• Title/Summary/Keyword: environmental DNA

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2008년 영천시 지적장애인 학교와 경산시 재활원에서 발생한 세균성이질에 관한 역학조사 (An Epidemiological Investigation on an Outbreak of Shigellosis in a Special School for Handicapped in Yeongcheon-si and in a Rehabilitation Facility in Gyeongsan-si, Korea, 2008)

  • 이현동;이순옥;임현술
    • 농촌의학ㆍ지역보건
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    • 제34권1호
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    • pp.24-33
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    • 2009
  • 2008년 9월 경상북도 영천시 소재 Y 지적장애인 특수학교에서 설사 유행이 신고되었고, 일부 환자의 검체에서 Shigella sonnei가 검출되었다. 이에 Y 학교와 초발 환자 신00이 기거하고 있던 경산시 소재 D 재활원에서 발생한 세균성이질에 관한 역학조사를 실시하였다. Y 학교와 D 재활원은 지적장애인을 위한 학교 및 생활시설로서 모두 직영급식을 하고 있다. 지적장애가 있는 학생과 원생들을 상대로 설문조사는 시행하지 않았고 교사와 직원들을 상대로 면담을 실시하였다. Y 학교와 D 재활원에서 직장 도말 검사를 각각 298건, 361건 실시하고 환경 검체 검사를 각각 60건, 20건을 실시하였다. 학교와 재활원의 환경조사를 실시하였고 음용수와 조리용수, 생활용수의 공급원을 파악하였다. 환자는 격리 치료하고 추가 환자 발생을 일일 능동 모니터링하였다. 환례는 2008년 9월 18일부터 9월 26일까지 Y 학교와 D 재활원의 구성원 중에서 설사(하루 2회 이상의 묽은 변)가 있는 경우 혹은 직장도말 배양검사 결과 Shigella sonnei 양성인 경우로 정의하였다. 환례 정의에 따라 조사 대상 659명 중 환례는 8명으로 1.2%의 발생률을 보였고 이들은 모두 Y 학교 학생이었다. 직장도말 배양검사 결과 Shigella sonnei가 5명의 학생에서 검출되었고, 이들 중 3명에서는 설사 증상이 있었으며 나머지 2명은 무증상이었다. 환례 8명 모두 단체숙식을 하고 있었는데 이들 중 2명은 Y 학교 기숙사 기린방에서 생활하였고, 4명은 D 재활원 온유방, 나머지 2명은 D 재활원의 까치방과 자비방에서 각각 생활하였다. Y 학교와 D 재활원의 환경조사 결과 특이사항이 없었으며, 공통적으로 음용수와 조리 용수는 상수도에서 공급받고 화장실의 생활용수는 하수도에서 공급받고 있었다. D 재활원의 지하수 1건에서 대장균군이 양성이면서 일반세균이 20,000 CFU/mL으로 나왔다. Pulsed-Field Gel Electrophoresis 검사에서 5건 모두 동일한 DNA 절편 양식을 보였다. D 재활원과 Y 학교에서 발생한 세균성이질은 동일한 균주에 의한 유행으로 판단한다. D 재활원의 온유방에서 현성 또는 불현성 감염자인 교사나 자원봉사자와의 직 간접 접촉을 통해 최초로 1명 이상의 원생에게 전파시켰을 가능성이 있다. 그 후 환례들과 직 간접 접촉에 의하여 D 재활원의 온유방 내, 다른 방과 Y 학교 학생에게 전파되었을 가능성이 있다고 추정한다. 단체 시설의 교사와 자원봉사자에 대하여 손씻기의 중요성이 더 강조되어야 하고 전염이 가능한 증상이나 질병이 있을 때에는 접촉이나 봉사 활동을 자제해야 할 것이다.

