• Genomics & Informatics
• /
• 제21권2호
• /
• pp.21.1-21.14
• /
• 2023

Fusobacterium nucleatum is a gram-negative bacteria associated with diverse infections like appendicitis and colorectal cancer. It mainly attacks the epithelial cells in the oral cavity and throat of the infected individual. It has a single circular genome of 2.7 Mb. Many proteins in F. nucleatum genome are listed as "Uncharacterized." Annotation of these proteins is crucial for obtaining new facts about the pathogen and deciphering the gene regulation, functions, and pathways along with discovery of novel target proteins. In the light of new genomic information, an armoury of bioinformatic tools were used for predicting the physicochemical parameters, domain and motif search, pattern search, and localization of the uncharacterized proteins. The programs such as receiver operating characteristics determine the efficacy of the databases that have been employed for prediction of different parameters at 83.6%. Functions were successfully assigned to 46 uncharacterized proteins which included enzymes, transporter proteins, membrane proteins, binding proteins, etc. Apart from the function prediction, the proteins were also subjected to string analysis to reveal the interacting partners. The annotated proteins were also put through homology-based structure prediction and modeling using Swiss PDB and Phyre2 servers. Two probable virulent factors were also identified which could be investigated further for potential drug-related studies. The assigning of functions to uncharacterized proteins has shown that some of these proteins are important for cell survival inside the host and can act as effective drug targets.

• 식물병연구
• /
• 제18권4호
• /
• pp.361-369
• /
• 2012

고추 풋마름병 예찰을 위한 개체군 모형을 개발하였다. 이 모델은 포장에서 고추 시들음을 일으키는 풋마름병원균의 월동 후 1차 감염 시기를 예측할 수 있는 모델이다. 이 모델은 감염환 중 병원균의 밀도와 기주에서의 병원성에 관여하는 요인이 발병의 주요소라 가정하여 만든 것이다. 병원균 증식은 재배 지역 토양 내부와 기주뿌리 내부에서 모의하였다. 뿌리에서 풋마름병 발병에 영향을 주는 주된 환경요소는 온도 및 감염 초기의 병원균 밀도로 가정하였고, 이 두 요소의 액체 배양액에서 증식실험을 통해 정량화 하였다. 또한 고추묘에서 온도에 따라 발병이 얼마나 달라지는 정도를 실험실 실험을 통해 접종원의 감염 수준을 정량화하여 감염을 모의하는 발병모형을 만들었다. 토양에 서식하는 병원균은 400 cells/g이상에서 기주 뿌리에 성공적으로 침입하고 뿌리내에서 온도에 따라 증식하다가 $10^9$ cells/g 이상이면 최소 고사율에 도달하므로, 이 시기를 풋마름병이 최초 감염(1차 감염)되는 초발일로 추정하였다. 2010년과 11년 전국 기상청 종관관측 자료를 통해 풋마름병을 예측한 결과 2011년에 초발일은 대부분의 지역에서 7월 중순과 하순이었는데 이는 2010년에 비해 10-15일 빠른 것이었다. 또한 경기도 지역내에서 종관관측 자료와 실제 논과 과수원 포장 관측 기상 자료로 구동된 모델 초발일을 비교한 결과 포장 기상 자료의 초발일이 1-3일 빠르게 나타났다.

• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제56권2호
• /
• pp.135-145
• /
• 2018

Due to the critical location and physiological activities of the retinal pigment epithelial (RPE) cell, it is constantly subjected to contact with various infectious agents and inflammatory mediators. However, little is known about the signaling events in RPE involved in Toxoplasma gondii infection and development. The aim of the study is to screen the host mRNA transcriptional change of 3 inflammation-related gene categories, PI3K/Akt pathway regulatory components, blood vessel development factors and ROS regulators, to prove that PI3K/Akt or mTOR signaling pathway play an essential role in regulating the selected inflammation-related genes. The selected genes include PH domain and leucine- rich-repeat protein phosphatases (PHLPP), casein kinase2 (CK2), vascular endothelial growth factor (VEGF), pigment epithelium-derived factor (PEDF), glutamate-cysteine ligase (GCL), glutathione S-transferase (GST), and NAD(P)H: quinone oxidoreductase (NQO1). Using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR), we found that T. gondii up-regulates PHLPP2, $CK2{\beta}$, VEGF, GCL, GST and NQO1 gene expression levels, but down-regulates PHLPP1 and PEDF mRNA transcription levels. PI3K inhibition and mTOR inhibition by specific inhibitors showed that most of these host gene expression patterns were due to activation of PI3K/Akt or mTOR pathways with some exceptional cases. Taken together, our results reveal a new molecular mechanism of these gene expression change dependent on PI3K/Akt or mTOR pathways and highlight more systematical insight of how an intracellular T. gondii can manipulate host genes to avoid host defense.

