• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제24권7호
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• pp.1019-1025
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• 2011

Toll-like receptors (TLRs) play an important role in the recognition of invading pathogens and the modulation of innate immune responses in mammals. The TLR4 and TLR7 are well known to recognize the bacterial lipopolysaccharide (LPS) and single stranded (ssRNA) ligands, respectively and play important role in host defense against Gram-negative bacteria and ssRNA viruses. In the present study, coding exon fragments of these two TLRs were identified, cloned, sequenced and analyzed in terms of insertion-deletion polymorphism, within bovine TLRs 4 and 7, thereby facilitating future TLR signaling and association studies relevant to bovine innate immunity. Comparative sequence analysis of TLR 4 exons revealed that this gene is more variable, particularly the coding frame (E3P1), while other parts showed percent identity of 95.7% to 100% at nucleotide and amino acid level, respectivley with other Bos indicus and Bos taurus breeds from different parts of the world. In comparison to TLR4, sequence analysis of TLR7 showed more conservation among different B. indicus and B. taurus breeds, except single point mutation at 324 nucleotide position (AAA to AAM) altering a single amino acid at 108 position (K to X). Percent identity of TLR7 sequences (all 3 exons) was between 99.2% to 100% at nucleotide and amino acid level, when compared with available sequence database of B. indicus and B. taurus. Simple Modular Architecture Research Tool (SMART) analysis showed variations in the exon fragments located in the Leucine Rich Repeat (LRR) region, which is responsible for binding with the microbial associated molecular patterns and further, downstream signaling to initiate anti-microbial response. Considering importance of TLR polymorphism in terms of innate immunity, further research is warranted.

• Molecules and Cells
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• 제25권1호
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• pp.112-118
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• 2008

Laccases are multicopper-containing oxidases that catalyze the oxidation of many aromatic compounds with concomitant reduction of oxygen to water. Interest in this enzyme has arisen in many fields of industry, including detoxification, wine stabilization, paper processing, and enzymatic conversion of chemical intermediates. In this study, we cloned a laccase gene (GLlac1) from the white-rot fungus Ganoderma lucidum. The cloned gene consists of 4,357 bp, with its coding region interrupted by nine introns, and the upstream region has putative CAAT and TATA boxes as well as several metal responsive elements (MREs). We also cloned a full-length cDNA of GLlac1, which contains an uninterrupted open reading frame (ORF) of 1,560 bp coding for 520 amino acids with a putative 21-residue signal sequence. The DNA and deduced amino acid sequences of GLlac1 were similar but not identical to those of other fungal laccases. GLlac1 was released from the cells when expressed in P. pastoris, and had high laccase activity. In addition, GLlac1 conferred antioxidative protection from protein degradation, and thus may be useful in bio-medical applications.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제21권7호
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• pp.1355-1363
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• 2017

최근에 낮은 복잡도의 부호화기를 구현하기 위해 분산 비디오 부호화 와 압축센싱을 결합한 구조로서 분산 압축 비디오 센싱기술에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 기존에 움직임 보상 블록 압축센싱 기술(MC-BCS-SPL)은 가장 간단한 표본화를 추구하면서 모든 압축센싱 프레임을 갖는 DCVS방식중의 효과적인 방안으로 다루어져 왔다. 이 방식은 키 프레임과 WZ 프레임으로 분리하여 압축센싱한다. 그러나 MC-BCS-SPL 방식은 복호화기에서 WZ 프레임을 복원할 때, 움직임이 큰 영상 시퀀스의 경우에 화질 저하가 발생시키는 단점이 존재한다. 본 논문에서는 이러한 기존의 문제점을 극복하기 위한 개선된 MC-BCS-SPL 방식을 제안한다. 제안한 방식은 연속적인 키 프레임 간 에 존재하는 높은 상관관계를 이용하여 키 프레임을 참조함으로써 초기 영상을 보정한다. GOP 예측 구조 방식에 따른 율-왜곡 성능을 비교한다. 다양한 실험 결과를 통하여 제안하는 알고리즘이 기존 알고리즘보다 더 좋은 화질을 제공함을 보여준다.

