• 미생물학회지
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• 제33권2호
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• pp.118-124
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• 1997

이전의 연구에서 우리는 CheY-OmpR 융합단백질인 'Chp'을 제조하여 ompF와 ompC 유전자에 미치는 영향을 조사하였다(6). 본 연구에서는 Chp의 활성 및 작용기작을 in vivo와 in vitro 실험을 통해 알아보았다. 융합단백질 Chp은 OmpR과 마찬가지로 DNA에 염기서열 특이적인 결합을 하지만, 유전자의 전사 활성 기능은 나타내지 않았다. 따라서 Chp의 ompF/C 유전자의 발현에 대한 효과는 DNA 결합 부위에 대한 OmpR과의 경쟁에 의해 나타나는 것으로 결론지을 수 있다. 그러나, in vivo와 in vitro 실험에서 Chp의 인산화에 따른 DNA 결합력 변화는 관찰할 수 없었다. Chp이 ompR 유전자의 발현을 증가시키는 것이 관찰되었는데, OmpR도 이와 같은 효과를 나타내었으며, 배지의 삼투압을 변화시켰을 때와 EnvZ 돌연변이체에서도 ompR 유전자의 발현변화가 관찰되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권6호
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• pp.1106-1111
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• 2017

Escherichia coli was engineered to sense methanol by employing a chimeric two-component system (TCS) strategy. A chimeric MxaY/EnvZ (MxaYZ) TCS was constructed by fusing the Paracoccus denitrificans MxaY with the E. coli EnvZ. Real-time quantitative PCR analysis and GFP-based fluorescence analysis showed maximum transcription of ompC and the fluorescence at 0.01% of methanol, respectively. These results suggested that E. coli was successfully engineered to sense methanol by the introduction of chimeric MxaYZ. By using this strategy, various chimeric TCS-based bacterial biosensors can be constructed and used for the development of biochemical-producing recombinant microorganisms.

• 한국지반공학회논문집
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• 제36권3호
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• pp.15-23
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• 2020

지표면에서의 지반운동을 예측하는 지반운동예측모델은 30m까지의 평균전단파속도인 V_S30을 부지효과를 나타내는 주요한 변수로 사용한다. V_S30은 만약 V_S주상도 깊이(z)가 30m 이상이면 주상도로부터 바로 계산할 수 있다. 하지만, 모든 부지에서 z가 30m 까지 있는 것은 아니다. 따라서, z < 30m일 경우 30m까지 연장하는 모델로부터 V_S30을 예측할 필요가 있다. 이번 연구에서는 국내 지반 환경에 맞게 z가 30m 미만인 부지에서 V_S30을 추정하는 예측 모델에 대한 새로운 계수를 제안하였다. 분석 자료로 기상청과 국토지반정보 통합DB센터에서 획득한 297개의 V_S주상도를 활용하였고, 선행연구에서 제안한 식의 계수들을 회귀분석을 통해 새롭게 제시하였다. 분석 결과, z ≥ 15m 일 경우 대수로그 잔차의 표준편차가 약 0.061이내이므로 신뢰성 높은 V_S30를 예측하는 것으로 확인하였다. z < 15m 일 경우 σ가 계속 증가하며, z = 5m일 경우 σ = 0.1으로 나타났다. 따라서, 매우 얕은 심도의 V_S주상도를 모델에 적용하는 경우 주의를 요하며, 가능하다면 30m깊이까지 지반조사를 실시하여 V_S30을 계산하는 것을 추천한다.

• Molecules and Cells
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• 제45권8호
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• pp.522-530
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• 2022

Transposable elements (TEs) account for approximately 45% of the human genome. TEs have proliferated randomly and integrated into functional genes during hominoid radiation. They appear as right-handed B-DNA double helices and slightly elongated left-handed Z-DNAs. Human endogenous retrovirus (HERV) families are widely distributed in human chromosomes at a ratio of 8%. They contain a 5'-long terminal repeat (LTR)-gag-pol-env-3'-LTR structure. LTRs contain the U3 enhancer and promoter region, transcribed R region, and U5 region. LTRs can influence host gene expression by acting as regulatory elements. In this review, we describe the alternative promoters derived from LTR elements that overlap Z-DNA by comparing Z-hunt and DeepZ data for human functional genes. We also present evidence showing the regulatory activity of LTR elements containing Z-DNA in GSDML. Taken together, the regulatory activity of LTR elements with Z-DNA allows us to understand gene function in relation to various human diseases.

