Kang, Byeonggeun;Kang, Byunghee;Roh, Tae-Young;Seong, Rho Hyun;Kim, Won
Molecules and Cells
/
제45권5호
/
pp.343-352
/
2022
The advent of the assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq) has shown great potential as a leading method for analyzing the genome-wide profiling of chromatin accessibility. A comprehensive reference to the ATAC-seq dataset for disease progression is important for understanding the regulatory specificity caused by genetic or epigenetic changes. In this study, we present a genome-wide chromatin accessibility profile of 44 liver samples spanning the full histological spectrum of nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD). We analyzed the ATAC-seq signal enrichment, fragment size distribution, and correlation coefficients according to the histological severity of NAFLD (healthy control vs steatosis vs fibrotic nonalcoholic steatohepatitis), demonstrating the high quality of the dataset. Consequently, 112,303 merged regions (genomic regions containing one or multiple overlapping peak regions) were identified. Additionally, we found differentially accessible regions (DARs) and performed transcription factor binding motif enrichment analysis and de novo motif analysis to determine new biomarker candidates. These data revealed the gene-regulatory interactions and noncoding factors that can affect NAFLD progression. In summary, our study provides a valuable resource for the human epigenome by applying an advanced approach to facilitate diagnosis and treatment by understanding the non-coding genome of NAFLD.
Yoon Sunwoo;Soo Hyun Seo;Ho-Joong Kim;Moon Seok Park;Anna Cho
Journal of Genetic Medicine
/
제19권2호
/
pp.111-114
/
2022
Many monogenic neurodevelopmental disorders have been newly identified in recent years owing to the rapid development of genetic sequencing technology. These include variants of the epigenetic machinery - up to 300 known epigenetic factors of which about 50 have been linked to specific clinical phenotypes. Chromodomain, helicase, DNA binding 1 (CHD1) is an ATP-dependent chromatin remodeler, known to be the causative gene of the autosomal dominant neurodevelopmental disorder Pilarowski-Bjornsson syndrome. Patients exhibit various degrees of global developmental delay, autism, speech apraxia, seizures, growth retardation, and craniofacial dysmorphism. We report the first case of Pilarowski-Bjornsson syndrome in Korea, due to a de novo missense variant of the CHD1 gene (c.862A>G, p.Thr288Ala) in a previously undiagnosed 17-year-old male. His infantile onset of severe global developmental delay, intellectual disability, speech apraxia, and failure to thrive are compatible with Pilarowski-Bjornsson syndrome. We also noted some features not previously reported in this syndrome such as skeletal dysplasia and ichthyosis. Further studies are needed to discover the specific phenotypes and pathogenic mechanisms behind this rare disorder.
Comparative gene identification-58 (CGI-58) is an activating protein of triacylglycerol (TAG) lipase. It has a variety of catalytic activities whereby it may play different roles in diverse organisms. In this study, a homolog of CGI-58 in Phaeodactylum tricornutum (PtCGI-58) was identified. PtCGI-58 was localized in mitochondria by GFP fusion protein analysis, which is different from the reported subcellular localization of CGI-58 in animals and plants. Respectively, PtCGI-58 overexpression resulted in increased neutral lipid content and TAG accumulation by 42-46% and 21-32%. Likewise, it also increased the relative content of eicosapentaenoic acid (EPA), and in particular, the EPA content in TAGs almost doubled. Transcript levels of genes involved in de novo fatty acid synthesis and mitochondrial β-oxidation were significantly upregulated in PtCGI-58 overexpression strains compared with wild-type cells. Our findings suggest that PtCGI-58 may mediate the breakdown of lipids in mitochondria and the recycling of acyl chains derived from mitochondrial β-oxidation into TAG biosynthesis. Moreover, this study potentially illuminates new functions for CGI-58 in lipid homeostasis and provides a strategy to enrich EPA in algal TAGs.
Metformin is the most widely used anti-diabetic drug that helps maintain normal blood glucose levels primarily by suppressing hepatic gluconeogenesis in type II diabetic patients. We previously found that metformin induces apoptotic death in H4IIE rat hepatocellular carcinoma cells. Despite its anti-diabetic roles, the effect of metformin on hepatic de novo lipogenesis (DNL) remains unclear. We investigated the effect of metformin on hepatic DNL and apoptotic cell death in H4IIE cells. Metformin treatment stimulated glucose consumption, lactate production, intracellular fat accumulation, and the expressions of lipogenic proteins. It also stimulated apoptosis but reduced autophagic responses. These metformin-induced changes were clearly reversed by compound C, an inhibitor of AMP-activated protein kinase (AMPK). Interestingly, metformin massively increased the production of reactive oxygen species (ROS), which was completely blocked by compound C. Metformin also stimulated the phosphorylation of p38 mitogen-activated protein kinase (p38MAPK). Finally, inhibition of p38MAPK mimicked the effects of compound C, and suppressed the metformin-induced fat accumulation and apoptosis. Taken together, metformin stimulates dysregulated glucose metabolism, intracellular fat accumulation, and apoptosis. Our findings suggest that metformin induces excessive glucose-induced DNL, oxidative stress by ROS generation, activation of AMPK and p38MAPK, suppression of autophagy, and ultimately apoptosis.
