• 한국유전체학회:학술대회논문집
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• 한국유전체학회 2003년도 The 12th Korea Genome Conference
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• pp.38.2-38.2
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• 2003

• Genomics & Informatics
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• 제12권4호
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• pp.136-144
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• 2014

Besides single-nucleotide variants in the human genome, large-scale genomic variants, such as copy number variations (CNVs), are being increasingly discovered as a genetic source of human diversity and the pathogenic factors of diseases. Recent experimental findings have shed light on the links between different genome architectures and CNV mutagenesis. In this review, we summarize various genomic features and discuss their contributions to CNV formation. Genomic repeats, including both low-copy and high-copy repeats, play important roles in CNV instability, which was initially known as DNA recombination events. Furthermore, it has been found that human genomic repeats can also induce DNA replication errors and consequently result in CNV mutations. Some recent studies showed that DNA replication timing, which reflects the high-order information of genomic organization, is involved in human CNV mutations. Our review highlights that genome architecture, from DNA sequence to high-order genomic organization, is an important molecular factor in CNV mutagenesis and human genomic instability.

• 대한미생물학회지
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• 제35권1호
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• pp.69-76
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• 2000

Members of the genus Acinetobacter are recognized as newer pathogens of the nosocomial infection with an increasing frequency in recent years. Strains that belonged to A. calcoaceticus A. baumannii complex (genomic species 1, 2, 3, and 13TU) were major groups associated with nosocomial infection. Phenotypic identification was unreliable and laborious method to classify Acinetobacter strains into 19 genomic species. Rapid and reliable identification of clinical isolates is essential to diagnosis and epidemiology of Acinetobacter. We investigated the suitability of amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) to identify genomic species of 131 Acinetobacter isolates. The 16S rRNA genes (ribosomal DNA) were enzymatically amplified and the amplified PCR products were restricted independently with the enzymes, AluI, CfoI, and MboI. Genomic species of Acinetobacter was classified by the combinations of restriction patterns. The analysis was showed that restriction profiles were characteristic for each genomic species. One hundred fourteen isolates were identified as A. baumannii, twelve were identified as genomic species 13TU, and one was identified as genomic species 3. Four isolates were found to be unknown organisms. All of the isolates which were identified to A. baumannii by phenotypic tests were completely discriminated into A. baumannii and genomic species 13TU by ARDRA. This study demonstrates that ARDRA is a rapid and simple techniques for the identification of Acinetobacter species according to the genomic species.

• Molecules and Cells
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• 제41권8호
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• pp.799-807
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• 2018

Emerging evidence has suggested that cellular crosstalk between RNF168 and poly(ADP-ribose) polymerase 1 (PARP1) contributes to the precise control of the DNA damage response (DDR). However, the direct and reciprocal functional link between them remains unclear. In this report, we identified that RNF168 ubiquitinates PARP1 via direct interaction and accelerates PARP1 degradation in the presence of poly (ADP-ribose) (PAR) chains, metabolites of activated PARP1. Through mass spectrometric analysis, we revealed that RNF168 ubiquitinated multiple lysine residues on PARP1 via K48-linked ubiquitin chain formation. Consistent with this, micro-irradiation-induced PARP1 accumulation at damaged chromatin was significantly increased by knockdown of endogenous RNF168. In addition, it was confirmed that abnormal changes of HR and HNEJ due to knockdown of RNF168 were restored by overexpression of WT RNF168 but not by reintroduction of mutants lacking E3 ligase activity or PAR binding ability. The comet assay also revealed that both PAR-binding and ubiquitin-conjugation activities are indispensable for the RNF168-mediated DNA repair process. Taken together, our results suggest that RNF168 acts as a counterpart of PARP1 in DDR and regulates the HR/NHEJ repair processes through the ubiquitination of PARP1.

• 한국어류학회지
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• 제3권1호
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• pp.58-62
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• 1991

송어(Rainbow trout, Oncorhynchus mykiss)의 간조직에서 genomic DNA를 분리하였고, agarose gel 전기영동을 실시하였다.

• 통합자연과학논문집
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• 제1권3호
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• pp.230-233
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• 2008

A simple and rapid method is described for extending the 5'- or 3'-end genomic sequence of a known partial sequence by only a single round of PCR. This method involves digesting and ligating genomic and plasmid DNAs, and amplifying the 5'-upstream or 3'-end downstream sequence of the known DNA sequence, using two primers, one gene specific and the other plasmid specific. A single round of PCR amplification is sufficient to produce gene-specific bands detectable in gels. By using this approach, 5'-end genomic sequence of the D-amoeba sams gene was extended.

• 한국광과학회:학술대회논문집
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• 한국광과학회 2005년도 제12회 학술대회 논문초록
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• pp.113-113
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• 2005

• 대한약학회:학술대회논문집
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• 대한약학회 2005년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2
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• pp.126-127
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• 2005

• Journal of Oral Medicine and Pain
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• 제31권1호
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• pp.1-16
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• 2006

