• 한국환경성돌연변이발암원학회지
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• 제9권1호
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• pp.13-22
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• 1989

The effect of novobiocin (NOV), and inhibitor of topoisomerase II, on ethyl methanesulfonate (EMS)-or bleomycin (BLM)-induced DNA repair synthesis was examined during the cell cycle of Chinese hamster ovary (CHO)-K1 cells. Three assays were employed in this study: cell survival, alkaline elution and unscheduled DNA synthesis. EMS was effective at killing CHO cells in G1 phase, wheras BLM preferentially killed cells in G2 and S phases. EMS induced the much more amount of DNA damage in G1 phase, while BLM induced in G2 phase than the other phases. The both of pre- and post-treatment with BOV inhibitied EMS- or BLM-induced DNA repair synthesis in G1 and G2 phases, and pretreatment with NOV inhibited more effectively than the post-treated group. These results suggested that CHO cells exhibited a differential sensitivity to cell lethality and DNA damage in relation to cell cycle according to used chemical agents, and that DNA topoisomerase II participated in an initial stage of DNA repair.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제32권2호
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• pp.281-290
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• 2002

The purpose of this study is to develop species-specific DNA probe for detection and identification of Prevotella intermedia (P. intermedia) G8-9K-3. This study procedure includes (1) whole-genomic DNA extraction of P. intermedia G8-9K-3 (2) construction of the genomic DNA library, (3) screening of strain-specific DNA probe by reverse dot hybridization, (4) confirmation of strain-specific DNA probe by Southern blot hybridization, (5) determination of nucleotide sequences of strain-specific DNA probe. Twenty-eight recombinant plasmids containing Hind III-digested DNA fragments of P. intermedia G8-9K-3 were obtained. Reverse Dot Hybridization and Southern blot analysis data showed that one of them, Pig3, could be P. intermedia G8-9K-3-specific DNA probe. This datum indicates that this Pig3 DNA probe could be useful in detection and identification of the P. intermedia G8-9K-3 strain.

• 한국연초학회지
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• 제37권1호
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• pp.25-33
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• 2015

Genome walking is a par ticular application for identifying sequences of unknown genomic regions adjacent to a known region. Many genome walking methods based on polymerase chain reaction (PCR) are available. Even if earlier techniques suffer from low reproducibility, inefficiency, and non-specificity, improved strategies have been developed. In this study, we present an alternative strategy: the genomic DNA is digested with restriction enzymes. After cytosine overhangs at 5' ends, the fragments are ligated to linker adaptor s had guanine overhang at 3' ends. Then nested PCR is performed. The improvements in this strategy focus on two points. The first is the C tailing method using Pfu polymerase instead of the A tailing method based on nontemplate-dependent terminal transferase activity of Taq polymerase. Therefore unintended modification of target DNA can be prevented without A tailing error. The second point is the use of C/G-specific ligation had advantage in the ligation efficiency compared with A/T-specific ligation. Therefore, the C-G linker PCR method increases ligation efficiency between digested genomic DNA and adaptor DNA. As a result, the quantity of target DNA to amplify by PCR is enriched. We successfully used G-C linker PCR to retrieve flanking regions bordering the phophinothricin resistance gene in genetically modified tobacco (GMO).

• 생명과학회지
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• 제13권3호
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• pp.241-247
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• 2003

DNA 손상 유발을 위해 cisplatin, mitomycin 그리고 adriamycin을 농도별로 처리하여 세포독성 효과 및 세포주기 분포를 조사하였다. 이들 약제중 adriamycin의 감수성이 가장 높았으며 특히 $Ku80^{-/-}MEFs$가 현저한 세포독성 감수성 효과를 나타내었다. DNA 회복과 관련된 S phase의 분포도를 알아보기 위하여 adriamycin을 처리한 결과 DNA-$PKcs^{-/-}MEFs$와 $Ku80^{-/-}MEFs$ 모두에서 S phase는 대조군과 비슷하게 나타났다. 그리고 DNA$PKcs^{-/-}MEFs$에 adriamycin 처리시 6시간 경과 후 $G_2$/M phase가 증가되었으나 30시간 경과시 정상으로 회복되었다. 그러나 $Ku80^{-/-}MEFs$는 6시간 경과 이후 36시간 경과시 까지 $G_2$/M phase가 지속적으로 증가하다 결국 사멸되었다. 따라서 Ku80는 세포주기 조절 유전자의 발현을 위해 필수적인 단백질이며 Ku80의 결핍은 $G_2$M phase에서 다음 단계로의 세포주기 변화를 상실하여 사멸하게 된다. 그러므로 $Ku80^{-/-}MEFs$가 대조군과 다른 반응을 나타내는 것은 DNA 회복정도의 차이에서 오는 것이 아니라 세포주기 조절유전자 발현의 차이에서 오는 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제14권4호
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• pp.627-635
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• 2004