• 식물병연구
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• 제10권4호
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• pp.279-284
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• 2004

경상남도 진주와 하동지역의 산초나무 재배단지에서 잎녹병에 의한 피해가 매년 지속적으로 발생하고 있다. 산초나무 잎에 형성된 여름포자세대의 녹포자세대 기주를 밝히고 녹병균을 동정하기 위하여 본 병해의 발생지 주변 곰솔에서 채집된 녹포자를 산초나무에 인공접종하였다. 그 결과 산초나무에서 성공적으로 여름포자가 형성되어 이 녹병균은 녹포자세대를 곰솔에서, 여름포자 및 겨울포자세대를 산초나무에서 형성하는 장세대형 생활사를 갖는 C. xanthoxyli로 동정하였다. 대부분의 형태적 형질은 기존 기록과 일치하였으나 녹포자와 여름포자의 표면돌기 수에는 차이가 있었다. 곰솔과 산초나무에서 채집된 C. xanthoxyli의 건조표본을 이용하여 녹포자세대 및 여름포자세대의 형태학적 특징을 기술하였다. 경남 진주와 하동지역에서 조사된 산초나무에서의 최초 병발생시기는 6월 하순${\sim}$7월 초순이었으며 8월 중의 이병엽율은 17.8%${\sim}$58.7%이었다.

• 한국철도학회논문집
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• 제16권5호
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• pp.386-393
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• 2013

본 연구에서는 궤도 하부 노반상에서 다짐도 확인 및 강화노반 두께 결정을 위하여 사용되는 변형계수 $E_{v2}$ 측정방법의 적절성과 측정값의 유효성을 검토하였다. 이를 위하여 반복평판재하시험(RPBT)을 실시하고 평판직하부에서 발생하는 압축변형률을 파악하였다. 동일 흙노반재료에 대한 공진주시험으로부터 획득된 전단탄성계수감소곡선과 $E_{v2}$를 비교하였다. 실 현장 RPBT의 발생변형률 수준과 변형계수의 크기가 합리적인지를 분석하기 위하여 응력조건과 대표 평균변형률계수($I_z$) 보정에 의해 반복평판재하시험 변형계수($E_{v2}$)를 재평가하였다. PLAXIS 프로그램을 이용하여 깊이에 따른 변형률 영향계수($I_z$)를 재산정하여 반복평판재하시험 결과($E_{v2}$) 해석에 미치는 변형률 영향계수의 영향을 분석하였으며 ABAQUS를 이용하여 3D궤도구조에서 노반이 받는 변형률수준을 확인하였다. 궤도하부구조가 경험하는 변형률수준에서의 변형계수 $E_{v2}$를 획득하기 위해서는 노반의 비선형성을 구현할 수 있도록 현 반복평판재하시험의 하중단계를 세분화할 필요성을 확인하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제48권1호
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• pp.24-31
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• 2020

Five genes (mxbDM, mxcQE and mxaB) are responsible for the transcription of methanol oxidation genes in Methylobacterium strains. Among these, MxbDM and MxcQE constitute the two-component system (TCS) regulating methanol metabolism. In this study, we integrated the methanol-sensing domain of MxbD and MxcQ with the EnvZ/OmpR from Escherichia coli. The domain-swapping strategy resulted in chimeric histidine kinases (HK's) MxbDZ and MxcQZ AM1 containing recombinant E. coli. Real-time quantitative PCR was used to monitor OmpC expression mediated by the chimeric HK and response regulator (RR) OmpR. Further, an ompC promoter based fluorescent biosensor for sensing methanol was developed. GFP fluorescence was studied both qualitatively and quantitatively in response to environmental methanol. GFP measurement also confirmed ompC expression. Maximum fluorescence was observed at 0.05% methanol and 0.01% methanol using MxbDZ and MxcQZ AM1, respectively. Thus the chimeric HK containing E. coli were found to be highly sensitive to methanol, resulting in a rapid response making them an ideal sensor.

