• Title/Summary/Keyword: expression mapping

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E. coli B. MQ1844 균주의 오존감수성 유전자의 특성 (A gene responsible for ozone sensitivity (ozrB) in chromosome of escherichia coli B. MQ 1844)

  • 정영섭;;최영길
    • 미생물학회지
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    • 제25권2호
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    • pp.103-109
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    • 1987
  • An ozone-sensitive mutant of Escherichia coli strain B, MQ 1844 is described. Its properties, including high sensitivity to ozone and radiation, inducible filamentation, extensive DNA degradation and impaired DNA synthesis following ozonation, are attributable to a mutation in ozrB, a gene which is cotransducible with malB. Based on differences in phenotypic expression as well as on the particular location of this gene on the bacterial chromosome, ozrB appears as distinct from the other ozone-or radiation-sensitivity genes previously described.

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유전자 발현량 비교를 위한 RNA-seq 분석 파이프라인 설계 (RNA-seq Analysis Pipeline for Differential Gene Expression)

  • 정민아;김대수
    • 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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    • 한국콘텐츠학회 2018년도 춘계 종합학술대회 논문집
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    • pp.319-320
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    • 2018
  • 여러 단계를 걸쳐 이루어지는 RNA-seq 분석 과정을 한 번에 처리할 수 있는 shell script 파이프라인을 구축하였다. 연구자들로 하여금 trimming, quality control, mapping, assembly, quantification 등 개별 과정을 거치지 않고, 한 줄의 커맨드 라인(command line) 만으로 유전자 발현량과 상대적 발현량 차이를 확인할 수 있는 fold change(FC) 값까지 얻을 수 있도록 하였다.

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Bioinformatics in Fish: its Present Status and Perspectives with Particular Emphasis on Expressed Sequence Tags

  • Nam, Yoon-Kwon;Kim, Dong-Soo
    • 한국양식학회지
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    • 제14권1호
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    • pp.9-16
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    • 2001
  • Characterization of a single pass of cDNA sequence, an expressed sequence tag (EST) has been a fast growing activity in fish genomics. Despite its relatively short history, fish EST databases (dbESTs) have already begun to play a significant role in bridging the gaps in our knowledge on the gene expression in fish genome. This review provides a brief description of the technology for establishing fish dbESTs, its current status, and implication of the ESTs to aquaculture and fisheries science with particular emphasis on the discovery of novel genes for transgenic application, the use of polymorphic EST markers in genetic linkage mapping and the evaluation of signal-responsive gene expression.

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A study on the Nonlinear Normal Mode Vibration Using Adelphic Integral

  • Huinam Rhee;Kim, Jeong-Soo
    • Journal of Mechanical Science and Technology
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    • 제17권12호
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    • pp.1922-1927
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    • 2003
  • Nonlinear normal mode (NNM) vibration, in a nonlinear dual mass Hamiltonian system, which has 6$\^$th/ order homogeneous polynomial as a nonlinear term, is studied in this paper. The existence, bifurcation, and the orbital stability of periodic motions are to be studied in the phase space. In order to find the analytic expression of the invariant curves in the Poincare Map, which is a mapping of a phase trajectory onto 2 dimensional surface in 4 dimensional phase space, Whittaker's Adelphic Integral, instead of the direct integration of the equations of motion or the Birkhoff-Gustavson (B-G) canonical transformation, is derived for small value of energy. It is revealed that the integral of motion by Adelphic Integral is essentially consistent with the one obtained from the B-G transformation method. The resulting expression of the invariant curves can be used for analyzing the behavior of NNM vibration in the Poincare Map.

Bacillus cellulyticus K-12 Crystalline Cellulose-Degrading Avicelase Gene and Expression in Eschterichia coli

  • Cheorl-Ho Kim;Woo
    • 한국식품영양학회지
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    • 제6권4호
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    • pp.314-321
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    • 1993
  • We have cloned the Bacillus cellulyticus K-12 avicelase (Avi, E.C.3.2.1.4) gene (ace A) In E. coli. This was accompanied by using the vector PT7T3U 19 and Hind W -Hind m libraries of Bacillus cellulyticus K-12 chromosomal inserts created in 5.cofi. The Libraries were screened for the expression of avicelase by monitoring the immunoreaction of the anti-avicelase (immunoscreening). Positive clones (Ac-3, Ac-5, and Ac-7) contained the identical 3.5kb Hind III fragment as determined by restriction mapping and Southern hybridization, and expressed avicelase efficiently and constituvely using its own promoter in the heterologous host. From the immunoblotting analysis, a polypeptide which showed a CMCase activity with an Mr of 54000 was detected.

