• 생명과학회지
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• 제22권1호
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• pp.110-116
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• 2012

누룩은 탁주와 약주의 제조를 위한 당화효소와 알코올발효를 위한 미생물의 공급원으로서 제품의 맛과 품질을 결정하는 중요한 역할을 한다. 본 연구에서는 산성누룩의 세균과 진균의 다양성을 조사하기 위해 순수분리 종과 16S 및 28S rRNA gene를 대상으로 한 PCR-DGGE를 이용한 분석을 수행하였다. 누룩 내 세균의 수는 $2.7{\times}10^9$ CFU/g이었으며 순수분리와 PCR-DGGE 분석에서 우점종은 Kocuria spp., Pantoea spp., Lactobacillus spp., Pediococcous spp., Weissella spp., Staphylococcus spp. 그 외 endophytic bacterium, uncultured gamma-proteobacteria, uncultured Cyanobacteria와 Actinobacteria였다. PCR-DGGE profile에서 주된 우점종은 Pediococcous pentosaceus와 uncultured Cyanobacteria 이었다. 누룩 내 진균의 수는 $3.5{\times}10^8$ CFU/g이었으며 순수분리와 PCR-DGGE 분석에서 우점종은 Trichomonascus spp., Pichia spp., Torulaspora spp., Wickerhamomyces spp., Sacharomycopsis spp., Lichtheimia spp., Mucor spp., Rhizopus spp., Aspergillus spp., Cladosporium spp.였다. PCR-DGGE profile에서 주된 우점종은 Pichia kudriavzevii와 Aspergillus oryzae이었다. PCR-DGGE 기술은 본 연구에서 누룩의 미생물군집을 평가하기 위해 처음으로 사용되었으며 미생물 다양성을 설명하는 데 효과적임을 입증하였다.

• 대한바이러스학회지
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• 제28권2호
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• pp.165-174
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• 1998

Characterizations of the VP4 (P type) and VP7 (G type) genes of Korean isolates of bovine rotavirus were performed using RT-PCR/RFLP and nucleotide sequencing analysis. After RT-PCR amplification of partial length (1094bp) of the VP4 and full length (1062bp) of the VP7 genes, amplified PCR products were digested with restriction endonucleases and digestion patterns were compared with those of reference rotaviruses. With the VP4 genes, four RFLP (A-D) profiles were observed; three (A, Band C) were the same as those of bovine rotavirus NCDV (P[1]), IND (P[5]) and B223 (P[11]), respectively. Profile D was the same as that of porcine rotavirus OSU (P[7]). With the VP7 genes, five RFLP profiles (I-V) were observed; three of them (I, II and III) were the same as those of bovine rotavirus NCDV (G6), Cody 1-801 (G8), and B223 (G10), respectively. Profile IV and V were atypical to those of reference bovine rotaviruses used in this study. These two profiles were identified as G6 and G5, respectively, after analyzing and comparing the nucleotide sequences. The G typing analysis revealed that 61.9% (26/42) were G6, which included G6 subtype; 28.6% (12/42) were G5; 7.1% (3/42) were G10; 2.4% (1/42) were G8. The P typing analysis revealed that 54.8% (23/42) were P[5]; 28.6% (12/42) were P[7]; 11.8% (5/42) were [11]; 4.8% (2/42) were P[1]. Our results showed that G6/P[5] were the most prevalent rotaviruses in diarrheic calves in Korea. Also, this is the first report that G5/P[7] rotaviruses were identified from cattle with diarrhea.

