에 어떻게 적용될 수 있는지 논의되었다.=-0.71435*)이었으나, 괴경중 총당 함량과는 정의 상관(r=0.78018*)을 보였다. 이러한 결과는 해충종합방제 프로그램을 확립하고 또한 새로운 내충성 품종의 육성에 기초자료가 될 것으로 생각된다.복현상에 대한 해석이 이루어져야 하겠다. 유의하게 높았으며, 남자노인보다는 여자노인이 식품섭취에 계절에 의한 영향을 더욱 더 많이 받는 것으로 나타났다. 또한 장수 노인들은 가공식품보다는 계절마다 제철에 생산 되는 자연 식품의 섭취비율이 높았다. 전반적으로 장수노인들은 소식의 경향을 보였으며 이 와 같은 소식습관과 신선한 식물성 식품들의 일상 섭취가 건강한 장수에 영향을 미쳤을 가 능성도 있을 것으로 사료된다.며, 지방 조직내 지방축적에 영향을 미친다는 것을 말해 준다.에서 하는 부모교육과 반상회의 홍보자료에 반상회의 홍보자료에 반드시환경친화적 음식소비행동에 관한 교육이 포함되어야 한다. 조리사의 경우 정기교육과정에 환경친화적 음식소비행동에 관한 홍보를 함께 함으로써 외식이나 단체급식에서 발행하는 음식물 쓰레기의 양을 줄 일 수 있을 것이다.m its genes controlling host specificity to its population sturctures and dynamics, have begun to provide new insights into the potential mechanisms underlying race variation. In this review we aim to provide an overview on (a) the molecular basis of host specificity of M. grisea, (b) the population structure and dynamics of rice pathogens, and (c) the nature and mechanisms of genetic changes underpinning virulence

  • PDF

청송 주왕산지역 대전사 현무암의 암석화학적 연구 (Petrochemical study on the Daejeon-sa basalt in the Mt. Juwang area, Cheongsong)

  • 윤성효;이문원;고정선;김영라;안지영
    • 암석학회지
    • /
    • 제9권2호
    • /
    • pp.84-98
    • /
    • 2000
  • 주왕산 화산암체의 최하부층에 해당하는 대전사 현무암층은 전체적으로 12매의 용암과 9매의 페페라이트가 교호하며, 각 용암과 페페라이트의 암층의 두께는 다양하다. 현무암류는 육안으로 반정이 관찰되지 않으며 기공이 없는 치밀한 현무암이지만, 한 단위의 용암층 내에서 상부에는 다공질의 현무암이 발견되기도 한다. 경하에서의 현무암류는 주된 반정 광물로 가상의 감람석을 가지며, 사장석과 단사휘석의 반정도 보인다. 석기는 주로 서브오피틱 조직을 보인다. 대전사 현무암류는 MgO 함량이 4.8∼7.6 wt.%, Al2O3 함량은 16∼18 wt.%, CaO 함량은 9.1∼10.9 wt.%, 그리고 FeOT 함량은 7.4∼8.7 wt.