주문진 근해의 동해산 넙치, 통영과 거제의 양식산 넙치, 그리고 북한 해역의 동해산 넙치를 이용하여 넙치 ND-4와 cytochrome b유전자의 다양성을 관찰하기 위하여 DGES와 DNA 염기서열 검색을 병행하였는데, 각각의 다른 지역에서 얻은 넙치들은 ND-4-2와 ND-4-3 영역에서 특징적인 DNA 다양성이 있었으나 넙치의 cytochrome b유전자에서는 지역간의 차이를 보이는 유전자 변이가 발견되지 않았다. 따라서 본 연구에서 넙치의 지역별 차이를 구별하는 원산지 판별에는 사용된 DGES와 DNA 염기서열 검색 방법이 효과적이었으며, 넙치의 유전자에서는 개체간의 변이가 ND-4-2와 ND-4-3 영역에서 구별되는 유전자 다양성이 관찰되었으므로, 넙치의 원산지 판정을 위한 유전자 검사에는 ND-4-2와 ND-4-3영역의 검색이 필요하다.

• Interdisciplinary Bio Central
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• 제1권1호
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• pp.4.1-4.7
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• 2009

Introduction: Histone modifications and DNA methylation are the major factors in epigenetic gene regulation. Especially, revealing how histone modifications are related to DNA methylation is one of the challenging problems in this field. In this paper, we address this issue and propose several plausible mechanisms for precise controlling of DNA methylation status at CpG islands. Materials and Methods: To establish the regulatory relationships, we used 38 histone modification types including H2A.Z and CTCF, and DNA methylation status at CpG islands across chromosome 6, 20, and 22 of human CD4+ T cell. We utilized Bayesian network to construct regulatory network. Results and Discussion: We found several meaningful relationships supported by previous studies. In addition, our results show that histone modifications can be clustered into several groups with different regulatory properties. Based on those findings we predicted the status of methylation level at CpG islands with high accuracy, and suggested core-regulatory network to control DNA methylation status.

• 대한화장품학회지
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• 제48권1호
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• pp.33-38
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• 2022

자외선인 ultraviolet B (UVB)는 피부각질세포의 DNA 잔기에 손상을 준다. 특히, DNA의 pyrimidine 잔기 손상인 cyclobutane pyrimidine dimers (CPD)의 형성은 피부 광노화의 대표적인 지표로 여겨진다. 본 연구에서는 피부 각질세포에서 UVB에 의한 DNA 손상을 완화 시키는 소재로 감초추출물(Glycyrrhiza glabra extract, G. glabra extract)의 효능을 확인하였다. 먼저 피부각질세포에서 UVB 의존적으로 CPD형성이 증가하는 것을 확인하였다. 이후 감초추출물에 의해 UVB 유발 CPD 형성이 유의하게 줄어드는 것을 확인할 수 있었다. 추가로 DNA 손상회복 인자의 mRNA 발현이 감초추출물에 의해 증가하는 것도 확인하였다. 결론적으로 본 연구를 통해 감초추출물의 피부각질세포에서의 DNA 보호 효과를 확인할 수 있었다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제46권5호
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• pp.545-551
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• 2017