• 한국응용곤충학회지
• /
• 제4권
• /
• pp.51-54
• /
• 1965

이화명충에 대한 수도의 저항성 요인과 척도를 구명하기 위하여 여러 가지 품종에 접종 및 방사를 하였으며 그 영향에 따라 도체의 주요성분을 분석한 바 아래와 같은 결과를 얻었다. (1) 수도품종간에 이화명충의 유충 생육이 현저하게 큰 차를 나타내었다. 품종에 따른 체중증가량에 있어서도 부화 후 25일에 유충의 체중은 최고 45.77mg, 최저 21.23mg였는데 대체로 Indica type은 Japonica type 보다 유충체중의 증가가 컸다. (2) 수도품종에 있어서 여러 가지 저항성요소중 상관관계를 보면 유충의 생존율은 체중증가, 분화, 피해경율 및 산란선택성들과 정의 상관을 나타내었다. 따라서 유층의 생존율은 이화명충에 대한 도체의 저항성요소의 척도로 이용될 수 있다고 생각되었다. (3) 저항성 및 감수성 품종의 화학적 분석 결과에 의하면 몇몇 저항성요소와 질소함량간에는 정, 그리고 규산의 함량과는 부의 상관을 나타내었으며 특히 유충의 추성에는 질소, 천공성에는 규산의 함량이 관련됨을 알 수 있었고 탄소의 함량과는 유의한 상관을 나타나지 않았다. (4) 유충의 추성 및 천공성도 저항성 척도인 생존율과 정의 상관을 나타내었으므로 저항성은 여러 가지 요소들의 복합적인 작용으로 나타난다고 생각되었다.

• 지구물리와물리탐사
• /
• 제13권4호
• /
• pp.378-387
• /
• 2010

해양전자탐사를 이용한 해저열수광상 탐사에 기초적인 물성 지식을 제공하고자 해저열수광상 주변에서 채취한 암석시료를 원주형 암석코어로 성형한 후 밀도, 공극률 등에 대한 물성 측정법과 그 결과를 제시하였다. 암석 시료는 해저열수광상 주변에서 채취한 모암, 부석, 열수변질대, 침니(chimney) 등을 대상으로 하였으며, 이들은 부스러지기 쉽거나 물 속에서 구성물질이 용해되거나 혹은 공극이 매우 크고 거친 표면 특징을 가지고 있다. 본 연구에서는 이러한 시료들의 특징을 고려하여 각 시료마다 공극률과 전기비저항을 측정하는 방법들은 제시하였다. 측정 결과 전기전도도가 $32,000\;{\mu}S$/cm(0.5 ohm-m)인 소금물에 수포화된 흑색모암, 회색모암, 부석, 침니 암석코어들의 현지 바닷물 온도($2.5^{\circ}C$)에서의 전 기비저항은 각각 102, 39, 11, 0.1 ohm-m로서 침니의 전기비저항을 1이라할 때 바닷물은 5, 부석은 110, 모암은 390~1020의 분포를 보였다. 또한, 실험 결과 물로 수포화된 암석코어는 온도가 증가할수록 전기비저항이 감소하고 특히, $20{\sim}80^{\circ}C$의 구간에서는 직선적으로 감소하며, 임의의 전기전도도를 갖는 간극수로 수포화시킨 암석코어의 전기비저항이 다른 전기전도도를 갖는 간극수로 수포화시킨 암석코어의 전기비저항에 비해 같은 온도에서 A배 증가하면 단위 온도 증가당 전기비저항 변화율도 A배 증가함을 알 수 있었다.