국소 표면 플라즈몬 공명 (LSPR) 기반 비표지 바이오칩 제작 및 바이오센서로의 응용 (Fabrication of Label-Free Biochips Based on Localized Surface Plasmon Resonance (LSPR) and Its Application to Biosensors)

  • 김도균;박태정;이상엽
    • KSBB Journal
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    • 제24권1호
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    • pp.1-8
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    • 2009
  • 현재까지 연구 개발된 바이오칩 및 센서의 경우에는 생체분자 상호작용의 분석을 수행하기 위해서 효소나 형광 물질 등과 같은 표지물질을 생체분자에 주입할 필요성이 있었다. 이러한 표지작업은 단백질 등과 같이 고차구조를 형성하는 생체분자에 있어서 그 분자인식능을 저하시키는 문제가 발생하게 된다. 그리고 표지작업은 일련의 조작이 필요하기 때문에 조작의 복잡성을 띄게 되고, 간편성을 저해하는 문제가 발생하게 되며, 분석 결과를 얻기 위해서는 장시간을 필요로 하게 된다. 또한, 생체분자 상호작용의 분석에 적용되는 측정장치도 대형화하게 되어 온사이트 모니터링에 이용하기 어렵다. 이러한 문제점들을 해결하기 위해서 비표지로 생체분자의 상호작용 분석이 가능한 SPR 광학특성, QCM 및 전기화학법 등을 이용한 비표지 바이오칩 및 센서가 개발되었다. 하지만 표지 바이오칩 및 센서와 마찬가지로 장치의 대형화 및 복잡화, 간편성 및 감도 등에 문제가 있었다. 따라서 지금까지 개발되어진 표지 및 비표지 바이오칩의 문제들을 해결하기 위해서 나노구조에서만 발현되는 새로운 광학특성인 LSPR을 기반으로 하는 새로운 형태의 코어-쉘 구조 나노입자 바이오칩이 제작되었다. 코어-쉘 나노입자 바이오칩의 표면에 수직방향으로부터 입사광을 조사하고 바이오칩 표면으로부터 반사된 반사광을 검출기로 검출하여 흡수 스펙트럼을 소형의 분광기로 해석함으로서 코어-쉘 나노입자 바이오칩 기반 비표지 광학 바이오센서를 완성하였다. 또한 단백질 항원-항체 반응에 대한 비표지 검출 및 정량특성을 평가한 결과, 감도, 간편성, 유연성, 폭넓은 응용성 등에 양호한 특성을 확인할 수 있었다. 이상에서 살펴본 바와 같이, 코어-쉘 나노입자 바이오칩 기반 비표지 광학 바이오센서는 생체분자 상호작용의 분석에 많이 이용되고 있는 단백질, DNA, 세포 등의 생체분자에 유연하게 대처할 수 있을 것으로 생각되어지며, 그 밖에 의료, 식품분석, 환경 및 공정 모니터링 등 분야에 폭넓게 이용될 것으로 기대되고 있다. 또한 본 코어-쉘 나노입자 바이오칩 기반 비표지 광학 바이오센서는 소형으로 저렴한 분광기를 이용하여 측정을 실시하고 있기 때문에 온사이트 모니터링에의 적용도 가능할 것으로 생각된다.

No association between endothelin-1 gene polymorphisms and preeclampsia in Korean population