• 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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• 제2권7호
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• pp.495-502
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• 2013

영상 화질과 인코더의 속도에 영향을 주는 움직임 추정은 동영상 내에 존재하는 중복된 데이터를 제거하기 때문에 동영상 압축에서 중요한 역할을 하지만 높은 계산 복잡도를 요구한다. 다시점 비디오는 하나의 3차원 장면을 여러 시점에서 다수의 카메라로 촬영한 동영상으로 다시점 비디오를 위한 움직임 추정은 카메라 수에 비례하여 많은 계산량을 필요로 한다. 본 논문에서는 다시점 비디오 부호화를 위한 움직임 추정의 계산량을 줄이면서 영상 화질을 유지하는 고속 움직임 추정 기법을 제안한다. 제안한 기법은 계층적인 탐색 기법으로 수정된 다이아몬드 탐색 패턴, 다중 다이아몬드 탐색 패턴, 그리고 래스터 탐색 패턴으로 구성된다. 이 탐색 패턴들은 국부적 최소화 문제를 해결하기 위하여 탐색 영역 내에 탐색 점들을 규칙적, 대칭적으로 배치하거나 움직임 벡터의 분포 특성을 이용하여 탐색 점들을 배치한다. 제안한 기법의 성능은 JMVC의 고속 움직임 추정 기법인 TZ 탐색 기법의 성능과 비교한 경우, 영상 화질과 비트량을 비슷하지만 계산량을 줄임으로서 움직임 추정 속도를 약 1.2~3배 향상시킨다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2003년도 제2차 연례학술대회 발표논문집
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• pp.183-192
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• 2003

With the availability of complete whole-genomes such as the human, mouse, fugu and chimpanzee chromosome 22, comparative analysis of large genomes from cross-species at varying evolutionary distances is considered one of a powerful approach for identifying coding and functional non-coding sequences. Here we describe a fast and efficient global alignment method especially for large genomic regions over mega bases pair. We used an approach for identifying all similarity regions by HSP (Highest Segment Pair) regions using local alignments and then large syntenic genome based on the both extension of anchors at HSP regions in two species and global conservation map. Using this alignment approach, we examined rearrangement loci in human chromosome 21 and chimpanzee chromosome 22. Finally, we extracted syntenic genome 30 Mb of human chromosome 21 with chimpanzee chromosome 22, and then identified genomic rearrangements (deletions and insertions ranging h size from 0.3 to 200 kb). Our experiment shows that all jnsertion/deletion (indel) events in excess of 300 bp within chimpanzee chromosome 22 and human chromosome 21 alignments in order to identify new insertions that had occurred over the last 7 million years of evolution. Finally we also discussed evolutionary features throughout comparative analyses of Ka/ks (non-synonymous / synonymous substitutions) rate in orthologous 119 genes of chromosome 21 and 53 genes of MHC-I class in human and chimpanzee genome.

• 대한의생명과학회지
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• 제6권3호
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• pp.165-170
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• 2000

Vacuolar (H$^{+}$)-ATPase (V-ATPase)는 multi-subunit로 구성된 단백질로서, proton pumping을 통해 세포내 산성화반응에 관여를 한다. 최근에 이 단백질이 synaptic vesicle에서도 발견된 것으로 보아 뇌 신경전달에 중요한 역할을 수행할 것으로 추정하고 있다. 우리는 흰쥐 뇌에서 분리한 mRNA를 주형으로 한 PCR 반응에서 16 kDa subunit의 V-ATPase cDHA를 클로닝할 수 있었고, 이의 염기서열 또한 결정하였다. 분리된 뇌 16 kDa V-ATPase의 coding sequence는 전체 468 bp로서 간에서 보고되었던 것과 동일한 크기였다. 단지 3' 말단의 염기 하나가 A에서 C로 바뀌어 있었는데 모두 alanine (GCA, GCC)을 지정하기 때문에 단백질의 일차구조에는 변화가 없는 것으로 확인되었다. 한편 rat brain cDNA library에서도 동일한 clone이 분리되었는데 역시 같은 부분에서 polymorphism이 발견되었고, RNA splicing 등 더 이상의 조직특이적 변화는 없었다. 본 연구는 16 kDa V-ATPase의 뇌에서의 기능과 신경말단에서의 neurotransmission 및 synaptic vesicle의 재순환 기전을 이해하는데 유용한 정보가 될 것이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제8권4호
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• pp.369-377
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• 1998

