• 한국축산식품학회지
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• 제30권3호
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• pp.410-418
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• 2010

황색포도상구균은 사람과 동물에서 화농성 질환과 위장관계 질환을 일으키는 세균으로 자연계에 널리 상재하며 식품으로의 감염이 일어날 수 있어 식중독의 원인이 된다. 이에 신속하고 정확한 황색포도상구균의 검출이 요구되는 실정이다. 본 연구에서는 상재균의 오염도가 다른 다양한 축산 가공식품과 비가공식품에서 황색포도상구균의 검출을 위해 표준 시험법인 배지법과 자체 개발한 real-time PCR법의 검출도를 비교하였고 황색포도상구균 coagulase 확인시험과 real-time PCR법을 활용한 colony PCR 확인 시험을 비교하여 균 동정 능력을 비교하였다. 상재균 수가 적은 식품인 우유와 소시지 그리고 상대적으로 상재균수가 많은 생 돼지고기와 야채 샐러드를 샘플로 선정하여 인위적으로 500 g 혹은 mL의 샘플을 25 g씩 20개의 시료샘플로 나누어 실험하였을 때에 최소한 한 개 이상 양성 결과가 나오도록 황색포도상구균을 접종하여 배지법과 realtime PCR법을 시행하여 검출능력을 비교하였다. 배지법에서 획득한 의심 집락의 확인 동정은 coagulase 시험과 realtime PCR법을 활용한 colony PCR 확인시험을 병행하여 비교하였으며 각각의 결과를 real-time PCR법으로 신속 검출한 결과와 비교하였다. 식품 내 상재균 수가 적은 축산 가공식품인 우유나 소시지 등에서 황색포도상구균을 검출할 경우에는 배지법의 coagulase 확인시험과 colony PCR 확인시험과의 유의차가 없었으며 colony PCR 확인시험을 이용한 확인동정 결과와 real-time PCR법을 사용한 24시간 신속 검출 결과 사이에도 역시 유의차가 없었다. 반면에 상대적으로 상재균수가 많은 비가공식품인 생 돼지고기나 야채 샘플에서는 coagulase 시험법을 사용한 황색포도상구균의 확인동정은 유효성이 매우 떨어졌으며 colony PCR 확인시험 결과와 유의적인 차이를 보였다. Real-time PCR법을 사용한 24시간 신속 검출법은 배지법의 coagulase 시험법의 양성 수보다 낮은 검출률을 보였으나 colony PCR 확인시험보다 높은 검출률을 보여 상재균 수가 높은 샘플에서도 배지법을 대체해서 사용할 수 있는 효율적인 방법임을 보여주었다. 이러한 결과를 종합해 볼 때 본 연구에서 개발한 realtime PCR법은 기존 배지법을 대체하여 24시간 이내에 신속하게 황색포도상구균을 검출할 수 있고 coagulase 확인 시험을 대체할 수 있는 방법으로 여겨진다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제39권10호
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• pp.1522-1527
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• 2010

식품에 극소량 존재하는 Salmonella spp.를 real-time PCR로 검출 시 필요한 최소시간을 구하고자 하였다. Sal-F, Sal-R 서열이 primer로 사용되었으며 sal-P 서열이 probe로 사용되었다. BPW에서 산출된 검출한계는 $3.77{\times}10^2\;cfu/mL$로 측정되었다. BPW에 인위적으로 Salmonella spp.를 접종하였으며 성장곡선을 구하였다. 성장곡선은 y＝$0.0127x^2$+0.5927x-0.4317($R^2$=0.99) 식을 나타내었다. 25 g 시료에 1 cell의 Salmonella spp.가 존재한다고 가정할 경우, 시료처리 과정에서 10배로 희석되므로 초기 균 농도는 0.004 cfu/mL 이며 이 농도에서 검출한계까지의 균수 증가가 발생해야 real-time PCR로 검출이 가능할 것으로 판단되었다. 성장곡선에서 균수 증가에 필요한 시간을 측정해 본 결과 7시간20분으로 산출되었으며 따라서 PCR 수행시간을 포함하여 10시간이면 검출이 가능함을 알 수 있었다. 식품에서의 실증실험을 위하여 시중에서 판매되고 있는 신선편이 양배추를 구하여 25 g에 1~10 cfu의 수준으로 S. Typhimurium을 인위접종한 후 real-time PCR 방법과 식품공전방법으로 검출하였을 때 두 방법 모두 동일하게 30개중 29개 시료에 대하여 음성을 나타내었다.

• Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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• 제33권6호
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• pp.636-642
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• 2007

Background: CpG DNA plays an important role in immune cell function. This study examined whether the temporal control of toll-like receptor (TLR)9 by CpG DNA can regulate the expression of matrix metalloproteinase-9(MMP-9). Methods and materials: Macrophages were cultured in the presence of 10% FBS. For the various MMP genes analysis, RT-PCR and real-time PCR were performed. In addition, zymography assay performed for the MMP activity. The phosphorylation assay did for the ERK1/2 and NF${\kappa}B$ activation, and luciferase promoter assay was for the NF${\kappa}B$ activity. Results: CpG DNA induced the mRNA expression of MMP-2, MMP-9, and MMP-13, but not of MMP-7, MMP-8, and MMP-12, in a time-dependent manner. Especially, the mRNA expression of MMP-9 was strongly induced by CpG DNA using real-time RT-PCR. The TLR9 inhibitor, chloroquine, suppressed CpG DNA-induced MMP-9 expression and its activity. Moreover, CpG DNA induced the phosphorylation of ERK and the inhibition of ERK by U0126 suppressed CpG DNA-induced MMP-9 expression and its activity. CpG DNA stimulated $I{\kappa}B-{\alpha}$ degradation and luciferase activity. In addition, pretreatment of SN-50, the inhibitor of NF${\kappa}B$, strongly blocked the CpG DNA-induced MMP-9 expression and activity. Conclusion: These observations suggest that CpG DNA may play important roles in the activation of macrophages by regulating the production of MMP-9 via the sequential TLR9-ERK-NF${\kappa}B$ signaling pathway.

• 한국축산식품학회지
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• 제38권4호
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• pp.829-834
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• 2018

The objective of this study was to determine the minimum enrichment time for different types of food matrix (pork, beef, and fresh-cut lettuce) in an effort to improve Escherichia coli detection efficiency. Fresh pork (20 g), beef (20 g), and fresh-cut lettuce (20 g) were inoculated at 1, 2, and 3 Log CFU/g of Escherichia coli. Samples were enriched in filter bags for 3 or 5 h at $44.5^{\circ}C$, depending on sample type. E. coli cell counts in the samples were enriched in E. coli (EC) broth at 3 or 5 h. One milliliter of the enriched culture medium was used for DNA extraction, and PCR assays were performed using primers specific for uidA gene. To detect E. coli (uidA) in the samples, a 3-4 Log CFU/mL cell concentration was required. However, E. coli was detected at 1 Log CFU/g in fresh pork, beef, and fresh-cut lettuce after 5, 5, and 3-h enrichment, respectively. In conclusion, 5-h enrichment for fresh meats and 3-h enrichment for fresh-cut lettuce in EC broth at $44.5^{\circ}C$, and PCR analysis using uidA gene-specific primers were appropriate to detect E. coli rapidly in food samples.

• 한국토양비료학회지
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• 제37권4호
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• pp.259-265
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• 2004

사과의 영양진단에서 사과잎 분석을 신속히 하기 위한 방법을 모색하기 위해 생잎과 건조잎을 이용해 근적의 스펙트럼을 측정하고 이를 질소 함량과의 최적의 상관관계를 도출하기 위해 부분소자승(PLS)과 주성분회귀(PCR)과 같은 다변량 분석법을 이용하여 비파괴 검량식을 작성하였다. 또한 검량식 작성에서 비파괴 측정 정확도를 향상시키기 위하여 smoothing, mean normalization, multiplicative scatter correction (MSC). derivative 등의 다양한 데이터 전처리 조작을 수행하여 정확도 향상 가능성을 조사하였다. 사과 건조잎의 비파괴 측정 가능성을 조사한 결과 PLS-1 모델에서 Norris first derivate하였을 태 RMSEP가 $0.6999g\;kg^{-1}$ 로 가장 좋았으며, 생잎은 Savitzky-Golay first derivate하였을 때에 RMSEP 가 $1.202g\;kg^{-1}$으로 가장 좋았다. 건조잎의 PCR 모델은 mean normalization 처리 후 Savitzky-Golay first derivative하였을 때가 RMSEP 가 $0.553g\;kg^{-1}$, 이었으며 생잎에서도 RMSEP는 $1.047g\;kg^{-1}$로 나타났다. 이와 같은 견과로서 사과의 생잎과 건조잎의 분석이 근적외분석기술에 의해 가능할 것으로 판단된다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제25권1호
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• pp.1-11
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• 2022

