• 한국작물학회지
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• 제45권4호
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• pp.227-231
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• 2000

Small seed size is one of the major traits of soybean cultivars for sprouts with regard to high sprout yield. This study was conducted to identify quantitative trait loci (QTL) for seed size and weight in a set of F 6 seeds of 89 lines derived from a cross between 'Pureunkong', a soybean cultivar developed for sprouts and 'Jinpumkong 2', a soybean cultivar with no beany taste in seed due to the lack of lipoxygenases. The genetic map of 25 linkage groups with a total of 98 markers including RFLP, RAPD, SSR and classical markers was constructed from this F/sbu 5/-derived population and was used for QTL analysis. 'Pureunkong' was significantly smaller (P＜0.01) than 'Jinpumkong 2' in seed size and seed weight. Genetic variation was detected and transgressive segregation was common in the population for these traits. Seven DNA markers including opT14-1600 in LG A2, opF02-400 in LG B2, Satt100, opC09-700, opG04-730 and opQll-650 in LG C2, and opY07-1100 ＆ 1000 in LG(unknown) were significantly associated and accounted for 4.7 to 10.9% and 5.1 to 10.1 % of the phenotypic variation in seed size and seed weight, respectively. 'Pureunkong' alleles increased seed size and seed weight at the all four significant marker loci on the LG C2. These marker loci in LG C2 were closely linked and were presumed to be a single QTL. Overall, at least three independent QTLs from 3 linkage groups (A2, B2, and C2) were putatively involved in the control of seed size and seed weight.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제15권10호
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• pp.1386-1390
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• 2002

In aiming to identify the genes or genetic regions responsible for quantitative traits, a swine reference population had been constructed using three Large White boars and seven Meishan dams as parents. Five $F_1$ males and 23 $F_1$ females were intercrossed to generate 147 $F_2$ offspring. Thirty-one microsatellite markers covering Sus scrofa chromosomes (SSC) 2, 4, 6 and 7 were genotyped for all members. Construction of genetic microsatellite maps was performed using the CRIMAP software package. The lengths of these chromosomes were longer than MARC maps. They were 158.6cM, 180.3cM, 197.3cM and 171.4cM, respectively. A two modified orders of markers were observed for SSC6 and SSC7. The female map on SSC6 was shorter than male map, and the contrary was on SSC 2, 4 and 7.

• Molecules and Cells
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• 제26권3호
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• pp.250-257
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• 2008

Microsatellites or simple sequence repeats (SSR) are widely distributed in eukaryotic genomes and are informative genetic markers. Despite many advantages of SSR markers such as a high degree of allelic polymorphisms, co-dominant inheritance, multi-allelism, and genome-wide coverage in various plant species, they also have shortcomings such as low polymorphic rates between genetically close lines, especially in Capsicum annuum. We developed an alternative technique to SSR by normalizing and alternating anchored primers in random amplified microsatellite polymorphisms (RAMP). This technique, designated reverse random amplified microsatellite polymorphism (rRAMP), allows the detection of nucleotide variation in the 3' region flanking an SSR using normalized anchored and random primer combinations. The reproducibility and frequency of polymorphic loci in rRAMP was vigorously enhanced by translocation of the 5' anchor of repeat sequences to the 3' end position and selective use of moderate arbitrary primers. In our study, the PCR banding pattern of rRAMP was highly dependent on the frequency of repeat motifs and primer combinations with random primers. Linkage analysis showed that rRAMP markers were well scattered on an intra-specific pepper map. Based on these results, we suggest that this technique is useful for studying genetic diversity, molecular fingerprinting, and rapidly constructing molecular maps for diverse plant species.

• 대한전자공학회논문지SP
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• 제46권2호
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• pp.1-9
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• 2009

최근 고화질의 멀티미디어 서비스에 대한 수요가 증파됨에 따라 필름 복원은 많은 연구자들에 대한 관심이 증가하고 있다. 일반적으로 오래된 필름은 dust, 스크래치, flick 등에 의해 손상된다. 이들 중 대부분에 손상요인들은 스크래치와 블로치이며, 많은 연구자들이 이러한 손상요인을 복원하는 연구를 하고 있다. 그러나 기존의 방법은 대부분 한계점이 있다: 스크래치에 대해서는 잘하지만, 블로치를 처리하기에는 불안전하다. 본 논문에서는 스크래치와 블로치 모두에 의해 손상된 이미지를 복원하는 강건한 방법을 개발하는 것이다. 이를 위해, 우리는 MRF-MAP 프레임워크를 사용하고, 복원문제는 사후 에너지 함수의 최소화 문제로 간주된다. 최소화는 복잡한 결합 문제에 하나이고, 우리는 효과적인 분배와 결합 문제를 위해 분산 유전자 알고리즘을 사용한다. 제안된 방법의 효율성을 증명하기위해, 오래된 필름과 인위적으로 손상된 필름에 실험하였으며, 그 결과를 다른 방법과 비교하였다. 그 결과는 제안된 방법이 더 우수함을 보여주었다.