  • Kim, Shin-Young;Park, So-Yeon;Lim, Ji-Hyae;Yang, Jae-Hyug;Kim, Moon-Young;Park, Hyun-Young;Lee, Kwang-Soo;Ryu, Hyun-Mee
    • Journal of Genetic Medicine
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    • 제5권1호
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    • pp.34-40
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    • 2008
  • 목 적 : 자간전증은 임신부와 신생아의 사망 및 이환의 주된 원인으로 유전적 소질과 환경적 요인에 의해 발생하는 다요인성 질환이다. ET-1은 강력한 혈관수축 펩티드로 ET-1 시스템 내의 변경이 자간전증에서의 혈관수축을 자극하는 것으로 생각되고 있다. 본 연구에서는 정상 임신부와 자간전증 임신부에서 ET-1 유전자의 4가지 단일염기다형성들(c.1370T>G, c.137_139delinsA, c.3539+2T>C, and c.5665G >T)의 양상을 조사하여 비교함으로써 이러한 유전자 다형성들과 한국인 자간전증의 연관성에 대하여 알아보고자 하였다. 방 법 : 자간전증 임신부 206명과 임신기간 동안 자간전증이 발생하지 않은 정상 임신부 216명의 혈액으로부터 DNA를 추출하고 ET-1 유전자 다형성들의 양상을 SNapShot kit와 ABI Prism 3100 Genetic analyzer를 사용하여 분석하였다. 결 과 : 자간전증 환자군에서 ET-1 유전자의 4가지 단일 염기다형성 각각의 유전자형 및 대립유전자의 빈도는 대조군과 유의한 차이가 없었다. 또한 자간전증 환자군에서 3가지 일배체형(TDTG, GDCT, and TICT)의 빈도도 대조군과 유의한 차이가 없었다: 61%(TDTG), 13%(GDCT), 13%(TICT) vs. 62%, 14%, 12%. 나이, 미산부률, 분만주수, 신체질량지수 등의 자간전증 발생요인을 공변량으로 하여 유전자형과 자간전증 발생의 위험도 사이의 연관성을 확인하기 위해 다중회귀분석을 시행한 결과 열성모델과 우성모델에서 모두 ET-1 유전자의 단일염기다형성들에 대한 자간전증 발생의 위험도가 증가하지 않았다. 결 론 : 한국인 임신부에서 ET-1 유전자의 4가지 단일염기 다형성들은 자간전증 발생과 연관이 없는 것으로 사료된다.

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다형질 Animal Model에 의한 12개월령 한국산 전북 2 아종의 성장관련형질에 대한 유전모수 추정 (Estimation of Genetic Parameters for Growth-Related Traits in 1-Year Old of Two Korean Abalone Subspecies, Haliotis discus hannai and H. discus discus, by Using Multiple Traits of Animal Model)

  • 최미경;한석중;양상근;원승환;박철지;여인규
    • 한국패류학회지
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    • 제24권2호
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    • pp.121-130
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    • 2008
  • 양식 대상 종들에 있어 성장형질에 대한 개량은 선발 육종을 통하여 이루어져 왔다. 북방전복과 둥근전복은 아시아에서는 매우 중요한 전복종이 지만 그동안 이들에 대한 선발 육종연구는 활발하지 못하였으나, 최근 들어 이들 전복에 대한 선발 육종연구가 신중히 수행되고 있다. 본 연구는 12개월 령의 북방전복과 둥근전복에 대한 다형질 개체모형을 이용하여 유전력, 유전상관 및 표형형상관 등 유전모수 추정을 목적으로 수행되었다. 실험에 사용한 한국산 북방전복과 둥근전복은 동해안, 남해안, 서해안 및 제주연안의 전국 11개소로부터 자연산과 양식산으로 구분하여 수집한 후, DNA 분석에 의한 원거리 유연관계를 기초로 F1세대의 전형매 혹은 반형매군을 각각 생산하고 1년간 사육을 실시하였다. 이중 임의로 추출한 북방전복 26가계(1,509 마리), 둥근전복 6가계(297 마리)에 대해 각장(mm), 각폭(mm) 및 중량(g)에 대해 개체별 측정하고, 유전모수 추정은 성장관련형질인 각장, 각폭, 중량, 체형 및 비만도에 대해 각각 실시하였다. 개체의 성장형질에 영향을 미치는 환경효과분석을 위해 animal model에 의한 선형모형을 이용하여 SAS 통계 프로그램 package(ver. 9.1)로 통계분석을 실시하였다. 또한 유전모수 추정을 위해서는 EL-REML(restricted maximum likelihood) method를 전산 프로그램화한 REMLF90(Misztal, 2001)을 이용하여 다형질 혼합모형으로 유전모수 추정을 실시하였다. 분석모형에서 교배 sire와 dam의 자연산 혹은 양식산에 의한 교배타입을 고정효과로 하였다. 분석결과 12개월 령에서의 성장관련 형질은 북방전복에서 평균$\pm$표준편차가 각장 $29.86{\pm}5.89$ mm, 각폭 $20.70{\pm}4.09$ mm 및 중량 $3.47{\pm}2.05$ g, 둥근전복은 각장 $31.80{\pm}6.15$ mm, 각폭 $21.97{\pm}4.13$ mm 및 중량 $4.23{\pm}2.42$ g으로 각각 성장하였다. 12개월 령 북방전복의 유전율은 각장, 각폭, 중량, 체형 및 비만도에서 각각 0.43, 0.43, 0.40, 0.19, 0.09로 추정되었다. 12개월 령 둥근전복의 각장, 각폭, 중량, 체형 및 비만도에 대한 유전율은 각각 0.33, 0.26, 0.51, 0.23, 0.10으로 추정되었다. 이러한 결과로 보아, 북방전복과 둥근전복 모두 각장, 각폭 및 중량에서 중고도의 유전율이 추정되어 높은 육종효과가 기대된다. 한편 북방전복과 둥근전복의 성장관련형질에 대한 유전상관은 각장과 각폭, 각장과 중량 및 각폭과 중량 간에 각각 0.92-0.97, 0.96-0.99로 추정되어 두 종 모두에서 형질들 간의 높은 유전상관을 나타내었으며, 이들 성장관련 형질 중 어느 것을 기준으로 선발을 실시하여도 다른 관련형질에 대한 높은 개량효과가 추정되어졌다.