• Journal of Korea Trade
• /
• 제24권1호
• /
• pp.82-98
• /
• 2020

Purpose - This study aims to overcome the limitations of existing studies, which linearly determine the precedence factors of competency in overseas subsidiaries. The research objectives are as follows. First, what kind of nonlinear effects does the level of control held by Korean headquarters over foreign subsidiaries have in terms of competency in the subsidiaries? Second, what kind of nonlinear effects do the local experiences of overseas subsidiaries have on their competency? Design/methodology - With data on Korean multinational corporations (MNCs), this paper analyzes the effects of control levels of headquarters (HQs) and host-country experiences of foreign subsidiaries regarding competency in overseas subsidiaries. In particular, this study focuses on nonlinear models, differentiating it from previous studies. In order to examine research hypotheses, this study conducted a survey of overseas subsidiaries of Korean corporations. Surveys were conducted through various methods including e-mail, online questionnaires, fax, and telephone calls. Copies of the questionnaire were distributed to a total of 2,246 overseas subsidiaries, and 409 completed responses were collected. Excluding 15 copies that were insufficiently answered, responses from a total of 394 copies were used for analysis. Findings - This study presents the following results. First, there is a U-shaped relationship between levels of HQ control and competency in foreign subsidiaries. This means that higher levels of HQ control negatively impact the competency levels of subsidiaries because strict control undermines autonomy in subsidiaries. However, if the level of HQ control exceeds a certain point, then the transfer of knowledge between HQs and subsidiaries is facilitated. Knowledge transferred from HQs can be used as prior knowledge by foreign subsidiaries to the benefit of all parties. Accordingly, knowledge transfer negates the negative effects of excessive HQ control and positively affects competency in subsidiaries. Second, there is an inverted U-shaped relationship between the local (host-country) experiences of subsidiaries and competency in foreign subsidiaries. This means that foreign subsidiaries can overcome the liabilities of foreignness and contribute to capability building by accumulating unique knowledge about their host countries. However, if local experiences accumulate excessively beyond a certain point, then the host country-specific experiences of foreign subsidiaries will offset the benefits discussed above. Excessive local experiences not only increase organizational inertia, but also create a problem of goal incongruence due to information asymmetry between HQs and subsidiaries. Therefore, excessive local experiences have negative effects on competency in foreign subsidiaries. Originality/value - This study suggests the following implications. First, unlike existing studies based mainly on linear models, this study presents important theoretical implications in its focus on nonlinear models and its analysis of the effects of HQ control and local experiences on competency in foreign subsidiaries from perspectives of organizational learning theory and agency theory. Second, in terms of practical implications, the results of this study suggest that optimally raising levels of HQ control and managing the local experiences of subsidiaries without increasing organizational inertia is important for enhancing competency in foreign subsidiaries.

• 국제지역연구
• /
• 제15권2호
• /
• pp.247-273
• /
• 2011

한국기업의 대중국 M&A투자는 1990년 초반 시작되었으나 신설투자에 비해 매우 미미한 수준에 머물러 있었다. 2000년대에 이르러 활성화되기 시작하여 2007년 최고정점으로 이후 감소세를 돌아 섰다. 그동안 한국기업의 대중국 M&A 투자전략에 대한 연구는 많이 진행되어 왔으나, 대 중국 M&A 투자의 결정요인 및 투자에 영향을 미치는 요인에 관한 연구는 많지 않았다. 본 연구에서는 한국 기업의 대중국 진입방식에 있어서 M&A와 신설투자에 영향을 미치는 요인을 투자본국과 현지국의 거시경제 변수를 중심으로 분석 하였다. 분석결과 첫째, 환율변수의 경우 한국의 원화가치가 하락하는 경우 M&A나 신설투자 모두 부의 상관관계를 나타내고 있다. 둘째, 자본조달비용 변수로서 한국의 실질이자율은 M&A의 경우 통계적으로 유의하지 않았다. 셋째, 현지국의 주가지수의 경우 중소기업과 경공업의 분석결과 부의 상관관계가 나타나고 있지만, 대기업이나 중화학공업의 분석결과는 예상과 달리 정의 상관관계를 나타내고 있었다. 넷째, 현지국의 시장개방도 변수의 경우 신설투자나 M&A 모두 정의 상관관계가 나타나고 있었다. 마지막으로, 현지국의 시장규모변수인 중국의 GDP의 경우 M&A의 경우에는 통계적으로 유의하지 않았고 신설투자는 강한 정의 상관관계가 나타나고 있었다.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제51권3호
• /
• pp.323-328
• /
• 2019