%의 조성을 보인다. TAS 성분도와 SiO2에 대한 K2O의 성분도 그리고, 알칼리지수에 대한 Al2O3의 관계도에서는 칼크-알칼리 현무암에 도시된다. MgO를 분화 지수로한 각 산화물의 변화 경향은 MgO가 감소함에 따라서 Al2O3와 CaO는 증가하며, FeOT 함량은 감소하고, 호정성 원소는 감소한다. 불호정성 원소 중에서 HFS 원소는 MORB값 비슷한 반면에, LIL 원소는 부화되어 있다. 특히 Ce, P, 및 Sm이 약간 부화되어 있으며, Nb는 뚜렷한 부이상을 보인다. 희토류 원소는 전체적으로 부화되어 있으며, HREE에 비해서 LREE가 부화되어 있다. 조구조 판별도에서는. 지판이 침강 섭입하는 지판경제부 영역의 칼크-알칼리 계열 현무암에 도시되고, 특히 Th/Yb에 대한 La/Yb의 상관도에서는 본 현무암류가 대륙연변호 칼크-알칼리 화산대 환경에서 생성되었음을 알 수 있다. 대전사 현무암류의 초생 마그마는 섭입에 따른 유체의 공급으로 쐐기형 상부맨틀을 구성하는 석류석 감람암이 약 15% 부분용융되어 생성된 현무암질 마그마에서 유래되었다. 이들 마그마는 분출되기 직전에 주로 감람석의 분별 정출작용과 지각 물질이 동화되면서 진화된 후, 분출하였다. 필요가 있다.이 높게 나타났다.들을 대상으로 규칙적인 식사의 중요성과 다양한 식품의 섭취를 홍보하는 영양교육 이 보건소를 통해 강화되어야 하리라고 보여진다.인들의 계절별 식품 섭취량에 있어 겨울철의 식품 섭취량이 다른 계절에 비해 유의하게 높았으며, 남자노인보다는 여자노인이 식품섭취에 계절에 의한 영향을 더욱 더 많이 받는 것으로 나타났다. 또한 장수 노인들은 가공식품보다는 계절마다 제철에 생산 되는 자연 식품의 섭취비율이 높았다. 전반적으로 장수노인들은 소식의 경향을 보였으며 이 와 같은 소식습관과 신선한 식물성 식품들의 일상 섭취가 건강한 장수에 영향을 미쳤을 가 능성도 있을 것으로 사료된다.며, 지방 조직내 지방축적에 영향을 미친다는 것을 말해 준다.에서 하는 부모교육과 반상회의 홍보자료에 반상회의 홍보자료에 반드시환경친화적 음식소비행동에 관한 교육이 포함되어야 한다. 조리사의 경우 정기교육과정에 환경친화적 음식소비행동에 관한 홍보를 함께 함으로써 외식이나 단체급식에서 발행하는 음식물 쓰레기의 양을 줄 일 수 있을 것이다.m its genes controlling host specificity to its population sturctures and dynamics, have begun to provide new insights into the potential mechanisms underlying race variation. In this review we aim to provide an overview on (a) the molecular basis of host specificity of M. grisea, (b) the population structure and dynamics of rice pathogens, and (c) the nature and mechanisms of genetic changes underpinning virulence variation

  • PDF

양식 및 자연산 넙치의 함질소엑스성분 비교 (Comparison of Extractive Nitrogenous Constituents in Cultured and Wild Olive Flounder (Paralichthys olivaceus) Muscle)

  • 박춘규
    • 한국식품영양과학회지
    • /
    • 제29권1호
    • /
    • pp.174-179
    • /
    • 2000
  • 우리 나라에서 활발히 양식되고 있는 양직산과 자연산 넙치의 맛성분 조성을 비교하기 위하여 맛과 관계가 깊은 함질소 엑스성분을 분석하여 비교한 결과는 다음과 같다. 일반성분 중 수분은 양식산이 자연산보다 다소 낮은 반면 단백질과 지질은 다소 높았다. 엑스분 질소는 자연산이 다소 높았다. 유리아미노산은 양식산에서 31종, 자연산에서 36종이 검출되어 자연산이 더 다양한 아미노산 조성을 보였으며, 그 총량은 양식산 자연산 모두 전반적으로 낮은 수준이었다. 넙치의 taurine 함량은 양식산과 자연산에서 각각 115 mg과 91 mg으로 유리아미노산 중 가장 높았으며, 우리아미노산 총량의 각각 57.0%와 37.0%를 차지하였다. 양식산에서 함량이 많은 유리아미노산으로서는 taurine, alanine, asparagine, glutamine, glutamic acid, lysine 등이었고, 자연산에서는 taurine, lysine, alanine, carnosine, hydroxyproline 등이었다. 넙치는 oligopeptide류 함량이 869 mg과 1,063 mg으로서 유리아미노산 총량의 4.3배에 달하였다. ATP관련 화합물의 총량은 각각 $9.56\;\mumol과\;6,58\;\mumol$로서 양식산이 다소 높았으며 IMP가 각각 68.2%와 78.6%로서 대부분을 차지하였다. TMAO는 각각 273 mg과 316 mg으로서 자연산이 높고, creatine은 각각 522 mg와 487 mg으로서 양식산이 높았다. Betaine류, TMA, creatinine은 모두 미량이었다. 엑스분 중의 질소분포는 creatine과 creatinine 질소가 가장 높고, 다음은 oligopeptide류 질소, TMAO와 TMA질소, ATP관련 물질 질소, 유리아미노산 질소의 순이었고 질소의 회수율은 95% 이상이었다.취상태를 평가받고 과부족이 되기 쉬운 영양소의 급원 식품과 음식에 대한 영양정보도 제공받을 수 있도록 할 뿐 아니라 식이요법을 필요로 하는 질환의 영양상담을 위한 기본 프로그램으로 활용될 수 있도록 하는데 그 의의가 있다.사만을 선택하여 성별과 결혼여부에 따라 환경친화적 음식소비 행동의 차이를 알아보기 위한 결과 역시 차이를 보이지 않았다. 환경친화적 음식소비행동은 연령, 월평균소득 및 엥겔계수와 의미 있는 상관관계를 보이지 않았다. 조리사와 주부는 음식을 소비하는 전 과정에서 가장 많이 관여하고 있는 집단이다. 그런데 조리사와주부 모두 전반적으로 환경친화적 음식소비행동의 수준이 높지 않음으로 합리적인 식생활문화를 생활화 할 수 있도록 교육과 홍보가 필요하다고 본다. 주부의 경우 유치원이나 어린이집, 초중고둥학교에서 하는 부모교육과 반상회의 홍보자료에 반상회의 홍보자료에 반드시환경친화적 음식소비행동에 관한 교육이 포함되어야 한다. 조리사의 경우 정기교육과정에 환경친화적 음식소비행동에 관한 홍보를 함께 함으로써 외식이나 단체급식에서 발행하는 음식물 쓰레기의 양을 줄 일 수 있을 것이다.m its genes controlling host specificity to its population sturctures and dynamics, have begun to provide new insights into the potential mechanisms underlying race variation. In this review we aim to provide an overview on (a) the molecular basis of host specificity of M. grisea, (b) the population structure and dynamics of rice pathogens, and (c) the nature and mechanisms

  • PDF

부저병 원인균 Paenibacillus larvae 특이 유전자 분석을 통한 진단마커 발굴 (Identification of Diagnostic PCR Markers for Honeybee Foulbrood Disease from Specific Genes of Paenibacillus larvae)

  • 나한흠;김근철
    • 생명과학회지
    • /
    • 제27권1호
    • /
    • pp.67-71
    • /
    • 2017
  • 부저병이란 Paenibacillus larvae감염에 의하여 꿀벌 유충의 괴사를 유도하는 질병이다. 우리나라에서는 2008년 봄, 국내에 처음으로 대량 발병 사례가 보고되었으며, 지속적인 2차 피해로 큰 후유증을 앓고 있다. 본 연구에서는 부저병을 효율적으로 관리할수 있는 진단방법을 조사하고자 하였다. 따라서 부저병의 원인균인 P. larvae에서 특이적으로 발현되고 있는 유전자들을 동정하고자 하였으며, 이 유전자들은 주로 부저병균의 독성을 유발하는 것으로 알려진 Toxin1, Toxin2A & 2B, SplA, CBP49, SevA&SevB 들이다. 이들은 1차 PCR 에서는 검출하기 어려웠지만, 2차 nested PCR방법을 이용하여 검출이 용이함을 알 수 있었다. 한편 여러가지 식물 추출물을 혼합한 배지에서 부저병균을 배양하였을 때, 부저병균의 성장저해와 일치하게 우리가 검증한 유전자들의 발현이 감소하는 것을 알 수 있었다. 이러한 결과들은 부저병 원인균의 특이 유전자들은 향후 PCR진단마커로서 활용 가능성이 있을 것으로 사료된다.