• 한국어류학회지
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• 제34권3호
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• pp.208-217
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• 2022

멸종위기어류 퉁사리 Liobagrus obesus를 대상으로 종 특이 프라이머 한 쌍과 프로브를 제작하여 하천수 시료에서 추출된 환경 DNA로부터 퉁사리를 검출할 수 있는 실시간 PCR 분석방법을 개발하고자 하였다. 퉁사리 종 특이 프라이머와 프로브는 미토콘드리아 DNA의 cytochrome b (cytb) 유전자 영역 내에서 국내에 서식하는 65종의 담수어류 간에 단일염기다형성 부위를 고려하여 비교한 후 제작하였다. 실시간 PCR 분석에서 제작한 프라이머 및 프로브는 국내에 서식하는 65종의 담수어류 gDNA를 이용한 특이성 검증 결과, 퉁사리 gDNA에서만 양성으로 나타나 높은 특이성을 보였다. 퉁사리 gDNA의 연속 희석 농도를 이용한 검출한계 분석에서는 0.2 pg까지 검출이 가능한 것으로 나타나 높은 감도를 보였다. 이후, 제작한 프라이머 및 프로브를 사용하여 금강 중·상류 유역의 8개 지점에서 확보한 하천수 시료를 대상으로 실시간 PCR 분석을 수행한 결과, 5개 지점에서 퉁사리의 cytb 유전자가 검출되었으며, 해당 검출 지점들은 현장 조사 당시에 퉁사리가 채집된 3개 지점을 모두 포함하였다. 따라서, 본 연구에서 개발한 퉁사리의 종 특이 프라이머와 프로브를 이용한 실시간 PCR 분석 방법은 하천수 채수로 확보한 환경 DNA로부터 퉁사리의 cytb 유전자를 검출할 수 있어 기존 서식지 모니터링과 더불어 잠재적인 신규 서식지 발굴에 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

• 한국어병학회지
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• 제16권3호
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• pp.161-164
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• 2003

An Infectious hematopoietic necrosis virus strain (IHNV-RTK) was isolated from cultured rainbow trout at Kumi and Jechun area in Korea during 2000 and 2001. In the RT-PCR amplification with the specific primer set designed from IHNV G protein region, a 540 bp PCR product was amplified from the RTK strain. The RTK strain showed higher sequence homology with the published IHNV G protein genes (RB-76, LR-73, Col-85, and Carson-89)

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제33권1호
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• pp.50-57
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• 2018

Salmonella는 전세계적으로 식중독을 유발하는 주요 원인 균으로서, 식중독을 유발하는 Salmonella를 신속하게 검출하는 방법은 식품 안전을 위한 중요한 도구이다. Real-time PCR은 식중독균을 검출하기 위한 신속검사법으로 널리 사용되어 왔다. 최근에는 NBS LabChip real-time PCR이라는 새로운 시스템이 칩타입으로 조작이 간편하며 초고속의 real-time PCR 시스템이라는 보고가 있었다. 본 연구에서는 살모넬라의 신속한 검출을 위하여 NBS LabChip real-time PCR에 기반하여 real-time PCR 반응 시간이 20분 이내인 검출법을 확인하고자 하였다. 프라이머와 프로브 설계를 위해 두 개의 타겟 유전자(invA, stn)가 선택되었으며, 특이도와 민감도(검출한계)를 평가함으로 개발된 검출법을 검증하고자 하였다. 본 연구에서는 특이도 검증을 위해 Salmonella 균주 42주와 Non-Salmonella 균주 21주를 포함하였으며, 본 방법으로 Salmonella 42주에 대해서만 정확하게 검출이 가능하였다. 검출한계는 살모넬라 genome DNA 기준으로 $10^1copies/{\mu}L$으며, 소시지에서는 4시간 증균 이후 접종균수로서 $10^1CFU/g$에서 $10^2CFU/g$까지 검출이 가능하였다. 본 연구에서 개발된 검출법은 신속한 식중독 원인조사에 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 식물조직배양학회지
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• 제27권1호
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• pp.7-12
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• 2000

