• 제목/요약/키워드: biological information processing

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초음파 Pulsed Wave 도플러 신호의 Aliasing 제거를 위한 효율적인 알고리즘 개발 (Developement of Efficient Algorithm to Eliminate Aliasing of Ultrasonic Pulsed Wave Doppler Signal)

  • 김기덕;황재섭;안영복;송태경
    • 대한의용생체공학회:학술대회논문집
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    • 대한의용생체공학회 1998년도 추계학술대회
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    • pp.213-214
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    • 1998
  • The important role of the ultrasonic Doppler system in the modem clinical medicine is to provide the clinical information of the vascular system. The ultrasonic pulsed wave(PW) Doppler system, a kind of the ultrasound Doppler system, is more available than the ultrasonic continuous wave(CW) Doppler system because it can evaluate the velocity and the direction of blood flow as well as the depth of vessel. However, the ultrasonic PW Doppler system has the disadvantage that the range of evaluating velocity of blood flow is limited(Nyquist limit). In order to solve this limit, we propose the algorithm for eliminating this aliasing in this paper. In addition, we propose the efficient signal processing algorithm.

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피치 검출 방법을 이용한 태아심음주기의 추출에 관한 연구 (Fetal heart rate estimation using high resolution pitch detection algorithm)

  • 이응구;이용희;김선일;이두수
    • 대한의용생체공학회:학술대회논문집
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    • 대한의용생체공학회 1993년도 춘계학술대회
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    • pp.81-85
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    • 1993
  • Despite the simplicity of processing, conventional autocorrelation function (ACF) method for the precise determination of fetal heart rate (FHR) has many problems. In the case of weak or noise corrupted Doppler ultrasound singnals, the ACF method is very sensitive to the threshold level and data window length. It is real troublesome to extract FHR when there is a data loss. To overcome these problems, the high resolution pitch detection algorithm is adapted to estimate the FHR. The FHR is determined from the correlation of two interconnected segments by its maximum correlation value. FHR is compensated with a constant correlation threshold in a greatly smeared noise signal. This method yields more accurate, robust and reliable than the ACF method.

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다중 양자우물 주사형 다이오드와 펄스-모드 신경회로망 구현을 위한 그 응용 (A Novel Multi-Quantum Well Injection Mode Diode And Its Application for the Implementation of Pulse-Mode Neural Circuits)

  • Song Chung Kun
    • 전자공학회논문지A
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    • 제31A권8호
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    • pp.62-71
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    • 1994
  • A novel semiconductor device is proposed to be used as a processing element for the implementation of pulse-mode neural networks which consists of alternating n' GaAs quantum wells and undoped AlGaAs barriers sandwitched between n' GaAs cathode and P' GaAs anode and in simple circuit in conjunction with a parallel capacitive and resistive load the trigger circuit generates neuron-like pulse train output mimicking the function of axon hillock of biological neuron. It showed the sigmoidal relationship between the frequency of the pulse-train and the applied input DC voltage. In conjunction with MQWIMD the various neural circuits are proposed especially a neural chip monolithically integrated with photodetectors in order to perfrom the pattern recognition.

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시각정보 처리 메커니즘을 이용한 형태정보인식 신경회로망의 구성 (Design of a pattern recognizing neural network using information-processing mechanism in optic nerve fields)

  • 강익태;김욱현;이건기
    • 대한의용생체공학회:의공학회지
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    • 제16권1호
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    • pp.33-42
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    • 1995
  • A new neural network architecture for the recognition of patterns from images is proposed, which is partially based on the results of physiological studies. The proposed network is composed of multi-layers and the nerve cells in each layer are connected by spatial filters which approximate receptive fields in optic nerve fields. In the proposed method, patterns recognition for complicated images is carried out using global features as well as local features such as lines and end-points. A new generating method of matched filters representing global features is proposed in this network.