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한국인 남성에서 GSTM1과 CYP1A1 유전자 다형성과 원발성폐암의 유전적 감수성 (Polymorphisms of GSTM1 and CYP1A1, and Susceptibility to Primary Lung Cancer in Korean Males)

  • 배낙천;이수연;채포희;강경희;김경록;차승익;채상철;김창호;정태훈;박재용
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제50권5호
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    • pp.568-578
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    • 2001
  • 서 론 : 폐암의 80-90%는 흡연과 관계가 있으나 흡연자의 일부에서만 폐암이 발생하는 현상은 개체의 유전적 소인이 폐암발생을 결정하는 주요 요인임을 시사한다. 저자들은 한국인에서 발암물질 대사효소계의 유전자 다형성에 따른 폐암의 위험도를 조사하고자 연구를 시행하였으며 본 연구에서는 담배 내에 존재하는 benzo(a)pyrene 등의 polycylic aromatic hydrocarbon의 대사에 관여하는 GSTM1 과 CYP1A1 유전자 다형성에 따른 폐암의 상대위험도를 조사하였다. 방 법 : 1998년 1월부터 1998년 9월까지 경북대학교병원내과에서 병리학적으로 폐암으로 확진된 환자를 대상으로 하였으며 악성종양으로 진단받은 과거력이 있는 사람은 제외하였다. 대조군은 1998년 1월부터 1999년 8월까지 경북대학교병원 건강검진센터를 방문한 40세 이상의 검진자들을 대상으로 하였으며 호흡기질환이나 악성종양이 있는 경우는 제외하였다. 대상인의 나이, 성, 흡연력, 과거력 등은 면접이나 병력지를 통해 얻었으며, 시료는 전혈 5cc에서 DNA를 추출하고 PCR과 RFLP법을 통해 GSTM1과 CYP1A1의 유전자 다형성을 조사하였다. 결 과 : GSTM1(-) 형인 경우 소세포폐암의 대응비가 1.772로 높았으나 통계적 유의성은 없었다. CYP1A1 MspI 유전자형이 m2/m2 인 경우 m1/m1 형인 경우에 비해 소세포폐암의 대응비가 3.374(95% CI=1.092-10.421)로 유의하게 높았다. 결 론 : GSTM1과 CYP1A1 유전자형은 폐암의 위험도를 결정하는 인자로 생각되나, 보다 많은 예를 대상으로 한 연구가 필요할 것으로 생각된다.

