• 제목/요약/키워드: barcoding

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DNA Barcoding of Allobathynella cheongdoensis and Hangangbathynella taechooni of Family Parabathynellidae (Crustacea, Bathynellacea)

  • Su-Jung Ji;Gi-Sik Min
    • Animal Systematics, