• 제목/요약/키워드: base-calling

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미생물 유전체 프로젝트 수행을 위한 Base-Calling 오류 감지 프로그램 및 알고리즘 개발 (A Base-Calling Error Detection Program for Use in Microbial Genome Projects)

  • 이대상;박기정
    • 미생물학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.317-320
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    • 2007
  • 미생물 유전체 프로젝트를 수행하는 과정에서 발생하는 base-calling 오류를 포함하는 것으로 의심되는 유전자나 염기서열의 리스트를 보여 주는 프로그램을 개발하였다. 이 프로그램의 모듈들은 base-calling 오류로 의심되는 염기들의 후보군을 유전체 프로젝트를 수행하는 주요 단계에서 감지할 수 있도록 하였다. 이들 프로그램들은 초기 단계에서는 Phrap 파일에 존재하는 contig assembly 정보를 이용하여 base-calling 오류를 감지하는 모듈, 중간 단계에서는 상동성 검색 결과물로부터 frame skift 돌연변이의 진위 유무를 분석할 수 있는 모듈, 마지막 단계에서는, 이미 발표된 미생물 유전체와 같은 종으로부터 유래된 균주에 대한 유전체 프로젝트를 수행할 경우, 비교유전체 분석 기법을 활용하여 base-calling 오류 가능성이 높은 서열의 후보군을 추출하여 해당서열의 크로마토그램파일을 유전체 연구자가 볼 수 있는 모듈로 구성되어 있다.

ChroView: A Trace Viewer for Browsing and Editing Chromatogram files

  • Tae, Hong-Seok;Kong, Eun-Bae;Park, Kie-Jung
    • Genomics & Informatics
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    • 제5권1호
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    • pp.30-31
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    • 2007
  • Many visualization tools have been designed to aid information processing during whole genome projects. We have developed a trace viewer program, ChroView, which can read a chromatogram file and display the chromatogram traces of the four bases. The program can be used to examine sequencing quality and base-calling errors. It can also help researchers to edit and save base-calling results while browsing the traces. Additionally, this program has a basecalling feature which can produce supplementary data for validation of the results from other base-calling programs.

품질 정보를 이용한 서열 배치 알고리즘 (Sequence Alignment Algorithm using Quality Information)

  • 나중채;노강호;박근수
    • 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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    • 제32권11_12호
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    • pp.578-586
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    • 2005
  • 본 논문에서 다루는 문제는 품질 정보를 가지는 서열을 배치(alignment)하는 알고리즘이다. 시퀀싱(sequencing) 작업의 일부인 염기 결정 프로그램(base-calling program)에 의해서 생성되는 DNA 서열은 각 염기가 어느 정도 신뢰할 수 있는 가를 나타내는 품질 정보를 가진다. 그러나 지금까지 개발된 서열 배치 알고리즘들은 이러한 품질 정보를 고려하지 않았다. 본 논문에서는 품질 정보를 가지는 두 서열의 배치를 평가하는 기준을 제시한다. 이 평가 기준에 의한 최적의 서열 배치는 동적 프로그래밍(dynamic programming) 기법에 의해서 찾을 수 있다.

An Unified Representation of Context Knowledge Base for Mobile Context-Aware System

  • Jeong, Jang-Seop;Bang, Dae-Wook
    • Journal of Information Processing Systems
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    • 제10권4호
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    • pp.581-588
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    • 2014
  • To facilitate the implementation of a wide variety of context-aware applications based on mobile devices, general-purpose context-aware framework that applications can use by calling is needed. The context-aware framework is a middleware that performs the sensing, reasoning, and retrieving based on the knowledge base. The knowledge base must systematically represent the information required on the behavior of the context-aware framework, such as context information and reasoning information. It must also provide functions for storage and retrieval. To date, previous research on the representation of the context information have been carried out, but studies on the unified representation of the knowledge base has seen little progress. This study defines the knowledge base as the unified context information, and proposes the UniOWL, which can do a good job of representing it. UniOWL is based on OWL and represents the information that is necessary for the operation of the context-aware framework. Therefore, UniOWL greatly facilitates the implementation of the knowledge base on a context-aware framework.