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동해 근해에 출현하는 어류 자치어 분포 특성 (Distribution of Larval Fishes off the East Sea, Korea)

  • 최희찬;정해근;조정현;윤석현;오현주
    • 한국어류학회지
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    • 제34권3호
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    • pp.186-200
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    • 2022
  • 동해 근해에 출현하는 어류 자치어의 분포특성을 밝히기 위해 2018년 2월부터 12월까지 격월로 RN80 네트를 이용하여 자치어를 채집하였고, 해양 환경과 자치어 분포의 관계를 파악하기 위하여 수온, 염분 등 물리적 요인과 영양염, 엽록소-a 및 동물플랑크톤 현존량과 같은 화확 및 생물학적 요인들을 조사하였다. 분석결과 2018년 동해 근해에 출현한 자치어는 49개과 104개 분류군, 총 7,644.3개체/1,000 m3가 출현하였다. 이중 멸치가 전체 출현량의 76.2% 우점하였고, 앨퉁이가 15.0%로 그 뒤를 이었다. 그 외 까나리, 악어치가 각각 0.8%와 0.5%로 비교적 많은 출현량을 보였고, 고등어와 날붕장어가 0.3% 이상으로 위 6개 분류군이 전체 출현량의 93.2%를 차지하였다. 조사 해역의 월별 자치어 출현양상을 보면, 출현분류군수는 2월에 10개로 가장 적었고, 10월에 33개로 가장 다양한 분류군이 출현하였다. 출현량은 4월에 76.3개체/1,000 m3가 출현하여 연중 가장 적었고, 8월에 4,585.8개체/1,000 m3로 가장 많은 출현량을 보였으며, 월별로 유의한 차이를 보였다. 출현 자치어의 월별 공간 분포는 저수온기보다 고수온기에 연안 가까이에서 많이 출현하는 경향을 보였으며, 이는 출현 분류군 중 전체 출현량의 91.3%를 차지한 멸치와 앨퉁이의 월별 공간 분포와 유사하였다. 한편 자치어 전체 출현량과 해양 환경과의 상관관계는 2월에 수온 및 염분과 양의 상관관계를 보였고, 용존무기질소와 음의 상관관계를 보였다. 6월에는 용존무기질소와 음의 상관관계, 12월에는 엽록소-a와 양의 상관관계를 보였다. 최우점종인 멸치는 4월에 염분, 6월에 엽록소-a 8월에 용존무기질소와 유의한 상관관계를 보였다. ANOSIM 분석 결과, 자치어의 월별 종조성은 유의한 차이를 보였으며, 각 월별 dissimilarity는 주로 멸치와 앨퉁이의 출현량 변동에 의해 결정되었으나, 그 외 우점 분류군들의 종조성과 출현량 변화가 조사 시기별로 유의한 차이에 영향을 미쳤다. 정준대응분석 결과 자치어 군집의 분포가 저수온기에는 주로 수온, 고수온기에는 염분, 동물플랑크톤 건중량 및 영양염류 농도 등 비교적 다양한 환경요인에 영향을 받고 있었다.

기관지 천식 환자에서 천식 증상의 정도에 따른 $\beta_2$ 교감신경 수용체의 유전자 다형성 (Genetic Polymorphisms of the $\beta_2$-Adrenergic Receptor in the Severity of Bronchial Asthma)