Catfish is one of the most important freshwater fish farming commodities in Indonesia. Higher catfish production can be achieved by cultivating transgenic catfish carrying the growth hormone (GH) gene of African catfish (Clarias gariepinus GH, CgGH). This research focuses on analysis of the presence of the CgGH gene in transgenic G₁, G₂, and G₃ mutiara catfish broodstock, as an indication of stable CgGH inheritance. CgGH gene was isolated using the RNeasy mini kit and RT-PCR. RT-PCR revealed amplicons measuring approximately 600 bp in transgenic G₀, G₁, G₂, and G₃ mutiara catfish. The CgGH consensus sequence similarities ranged from 93.76% to 97.06%, with four functional domain sites (somatotropin-1, somatotropin-2, four α-helix, N-glycosylation, four cysteine residues) of fish GH proteins. The functional domains of fish GH proteins are conserved in G₁, G₂, and G₃ and indicate stable exogenous GH inheritance to produce transgenic catfish strains in each generation.

• 한국환경보건학회지
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• 제34권2호
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• pp.170-174
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• 2008

The strains of Salmonella othmarschen and Norovirus isolated from outbreak A, the funeral ceremonies incidents in Ouri-shi of Oyeonggido in, 2007, were subjected to genotyping by using PFGE and extraction of RNA by using RT-PCR. 24 Salmonella othmarschen were isolated from 37 cases (patients 12 cases, cookers 4 cases, foods 7cases, knife, kitchen board, dish towel 4 cases, etc) and PFGE patterns showed that 22 strains isolated from the same incident were almost of the same pattern and 2 strains exhibited 50% of the pattern. Antimicrobial susceptibility patterns were such that there were 22 case susceptibility patterns and 2 case resistance patterns (strain 4: AM, CF, CIP, NA, TE TIC and strain 13: CF, CZ). Norovirus G1 (1case), Norovirus G2 (7cases), Norovirus G1,G2 (1case) were detected by using RT-PCR. The fine typing ability and reliability of PFGE and BioNumerics are helpful for establishing out the foodborne pathogens of outbreaks.

• 한국식물병리학회지
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• 제12권1호
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• pp.91-98
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• 1996

벼도열병균 14개 균주와 벼 이외 화본과 식물 도열병균 12개 균주를 대상으로 rDNA의 ITS II 부위를 증폭하여 그들의 핵산 구조 차이를 분석함으로 도열병균 균주간 분류를 시도하였다. 5.8S rDNA의 3`-말단 부위와 28S rDNA의 5`-말단 부위의 sequence 중 5`-CCCGGGAATTCGCATCGATCGATCGAATGAAGA-ACGCAGC-3`와 5`-CCCGGGATCCTCCGCTTATT-GATATGC-3`를 이용하여 PCR 증폭을 하였을 때 벼도열병균 14개 균주는 동일한 길이의 단일 밴드를 형성하였으며 벼 이외 화본과 식물 도열병균에서는 레드톱 식물로부터 분리한 도열병균만이 나머지 균주보다 38bp가 더 큰 길이를 가진 밴드를 형성하였다. PCR로 증폭된 DNA를 HaeIII와 MspI 제한효소로 절단하였을 때 벼도열병균 레이스간에는 제한효소 절단에 의한 전기영동 밴드 형태 차이를 관찰할 수 없었으나, 벼 이외 화본과 식물 도열병균 12개 균주는 3군으로 구분할 수 있었다. 벼도열병균 90=054와 강아지풀에서 분리한 도열병균 G90-5, 기장에서 분리한 G88-4, 바랭이에서 분리한 G88-5 그리고 레드톱에서 분리한 RT 균주의 ITS II 부위의 DNA 염기서열 비교 분석에 의하면 G88-4와는 다른 HaeIII와 MspI 제한효소 위치를 가지고 있었기에 제한효소 절단에 의한 전기영동 형태가 상이하였다. 또한 RT균주는 HaeIII와 MspI위치가 존재하지 않았다.