Angle씨 분류 I급 부정교합의 임상적 고찰 (CLINICAL CONSIDERATION OF ANGLE'S CLASSIFICATION CLASS I MALOCCLUSION)

  • 강흥구
    • 대한치과의사협회지
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    • 제15권2호
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    • pp.107-110
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    • 1977
  • Class I malocclusion is essentially a dental dysplasia. Rotations, individual tooth malpositions, missing teeth, tooth size discrepancies, etc., fall under this classification. There are two types of class I malocclusions. One is identified by and insufficient denture base to accommodate the teeth; the other has more denture base than tooth material, creating spaces in the arch. The tooth material-to denture base discrepancies may be slight, calling for only a little increase in arch length for alignment and the correction of minor rotations. Discrepancies may also be great, in which case it becomes necessary to reduce tooth material by extraction, so as to make the tooth material more in proportion to the size of the denture base. The author had attempted orthodontic treatment of a class I malocclusion case of 13-year old boy in which high canines and impacted mandibular second premolars were involved. The author obtained good results.

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차세대 염기서열 분석기법과 생물정보학 (Next Generation Sequencing and Bioinformatics)

  • 김기봉
    • 생명과학회지
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    • 제25권3호
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    • pp.357-367
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    • 2015
  • 매우 빠른 속도로 발전하고 있는 차세대 염기서열 분석 플랫폼과 최신 생물정보학적 분석도구들로 말미암아, 1,000달러 이하의 가격으로 인간 유전체 염기서열을 해독하고자 하는 궁극적인 목표가 조만간 곧 실현될 수 있을 것 같다. 차세대 염기서열 분석 분야의 급속한 기술적 진전은 NGS 데이터의 분석과 관리를 위한 통계적 방법과 생물정보학적 분석도구들에 대한 수요를 꾸준히 증대시키고 있다. NGS 플랫폼이 상용화되어 쓰이기 시작한 초창기부터, NGS 데이터를 분석하고 해석하거나, 가시화 해주는 다수의 응용프로그램이나 도구들이 개발되어 활용되어 왔다. 그러나, NGS 데이터의 엄청난 범람으로 데이터 저장, 데이터 분석 및 관리 등에 있어서 해결해야 할 많은 문제들이 부각되고 있다. NGS 데이터 분석은 단편서열과 참조서열간의 서열정렬, 염기식별, 다형성 발견, 쌍단편 서열이나 비쌍단편 서열 등을 이용한 어셈블리 작업, 구조변이 발견, 유전체 브라우징 등을 본질적으로 포함한다. 본 논문은 주요 차세대 염기서열 결정기술과 NGS 데이터 분석을 위한 생물정보학적 분석도구들에 대해 개관적으로 소개하고자 한다.

Mobile Application을 이용한 UC(Unified Communication) 시스템 개발 (UC(Unified Communication) Systems Development using Mobile Application)

  • 김희철
    • 한국전자통신학회논문지
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    • 제8권6호
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    • pp.873-879
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    • 2013
  • 본 논문에서 고급 업무형 커뮤니케이션(UC) 기능은 통신활동의 중복, 낭비, 재작업을 줄여 프로세스 개선에 대한 높은 효율을 제공한다. UC 앱 개발을 통해 메시지 전송, FMC 통화기능, 스케줄 관리 기능 개발과 UC 서버 구축을 위한 조직도 DataBase구축, 검색을 위한 JSP 구현, XMPP를 이용한 메시지 전송 시스템 구축한다. IP-PBX의 IP 네트워크에서 구동되는 UC 애플리케이션의 기반에서 인프라의 활용도를 높이고 실제 생활에서 필요한 서비스를 제공하는 시스템을 설계 구현한다.