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마이크로그루브 상 인간치은섬유아세포의 유전자 발현 분석: DNA microarray 연구 (Regulation of human gingival fibroblast gene expression on microgrooves: A DNA microarray study)

  • 이경호;이성복;안수진;박수정;이석원
    • 대한치과보철학회지
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    • 제55권4호
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    • pp.361-371
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    • 2017
  • 목적: 마이크로그루브 상 인간치은섬유아세포의 유전자발현감식을 DNA microarray를 이용하여 연구하는 것이다. 재료 및 방법: Grade II 티타늄 시편을 이용하여 표면에 마이크로그루브(폭/깊이: $60{\mu}m/10{\mu}m$, E60/10)를 형성하고 불산으로 산에칭하여 실험군으로 사용하였다. 표면처리를 하지 않은 평활한 티타늄 표면(NE0)을 대조군으로 사용하였다. 실험군과 대조군에 인간치은섬유아세포를 배양한 후 total RNA를 추출하였다. Oligonucleotide microarray를 시행하여 실험군과 대조군 간 다양한 유전자 발현량의 변화를 확인하였다. KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) pathway analysis를 통해 DNA chip의 발현 결과를 mapping하여 실험 조건에 따른 유전자 발현량의 변화를 pathway 수준에서 파악하였다. 결과: E60/10 마이크로그루브 표면과 NE0 표면에 대한 유전자 발현량 비교분석 결과, NE0 표면에 비하여 E60/10 마이크로그루브 표면에서 1.5배 이상 유의한 발현 차이를 보인 유전자는 123개, 2배 이상 유의한 발현 차이를 보인 유전자는 19개였다. 실험 조건에 따른 유전자 발현량의 변화를 KEGG pathway analysis를 통하여 확인하였고, 다양한 유전자 발현 결과들 중 대표적인 세포접착, 증식, 활성 관련 세포신호전달을 규명하였다. 결론: 마이크로그루브 표면은 다양한 유전자 발현 변화를 유도하고 관련 세포신호 전달을 유도한다. 본 연구의 결과에 따라서, 마이크로그루브는 유전자 발현 변화 및 세포신호 전달 활성화 등을 통한 세포활성도 증진을 필요로 하는 다양한 생체재료들의 표면으로 사용될 수 있다.

Sequence Characterization, Expression Profile, Chromosomal Localization and Polymorphism of the Porcine SMPX Gene

  • Guan, H.P.;Fan, B.;Li, K.;Zhu, M.J.;Yerle, M.;Liu, Bang
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제19권7호
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    • pp.931-937
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    • 2006
  • The full-length cDNA of the porcine SMPX gene was obtained by the rapid amplification of cDNA ends (RACE). The nucleotide sequences and the predicted protein sequences share high sequence identity with both human and mouse. The promoter of SMPX was sequenced and then analyzed to find the promoter binding sites. The reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) revealed that SMPX has a high level of expression in heart and skeletal muscle, a very low expression in lung and spleen and no expression in liver, kidney, fat and brain. Moreover, SMPX has a differential expression level in skeletal muscle, the expression in 65-day embryos being higher than other stages. The porcine SMPX was mapped to SSCXp24 by using a somatic cell hybrid panel (SCHP) and was found closely linked to SW1903 using the radiation hybrid panel IMpRH. An A/G single nucleotide polymorphism (PCR-RFLP) in the 3'-untranslated region (3'-UTR) was detected in eight breeds. The analysis of allele frequency distribution showed that introduced pig breeds (Duroc and Large White) have a higher frequency of allele A while in the Chinese indigenous pig breeds (Qingping pig, Lantang pig, YushanBlack pig, Large Black-White pig, Small Meishan) have a higher frequencies of allele G. The association analysis using an experimental population (188 pigs), which included two cross-bred groups and three pure-blood groups, suggested that the SNP genotype was associated with intramuscular fat content.

임의의 사각형 QAM의 일반화된 비트 오율 분석 (Generalized BER Analysis of Arbitrary Rectangular QAM)