Gurocak, Simay;Karabulut, Ercan;Karadag, Nese;Ozgor, Dincer;Ozkeles, Neslihan;Karabulut, Aysun Bay
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
/
제14권4호
/
pp.2367-2370
/
2013
Background: In recent years, due to modern lifestyles and exposure to chemical carcinogens, cancer cases are steadily increasing. From this standpoint, azoxymethane (AOM), a chemical carcinogen which causes de novo liver damage, and resveratrol, which is an antioxidant found in foods and protects against oxidative stress damage, are of interest. We here aimed to evaluate whether resveratrol could protect the liver tissues from the effects of AOM. Materials and Methods: The study was conducted in 4 groups, each consisting of seven rats, the first receiving only AOM (2 times per week, 5 mg/kg), group 2 AOM and resveratrol (2 times a week, 20 mg/kg), group 3 assessed only as a control and group 4 administered only resveratrol. At the end of the seventh week, the rats were sacrificed. Rat liver MDA, NO, GSH levels were analyzed biochemically, as well as the tissues being evaluated histopathologically. Results: MDA and NO increased in AOM group as signs of increased oxidative stress. The group concomitantly administered resveratrol was been found to be significantly decreased in MDA and NO levels and increased in GSH activity. However, there were no significant findings on histopathological evaluation. Conclusions: In the light of these results, resveratrol appears to exert protective effect on oxidative s tress in the liver tissue due to deleterious effects of chemical carcinogens.
Objectives : Atopic dermatitis is an irritable skin disease accompanying rash and itching leading to impaired skin barrier. ATO-ALL is an ethanol extract of natural products comprising 12 herbs and effective on atopic dermatitis. In this study, we aimed to propose that the effect of ATO-ALL on skin regeneration in human keratinocyte cell line, HaCaT cells. Methods : To evaluate the skin regenerating effects of ATO-ALL, scratch wound healing assay, bromodeoxyuridine (BrdU) assay, and propidum iodide (PI) assay were performed using cultured HaCaT cell line. Result : Scratch wound healing assay showed that ATO-ALL was able to enhance the gap filling activity more than 2-fold at 7 ppm concentration compared with control group. BrdU assay demonstrated that ATO-ALL treatment increased the de novo cell proliferation in a dose-dependent manner. Finally, PI assay indicated that the cell cycle of HaCaT cells was modulated by ATO-ALL treatment. Conclusions : These results suggested that ATO-ALL may have skin regenerating effects by increasing cell proliferation via cell cycle regulation. Taken together, ATO-ALL is supposed to have a potential on regeneration of damaged skin or functional disease including atopic dermatitis.
Assem, Magda M;Osman, Ahmed;Kandeel, Eman Z;Elshimy, Reham AA;Nassar, Hanan R;Ali, Radwa E
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
/
제17권10호
/
pp.4699-4711
/
2016
Background: In the last decade, it has become clear that change of gene expression may alter the hematopoietic cell quiescent state and consequently play a major role in leukemogenesis. WT1 is known to be a player in acute myeloid leukemia (AML) and FOXP3 has a crucial role in regulating the immune response. Objectives: To evaluate the impact of overexpression of WT1and FOXP3 genes on clinical course in adult and pediatric AML patients in Egypt. Patients and methods: Bone marrow and peripheral blood samples were obtained from 97 de novo non M3 AML patients (63 adult and 34 pediatric). Real-time quantitative PCR was used to detect overexpression WT1 and FOXP3 genes. Patient follow up ranged from 0.2 to 39.0 months with a median of 5 months. Results: In the pediatric group; WT1 was significantly expressed with a high total leukocyte count median 50X109/L (p=0.018). In the adult group, WT1 had an adverse impact on complete remission induction, disease-free survival and overall survival (p=0.02, p=0.035, p=0.019 respectively). FOXP3 overexpression was associated with FAB subtypes AML M0 +M1 vs. M2, M4+M5 (p =0.039) and the presence of hepatomegaly (p=0.005). Conclusions: WT1 and FOXP3 overexpression has an adverse impact on clinical presentation, treatment response and survival of pediatric and adult Egyptian AML patients.