Rotavirus is a major cause of severe gastroenteritis in young children and animals throughout the world. The VP7 of rotavirus is thought to induce the synthesis of neutralizing antibodies and to be responsible for determining viral serotypes. The cDNA coding for the VP7 capsid protein of human rotavirus, obtained from Korean patients (HRV-Y14), was cloned and its nucleotide sequence was determined. Comparative analysis of the nucleotide sequences between VP7 of Y14 and that of other foreign isolates showed $92.7~95.2\%$ homology to G1 serotypes (RV-4, KU, K8, WA), $74.2\%$ homolgy to G2 serotype HU-5, $76.4\%$ homology to G3 serotype SA-11, and $77.6\%$ homology to G4 serotype A01321. These data suggest that HRV-Y14 can be classified as a G1 serotype. cDNA coding for VP7 of HRV-YI4 was subcloned into the baculovirus vector and the VP7 glycoprotein was expressed in insect cells. The expressed proteins in Sf9 cell extract and tissue culture fluid were separated on SDS-PAGE, and Western blot analysis with monoclonal antibody raised against the synthetic peptide containing 21 amino acids within the VP7 conserved region was performed. The molecular weight of recombinant VP7 was estimated to be 36 kDa which is about the same size as the native VP7. Addition of tunicamycin in the culture media caused a reduction of the molecular weight of the recombinant VP7 indicating that the expressed protein was glycosylated.

• 대한전자공학회논문지SP
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• 제40권1호
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• pp.72-78
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• 2003

본 논문에서는 자기구성 뉴로퍼지 네트워크를 이용한 MPEG-4 비트율 제어알고리즘을 제안한다. 경험적인 수식을 바탕으로 rate-distortion(RD) 모델을 구성하는 일반적인 방법과는 달리 제안하는 알고리즘의 기본적인 아이디어는 온라인으로 RD모델을 스스로 구성하고 매 프레임마다 그 구조를 적응적으로 업데이트하는 SOLPN을 이용해 RD 모델을 구현하는 것으로 많은 비트율 제어 방식 중 프레임을 기반으로 한 비트율 제어만을 본 논문에서는 고려한다. 특히 이 알고리즘은 오프라인에서 미리 트레이닝하는 것이 필요가 없기 때문에 실시간 코딩에도 적용 가능하다. VM18.0과의 비교 실험 결과들을 보면 본 논문에서 제안하는 비트율제어 알고리즘이 VMl8.0〔16〕에 비해 주관적인 화질 향상뿐만 아니라 적은 프레임 스킵(franc skip)과 높은 PSNR을 나타낸다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제7권2호
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• pp.181-189
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• 2003

We describe here the complete nucleotide sequence and the exon-intron structure of the luciferase gene of the firefly, Pyrocoelia rufa. The luciferase gene of the P. rufa firefly consisted of six introns and seven exons coding for 548 amino acid residues. From the translational start site to the end of last exon, however, the genomic DNA length of the P. rufa luciferase gene from the Korean and Chinese samples spans 1,968 bp and 1983 bp, respectively, and 3 amino acid residues were different to each other. Additionally, we also analyzed mitochondrial cytochrome oxidase I(COI) gene of the Chinese P. rufa fireflies. Analysis of DNA sequences from the mitochondrial COI protein-coding gene revealed 4 mitochondrial DNA sequence-based haplotypes with a maximum divergence of 0.7％. With the 20 P. rufa haplotypes found in Korea, phylogenetic analyses using PAUP and PHYLIP subdivided the P. rufa into three clades, termed clades A and B for the Korean sample, and clade C for the Chinese sample.

• 융합신호처리학회논문지
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• 제2권2호
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• pp.20-27
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• 2001

입체영상의 부호화 및 전송 기술은 제한된 전송 채널에서 입체영상 정보의 전송에 필수적 인 기술로 입체영상 매체를 이용한 정보통신 서비스 분야에서 매우 중요하다. 본 논문에서는 시차정보를 이용하여 입체영상을 압축하고 MPEG-2의 스케일러빌리티 (scalability)를 이 용하여 전송하는 기법을 제안한다. 왼쪽 영상은 기본계층에, 오른쪽 영상은 고위계층에 각각 대웅하고 고위계층은 좌우영상의 시차정보와 고위계층간의 예측정보를 포함한다. 또한, 본 논문에서는 시차정보 탐색시간을 줄이기 위해 이전 입체영상 쌍으로부터 탐색한 시차정보를 이용하여 다음 입체영상 쌍의 시차정보를 예측하는 방법을 제안하고, 전송율 제어는 MPEG-2 TM6에서 제안한 방법을 사용한다. 실험 결과 제안한 탐색 방법을 사용한 경우 전체 코딩 시간이 기존의 전역 탐색 방법을 사용한 경우에 비해 현저히 단축되고 목표한 전송율에 도달됨을 알 수 있었다.