결핵균에 의한 만성 세균성 감염인 결핵은 결핵균의 특성, 숙주의 면역상태와 유전적 감수성의 차이에 의해 잠복성과 활동성으로의 진행정도에 차이가 있다. 결핵균에 대한 숙주 방어 기전은 주로 대식세포, T 세포 및 수지상 세포 사이의 상호 작용에 기인한다. CD44는 결핵균에 감염되면 활성 T 세포에서 발현되며 림프구 이동을 조절한다. 또한 CD44는 ECM에 대한 백혈구의 부착을 매개하여 대식세포, CD4+ T cell 등을 폐로 불러모으는 역할을 한다. 따라서, CD44 유전자의 다형성은 결핵균에 대한 숙주세포의 면역기전 저하를 유발할 수 있다. 이 연구의 목적은 CD44 유전자의 유전자 다형성이 결핵의 감수성에 영향을 미치는지 조사하는 것이다. 결핵균과 CD44의 연관성에 대하여 대한 한국 협회 자원의 443명의 cases와 3228명의 control을 이용하여 CD44 유전자의 237개의 SNP를 분석하였다. 이 중 17개의 SNP가 결핵과 통계적으로 유의한 관련성을 보였다. 가장 유의성 있는 SNP는 rs75137824였다(OR=0.231, CI: 1.51~3.56, $P=1.3{\times}10^{-4}$). 또한 결핵 발병에 유의성이 있는 SNP중 rs10488809의 경우는 전사인자 JUND 및 FOS에 결합하는 부위로써 CD44 유전자 발현에 영향을 줄 수 있는 것으로 확인할 수 있었다. 이러한 결과는 결핵 발병이 CD44 발현 차이에 의한 숙주 면역반응에 차이에 의해서 감수성의 차이가 있을 수 있음을 나타 낼 수 있다. 이번 연구 결과는 결핵균 감염에 대한 숙주면역의 유전적 차이가 결핵 진행정도의 차이를 유발할 수 있다는 유전적 배경에 대한 기반을 마련해 줄 수 있을 것이라고 기대한다.

• Journal of Preventive Medicine and Public Health
• /
• 제47권1호
• /
• pp.7-17
• /
• 2014

Risk assessment considers the situations and characteristics of the exposure environment and host. Various physiological variables of the human body reflects the characteristics of the population that can directly influence risk exposure. Therefore, identification of exposure factors based on the Korean population is required for appropriate risk assessment. It is expected that a handbook about general exposure factors will be used by professionals in many fields as well as the risk assessors of the health department. The process of developing the exposure factors handbook for the Korean population will be introduced in this article, with a specific focus on the general exposure factors including life expectancy, body weight, surface area, inhalation rates, amount of water intake, and soil ingestion targeting the Korean population. The researchers used national databases including the Life Table and the 2005 Time Use Survey from the National Statistical Office. The anthropometric study of size in Korea used the resources provided by the Korean Agency for Technology and Standards. In addition, direct measurement and questionnaire surveys of representative samples were performed to calculate the inhalation rate, drinking water intake, and soil ingestion.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제17권3호
• /
• pp.917-921
• /
• 2016

However, the incidence of gastric cancer (GC) has been decreased in past decades; GC is the second cause of cancer related death in the world. Evidence has illustrated that several factors including Helicobacter pylori (H. pylori) infection, host genetics, and environmental factors (smoking and particularly diet) may play a crucial role in gastric carcinogenesis. It has been demonstrated that high consumption of fresh fruits, vegetables, high level of selenium and zinc in drinking water, sufficient iron, and cholesterol protect against GC, while; smoked, pickled, and preserved foods in salt, and nitrites increase the risk of GC. Epidemiological studies have also proved that H. pylori infection and a high salt diet could independently induce atrophic gastritis and intestinal metaplasia. Recently, studies have been demonstrated that dietary factors directly influence H. pylori virulence. The use of appropriate diet could reduce levels of H. pylori colonization or virulence and prevent or delay development of peptic ulcers or gastric carcinoma. This is attractive from a number of perspectives including those of cost, treatment tolerability, and cultural acceptability. This review will describe new insights into the pathogenesis of H. pylori in relation to environmental factors, especially dietary, not only to find the developed means for preventing and treating GC, but also for understanding the role of chronic inflammation in the development of other malignancies.