• 대한화학회지
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• 제68권1호
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• pp.32-39
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• 2024

Glycerol dehydrogenase (GlyDH) plays a crucial role in the glycerol metabolism pathway by catalyzing the oxidation of glycerol to dihydroxyacetone (DHA). Previous studies of GlyDH have predominantly focused on unraveling the structural features of the active site and its binding interactions with ligand. However, the structural details of GlyDH in complex with both NAD⁺ and the substrate bound have remained elusive. In this study, we present the crystal structures of Klebsiella pneumoniae GlyDH (KpGlyDH) in the absence and presence of NAD⁺ at a resolution of 2.1 Å. Notably, both structures reveal the binding of the substrate, ethylene glycol, to the zinc ion. Interestingly, a significant change in the coordination number of the zinc ion is observed, with three in the absence of NAD⁺ and four in its presence. These findings shed light on the structural aspects of GlyDH and its interactions with NAD⁺ and the substrate.

• 대한화학회지
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• 제42권5호
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• pp.506-511
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• 1998

생체 내에서 양이온을 가지는 폴리아민류인 스퍼민이 DNA에 결합할 경우 안정화도를 증가시킴과 동시에 구조적인 변환(B형태→Z형태 변환)을 유발하는 것으로 알려져 있다. 그러나, 스퍼민의 분광학적 비활성 때문에 DNA에 대한 정확한 결합 위치를 분광학적으로 결정하는 것은 불가능했으므로 그 결합메커니즘에 관한 구체적인 보고는 없다. 본 실험에서는 스퍼민에 대한 탐침 작용을 할 수 있는 물질로 분광 활성이 있으며 결합 자리를 잘 알고 있는 DAPI를 사용하였다. 합성 DNA에서 스퍼민의 결합 자리와 염기 선택성을 연구한 결과, 스퍼민의 농도가 커질수록 아데닌-티민 염기쌍이 교대로 나선을 이루는 $poly[d(A-T)_{2}]$ 에서는 스퍼민이 DNA의 작은 홈 주위의 인산기 뼈대에 걸쳐지면 DAPI의 소수성 환경을 증가시켜 형광스펙트럼의 세기를 급격히 증가시킨다. 구아닌-시토신 염기쌍이 교대로 반복되며 만들어진 $poly[d(G-C)_{2}]$에서는 스퍼민이 DNA의 큰 홈 속에 결합하면서 큰 홈에 걸쳐 있으면서 부분적으로 염기쌍사이에 삽입된 DAPI를 밀어내는 것으로 생각할 수 있다. 이 두 가지의 경우에 스퍼민이 염기쌍에 대해 특별한 선택성을 보이지 않았다.

• 대한화학회지
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• 제55권1호
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• pp.70-80
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• 2011

두 종류의 새로운 팔라디움(II) 착물인 [Pd(phen)(pip-dtc)]$NO_3$와 [Pd(phen)(mor-dtc)]$NO_3$ (여기서 phen은 1,10-페난트롤린, pip-dtc은 피페리딘디티오카르바메이트 음이온, mor-dtc은 모르폴린디티오카르바메이트 음이온을 가리킨다)를 합성하고 원소분석, 분광법(FT-IR, $^1H$ NMR, UV-Vis) 및 전기전도도 측정을 이용하여 특성을 조사하였다. 이 착물들에서, 디티오카르베이트 리간드는 팔라디움 (II) 중심과 두 개의 황 원자와 이중으로 배위 결합을 하고 있다. 이 착물의 세포독성을 K562 세포주를 이용하여 조사하였을 때 $IC_{50}$ 값이 시스플라틴보다 작았기 때문에 착물들의 송아지 흉선 DNA(CT-DNA)와의 결합 모드를 UV 흡광도 차이와 형광 분광법으로 조사하였다. 착물들은 DNA를 변형시키고, 협동결합을 하고, DNA에 끼어 들어간다. 또한 몇 가지 결합 및 열역학적인 변수들이 기술되었다.