저온관련 유전자인 BN115 gene과 표지유전자인 npt II gene을 함유하고 있는 Agrobacterium tumifacience GV 3101 균주를 이용하여 겨울상추품종인 청치마의 잎절편과 공동배양하는 방법으로 형질전환 시켰다. 상추의 잎절편을 Agrobacterium과 공동배양 후 MS 기본배지에 100 mg/L kanamycin, 500 mg/L carbenicillin, 0.1 mg/L NAA, 0.5 mg/L kinetin을 첨가한 선발배지에 치상하였는데, 치상 후 3-4주부터 절편체로부터 multiple shoot들이 생성되기 시작하였다. 선발배지에서 살아남은 선발체들은 1/2 MS배지에 100 mg/L kanamycin, 250 mg/L carbenicillin이 첨가된 발근배지로 옮겨졌다. 한편, 선발된 shoot들은 PCR반응을 이용하여 도입유전자의 삽입여부를 확인하였다. PCR 반응은 표지유전자인 nptII와 저온관련 유전자인 BN115 및 식물에 도입되지 않는 vir G 유전자를 각각 특이적으로 증폭하는 primer를 가지고 실시하였다. PCR 반응 결과 대조구로 쓰인 정상 상추식물체에서는 nptII와 BNl15유전자의 증폭을 볼 수 없는 반면에 형질전환체에서는 두 유전자 모두 PCR 증폭 산물을 확인할 수 있었다. 또한 확인된 식물체의 DNA에서는 vir G유전자가 발견되지 않아 이는 Agrobacterium의 혼입에 의한 결과가 아님을 다시 한번 증명하였다. 또한 선발된 형질전환체를 이용하여 Southern analysis와 RT-PCR을 실시한 결과 내한성 유전자가 상추 식물에 안정적으로 도입되어 발현됨을 확인하였다.

• 한국축산식품학회지
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• 제29권4호
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• pp.506-512
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• 2009

본 연구에서는 편육과 브로콜리 싹에 Salmonella 농도를 단계별로 접종하고 배지법, $VIDAS^{(R)}$, real-time PCR의 양성 검출률을 비교함으로써 $VIDAS^{(R)}$, real-time PCR의 Salmonella 검출력을 검증하였으며, 또한 각 식품별로 검출률에 차이가 있는가를 알아보았다. 편육과 브로콜리 싹(500 g)에 3단계 농도(<15, 15-100, 100-1000 CFU/500 g)를 접종하고 20개 샘플로 나눈 후 배지법, $VIDAS^{(R)}$ Salmonella ($VIDAS^{(R)}$ SLM), real-time PCR법을 시행하여 검출능력을 비교하였다. 편육에서 배지법, $VIDAS^{(R)}$, real-time PCR를 이용하여 Salmonella를 검출한 결과, 낮은 접종 농도(<15 CFU/500 g)에서도 Salmonella가 검출되었고 $VIDAS^{(가)}$O real-time PCR 모두 배지법과 통계학적 유의차가 나타나지 않았다. 반면에 브로콜리 싹을 이용하였을 때 낮은 접종 농도에서는 Salmonella가 검출되지 않았으며 $VIDAS^{(가)}$O real-time PCR 모두 배지법보다 더 많은 샘플을 검출하였다. 따라서 정상 세균총이 많은 야채 식품의 경우 배지법은 경쟁 세균에 의해 검출이 저해되므로 이보다 영향을 덜 받는 $VIDAS^{(R)}$법이나 real-time PCR법을 이용하여 검출하는 것이 더 효과적이라고 할 수 있겠다. 또한 이러한 신속 진단법을 이용하면 $VIDAS^{(R)}$는 3일, real-time PCR은 1일 이내에 배지법과 같거나 보다 높은 검출률로 Salmonella를 검출할 수 있는 것으로 나타났다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제33권1호
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• pp.45-48
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• 2006