  • 윤동원;조경국;서기범
    • 한국통신학회논문지
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    • 제27권10A호
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    • pp.962-968
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    • 2002
  • 무선통신 환경의 한정된 주파수 자원에서 신뢰성 있는 고속의 통신방식이 요구되고 있다. 직교 진폭 변조 (QAM) 는 대역폭의 증가없이 고속의 데이터 처리가 가능한 유용한 변조 방식이다. 이제까지 사각형(rectangular) 직교 진폭 변조 (R-QAM) 신호의 일반화된 BER 식은 유도된바 없다. 이 논문에서는 가산성 백색 가우시안 잡음 환경에서 그레이 부호화된 R-QAM의 일반화된 closed-from 형태의 EBR식을 유도하고 분석한다. 먼저 I-ary PAN 신호에 대하여 Irk 4, 8, 16 일 때의 유도하고 이 결과들로부터 유도 과정의 규칙성을 찾아내며, 그 규칙성들로부터 임의의 I-ary PAM 신호에 대한 일반화된 BER 식을 유도한다. R-QAM 신호는 각각 독립적인 동상 성분의 I-ary PAM 과 직교 성분의 J-ary PAM으로 구성되기 때문에 I-ary PAM 의 일반화된 BER 식으로부터 R-QAM 신호에 대한 일반화된 BER 식을 구한다. 또한 SNR이 높을 때에 지배적인 항을 고려한 간단한 근사식도 유도한다.

페이셜 리그에 대한 페이셜 캡처 데이터의 다이렉트 리타겟팅 방법 (Direct Retargeting Method from Facial Capture Data to Facial Rig)

  • 송재원;노준용
    • 한국컴퓨터그래픽스학회논문지
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    • 제22권2호
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    • pp.11-19
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    • 2016
  • 본 논문은 페이셜 캡처 데이터로부터 페이셜 리그에 대한 다이렉트 리타겟팅을 수행하는 새로운 방법론에 대하여 다룬다. 페이셜 리그는 프로덕션 파이프라인에서 아티스트가 손쉽게 페이셜 애니메이션을 제작하기 위하여 만들어진 제작도구로서, 모션 캡처 등으로 생성된 얼굴 애니메이션 데이터를 페이셜 리그에 매핑할 경우 아티스트에게 친숙한 방식으로 손쉽게 수정, 편집할 수 있으므로 작업 능률을 크게 향상시킬 수 있다는 장점이 있다. 그러나, 페이셜 리그는 그 종류와 작동 방식이 매우 다양하므로, 다양한 페이셜 리그에 대하여 강건하고 안정적으로 모션 데이터를 매핑할 수 있는 일반화된 방법을 찾기는 쉽지 않다. 이를 위하여, 본 논문은 캡처된 얼굴 모션 중 몇 개의 대표적 표정에 대하여 아티스트가 페이셜 리그로 제작한 표정을 예제로 학습시키는 데이터 기반 페이셜 리타겟팅 방식을 제안한다. 이를 통하여 우리는 아티스트가 페이셜 캡처 데이터를 기존 애니메이션 파이프라인의 페이셜 리그를 활용하여 손쉽게 수정할 수 있도록 할 뿐 아니라, 수십 수백개의 대응점을 일일이 지정해 주어야 하거나 사람과 많이 다른 동물 및 괴물 형태의 얼굴에는 리타겟팅이 잘 이루어지지 않았던 기존 대응점 기반 리타겟팅 방식의 한계점 또한 극복할 수 있었다. 본 논문의 결과물들은 우리의 방식이 제공하는 단순하면서도 직관적인 얼굴 애니메이션 리타겟팅이 실제 애니메이션 프로덕션에서 얼마나 효율적으로 활용될 수 있는지를 보여준다.

디지털시대의 집합주택 내외부 경계 표현에 관한 연구 (A Study on the Design Expression of the boundary Surfaces in Multi-family Housing of Digital Age)

  • 문은미
    • 한국실내디자인학회논문집
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    • 제13권2호
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    • pp.64-71
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    • 2004
  • This study attempts to clarify inter-relationship between design expression in the surface of contemporary multi-family housing and physical trends in this digital age. The study examines characteristics of housing design influenced from new digital technology in the forms of metaphor such as dematerialization, fluidity and mobility. Currently constructed multi-family housing in Europe after 1990 has been analyzed to find digital reflections in the surfaces. As a conclusion, findings are as follows; In this digital age, a house is considered as a base in the forms of boxes and containers to network to outer worlds. In a complex of multi-family housing, public spaces move to the inside and become parts of private domain. Therefore, a house directly faces a street/outer world without transitional areas and devices. The facades of housing become delicate skins to control private domain in the inside and the world in the outside. In this digital age, the surfaces of housing are designed by ways of wrapping and screening. Printing and mapping methods are used to surface design because they are manipulative and flexible methods in design like graphic design. Screening devices using louvers and shutters are powerful tools to make random and unpredictable images. If units of a louver and a shutter were pixels, a whole surface would be a digital screen. In such assumption, the facade of buildings reflects digital screen to interface while the louvers in operation reflect clicking to network. As a conclusion, design expression in surfaces in-between of multi-family housing is a metaphor of digital mechanism.