• 한국축산식품학회지
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• 제26권2호
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• pp.204-211
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• 2006

본 실험은 소금 및 GdL의 첨가가 세척 및 가압 처리된 재구성육의 이화학적 특성에 미치는 효과를 규명하고자 실시되었다. 소금 및 GdL의 첨가는 재구성육의 결착강도를 현저하게 증가시켰고, 저염농도 또는 소금이 무첨가 되어도 소량의 GdL의 첨가에 의한 결착강도의 향상을 기대할 수 있었다. 그러나 GdL의 첨가는 색도를 가열처리와 유사하게 변색시켰고, 이러한 변색은 GdL의 증가와 더불어 현저하였다. 그러나 이들 단점은 세척이나 기타 첨가물에 의하여 향상시킬 수 있으리라 판단되었다. 따라서 본 실험의 결과에 의하면 소량의 소금 및 GdL의 조합을 통하여 바람직한 결착강도 및 변색 저하를 기대할 수 있었고, 첨가된 인산염과 carrageenan에 의한 보수력의 향상 효과를 얻을 수 있었다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제31권5호
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• pp.1339-1342
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• 2010

$^{31}P$ NMR and ESI-MS studies of $Cu^{2+}$ binding to Fenitrothion (FN) were performed by experimentally and theoretically. The calculated $^{31}P$ NMR chemical shifts for FN-$Cu^{2+}$ complexes are in good agreement with experimental chemical shifts in order, and the results present an important information for organophosphorus pesticide metal complexes. ESI-MS and low energy CID MS/MS experiments of FN-$Cu^{2+}$ complexes combined with accurate mass measurements give insight into the metal localization and allow unambiguous identification of fragments and hydrolysis products.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제32권11호
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• pp.4021-4026
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• 2011

Functions of the luteinizing hormone releasing hormone (LHRH) and its induced release by divalent metal ions have received great attention because this neurotransmitter subsequently regulates the secretion of luteinizing hormone (LH). Metal-LHRH complexes were synthesized by addition of various Cu(II),Ni(II),Zn(II) ions into LHRH in order to understand how the induced release of LHRH is possible. The degree of complexation was monitored by $^1H$, $^{13}C$-NMR chemical shifts, and final products were identified by Mass spectrometry. Solutionstate structure determination of Zn(II)-LHRH out of metal-complexes was accomplished by using NMR and NMR-based distance geometry (DG). Interproton distance information from nuclear Overhauser effect spectroscopy was utilized for structure determination. Structure obtained in this study has a cyclic conformation exhibiting a specific ${\alpha}$-helical turn with residue numbers His[2]-Leu[7] out of 10 amino acids. Comparison of chemical shifts and EPR studies of Ni(II),Cu(II)-LHRH complexes exhibit that these metal complexes have 4-coordination geometry.

• 대한화학회지
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• 제52권2호
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• pp.118-123
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• 2008

항암제인 독소루비신과 아데닌과의 상호작용을 알아보기 위하여 10-3~10-4의 수용액상 농도 범위에 서 1 : 2의 부피비로 혼합하여 조사하였다. 자외선 공명라만 분광법과 표면증강 라만 분광법을 이용하여 수용 액상에서 독소루비신 분자의 아데닌 분자에 대한 결합 자리를 알아 본 결과 독소루비신 분자는 아데닌 분자 의 7번 위치의 질소와 상호작용 가능성을 확인할 수 있었다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XIII)
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• pp.207-207
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• 2003

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XIII)
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• pp.544-547
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• 2003

Fusion $ferritin(F_H+F_L),$ an iron-binding protein, was purified from recombinant E. coli by gel filtration chromatography after two-step sonications. Unfolded ferritin was refolded by GFC with various refolding enhancing additives. 50 mM Tris-HCI(pH 7.4) buffers containing 2 M urea and additive was used in GFC. Objective was to characterize the structure change at various conditions. Molecular weight was determined using GF-HPLC and RP-HPLC was used to quantify the unfolded and refolded proteins. Activity was confirmed by iron-uptake reaction.

• 대한화학회지
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• 제22권6호
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• pp.403-411
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• 1978

Collagen의 model compound인 poly(Gly-Pro-Pro)의 수화에 관해서 empirical ppotential energy 함수를 사용하여 이론적으로 연구하였다. 물 분자와 model compound 간의 상호작용 energy를 최소화시켜서 물 분자들의 위치와 결합 energies를 계산하였다. 다음에는 일차수화층에 물이 붙음으로써 생기는 안정화 energy를 계산하고, 전체 안정화에 기여하는 여러 energy components의 기여도에 대해 논의하였다.