도시 사용자 이동특성을 고려한 traffic source model의 설계 및 구현 (A design and implementation of the traffic source model considering user's moving characteristics in urban areas)

  • 유기홍
    • 한국컴퓨터산업학회논문지
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    • 제2권11호
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    • pp.1373-1382
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    • 2001
  • 이동통신 텔레트래픽 모델은 Network Traffic 모델과 Traffic Source 모델이라는 두 개의 하부모델로 구성된다. 본 논문에서는 기지국이 설치되어 있는 지역 특성을 고려한 traffic source 모델을 제시하고, 이동통신 트래픽 시뮬레이터인 MobCall을 구현하였다. MobCall은 사용자 이동성을 각 지역별 차량 평균 속도와 수송분담율을 적용하고 있다. 구현된 MobCall을 이용하여 서울 도심 주거지역과 상업지역에서의 누적 발생 호 수, 교통량에 따른 핸드오프 율, 고속도로에서의 핸드오프 율, 그리고 호 점유 시간 변화에 따른 핸드오프 율을 결과로 제시하였다. MobCall은 기지국에서 사용자 호 패턴에 따른 동적 핸드오프 버퍼링과 같은 기능적 요소를 설계 단계에서 고려할 수 있다.

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도시 교통량 특성을 반영한 이동통신 시뮬레이터의 설계 및 구현 (A Design and Implementation of the Mobile Communication Simulator with Urban Traffic Characteristics)

  • 윤영현
    • 한국정보처리학회논문지
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    • 제7권4호
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    • pp.1217-1226
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    • 2000
  • Traditionally, Mobile Teletraffic model consists of two sub-models, i.e. the network traffic model and the traffic source model. In this paper, we present the traffic source model by developing MobCall (Mobile Call Simulator) which analyses various mobile wireless environments based on regional characteristics that the base stations are located. User mobility is presented by regional average vehicle speeds and the transportation share rate. Moreover, the user mobility on subway, which is increasing in urban area, is considered in MobCall. And also, user's movements on highway are considered in MobCall. The object-oriented simulation platform, C++SIM, is used to implement MobCall. Using MobCall, the accumulated number of calls in residential and commercial regions, the handoff rate with respect to traffic sources of Seoul, the handoff rate on highway, and the handoff rate according to the call duration are presented. MobCall enables the simulation of dynamic handoff buffering and functional entity control of one base station according to the changes in user's calling pattern at the design phase. Also, when a new town is under construction by a detailed plan, MobCall is used to design the mobile network with regional characteristics and user mobility considered.

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분산환경에서 혼용 뷰 관리기법을 채택한 이질적인 멀티데이타베이스 상호운용 모델 설계 (A Design of Model for Interoperability in Heterogeneous Multi-Database Adopting Mixed View Management Mechanism on Distributed Environments)

  • 이승용;박재복;김명희;주수종
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제12D권4호
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    • pp.531-542
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    • 2005
  • 본 논문에서는 이질 환경의 지역 데이터베이스 시스템(Local DataBase System: LDBS)을 분산 시스템 형태로 통합하고 전역 사용자에게 빠른 질의 처리를 제공하는 멀티 데이터베이스 관리 시스템(Multi-DataBase Management System: MDBMS)을 제안한다. 이를 위해 MDBMS의 구성 요소들의 기능을 정의하고 그들 간의 상호작용을 설계한다 또한, 구성요소 중 전역 뷰 관리자 관점에서 전역 질의에 대한 결과 정보가 전역 뷰 저장소에 모두 저장되어 있는 경우. 전혀 없는 경우, 그리고 일부 저장되어 있는 경우를 비교하여 객체간의 인터페이스 및 메소드 호출에 따른 시퀀스 다이아그램을 통하여 본 시스템의 기능을 정립한다. 마지막으로, 정립된 기능을 토대로 예제 질의를 이용한 각 기능들의 수행과정을 나타내어 구체적으로 설계된 모델을 제안한다.