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모바일 보안을 위한 모바일 폰 영상의 손 생체 정보 인식 시스템 (Hand Biometric Information Recognition System of Mobile Phone Image for Mobile Security)

  • 홍경호;정은화
    • 디지털융복합연구
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    • 제12권4호
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    • pp.319-326
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    • 2014
  • 모바일 보안의 증가에 따라, 지식에 근거한 사용자 이름, 패스워드 방식의 개인 인증에 대한 실패를 경험한 사용자들은 개인 식별과 인증에서 손 형상, 지문 인식, 목소리와 같은 생체 정보를 사용하는 것을 더욱 선호하게 되었다. 그러므로 모바일 보안을 위해 개인 식별과 인증에서 생체 인증을 사용하는 것은 인터넷 상에서 고객과 판매자들 모두에게 신뢰성을 준다. 본 연구는 개인 식별과 인증을 위해 iphone4와 galaxy s2의 모바일 폰 영상으로부터 손형상, 손 바닥 특징, 손가락 길이와 너비 등의 손 생체 정보를 인식하는 시스템을 개발한다. 본 연구의 손 생체 정보인식 시스템은 영상 획득, 전처리, 잡음 제거, 표준 특징패턴 추출, 개별 특징패턴 추출 그리고 손 생체 정보 인식의 6가지 단계로 구성한다. 실험에서 사용한 입력 데이터는 50명의 실험자의 손 형상 영상과 손 바닥 영상으로 구성한 250장의 데이터에 대한 평균 인식률은 93.5%이다.

Identification of Glycine max Genes Expressed in Response to Soybean mosaic virus Infection

  • Jeong, Rae-Dong;Lim, Won-Seok;Kwon, Sang-Wook;Kim, Kook-Hyung
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제21권1호
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    • pp.47-54
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    • 2005
  • Identification of host genes involved in disease progresses and/or defense responses is one of the most critical steps leading to the elucidation of disease resistance mechanisms in plants. Soybean mosaic virus (SMV) is one of the most prevalent pathogen of soybean (Glycine max). Although the soybeans are placed one of many important crops, relatively little is known about defense mechanism. In order to obtain host genes involved in SMV disease progress and host defense especially for virus resistance, two different cloning strategies (DD RT-PCR and Subtractive hybridization) were employed to identify pathogenesis- and defenserelated genes (PRs and DRs) from susceptible (Geumjeong 1) and resistant (Geumjeong 2) cultivars against SMV strain G7H. Using these approaches, we obtained 570 genes that expressed differentially during SMV infection processes. Based upon sequence analyses, differentially expressed host genes were classified into five groups, i.e. metabolism, genetic information processing, environmental information processing, cellular processes and unclassified group. A total of 11 differentially expressed genes including protein kinase, transcription factor, other potential signaling components and resistant-like gene involved in host defense response were selected to further characterize and determine expression profiles of each selected gene. Functional characterization of these genes will likely facilitate the elucidation of defense signal transduction and biological function in SMV-infected soybean plants.

생물학적 개체명 사전을 위한 구축 및 관리 도구에 관한 연구 (A Study on Construction and Management Tools for Biological Named Entity Dictionary)

  • 장현철;김태현;이현숙;박수준;박선희
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2003년도 추계학술발표논문집 (중)
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    • pp.853-856
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    • 2003
  • 바이오 텍스트 마이닝을 위한 정보 추출의 첫 단계는 생물학적 문헌으로부터의 유전자, 단백질, 세포조직 등과 같은 생물학적 개체명의 인식이다. 생물학적 개체명의 명명법상 특징이 매우 다양하고 저자의 개성에 의해 쉽게 좌우되어 단순히 규칙이나 학습 방법 만으로는 쉽게 개체명들을 인식할 수 없다. 또한, 생물학 관련 문헌에 나오는 가능한 모든 개체명과 이들의 모든 변형을 수록하는 것은 현실적으로 불가능하므로 이를 해결하기 위해 이미 알려진 개체명에 대해서 기본적으로 사전을 탐색하고 알려지지 않은 용어들을 규칙과 통계 기반 방법을 통하여 인식하는 것이 효과적이다. 그러나 만족할 만한 수준의 양질의 사전을 구축하는 것은 쉽지 않을 뿐만 아니라 많은 비용이 소요되며, 어느 순간 만족할 만한 성능을 낼 수 있는 사전을 구축했다. 할지라도 유지 관리 하는 것이 결코 쉬운 일이 아니며 마찬가지로 많은 비용을 필요로 하게 된다. 따라서, 잘 구축된 자원으로부터 필요한 정보를 추출하여 적절한 사전을 자동으로 구축하여 활용하는 방법을 사용할 경우, 사전 구축 및 관리에 드는 많은 비용을 줄이면서도 상당히 효과적인 성능을 얻을 수 있을 것이다. 본 연구에서는 바이오 텍스트 마이닝 엔진을 위한 생물학적 개체명 사전을 자동으로 구축하고 이를 쉽게 관리하도록 하는 도구를 개발하였다.