MDCK세포의 tight junction 형성이 Toxoplusmu gondii의 숙주세포 침투에 미치는 효과 (Tight junctional inhibition of entry of Toxoplasma gondii into MDCK cells)

  • 남호우;윤지혜
    • Parasites, Hosts and Diseases
    • /
    • 제28권4호
    • /
    • pp.197-206
    • /
    • 1990
  • MDCK세포간에 형성된 tight junction이 Toxoplasma gondii이 숙주세포 침투에 미치는 영향에 대하여 고찰 하기 위해 여러 조건의 세포배양을 시행하였다. MDCK세포를 25-well배양기 내의 18-mm cover glass에 $1{\times}10^5,{\;}3{\times}10^5{\;}및{\;}5{\times}10^5$ 개로 분주한 후 배양 1, 2, 3 및 4일에 다수의 Toxoplasma를 첨가하여 1시간 동안 배양한 다음 Giemsa 용액으로 염색한 후 관찰하였을 때, 각 실험군에서 침투한 원충의 숫자는 숙주세포가 포화밀도를 이루면서 급격히 감소하였다. 배양액 내의 calcium 농도를 일반적인 1.8mM에서 $5{\;}{\mu}M$로 낮추어 포화밀도의 MDCK 세포간에 tight junction 형성을 억제하였을 때, 원충의 침투가 약 2배 증가하였으며(p<0.05) 포화밀도 이전의 배양에서는 원충의 침투가 감소하였다. Trypsin-EDTA를 처리하여 포화밀도의 배양에서 tight junction을 소화 시킨 경우, 원충의 침투가 약 2.5배 증가하였으며 (p<0.05) 포화밀도 이전의 배양에서는 급격히 감소하였다. 이상의 결과들로 볼 때, 포화밀도의 MDCK세포간에 형성된 tight junction이 Toxoplasma의 침투를 억제하는 것을 알 수 있었다. 이는 Toxoplasma가 숙주세포로 침투할 때 숙주세포의 막구조에 대한 특이성이 있음을 시사 하며, 상피세포에서는 tight junction 위의 막(apical membrane) 보다 옆 및 아래의 막(basolateral membrane)상의 구조를 이용하는 것으로 추정되었다.

  • PDF

오이 덩굴쪼김병에 대한 효율적인 저항성 검정 방법 (Efficient Screening Method for Resistance of Cucumber Cultivars to Fusarium oxysporum f. sp. cucumerinum)

  • 이지현;김진철;장경수;최용호;최경자
    • 식물병연구
    • /
    • 제20권4호
    • /
    • pp.245-252
    • /
    • 2014
  • 본 실험은 Fusarium oxysporum f. sp. cucumerinum에 의해 발생하는 오이 덩굴쪼김병의 효율적인 저항성 검정 방법을 확립하기 위하여 수행되었다. ITS와 TEF 유전자 염기서열 분석과 멜론, 참외, 오이 및 수박을 포함한 박과 작물에 대한 기주 특이성 분석을 통해 KR5 균주를 F. oxysporum f. sp. cucumerinum으로 동정하였다. 그리고 덩굴쪼김병균 KR5에 저항성 정도가 다른 오이 네 품종과 오이용 대목 두 품종을 선발하여 유묘의 생육 시기, 뿌리 상처, 접종원 농도 및 접종 후 재배 온도에 따라 이들 여섯 품종의 덩굴쪼김병 발생을 조사하였다. 저항성 품종의 덩굴쪼김병 발병도는 접종 후 재배 온도에 따라 차이를 나타냈으며, 저항성 품종들은 접종 후에 $20^{\circ}C$보다 $25^{\circ}C$$30^{\circ}C$에서 재배하였을 때 높은 저항성을 보였다. 그리고 유묘의 생육 시기 중 파종 후 7일된 유묘에 덩굴쪼김병균을 접종하였을 때 가장 큰 저항성과 감수성 차이를 나타내었다. 이상의 결과로부터 오이 덩굴쪼김병에 대한 저항성을 효과적으로 검정하는 방법으로 파종하고 7일 동안 재배한 유묘의 뿌리로부터 흙을 제거하고, 이들을 $1.0{\times}10^6-1.0{\times}10^7$ conidia/ml 농도의 F. oxysporum f. sp. cucumerinum 포자현탁액에 침지하여 접종한 후에 건전한 원예용 상토에 이식하고 $25^{\circ}C$ 생육상에서 3주간 재배하는 방법을 제안한다.