• 환경생물
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• 제22권2호
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• pp.329-335
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• 2004

To develop a biomarker for the monitoring of the contamination of estrogenic endocrine disrupters in the aquatic environment, reverse transcription -polymerase chain reaction (RT-PCR) analysis of vitellogenin (Vg) mRNA expression was optimized in Bombina orientalis, a Korean red bellied toad species. Based on partial cDNA sequences of both Vg and beta actin genes of B. orientalis, specific primers for RT-PCR of Vg and beta actin mRNAs were developed. Semiquantitative RT-PCR of the Vg mRNA in liver was optimized using a beta actin mRNA as an internal control in both sexes. In female RT-PCR using $1\;\mu{g}$ of the liver cDNA resulted in a linear increment in the PCR product of Vg from 18 to 34 cycles of amplification. In male, on the contrary, the RT- PCR product was first detected at 30 cycles of amplification and a linear increment was observed from 30 to 40 cycles of amplification, suggesting that male B. orientalis expresses minute amount of Vg mRNA which is a $2^{-12}$ equivalent of female. In conclusion, the optimized protocol for semiquantitative RT-PCR analysis of Vg mRNA level in B. orientalis male liver will be useful for the environmental monitoring the xenoestrogen contamination in the freshwater environment in Korea.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제35권4호
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• pp.319-325
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• 2020

신선편이채소는 주로 가열하지 않은 채로 많이 섭취되는 식품으로, 신선편이채소 섭취로 인한 식중독 사고의 위험이 지속적으로 발생하고 있다. 특히, 바실러스 세레우스는 전 세계적으로 신선편이채소에서 검출되고 있는 주요 병원성 세균이다. 본 연구에서는 신선편이채소에서 바실러스 세레우스를 신속하게 검출하기 위해 증균배양과 PCR 분석법을 조합하여 반정량 신속검출법을 개발하였다. 신선편이 양상추와 어린잎채소를 대상으로, 바실러스 세레우스 균주(KCTC1013, KCTC1014, KCTC1092, KCTC1094, KCTC3624)의 최종농도가 1, 2, 3, 4, 5 log CFU/g이 되도록 접종시킨 후 0.15% polymyxin B를 포함한 TSB 배지를 이용하여 42℃에서 0, 2, 3, 4, 5, 6, 7 시간 동안 증균배양하였다. 증균배양액 1 mL을 취하여 mannitol-egg yolk-polymyxin agar에 배양한 후 균수를 정량하였고, 1 mL의 증균배양액에서 DNA를 추출한 후 PCR 분석을 진행하였다. 또한, 신선편이채소 시료(sample)에 대한 바실러스 세레우스 검출결과를 정확하게 판단하기 위해 신선편이채소 시료(sample)의 최소분석 sub-sample수를 확인하고자, 5개의 sub-sample을 이용하여 분석하였다. 증균배양과 PCR 분석법을 이용하여 확인한 연구결과, 신선편이 양상추에 접종되어 있는 5, 4, 3, 2, 1 log CFU/g의 바실러스 세레우스는 3, 4, 5, 6, 7 시간 증균배양 후에 검출되었고, 신선편이 어린잎채소에 접종되어 있는 5, 4, 3, 2, 1 log CFU/g의 바실러스 세레우스는 2, 3, 4, 5 시간동안 증균 배양한 후에 검출되었다. 또한, 신선편이채소 시료(sample)의 최소분석 sub-sample수는 3개로 확인되었다. 본 연구결과는 신선편이채소에 오염되어 있는 바실러스 세레우스의 반정량 신속검출법으로 활용될 수 있을 것이라 판단된다.