• 정보과학회 논문지
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• 제43권7호
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• pp.736-743
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• 2016

멀티코어 시스템에서 코어 친화도가 네트워크 I/O 성능에 미치는 영향은 다양한 연구들을 통해 관찰 되었다. 점차 고속화되는 네트워크 연결의 발전에 따라 효율적인 코어 친화도 정책은 중요한 성능 요소가 될 수 있다. 미들웨어 수준의 동적 코어 친화도 프레임워크는 네트워크와 디스크 I/O를 함께 고려한 코어 친화도 정책을 제안하였지만 다중 큐에 대한 고려는 이루어지지 않았다. 본 논문에서는 기존 동적 코어 친화도 프레임워크에 사용된 알고리즘을 다중 큐를 지원하기 위한 구조로 확장하고, 40 기가비트 이더넷과 NVMe 디바이스를 장착한 시스템에서 파일 업로드 성능을 분석한다. 실험 결과 다중 큐를 지원하기 위한 동적 코어 친화도는 하둡 분산 파일 시스템의 파일 업로드 처리량을 최대 32% 향상시켰으며 매니코어 시스템에서 더 나은 확장성을 제공할 수 있음을 확인하였다. 또한 다중 큐 조합에 따른 성능 영향에 대해 분석하여 다중 큐 분배 조합을 위해 고려해야 할 성능 요소들에 대해 논의한다.

• 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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• 제2권2호
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• pp.131-136
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• 2013

멀티코어 프로세서는 다수의 컴퓨팅 코어를 제공해줌으로써 응용 프로세스들의 병렬성을 증대시키고 전체 시스템의 처리율을 크게 향상시켜주고 있다. 최근 멀티코어의 구조적인 특징에 의해서 프로세서 친화도에 따른 네트워크 I/O 성능 차이를 관찰하고, 많은 연구자들이 최적의 프로세서 친화도를 결정하기 위한 연구를 진행하고 있다. 기존의 동적 프로세서 친화도 결정 기법은 응용 프로그램의 수정과 시스템 사양 변경에 투명하게 대처할 수 있으나, 각 응용 프로그램의 고유 특성과 경험을 통해서 수집할 수 있는 정보를 충분히 얻을 수 없다는 제한사항이 있다. 따라서 최적의 프로세서 친화도를 제공하기 어렵다. 본 연구는 프로세서 친화도 결정을 위해서 의미 있는 시스템 변수를 획득하고 최적의 친화도 결정을 지원하기 위한 도구를 제안한다. 구현된 도구는 동적 친화도 결정에 활용되어 그 한계를 극복하고 더 높은 네트워크 대역폭을 제공할 수 있음을 보인다.

• 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지
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• 제23권1호
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• pp.80-84
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• 2017

기존의 운영체제는 매니코어 시스템에서 코어 수의 증가에 따른 확장성 문제를 보였다. 특히 네트워크 I/O 관점에서 코어가 많아질수록 기존의 운영체제가 가지는 캐시 일관성 비용, lock 오버헤드 등의 문제들은 네트워크 성능을 저하시키는 주된 요인이 된다. 많은 연구들이 마이크로커널과 같은 새로운 운영체제 구조를 제안하거나 커널 수준의 변경을 통해 이러한 문제를 해결하고자 하였다. 그러나 이러한 해결책들은 이미 구현된 수많은 응용을 지원할 수 없다는 단점이 있다. 본 논문에서는 커널이나 응용 수준의 변경 없이 사용자 문맥과 시스템 호출 문맥을 분리시키고 코어 친화도를 적용하여 네트워크 성능을 향상시킬 수 있는 라이브러리를 제안한다. 구현된 시스템은 Apache를 통해 네트워크 처리량을 약 30% 향상시킬 수 있음을 보인다.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2002년도 추계학술대회
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• pp.159-161
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• 2002

Bacteriophage lambda integrase carries out the site-specific recombination of lambda. Integrase contains two DNA binding domains with distinct sequence specificity, namely arm-type binding and core-type binding domains. The amino-terminal arm-binding domain is structurally related to the three-stranded $\beta-sheet$ family of DNA-binding domains. Integrase binding to the high affinity arm-type site by the amino-terminal domain facilitates Int binding to the low affinity core-type site, where the cleavage and strand exchange occurs. The amino-terminal domain of Int also modulates the core-binding and catalysis through intramolecular domain-domain interaction and/or intermolecular interactions between Int monomers. In addition, the amino-terminal domain interacts cooperatively with excisionase during excision. This indicates that amino-terminal domain of Int plays an important role in formation of proper higher-order nucleoprotein structure required for lambda site-specific recombination.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2012년도 추계학술발표대회
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• pp.204-206
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• 2012

SMP(Symmetric Multi-Processing)는 Shared memory bus 를 사용함으로써 scalability 가 제한적이었다. 이런 SMP의 scalability 제한을 극복하기 위해 제안 된 것이 NUMA(Non Uniform Memory Access)이다. NUMA는 memory bus 를 CPU 별 local 하게 가지고 있어 자신이 가지는 memory 영역에 대해서는 다른 영역을 접근하는 것 보다 더 빠른 latency 를 가지는 구조이다. Local 한 memory 영역의 존재는 scalability를 높여 주었지만 서버 가상화 환경에서 VM을 동적으로 scheduling 을 하였을 때 VM의 page 가 실행되는 core 의 local 한 메모리 영역에 존재하지 않게 되면 remote access로 인해 local access보다 성능이 떨어진다. 이 논문에서는 서버 가상화 환경에서 최신 architecture인 AMD bulldozer에서 NUMA affinity가 위반되었을 때 발생하는 성능 저하와 어떤 상황에서 이런 NUMA affinity가 위반되어도 성능저하가 없는지 연구하였다.