고온 알칼리성 Bacillus sp. F204의 Cellulase 유전자의 Escherichia coli 및 Bacillus subtilis에의 Cloning 및 발현 (Cloning of Thermophilic Alkalophilic Bacillas sp. F204 Cellulase Gene and Its Expression in Escherichia coli and Bacillus subtilis)

  • 정영철;김양우;강신권;노종수;박재현;성낙계
    • 한국식품과학회지
    • /
    • 제23권1호
    • /
    • pp.31-36
    • /
    • 1991
  • 고온, 알칼리성 Bacillus sp. F204의 CMCase 유전자를 pUC19의 HindIII부위에 연결하여 전이된 E.coli 형질전환체 중 2개의 재조합 플라스미드 즉, pBC191과 pBC192를 선발하였는데, 이들은4.6 Kb와 5.8 Kb HindIII 절편을 각각 함유하고 있었다. pBC191의 4.6 Kb HindIII 절편을 BamHI, EcoRI, KpnI, PvuII 부위가 각각 1개씩 존재하였다. Dioxigenin-labeled deoxyuridin-triphosphate에 4.6 Kb 절편을 표식한 것을 probe로 하여 상동성을 검정한 결과 모균주와 강한상동성이 없었고, 면역학적 실험에서도 Bacillus sp. F204 유래임이 인정되었다. pBC191의 4.6 Kb 절편을 E.coli의 발현 벡타인 pKK223-3과 Bacillus vector인 pGR71에 연결시켜 구축한 pKC231과 pGC711은 각각 pBC191에 비하여 효소활성이 3.2배와 2.8배정도 증가되었으며, 그리고 E.coli에서는 대부분 세포내와 periplasmic 분획에서 검출되었다. 기질 특이성을 조사한 결과에 의하면 pBC191과 pBC192는 CMCase gene을 코딩하고 있는 것으로 나타났다.

  • PDF

Characterization of Pv92, a Novel Merozoite Surface Protein of Plasmodium vivax

  • Lee, Seong-Kyun;Wang, Bo;Han, Jin-Hee;Nyunt, Myat Htut;Muh, Fauzi;Chootong, Patchanee;Ha, Kwon-Soo;Park, Won Sun;Hong, Seok-Ho;Park, Jeong-Hyun;Han, Eun-Taek
    • Parasites, Hosts and Diseases
    • /
    • 제54권4호
    • /
    • pp.385-391
    • /
    • 2016
  • The discovery and understanding of antigenic proteins are essential for development of a vaccine against malaria. In Plasmodium falciparum, Pf92 have been characterized as a merozoite surface protein, and this protein is expressed at the late schizont stage, but no study of Pv92, the orthologue of Pf92 in P. vivax, has been reported. Thus, the protein structure of Pv92 was analyzed, and the gene sequence was aligned with that of other Plasmodium spp. using bioinformatics tools. The recombinant Pv92 protein was expressed and purified using bacterial expression system and used for immunization of mice to gain the polyclonal antibody and for evaluation of antigenicity by protein array. Also, the antibody against Pv92 was used for subcellular analysis by immunofluorescence assay. The Pv92 protein has a signal peptide and a sexual stage s48/45 domain, and the cysteine residues at the N-terminal of Pv92 were completely conserved. The N-terminal of Pv92 was successfully expressed as soluble form using a bacterial expression system. The antibody raised against Pv92 recognized the parasites and completely merged with PvMSP1-19, indicating that Pv92 was localized on the merozoite surface. Evaluation of the human humoral immune response to Pv92 indicated moderate antigenicity, with 65% sensitivity and 95% specificity by protein array. Taken together, the merozoite surface localization and antigenicity of Pv92 implicate that it might be involved in attachment and invasion of a merozoite to a new host cell or immune evasion during invasion process.

잿빛곰팡이병균(Botrytis cinerea)의 종 동정과 PCR 검출을 위한 종 특이적 Primer의 개발 (Development of PCR Primers for Specific Identification and Detection of Botrytis cinerea on Tomato)

