Hyun, Jeongwoo;Abigail, Maria;Choo, Jin Woo;Ryu, Jin;Kim, Hyung Kwoun
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.26
no.10
/
pp.1708-1716
/
2016
Glucose dehydrogenase (GDH) is an oxidoreductase enzyme and is used as a biocatalyst to regenerate NAD(P)H in reductase-mediated chiral synthesis reactions. In this study, the glucose 1-dehydrogenase B gene (gdhB) was cloned from Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki, and wild-type (GDH-BTWT) and His-tagged (GDH-BTN-His, GDH-BTC-His) enzymes were produced in Escherichia coli BL21 (DE3). All enzymes were produced in the soluble forms from E. coli. GDH-BTWT and GDH-BTN-His showed high specific enzymatic activities of 6.6 U/mg and 5.5 U/mg, respectively, whereas GDH-BTC-His showed a very low specific enzymatic activity of 0.020 U/mg. These results suggest that the intact C-terminal carboxyl group is important for GDH-BT activity. GDH-BTWT was stable up to 65℃, whereas GDH-BTN-His and GDH-BTC-His were stable up to 45℃. Gel permeation chromatography showed that GDH-BTWT is a dimer, whereas GDH-BTN-His and GDH-BTC-His are monomeric. These results suggest that the intact N- and C-termini are required for GDH-BT to maintain thermostability and to form its dimer structure. The homology model of the GDH-BTWT single subunit was constructed based on the crystal structure of Bacillus megaterium GDH (PDB ID 3AY6), showing that GDH-BTWT has a Rossmann fold structure with its N- and C-termini located on the subunit surface, which suggests that His-tagging affected the native dimer structure. GDH-BTWT and GDH-BTN-His regenerated NADPH in a yeast reductase-mediated chiral synthesis reaction, suggesting that these enzymes can be used as catalysts in fine-chemical and pharmaceutical industries.
Respiratory Syncytial virus (RSV) is an important cause of acute lower respiratory tract infections in human, with infants and young children being particularly susceptible. In the temperate zones, sharp annual outbreaks of RSV occur during the colder months, in both the northern and the southern hemisphere. RSV is unusual in that it can repeatedly reinfect individuals throughout life and infect babies in the presence of maternal antibody. RSV isolates can be divided into two subgroups, A and B, on the basis of their reactions with monoclonal antibodies, and the two subgroups are also distinct at the nucleotide sequence level. The specific diagnosis of RSV infection was best made by isolation of virus in tissue culture, identification of viral antigen, or by specific serologic procedures. Recently, rapid detection of RSV and analysis of RSV strain variation became possible by development of methods of reverse transcription and polymerase chain reaction amplification. In this study, to determine the genetic diversity of RSV found in Korea, 173 bp and 164 bp spanning selected regions of the RSV F and SH genes were enzymatically amplified and sequenced, respectively. Eight for F gene and three for SH gene were detected in 66 nasopharyngeal swap samples tested. Two major antigenic subgroups, A and B were confirmed from Korean samples (seven for subgroup A and one for subgroup B). At the nucleotide level of the F gene region, Korean subgroup A strains showed 95-99% homologies compared to the prototype A2 strain of subgroup A and 93-100% homologies among Korean subgroup A themselves. For the SH gene region, Korean subgroup A strain showed 97.5% homology compared to the prototype A2 strain of subgroup A, and Korean subgroup B strain showed 97% homology compared to the prototype 18537 strain of subgroup B. Most of base changes were transition and occured in codon position 3, which resulted in amino acid conservation. Using the maximum parsimony method, phylogenetic analysis indicated that Korean RSV strains formed a group with other RSV strains isolated from the United States, Canada, the Great Britain and Australia.