  • 심재정;김제형;이승룡;권영환;이소라;이상엽;강세용;강용구;조재연;인광호;원남희;유세화;강경호
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제45권1호
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    • pp.77-89
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    • 1998
  • 서 론: $\beta_2$ 교감신경 수용체 유전자에는 여러 종류의 다형성(polymorphism)가 존재하며, 천식 환자에서 $\beta_2$ 교감신경 수용체의 대표적인 변이는 $\beta_2$ 교감신경 수용체의 아미노산이 대치된 부분으로 Arg16-Gly, Gln27-Glu, Val34-Met 및 Thr164-Ile 등인 것으로 알려져 있다. 지속적인 $\beta_2$ 교감신경 유도체의 자극에 대하여 세포표면으로 부터 세포내의 전달과정이 둔화되어 점차 세포전달이 없어질 수도 있는 desensitization 또는 수용체와 수가 감소하는 downregulation이 존재하는 것으로 알려져 있다. 천식환자에서 $\beta_2$ 교감신경 수용체의 desensitization 또는 downregulation 뿐만 아니라 천식 표현형과 $\beta_2$ 교감신경 수용체 유전자 다형성의 상관 관계에 대한 연구가 이루어지고 있으나 논란이 많다. 이에 본 연구는 기관지 천식환자에서 $\beta_2$ 교감신경 수용체의 가장 흔한 16, 27, 34 및 164 의 아미노산에 해당하는 유전자의 다형성을 MASA (Mutated Allele Specific Amplification)법으로 시행하여 각각의 다형성의 발생 빈도와 천식의 심한 정도와 연관이 있는 가를 확인하였다. 대상 및 방법: 대상 환자는 천식 환자 103명이었으며, 이중 남자는 54명, 여자는 49명으로 평균 연령은 46.6세 (19~80세)였고 이환 기간은 4.7년이었다. 대상 환자는 경미하고 간헐적 증상을 보인 30명, 지속적인 경미한 천식 환자는 32명으로 경미한 천식은 모두 62명이었으며, 중등증의 천식 증상은 17명 및 중종의 천식증상을 보인 환자는 24명이었다. 이중 1년 중에 6개월 이상 전신적 스테로이드를 투여하는 환자는 39명이었으며, 투약 중에도 야간 발작이나 야간 기침이 발생되었던 환자는 44명이었다. 대상 환자로부터 10cc의 전혈구를 체취 하여 분리된 림파구에서 분리된 DNA를 이용하여 MASA 방법으로 $\beta_2$ 교감신경 수용체 16번, 27번, 34번 및 164번째 아미노산의 다형성을 검색하였고, 천식의 심한 정도 따른 $\beta_2$ 교감신경 수용체 유전자의 다형성의 분포와 야간 천식의 발작이나 증상의 유무에 따른 $\beta_2$ 교감신경 수용체 유전자의 다형성의 분포를 확인하였다. 결 과: 16 번째 Arginine이 Glycine으로 변이는 heterozygous 변이가 67명, homozygous 변이가 13명으로 heterozygous 변이가 65.1%로 가장 많았다. 27번째 Glutamine이 Glutamate로 변이는 heterozygous만 11명으로 10.7%였으며, 34번째 Valine이 Methionine으로 변이를 일으키는 100번째 핵산의 경우도 heterozygous만 6명으로 5.8%였다. 27 번째와 34번째 아미노산의 변이를 일으키는 homozygous 변이와 164번째 아미노산의 변이는 대상 환자 중에는 없었다. 천식 증상의 심한 정도를 경종 및 중등증, 중중으로 2 구분하여 $\beta_2$ 교감신경 수용체 다형성의 발생빈도를 관찰한 결과 중증의 천식환자에서 16번째 아미노산의 변이의 빈도는 많았으나 (p=0.015), 27번, 34번 및 164번째의 아미노산의 변이는 천식 증상의 정도와는 연관성이 없었다. 야간 천식 증상의 유무에 따른 $\beta_2$ 교감신경 수용체 다형성은 16, 27, 34 및 164번째 아미노산의 핵산의 변이와 연관성이 없었다. 결 론: 이상의 결과로 기관지 천식 환자에서 $\beta_2$ 교감신경 수용체 다형성은 Arg 16, Gln 27 및 Val 34의 변이가 존재하고, Arg 16이 가장 많았으며, Thr 164는 없었다. 기관지 천식 환자에서 증상이 심한 중증 천식은 $\beta_2$ 교감 신경 수용체의 다형성중 Arg 16의 변이는 중증 천식과 연관성이 있었다. 그러나 야간 천식 발작이나 증상과 $\beta_2$ 교감신경 수용체 다형성은 서로 상관이 없었다.

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