Adipose tissue is one of the major endocrine gland. More recently, local production of steroids in adipocytes differentiated from mouse 3T3-L1 cell-line was reported. We hypothesized that rat adipocytes have steroidogenic machinery and the expression patterns of the components might be differentially regulated, depending on the distribution and sex. To verify this hypothesis, we collected the adipose tissues depot-and sex-specifically at postnatal day (PND) 30, and performed quantitative RT-PCRs. In overall aspects, the abundances of the transcripts were lower in the brown adipose of both sexes. $3{\beta}-HSD$ transcript levels in female abdominal and reproductive adipose, CYP17 transcript levels in female reproductive adipose, $17{\beta}-HSD$ transcript levels in female abdominal and reproductive adipose, and CYP19 transcript levels in female abdominal adipose were significantly lower than those of male counterparts. Similar to steroidogenic factors, the abundance of the $ER-{\alpha}$ transcripts were generally lower in the brown adipose of both sexes. $ER-{\beta}$ transcripts were more abundant in male white adipose depots than their female counterparts. The levels of LHR transcripts in female reproductive adipose were significantly higher than those of male counterpart. In conclusion, our study demonstrated that the expressions of steroidogenesis-related genes were depot- and sex-specifically occurred in the immature male and female rat adipose tissues. Our study suggested that the adipose tissues are not only targets but de novo synthesizing sites of sex steroid(s), though the synthesizing activities could be much less than in gonads. Further researches in this field will be helpful for understanding the adipose physiology and for medical application such as sex-specific steroid supplement therapies for older populations.
PineXol, extracted from Korean red pine bark, has beneficial effects, such as antioxidant, antiinflammatory, and antilipogenic activities in vitro. We tested the hypothesis that PineXol supplementation could have anti-obesity effects on mice fed a high-fat diet (HFD). Four-week-old male C57BL/6 mice were fed normal chow (18% kcal from fat) or a HFD (60% kcal from fat). HFD-fed animals were also subjected to PineXol treatment at a dose of 10 or 50 mg/kg body weight (BW) (PX10 or PX50, respectively) body weight. The body weight and body fat mass in the PX50 group were statistically lower than those in the HFD group (p < 0.05 and p < 0.001, respectively). The concentration of hepatic triglycerides, total cholesterol, and low-density lipoprotein cholesterol were reduced in the PX50 group compared with the HFD group (p < 0.01). Acetyl CoA carboxylase (p < 0.01), elongase of very long chain fatty acids 6 (p < 0.01), stearoyl CoA desaturase 1 (p < 0.05), microsomal triglyceride transfer protein (p < 0.01), and sterol regulatory element-binding protein 1 (p < 0.05) were significantly decreased in the PX50 group compared with that in the HFD group. In white adipose tissue, CCAAT-enhancer-binding protein alpha (p < 0.05), peroxisome proliferator-activated receptor gamma (p < 0.001), and perilipin (p < 0.01) were decreased in the PX50 group compared with those in the HFD group. Therefore, the current study implies the potential of PineXol for the prevention and/or amelioration of obesity, in part by inhibition of both hepatic lipid synthesis and adipogenesis in white adipose tissue.
Background:Clozapine is a unique atypical antipsychotic medication. It is considered to be superior, even amongst the newer agents, in treatment-resistant schizophrenia. However, de novo emergence or exacerbation of obsessive-compulsive(OC) symptoms during treatment with clozapine has been reported. We prospectively evaluated 19 cases which newly developed OC symptoms during clozapine treatment and discussed the treatment of OC symptoms induced by it. Methods:We recruited 19 patients(8 males, 11 females) with a DSM-IV diagnosis of schizophrenia and schizoaffective disorder who had developed OC symptoms during clozapine treatment. OC symptoms were assessed using the Padua-ICMA and YBOCS on a monthly basis over three months. Results:Eleven female and eight male patients were enrolled and the average age of patients was 32.8 years. At baseline, no patients showed OC symptoms. Moderate to severe OC symptoms appeared with mean daily dose of 298.68 mg of clozapine. There were no significant differences in improving OC symptoms between the clozapine dose reduction group and the OC treatment group. Conclusion:We noticed the possibility that the appearance of OC symptoms is connected with the effect of clozapine. The clozapine-induced OC symptoms were improved both by reducing clozapine daily doses, and by adding OC treatment drugs. With other atypical antipsychotics now available, to know and treat the side effects of clozapine would be of considerable value, offering clinical guidance in making a decision on treatment-resistant schizophrenia.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.