• Mass Spectrometry Letters
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• 제9권2호
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• pp.51-55
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• 2018

Capture of non-glycoproteins during lectin affinity chromatography is frequently observed, although it would seem to be anomalous. In actuality, lectin affinity chromatography works at post-translational modification (PTM) sites on a glycoprotein which is not involved in protein-protein interactions (PPIs). In this study, serial affinity column set (SACS) using lectins followed by proteomics methods was used to identify PPI mechanisms of captured proteins in human plasma. MetaCore, STRING, Ingenuity Pathway Analysis (IPA), and IntAct were individually used to elucidate the interactions of the identified abundant proteins and to obtain the corresponding interaction maps. The abundant non-glycoproteins were captured with the binding to the selected glycoproteins. Therefore, depletion process in sample pretreatment for abundant protein removal should be considered with more caution because it may lose precious disease-related low abundant proteins through PPIs of the removed abundant proteins in human plasma during the depletion process in biomarker discovery. Glycoproteins bearing specific glycans are frequently associated with cancer and can be specifically isolated by lectin affinity chromatography. Therefore, SACS using Lycopersicon esculentum lectin (LEL) can also be used to study disease interactomes.

• 한국정보통신학회:학술대회논문집
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• 한국정보통신학회 2013년도 춘계학술대회
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• pp.65-67
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• 2013

최근의 네트워크 장비들은 고성능이 요구되고, 또한 높은 네트워크 대역폭의 활용을 요구하고 있다. 이를 위해 점차 멀티 코어 프로세서를 사용한 고성능 네트워크 서버 장비를 개발 하는 추세이다. 이런 고성능과 높은 네트워크 처리율을 향상시키기 위한 방법으로 멀티 코어의 특성을 고려한 네트워크 서브시스템의 성능을 향상시키는 방법을 제시한다. 본 논문에서는 멀티 코어를 최대한 활용함으로 성능을 최적화 하고 통신 성능을 향상시키는 방법을 실험을 통해서 확인한다. 통신 프로세스의 성능 향상은 멀티 코어 프로세서 구조, 프로세스의 네트워크 집중도, 각 코어에 걸리는 오버헤드, 인터럽트 친화도에 따른 네트워크 처리량을 기반으로 해당 프로세스에 최적의 코어를 결정해 주도록 한다. 실험은 리눅스 커널에서 구현하였으며, 실험을 통해 네트워크 처리량을 30%까지 향상 시키고, 프로세서의 오버헤드는 최대 10%까지 줄여 리눅스 통신 프로세스의 성능 향상을 가져옴을 보여준다.

• Preventive Nutrition and Food Science
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• 제4권2호
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• pp.145-151
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• 1999

Apolipoprotein B-100 (apo B-100) is an important component in plasma low density lipoproteins (LDL). It function as the ligand for the LDL receptor in peripheral cells. The LDLs are removed from the circulation by both high-affinity receptor-mediated and receptor-independant pathways. LDLs are heterogeneous in their lipid content, size and density and certain LDL subspecies increase risk of atherosclerosis due to differences in the conformation of apo B in the particle. In the present study , surface and core peptide fraction of Apo B-100 have been characterized by comparing peptide-mapping and fluorescence spectroscopy. Surface fragments of apo B-100 were generated by digestion of LDL with either trypsin , pronase, or pancreatin elastase. Surface fractions were fractionated on a Sephadex G-50 column. The remaining core fragments were delipidated and redigested with the above enzymes, and the resulting core peptides were compared with surface peptides. Results from peptide-mapping by HPLC showed pronase-digestion was more extensive than trypsin -digestion to remove surface peptide fraction from LDL. Fluorescence spectra showed that core fractions contained higher amount of tryptophan than surface fractions, and it indicated that core fraction wa smore hydrophobic than surface fractions. A comparison of the behavior of the core and surface provided informations about the regions of apo B-100 involved in LDL metabolism and also about the structural features concerning the formation of atherosclerosis.

• BMB Reports
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• 제40권1호
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• pp.82-87
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• 2007

Our heterologous expression system of the human ferritin H-chain gene (hfH) allowed us to characterize the cellular effects of ferritin in yeasts. The recombinant Saccharomyces cerevisiae (YGH2) evidenced impaired growth as compared to the control, which was correlated with ferritin expression and with the formation of core minerals. Growth was recovered via the administration of iron supplements. The modification of cellular iron metabolism, which involved the increased expression of high-affinity iron transport genes (FET3 and FTR1), was detected via Northern blot analysis. The findings may provide some evidence of cytosolic iron deficiency, as the genes were expressed transcriptionally under iron-deficient conditions. According to our results examining reactive oxygen species (ROS) generation via the fluorescence method, the ROS levels in YGH2 were decreased compared to the control. It suggests that the expression of active H-ferritins reduced the content of free iron in yeast. Therefore, present results may provide new insights into the regulatory network and pathways inherent to iron depletion conditions.

• Molecules and Cells
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• 제20권2호
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• pp.297-302
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• 2005

The integrity and proper functioning of telomeres require association of telomeric DNA sequences with specific binding proteins. We have characterized PLP-1, a $PUR{\alpha}$ homolog encoded by F45E4.2, which we previously identified as a candidate double stranded telomere binding protein, by affinity chromatography followed by mass spectrometry. PLP-1 bound double-stranded telomeric DNA in vitro as shown by competition assays. Core binding was provided by the third and fourth nucleotides of the TTAGGC telomeric repeat. This is quite different from the binding sequence of CEH-37, another C. elegans telomere binding protein, suggesting that multiple proteins may bind nematode telomeric DNA simultaneously in vivo.