최근 진단분야에 있어서의 가장 획기적인 진보로는 향상된 진단 술식의 민감도와 특이도를 들 수 있으며 이는 다양한 면역 화학물질과 분자생물학적 시약의 활용도가 증가되고 이와 더불어 진단용 기구의 수준 향상으로 가능해진 미세 술식의 발달에 따른 결과이다. 이러한 기술의 발전은 임상검사용 검체 뿐만 아니라 DNA의 공급원으로서의 타액의 진단학적 가치를 고려하게 되었다. 본 연구는 인체의 타액에서 genomic DNA를 분리하고 이를 혈액 및 협점막 swab에서 분리한 genomic DNA와 비교 검토해 봄으로써 타액 검체의 진단학적 활용도를 살펴보고, 타액 검체의 다양한 보관 과정이 genomic DNA의 분리에 미치는 영향을 살펴보고자 시행되었으며, 또한 분리된 genomic DNA의 안정도를 살펴보고자 중합효소 연쇄반응 분석법을 이용하여 $\beta$-globin 유전자의 증폭을 시행하였다. 10명의 피검자(평균 나이: $29.9{\pm}9.8$ 세)를 대상으로 혈액, 비자극성, 자극성 전타액 및 협점막 swab을 채취한 후 이로부터 genomic DNA를 분리하였다. 여러 다양한 보관조건이 genomic DNA에 미치는 영향을 알아보기 위하여 건강한 20명의 피검자(평균 나이: $32.3{\pm}6.6$ 세)를 대상으로 자극성 전타액을 채취하여 실온, $4^{\circ}C$, $-20^{\circ}C$, $-70^{\circ}C$, 자연 건조 및 동결 건조 상태에서 1, 3, 5 개월 동안 보관한 후 genomic DNA를 분리, 조사하였으며, 분리된 genomic DNA의 안정도를 살펴보고자 중합효소 연쇄반응 분석법을 이용하여 989-bp의 $\beta$-globin 유전자를 증폭한 후 전기영동 검사를 시행하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. 타액으로부터 분리한 genomic DNA의 농도는 혈액의 경우에 비하여 유의하게 낮았으며(p<0.05), 타액군 간에는 유의한 차이가 없었다. 자극성 전타액과 이를 동결 건조한 검체에서 분리한 genomic DNA의 순도는 혈액의 경우에 비하여 유의하게 높았으며(p<0.05), 협점막 swab으로부터 분리한 genomic DNA 의 순도는 타액의 경우에 비하여 유의하게 낮게 나타났다(p<0.05). 2. 실온에서 보관한 타액 검체로부터 분리한 genomic DNA의 농도는 1 개월 후부터 점차적으로 감소되었으며, 3 개월과 5개월 동안 보관한 타액 검체에서는 유의하게 감소되었다(각각 p<0.05, p<0.01). DNA의 순도 또한 점차적으로 감소되어 3 개월과 5 개월 동안 보관한 타액 DNA의 순도는 신선한 타액과 1 개월 동안 보관된 타액 검체의 순도보다 낮게 나타났다(p<0.05). 3. 타액 검체를 $4^{\circ}C$와 $-20^{\circ}C$에서 보관한 후 분리한 genomic DNA의 농도는 3 개월의 보관 기간 동안 유의한 변화가 없었으나, 보관 기간 5 개월 후의 검체에서는 유의하게 감소되었다(p<0.05). 4. 타액을 $-70^{\circ}C$에서 보관한 검체와 동결 건조한 후 보관한 검체로부터 분리한 genomic DNA의 농도는 보관 기간에 따른 유의한 차이를 보이지 않았으나, 보관 후 5 개월 후의 검체에서는 DNA의 농도가 감소되는 경향을 보였다. 5. 타액을 자연 건조한 후 즉시 genomic DNA를 분리한 결과, 신선한 타액에 비하여 약 60%의 DNA를 얻을 수 있었다. 자연 건조한 후에 실온에서 보관한 타액 검체로부터 분리한 genomic DNA 농도는 보관 2 주 만에 급격하게 감소되었다(p<0.05). 6. 중합효소 연쇄반응 방법을 이용한 $\beta$-globin 유전자의 증폭은 동결 건조한 후 보관한 타액의 경우 보관 기간 5 개월까지의 모든 검체에서 가능하였으며, 보관 기간 1 개월을 기준으로 보았을 때 $-20^{\circ}C$와 $-70^{\circ}C$에서 보관한 타액의 경우 모든 검체에서, $4^{\circ}C$에서 보관한 타액의 경우 일부분의 검체에서만 증폭이 가능하였고, 실온에서 보관한 타액과 자연 건조 후 실온에서 보관한 타액의 경우는 증폭이 이루어지지 않았다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권1호
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• pp.17-21
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• 2005

The effect of melatonin on in vitro embryo development and the expression of antioxidant enzyme gene in preimplantation porcine embryos was determined by modified semi-quantitative single cell RT-PCR. Porcine embryos derived from in vitro maturation /in vitro fertilization were cultured in 5% $CO_2$ and 20% $O_2$ at $37^{\circ}C$ in NCSU23 medium. Melatonin was added to medium at concentration of 1nM, 5 nM, and 10 nM. When treated with 1nM (39.0%) of melatonin, the developmental rate of embryos beyond the morula stage were higher than that of control group (31.0%) (p<0.05). Number of inner cell mass and tropectoderm cell in control (23.0${\pm}$0.5 and 17.3${\pm}$0.8), 1 nM (23.6${\pm}$0.6 and 19.0${\pm}$0.5), and 5 nM (23.3${\pm}$1.1 and 16.3${\pm}$0.8) treated with melatonin were higher than in 10 nM (20.0${\pm}$0.5 and 13.3${\pm}$0.8) treated with melatonin (p<0.05). To develop an mRNA phenotypic map for the expression of catalase, bax and caspase-3, single cell RT-PCR analysis were carried out in porcine IVM/IVF embryo. Catalase was detected in 0, 1 and 5 nM supplemented with melatonin, but bax and caspase-3 were detected in 10 nM treated with melatonin.