• 한국항행학회논문지
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• 제13권5호
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• pp.646-655
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• 2009

본 논문은 로봇 충돌회피 경로계획의 문제점을 해결하기 위해 진화된 모델에 근거한 새로운 경로탐색 전략을 소개한다. 최적화된 지능형 검색 방법으로 잘 알려진 유전자 알고리즘을 이용하여 로봇 경로계획 방법을 설계하였다. 염색체 안에 있는 유전자 인자로 경로점을 고찰해보면 주어진 맵에 대한 가능한 해법이제공된다. 생성된 염색체 간의 거리가 먼 경우 유사한 염색체에 대한 적합도로 간주할 수 있다. 경로계획에 있어 본 논문에서 제안한 유전자 알고리즘의 유효성을 증명하기위해 다양한 방법으로 시뮬레이션을 실시하였으며, 제안한 경로 검색 방법은 정지된 장애물이나 복잡한 장애물에도 사용될 수 있음을 증명하였다.

• 대한전기학회:학술대회논문집
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• 대한전기학회 2006년도 추계학술대회 논문집 전기물성,응용부문
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• pp.145-146
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• 2006

본 논문은 부분방전(PD: Partial Discharge)의 패턴인식 확률 극대화를 목적으로 신경망(NN: Neural Network) 파라미터 중에서 은닉층 뉴런의 수, 모멘텀(momentum)의 Step size와 Decay rate 를 최적화하기 위하여 유전 알고리즘(GA: Genetic Algonthm)을 적응하였다. 실험적 연구의 대상으로서, GIS(Gas Insulated Switchgear)사고의 주요 원인으로 보고되어있는 결함들을 인위적으로 모의한 16개 Test cell을 이용하여 부분방전을 발생시켰다. 부분방전 신호는 본 연구팀이 개발한 센서를 이용하여 검출되어 데이터베이스가 구축되어 그로부터 추출된 학습 데이터들의 학습에 다음과 같은 5가지 신경망 모델이 적응되었다: Multilayer Perception (MLP), Jordan-Elman Network (JEN), Recurrent Network (RN), Self-Organizing Feature Map (SOFM), Time-Lag Recurrent Network (TLRN). 유전 알고리즘 적용 효율성을 분석하기 위하여 동일한 데이터를 이용하여 다음과 같은 두 가지 방법을 적용한 결과를 상호 비교하였다. 우선 상기 선택된 모델만 적용하였고 다근 하나는 상기 모델과 Genetic Algorithm이 동시에 적용되었다. 모든 모델에 대하여 학습오차와 패턴 분류 확률을 비교한 결과, 유전 알고리즘 적응 시 부분방전 패턴인식 확률이 향상되었음이 확인되어 향후 신뢰성 있는 GIS 부분방전 진단기술에 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제39권1호
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• pp.33-48
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• 2012

작물의 구조와 기능을 이해하려는 과학적 탐구심과 이를 작물 육종에 적용하려는 실험적 노력의 일환으로 다양한 작물에서 유전자 지도가 개발되었다. 특히, 배추과 작물의 경우 모델식물인 애기장대의 유전체 정보가 공개된 이후 다양한 정보 (염기서열 정보, 유전자 구조 및 기능정보 등)의 이용이 가능해져 유전자 지도 작성이 가속화 되었으며 이는 최근 $B.$ $rapa$ A genome (배추)유전체 해독이라는 결과를 가져왔다. 배추과 작물의 유전자 지도 작성에 있어서 초기에는 RFLP 마커들이 사용되었으나 이후 분자마커, 즉, RAPD, AFLP, SSR 등과 같이 비교적 사용이 간단하고 시간적 제약이 없는 PCR 마커의 형태로 점차 바뀌었다. 배추과 작물의 경제적, 학문적 가치가 고려되어 $B.$ $rapa$ (배추)를 표준재료로 A genome 유전체 염기서열 해독이라는 목표로 다국적 유전체 프로젝트가 결성되었고 2011년 국내연구진이 주도적으로 참여한 국제 컨소시엄 (BrGSPC, $B.$ $rapa$ Genome Sequencing Project Consortium)에 의해 배추 (10개 염색체)의 유전자 영역(gene space), 약 98% (83.8 Mb)의 염기서열이 해독되어 발표되었다. 유전체 해독 과정에서 축적된 염기서열 정보는 대량의 SSR, SNP, IBP 마커의 개발을 가능하게 하였고 이들 마커는 $B.$ $rapa$ A genome 유전자 지도와 물리 지도 작성에 이용되어 이후 배추과 작물연구 전반에 널리 적용되고 있다. 대량의 분자마커 개발은 유전자 지도 작성을 가속화하여 더욱 정밀한 유전자 지도를 가능하게 하였고 공통의 분자마커 정보는 애기장대와 배추과 작물 간 비교유전체 연구를 통해 농업적 우수 형질의 클로닝, 마커도움선발 (MAS)등의 방법으로 분자육종의 기반을 제공하고 있다. 뿐만 아니라. 최근 등장한 NGS 유전체 해독 기술로 생산된 대량의 정보는 분자육종 실현 가능성을 높여 분자육종 실용화에 박차를 가하는 계기가 되고 있다. 본 논문에서는 $B.$ $rapa$에서 분자마커를 이용한 유전자 지도 개발의 과정과 농업적 유용형질 탐색을 위한 양적 형질 유전자좌 (QTLs)의 연구 현황에 대하여 알아보고 유전체연구에서 유전자 지도의 중요성과 육종에의 응용에 대하여 서술하였다. 또한 다양한 유전체 정보와 오믹스 정보를 국내 배추과 분자육종에 효율적으로 활용하여 분자육종 실용화를 가능하게 하기 위해 사용자가 쉽게 사용할 수 있는 데이터베이스를 구축함으로서 연구자와 육종가 간의 간격을 좁히고 원활한 정보교환의 필요성을 제기하였다.