교잡 1세대의 화서조직에서 재분화된 F1 유식물체는 고려인삼 유식물체에 비하여 지상부와 지하부 생육이 모두 양호하였으며, 줄기 색도 고려인삼 재분화 식물체의 줄기에 비하여 자색을 강하게 띄었으며 잎의 색도 진한 녹색을 나타내었다. 천풍, 연풍, 선원 등의 고려인삼의 품종 내에서는 Internal Transcribed Spacer (ITS)영역의 DNA PCR 패턴간에 차이점이 나타나지 않았으나, 고려인삼과 미국인삼은 각기 다른 PCR 패턴을 보였으며, 고려인삼과 미국인삼간의 교잡 1세대는 고려인삼과 미국인삼에 나타나는 고유한 PCR패턴을 모두 나타내었다. 교잡 1세대에서 유기한 캘러스와 재분화식물체는 조직배양 모본인 교잡 1세대와 동일한 PCR 패턴을 보임에 따라 교잡 1세대의 조직배양체는 ribosomal DNA의 ITS영역에서 유전적인 안정성을 나타내는 것으로 확인되었다.

• 대한의생명과학회지
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• 제23권4호
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• pp.333-338
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• 2017

This study was performed to assess microbial contamination of Aronia melanocarpa, blueberry, raspberry, and cranberry sold in several markets. We investigated total aerobic bacteria and detected foodborne bacteria by multiplex PCR from Aronia melanocarpa, blueberry, raspberry, and cranberry. Total aerobic bacteria of each sample showed mean 3.54 log CFU/g for Aronia melanocarpa, mean 1.90 log CFU/g for blueberry, and mean 1.40 log CFU/g for raspberry, but not detected in cranberry. Specially, Aronia melanocarpa contained high total aerobic bacteria contamination among various berries and contamination level reached 4.17 log CFU/g in sample 5. To evaluate the effect of distribution conditions, we also investigated total aerobic bacteria of various berries. Total aerobic bacteria showed mean 2.89 log CFU/g for berries in refrigerated distribution and 1.40 log CFU/g in frozen distribution, but not in dry distribution. For assessment of foodborne bacteria contamination, we conducted PCR with multiplex primers of E. coli O157, S. aureus, B. cereus, V. parahaemolyticus, L. monocytogenes, Y. enterocolitica, Salmonella spp., Shigella spp. Among these foodborne bacteria, B. cereus was amplified in Aronia melanocarpa in sample 4 and blueberry in sample 1, 2, 3, and 5. The result of quantitative analysis of B. cereus contamination showed 4.08 log CFU/g of Aronia melanocarpa in sample 4 and higher contamination rate 4.07 log CFU/g of blueberry in sample 3. These results suggest that strict food safety control in harvest and distribution of various berries is necessary to prevent foodborne disease and improve microbiological safety.

• Annals of Laboratory Medicine
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• 제39권1호
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• pp.50-57
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• 2019

Background: The Automated Fluorescent Immunoassay System (AFIAS) rotavirus assay (Boditech Med Inc., Chuncheon, Korea) is a new rapid antigen test for rotavirus detection. We evaluated the performance of this assay for detecting rotaviruses and their specific genotypes in clinical stool samples. Methods: AFIAS rotavirus assay was performed in 103 rotavirus-positive and 103 rotavirus-negative stool samples (confirmed by both PCR and ELISA), and its results were compared with those of PCR, ELISA, and immunochromatographic assay (ICA). We evaluated diagnostic sensitivity/specificity, the detectability of rotavirus subtypes, lower limit of detection (LLOD), reproducibility, cross-reactivity, and interference of AFIAS rotavirus assay. Results: Based on PCR and ELISA results, diagnostic sensitivity and specificity of the AFIAS rotavirus assay were both 99.0%. LLOD results showed that the AFIAS assay had sensitivity similar to or greater than ICA and ELISA. High reproducibility was confirmed, and no cross-reactivity or interference was detected. This assay could detect genotypes G1P[8], G2P[4], G3P[8], G4P[6], G4P[8], G8P[4], G8P[8], G9P[4], and G9P[8]. Conclusions: The AFIAS rotavirus assay showed high reproducibility, sensitivity, and specificity as well as excellent agreement with ELISA, PCR, and ICA. It detected the most common as well as unusual genotypes of rotavirus prevalent in Korea. It could be a useful onsite assay for rapid, convenient, and cost-effective detection of rotavirus infection.