  • 송정영;임진하;남명현;김홍기;김병섭
    • 한국균학회지
    • /
    • 제36권2호
    • /
    • pp.138-143
    • /
    • 2008
  • 토마토 잿빛곰팡이병균(B. cinerea)은 비닐하우스에서 재배할 때 토마토의 꽃과 줄기의 감염을 통해 매우 심각한 피해를 입힌다. 이 연구에서 토마토에 발병하는 잿빛 곰팡이병균의 검출 및 종 동정을 위해 새로운 종 특이적 primer set가 개발되었다. 종 특이적 primer(BTF1/BTR1)는 B. cinerea와 유전적으로 매우 유사한 진균들의 pyruvate carboxylase(pyc) 유전자 내부의 변이영역으로부터 설계되었다. 10개의 다른 기주식물에서 분리된 13균주의 모든 B. cinerea에서 112 bp 크기의 PCR 산물들이 만들어졌다. 그러나 6종의 다른 Botrytis 속균, 4종의 Botryotinia 속균, 5종의 Sclerotinia 속균 및 그 이외 16속의 다른 식물병원균들에 대해서는 PCR 반응이 나타나지 않았다. 종 특이적 primer의 반응민감도 한계는 대략 2 pg이었다. 자연상태에서 B. cinerea에 감염된 토마토 식물체와 인공적으로 접종된 식물체로부터 종 특이적 primer를 활용한 병원균의 PCR 검출이 이루어졌다. 이 연구결과로 미루어 새롭게 개발된 primer는 높은 반응민감도와 종 특이성을 나타내 추후 토마토 잿빛곰팡이병의 빠른 진단 및 병원균의 정확한 동정에 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

Usability of DNA Sequence Data: from Taxonomy over Barcoding to Field Detection. A Case Study of Oomycete Pathogens

  • Choi, Young-Joon;Thines, Marco
    • 한국균학회소식:학술대회논문집
    • /
    • 한국균학회 2015년도 추계학술대회 및 정기총회
    • /
    • pp.41-41
    • /
    • 2015
  • Oomycetes belong to the kingdom Straminipila, a remarkably diverse group which includes brown algae and planktonic diatoms, although they have previously been classified under the kingdom Fungi. These organisms have evolved both saprophytic and pathogenic lifestyles, and more than 60% of the known species are pathogens on plants, the majority of which are classified into the order Peronosporales (includes downy mildews, Phytophthora, and Pythium). Recent phylogenetic investigations based on DNA sequences have revealed that the diversity of oomycetes has been largely underestimated. Although morphology is the most valuable criterion for their identification and diversity, morphological species identification is time-consuming and in some groups very difficult, especially for non-taxonomists. DNA barcoding is a fast and reliable tool for identification of species, enabling us to unravel the diversity and distribution of oomycetes. Accurate species determination of plant pathogens is a prerequisite for their control and quarantine, and further for assessing their potential threat to crops. The mitochondrial cox2 gene has been widely used for identification, taxonomy and phylogeny of various oomycete groups. However, recently the cox1 gene was proposed as a DNA barcode marker instead, together with ITS rDNA. To determine which out of cox1 or cox2 is best suited as universal oomycete barcode, we compared these two genes in terms of (1) PCR efficiency for 31 representative genera, as well as for historic herbarium specimens, and (2) in terms of sequence polymorphism, intra- and interspecific divergence. The primer sets for cox2 successfully amplified all oomycete genera tested, while cox1 failed to amplify three genera. In addition, cox2 exhibited higher PCR efficiency for historic herbarium specimens, providing easier access to barcoding type material. In addition, cox2 yielded higher species identification success, with higher interspecific and lower intraspecific divergences than cox1. Therefore, cox2 is suggested as a partner DNA barcode along with ITS rDNA instead of cox1. Including the two barcoding markers, ITS rDNA and cox2 mtDNA, the multi-locus phylogenetic analyses were performed to resolve two complex clades, Bremia lactucae (lettuce downy mildew) and Peronospora effuse (spinach downy mildew) at the species level and to infer evolutionary relationships within them. The approaches discriminated all currently accepted species and revealed several previously unrecognized lineages, which are specific to a host genus or species. The sequence polymorphisms were useful to develop a real-time quantitative PCR (qPCR) assay for detection of airborne inoculum of B. lactucae and P. effusa. Specificity tests revealed that the qPCR assay is specific for detection of each species. This assay is sensitive, enabling detection of very low levels of inoculum that may be present in the field. Early detection of the pathogen, coupled with knowledge of other factors that favor downy mildew outbreaks, may enable disease forecasting for judicious timing of fungicide applications.

  • PDF