Four bacterial strains capable of catabolizing 4-chlorobiphen!;l (4CB) were isolated from the industrial waste waters. The bacterial isolates designated as PO$. P20, P27, and P1242. respectively, were examined for their catabolic activities. And in order to examine molecular homology of the 4CB catabolizing genes of these bacterial isolates. Southern hybridization was conducted with bphABC genes of P. p.srudoalculigrnrs KF707 as a DNA probe. The metabolites of 2-hydroxy-6-0x0-6-(4'-chlorophenyl)hexa-2 .4-dienoic acid and Cchlorobenzoate were detected to be produced by the isolatc:~ in the MM2 liquid cultures. But Cchlorobenzoate was further catabolized to produce 4.-hydroxybenzoate by DJ-12, P08. and P27. but not by P20 and P1242. As results of hybridization, homologous regions were commonly observed in Xhol fragments of 2.2 and 1.8 kb and in EcoRl fragment of 11 kb in the DJ- 12. P08, and P27 isolates. But in any restriction enzyme digests ot the P20 and PI242 isolates. homologous region was not detected. The cbp genes of the bactcria capable of catabolizing 4CB in nature could be divided into two groups by divergence<
Park, Dong-Suk;Go, Seung-Joo;Ryu, Jin-Chang;Sung, Jae-Mo
The Korean Journal of Mycology
/
v.27
no.1
s.88
/
pp.39-43
/
1999
The internal transcribed spacer II regions (ITS II) of the ribosomal DNA gene repeat from Ganoderma spp. were amplified using polymerase chain reaction (PCR) and sequenced. Sequences from 9 species including Ganoderma lucidum, G. tsugae, G. pfeifferi, G. resinaceum, G. australe-applanatum, G. oregonense, G. neo-japonicum, G. applanatum and Inonotus xeranticus as an out-group were compared. The spacer regions of them were $247{\sim}257$ nucleotides in length and contained partial sequences of 5.8S and 25S gene. The reciprocal homologies of each ITS II sequence of the species were in the range of $70{\sim}100%$ except outgroup species, I. xeranticus. According to the analysis of ITS II sequences, Ganoderma spp. constructed 5 clusters. Ganoderma lucidum isolates were to be divided into two groups. One group was consisted of isolates from South Korea. The other group comprised isolates from UK. G. lucidum isolates belonging to the group I were closely related with G. tsugae. These results suggested that G. lucidum from Korea should be G. tsugae, otherwise G. tsugae was to be synonym of G. lucidum.
To investigate genetic relationships either interspecies or intraspecies of 14 Korean Phytophthora species, sequence analyses of nuclear DNA (ypt gene and rDNA-IGS region) and mitochondrial DNA (Cox gene, $\beta$-tubuline gene, and EF1A gene) were performed. All of 14 Korean Phytophthora species clearly clustered into foreign isolates of each species. These Korean isolates in Phytophthora species also showed no correlation between molecular classification and morphological classification like as in case of foreigners. P. palmivora KACC 40167 reported previously from genetic groups of Phytophthora species in Korea was not consistent with the classification system, and therefore was required re-examination for the genetic group analysis. Korean isolates of P. drechsleri KACC 40195 showed very close relationship with P. cryptogea KACC 40161 above 94% bootstrap value in P. cryptogea-P. drechsleri complex group. Identification of these isolates is still unclear, because P. cryptogea and P. drechsleri were not differentiated in this study. On the other hand, it was required to unify species for these two species, since P. parasitica and P. nicotianae were clustered into a group on the level of 99 to 100% sequence homology. Comparing to the sequences of foreigners, Korean isolates were newly divided to ten groups in the phylogenic system. These results could be prepared useful informations to understand genetic diversity of Phytophthora species in Korea.
A research group demonstrated that the 37 kDA protein of Edwardsiella tarda, a causing causative agent of edwardsiellosis in fish, exhibited high antigenicity in Japanese flounder. The research group also showed that the N-terminus amino acid sequences of the 37 kDa protein were mapped to the N-terminus of GAPDH (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase). Using degenerated primer sets based on the known N-terminus sequence, the corresponding E. tarda DNA was amplified and cloned. The nucleotide sequences of the cloned gene revealed high homology with a bacterial gene for GAPDH, as we was expected. The amino acid sequence of E. tarda GAPDH (etGAPDH) revealed a <70% similarity with GAPDH proteins in other Enterobacteriaceae. With the application of artificial protein overexpression system in Escherichia coli, the recombinant etGAPDH (rGAPDH) was produced and purified. In this study, Using the purified rGAPDH, the etGAPDH specific polyclonal antibody has been was generated using the purified rGAPDHin this study. The immunoblotting analyses demonstrated that the location of the GAPDH protein is located with the association of is associated with the envelops of E. tarda. The rGAPDH was administrated into Japanese flounder via IP route for evaluation of the protective ability. Although the specific antibody titer against etGAPDH was increased about 3-fold after 4 weeks post-vaccination, the survival rates of vaccinated Japanese flounder and the control group with wild type E. tarda was were 12.5% and 0%, respectively. Our results indicated that rGAPDH is immunoreactive antigen but that it will not generate protective immunity in Japanese flounder.
A method for sex determination of pigs was examined using polymerase chain reaction(PCR). Sex determining region Y(SRY) gene encoded on Y chromosome plays a key role for primary male development. Zinc finger X-Y(ZFX-ZFY) gene, one of the X-V homology gene group was found on the X and Y chromosomes, respectively, We tested for molecular sexing by amplification patterns of SRY and ZF genes. Genomic DNAs from various resources including porcine hairs and semen collected from domestic pig breeds and native pigs was used for PCR assay of each gene. The amplified products for porcine SRY gene were yielded only in males but not in females. On the other hand, two differential patterns were observed in amplification of ZF gene reflecting the chromosomal dimorphism by a length polymorphism between X and Y chromosomes. Of both, a common band was detected in all individuals tested so that this band might be amplified from ZFX gene as a PCR template, but another is specific for males indicated that from ZFY. The result of PCR assay provides identical information to that from investigation of phenotypic genders of the pigs tested. We suggest that this PCR strategy to determine porcine sexes using comparison of the amplification patterns of the SRY gene specific for Y chromosome and the dimorphic ZF gene between X and Y chromosomes may be a rapid and precise method for discrimination of two sexes and applied to DNA analysis of small samples such as embryonic blastomere, semen, and hairs.