• 생명과학회지
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• 제31권1호
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• pp.28-36
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• 2021

Edwardsiella piscicida는 어류의 출혈성 패혈증 및 사람의 위장 감염의 중요한 원인균이다. 세균이 생존을 하기 위해서는 환경변화에 적응하기 위한 특수한 메커니즘이 필요하다. 따라서 E. piscicida가 삼투압 변화 환경을 감지하고 이에 반응하는 메커니즘을 이해하기 위하여 본 연구에서는 다양한 염도 조건에서 단백질 발현 형태와 세균의 생리적 특성을 분석하였다. EnvZ-OmpR의 two-component 조절 시스템의 일부인 OmpR 단백질은 세균의 염분 스트레스 감지와 관련이 있다. 이 단백질이 E. piscicida에서 어떤 생리적 역할을 하는지는 밝혀지지 않고 있다. 이 연구에서는 염분 스트레스에 대한 OmpR 단백질의 기능을 조사 하였다. OmpR을 발현하지 못하는 돌연변이체를 분석한 결과 구연산염 이용, H2S 생성 및 인돌 생산의 능력이 야생형과 비교했을 때 차이가 나는 것으로 확인되었다. 전체 ompR 유전자를 가지는 플라스미드를 돌연변이 균주에 도입하여 분석한 결과 위의 세가지 표현형은 야생형과 같아졌다. 지연된 성장률도 부분적으로 회복되었음을 볼 수 있었다. 이 연구에서 OmpR이 세포 운동성과의 관련성을 찾아볼 수 없었다. 이 연구의 결과들을 종합하면, 돌연변이 분석, 성장 분석, MALDI-TOF MS, qRT-PCR 및 표현형 연구 결과는 E. piscicida의 OmpR이 삼투압 조절, 생육, 포린 발현, 독성 관련 유전자(eseC, eseD 및 evpC) (ETAE_1826) 및 기능을 알 수 없는 특정 유전자(ETAE_1540 및 ETAE_2706)와 관련이 있다고 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제46권1호
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• pp.15-20
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• 2010

돼지를 이용한 이종간 장기이식은 인간 세포주를 감염시킬 수 있는 것으로 알려진 돼지 내인성 레트로바이러스의 존재로 인해 실제 적용에 어려움이 있다. PERV (Porcine Endogenous Retrovirus: PERV)-A와 PERV-B는 in vitro 상에서 인간 세포주와 돼지 세포주를 동시에 감염시킬 수 있으나 PERV-C는 단지 돼지 세포주만 감염시킬 수 있다. 또한 PERV-A와 PERV-B 또는 PERV-A와 PERV-C사이에 재조합이 일어나 새로운 위험한 바이러스가 출현할 가능성이 있다. 최초의 재조합 바이러스인 PERV-A14/220은 대부분 PERV-C의 유전자로 구성 되어있으며 수용체와 결합하는 부위만 PERV-A의 외막 유전자로 재조합이 되어 있는데 PERV-A보다 500배 이상 높은 감염가를 가진다. PERV-A14/220의 경우 PERV-A 외막 단백질 140 번째 아미노산과 PERV-C 외막 PRR (proline rich region) 부위가 높은 감염가에 관여하는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 막 융합에 관여하는 PERV-C의 세포질쪽 C-말단 부위 또한 재조합 바이러스의 높은 감염가에 관여하는지 알아보기 위해 PERV-A/C의 재조합 외막 당단백질을 가진 pseudotype 바이러스를 만들어 사람 세포주에서 감염가를 측정하였는데 PERV-A 보다 재조합 바이러스가 10배 이상 높은 감염가를 나타내었다. 이러한 연구 결과는 PERV-C의 C-말단 막당단백질에 존재하는 양친매성 부위가 재조합 바이러스의 높은 감염가에 관여한 것으로 판단된다.