• 한국작물학회지
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• 제49권5호
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• pp.423-428
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• 2004

Soybean seeds contain high amounts of isoflavones that display biological effects and isoflavone content of soybean seed can vary by year, environment, and genotype. Objective of this study was to identify quantitative trait loci that underlie isoflavone content in soybean seeds. The study involved 85 $F_2$ populations derived from Korean soybean cultivar 'Kwangkyo' and wild type soybean 'IT182305' for QTL analysis associated with isoflavone content. Isoflavone content of seeds was determined by HPLC. The genetic map of 33 linkage groups with 207 markers was constructed. The linkage map spanned 2,607.5 cM across all 33 linkage groups. The average linkage distance between pair of markers among all linkage groups was 12.6 cM in Kosambi map units. Isoflavone content in $F_2$ generations varied in a fashion that suggested a continuous, polygenic inheritance. Eleven markers (4 RAPD, 3 SSR, 4 AFLP) were significantly associated with isoflavone content. Only two markers, Satt419 and CTCGAG3 had F-tests that were significant at P<0.01 in $F_2$ generation for isoflavone content. Interval mapping using the $F_2$ data revealed only two putative QTLs for isoflavone content. The peak QTL region on linkage group 3, which was near OPAG03c, explained $14\%$ variation for isoflavone content. The peak QTL region on linkage group 5, which was located near OPN14 accounted for $35.3\%$ variation for isoflavone content. Using both Map-Maker-QTL $(LOD{\geq}2.0)$ and single-factor analysis $(P{\leq}0.05)$, one marker, CTCGAG3 in linkage group 3 was associated with QTLs for isoflavone content. This information would then be used in identification of QTLs for isoflavone content with precision

• Molecular & Cellular Toxicology
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• 제3권2호
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• pp.98-106
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• 2007

Genotoxic stress triggers a variety of biological responses including the transcriptional activation of genes regulating DNA repair, cell survival and cell death. In this study, we investigated to examine gene expression profiles and genotoxic response in TK6 cells treated with DNA damaging agents MNNG (N-methyl-N'-nitrosoguanidine) and hydrogen peroxide $(H_2O_2)$. We extracted total RNA in three independent experiments and hybridized cRNA probes with oligo DNA chip (Applied Biosystems Human Genome Survey Microarray). We analyzed raw signal data with R program and AVADIS software and identified a number of deregulated genes with more than 1.5 log-scale fold change and statistical significancy. We indentified 14 genes including G protein alpha 12 showing deregulation by MNNG. The deregulated genes by MNNG represent the biological pathway regarding MAP kinase signaling pathway. Hydrogen peroxide altered 188 genes including sulfiredoxins. These results show that MNNG and $H_2O_2$ have both uniquely regulated genes that provide the potential to serve as biomarkers of exposure to DNA damaging agents.

• 한국경영과학회지
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• 제25권4호
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• pp.97-109
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• 2000

This work proposes a neural network approach to solve vehicle routing problems which have diverse application areas such as vehicle routing and robot programming. In solving these problems, classical mathematical approaches have many difficulties. In particular, it is almost impossible to implement a real-time vehicle routing with multiple vehicles. Recently, many researchers proposed methods to overcome the limitation by adopting heuristic algorithms, genetic algorithms, neural network techniques and others. The most basic model for path planning is the Travelling Salesman Problem(TSP) for a minimum distance path. We extend this for a problem with dynamic upcoming of new positions with multiple vehicles. In this paper, we propose an algorithm based on SOM(Self-Organization Map) to obtain a sub-optimal solution for a real-time vehicle routing problem. We develope a model of a generalized multiple TSP and suggest and efficient solving procedure.