울금은 간질환, 기관지염, 폐질환 및 심장질환에 효과적인 식물로 알려져 있으며, 항산화 및 세포보호에도 작용하는 것으로 알려져 있다. 이러한 울금을 아세톤, 에탄올, 메탄올 등으로 추출하여 울금에 함유된 총 폴리페놀 함량(TPC) 및 DPPH 라디칼 소거능, SOD 유사활성 등의 항산화력 그리고 comet assay를 이용한 DNA 손상억제 효능 및 회복능을 분석하고자 하였다. 그 결과 TPC는 울금의 메탄올 추출물($11.17{\pm}0.00g\;GAE/100g$), 아세톤 추출물($1.45{\pm}0.00g\;GAE/100g$), 에탄올 추출물($1.17{\pm}0.02g\;GAE/100g$)의 순으로 나타나 메탄올 추출물에 가장 많은 폴리페놀이 함유된 것으로 나타났다. 항산화력을 분석한 DPPH 라디칼 소거능 및 SOD 유사활성 분석 결과 역시 메탄올 추출물이 가장 강력한 활성을 보였으며, 그다음으로 에탄올, 아세톤 추출물의 순으로 나타났다. Comet assay를 이용한 DNA 손상 억제력을 분석한 결과 모든 추출물 처리구가 추출물을 처리하지 않은 positive control(PC)에 비해 유의적인 DNA 손상 억제력을 보였으며, $ED_{50}$값 분석 결과 메탄올 추출물이 $86.7{\mu}g/mL$, 아세톤 추출물이 $110.0{\mu}g/mL$, 에탄올 추출물이 $115.8{\mu}g/mL$의 순으로 나타나 메탄올 추출물의 활성이 가장 높은 것으로 나타났다. 울금 추출물 처리 4, 8, 12시간 후의 DNA 손상 회복력을 분석한 결과, negative control(NC)의 경우 시간 경과에 따른 회복 능력 변화가 크지 않았으나 추출물 처리구에서는 1시간 후 증가한 DNA 손상이 시간 의존적으로 회복되는 것을 확인하였으며, 특히 12시간 후의 회복 수준은 NC와 동일한 수준임을 확인할 수 있었다. 추출물을 처리하지 않은 NC에 대한 추출물 처리구의 DNA repair half time을 분석한 결과, PC가 9.5시간으로 가장 오랜 시간이 걸린 데 반해 메탄올 추출물이 6.6시간, 아세톤 추출물이 7.1시간, 에탄올 추출물이 7.6시간으로 메탄올 추출물이 DNA 손상 회복에 가장 짧은 시간이 소요되는 것으로 나타났다. 결론적으로 본 연구를 통해 아세톤, 에탄올, 메탄올 등의 용매를 이용한 울금 추출물의 항산화 활성, DNA 손상 억제 및 회복활성을 확인하였다. 추출용매에 따른 활성비교에서는 메탄올 추출물에서 가장 높은 활성이 나타났으므로 메탄올이 울금의 폴리페놀을 비롯한 항산화물 추출에 가장 효율적인 용매라는 것을 알 수 있었다. 그러나 본 연구에서는 항산화력을 가진 대표물질인 폴리페놀 성분만을 분석하여 폴리페놀 중 어떤 성분이 항산화력에 영향을 보인 것인지 알 수 없으므로, 차후 연구에서는 용매별 항산화물 성분 분석을 통해 항산화력 및 항유전독성 효과에 기인하는 물질이 무엇인지 근거가 뒷받침되어야 할 것으로 판단된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권1호
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• pp.72-76
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• 2017

Detection of exon 19 deletion mutation in the epidermal growth factor receptor (EGFR) gene, which results in increased and sustained phosphorylation of EGFR, is important for diagnosis and treatment guidelines in non-small-cell lung cancer. Here, we have developed a simple and convenient detection system using the interaction between G-quadruplex and fluorophore thioflavin T (ThT) for discriminating EGFR exon 19 deletion mutant DNA from wild type without a label and quencher. In the presence of exon 19 deletion mutant DNA, the probe DNAs annealed to the target sequences were transformed into G-quadruplex structure. Subsequent intercalation of ThT into the G-quadruplex resulted in a light-up fluorescence signal, which reflects the amount of mutant DNA. Due to stark differences in fluorescence intensity between mutant and wild-type DNA, we suggest that the induced G-quadruplex structure in the probe DNA can report the presence of cancer-causing deletion mutant DNAs with high sensitivity.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제6권
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• pp.39-41
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• 1966

가잠(용체), 멧뚜기 2종 및 지주 1종에서 각각 정소를 적출하여 DNA를 순수분리하고 DNA염기를 정량분석하여 다음과 같은 결과를 얻었다. (1) 가잠(용체) 및 멧뚜기 류의 정소 DNA의 A+T/G+C 비는 각각 1.72, 1.67로서 이 염기화는 게(해)정소 DNA의 그것과 거의 같고 새우의 것과는 다르다. (2) 지주정소 DNA의 A+T/G+C 비는 1.57로서 게(해)와 비슷하다. (3) 곤충 및 지주 정소 DNA에서 methylcystosine을 발견못하였다.