Kim, Jeong-Dong;An, Hwa-Yong;Yoon, Jung-Hoon;Park, Yong-Ha;Fusako Kawai;Jung, Chang-Min;Kang, Kook_-Hee
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.12
no.4
/
pp.544-552
/
2002
Several microorganisms from rat and human feces and lumen fluid of cows were screened for their ability to decolorize the synthetic dyes. Consequently, a novel dye-degrading strain AB&J was isolated. Taxonomic identification including 165 rDNA sequencing and phylogenetic analysis indicated that the isolate had 99.9% homology in its 165 rDNA base sequence with Clostridium perfringens. After 27 h Incubation with the strain, brilliant blue R, bromophenol blue, crystal violet, malachite green, methyl green, and methyl orange were decolorized by about 69.3%, 97.7%, 96.3%, 97.9%, 75.1%, and 97.2%, respectively. The triphenlmethane dye, bromophenol blue, was decolorized extensively by growing Clostridium perfringens AB&J cells in liquid cultures under anaerobic condition, although their growth was strongly inhibited in the initial stage of incubation. This group of dyes is toxic, depending on the concentration used. The dye was significantly decolorized at a relatively lower concentration of below 50 $\mu g \;ml^{-1}$, however, the growth of the cells was mostly suppressed at a dye concentration of 100 $\mu g \;ml^{-1}$. The decolorization activity in cell-free extracts was much higher in cytoplasm than in periplasm and cytoplasmic membrane. Therefore, the enzyme related uptake of bromophenol blue seemed to be localized in cytoplasm. The optimal pH and temperature of bromophenol blue uptake fur decolorization activities were 7.0 and 4$0^{\circ}C$, respectively.
Estrogens, a group of steroid compounds functioning as the primary female sex hormone, play an important role in the development and progression of breast cancer. In this study, using a novel annealing control primer-based GeneFishing PCR technology, five differentially expressed genes (DEGs), expressed using 10nM mitogenic estrogens, $17{\beta}$-estradiol (E2) and $16{\alpha}$-hydroxyestrone ($16{\alpha}$-OHE1), were selected from the estrogen receptor (ER)-positive MCF-7 human breast cancer cells. The DEGs, MRPL42, TUBA1B, SSBP1, KNCT2, and RUVBL1, were identified by comparison with the known genes via direct sequencing and sequence homology search in BLAST. Quantitative real-time PCR data showed that two DEGs, tubulin ${\alpha}1b$ and kinetochore associated 2, were greater than 2-fold upregulated by E2 or $16{\alpha}$-OHE1. Both genes could be new biomarkers for the treatment and prognosis of cancers, and further study may provide insights into the molecular mechanisms underlying development and progression of breast cancer.
Kim, Se-Hee;Kim, Keun-Yong;Kim, Chang-Hoon;Lee, Woo-Sung;Chang, Man;Lee, Jung-Hyun
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.14
no.5
/
pp.959-966
/
2004
Twenty-three cultures of harmful algal bloom (HAB)-(causing dinoflagellates were isolated from the coastal waters of Korea. For each of the 14 morphospecies, the nuclearencoded small subunit (SSU) rDNA was analyzed to determine the phylogenetic relatedness of the species. Despite temporal and spatial isolation, 3-4 clonal cultures of Alexandrium catenella, Cochlodinium polykrikoides, and Gymnodinium catenatum had 100% identical SSU rDNA sequences. In contrast, heterogeneities in the SSU rDNA sequences were observed in Akashiwo sanguinea and Lingulodinium polyedrum strains. Extreme sequence polymorphism was shown within the SSU rRNA genes of an Al. tamarense clonal culture. A homology search in GenBank revealed that 11 dinoflagellate species were located in clusters corresponding to their morphological classification. The SSU rDNA sequences of C. polykrikoides, Gyrodinium instriatum, and Pheopolykrikos hartmannii, which were determined for the first time in this study, showed the following phylogenetic relationships: C. polykrikoides formed an independent branch separated from other dinoflagellates; Gyr. instriatum was placed in a monophyletic group with Gyr. dorsum and Gyr. uncatenum; and Ph. hartmanii, which forms a distinct two-celled pseudocolony, belonged to Gymnodinium sensu Hansen and Moestrup.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.