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점진적 모델에 기반한 다채널 시계열 데이터 EEG의 특징 분석 (Feature Analysis of Multi-Channel Time Series EEG Based on Incremental Model)

  • 김선희;양형정;;정종문
    • 정보처리학회논문지B
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    • 제16B권1호
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    • pp.63-70
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    • 2009
  • BCI 기술은 생체신호인 뇌파를 수집하여 신호처리를 거친 후 실질적인 기기제어 및 통신 시스템 등을 제어하는 시스템 관련 기술이다. BCI 시스템 구현을 위해서는 뇌파의 특성을 실시간으로 분석하여 학습 시키고 학습된 뇌파의 특성을 적용하는 단계가 요구된다. 본 논문에서는 EEG 데이터를 효율적으로 분석하기 위해 점진적으로 갱신되는 주성분 분석을 이용하여 왼손/오른손 동작에 영향을 미치는 EEG 신호의 특징을 찾고, 이를 반영하여 데이터의 차원을 축소한다. 입력 자료의 특징을 충분히 포함하면서 낮은 차원을 가지는 데이터를 이용한다면 분류를 위한 계산량을 감소시킬 수 있을 뿐만 아니라 불필요한 특징을 제거함으로써 분류 성능을 향상 시킬 수 있다. 본 논문에서는 점진적으로 갱신되는 주성분 분석을 이용하여 데이터의 차원을 축소하고 이에 대한 효율성을 검증하기 위해 K-NN분류기를 이용하여 분류 정확도 측정을 수행하였다. 그 결과 주성분 분석을 이용하여 특징을 추출하고 분류율을 측정한 경우보다 평균 5% 높은 분류 정확율을 보였다.

Choosing preferable labels for the Japanese translation of the Human Phenotype Ontology

  • Ninomiya, Kota;Takatsuki, Terue;Kushida, Tatsuya;Yamamoto, Yasunori;Ogishima, Soichi
    • Genomics & Informatics
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    • 제18권2호
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    • pp.23.1-23.6
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    • 2020
  • The Human Phenotype Ontology (HPO) is the de facto standard ontology to describe human phenotypes in detail, and it is actively used, particularly in the field of rare disease diagnoses. For clinicians who are not fluent in English, the HPO has been translated into many languages, and there have been four initiatives to develop Japanese translations. At the Biomedical Linked Annotation Hackathon 6 (BLAH6), a rule-based approach was attempted to determine the preferable Japanese translation for each HPO term among the candidates developed by the four approaches. The relationship between the HPO and Mammalian Phenotype translations was also investigated, with the eventual goal of harmonizing the two translations to facilitate phenotype-based comparisons of species in Japanese through cross-species phenotype matching. In order to deal with the increase in the number of HPO terms and the need for manual curation, it would be useful to have a dictionary containing word-by-word correspondences and fixed translation phrases for English word order. These considerations seem applicable to HPO localization into other languages.

CoReHA: conductivity reconstructor using harmonic algorithms for magnetic resonance electrical impedance tomography (MREIT)

  • Jeon, Ki-Wan;Lee, Chang-Ock;Kim, Hyung-Joong;Woo, Eung-Je;Seo, Jin-Keun
    • 대한의용생체공학회:의공학회지
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    • 제30권4호
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    • pp.279-287
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    • 2009
  • Magnetic resonance electrical impedance tomography (MREIT) is a new medical imaging modality providing cross-sectional images of a conductivity distribution inside an electrically conducting object. MREIT has rapidly progressed in its theory, algorithm and experimental technique and now reached the stage of in vivo animal and human experiments. Conductivity image reconstructions in MREIT require various steps of carefully implemented numerical computations. To facilitate MREIT research, there is a pressing need for an MREIT software package with an efficient user interface. In this paper, we present an example of such a software, called CoReHA which stands for conductivity reconstructor using harmonic algorithms. It offers various computational tools including preprocessing of MREIT data, identification of boundary geometry, electrode modeling, meshing and implementation of the finite element method. Conductivity image reconstruction methods based on the harmonic $B_z$ algorithm are used to produce cross-sectional conductivity images. After summarizing basics of MREIT theory and experimental method, we describe technical details of each data processing task for conductivity image reconstructions. We pay attention to pitfalls and cautions in their numerical implementations. The presented software will be useful to researchers in the field of MREIT for simulation as well as experimental studies.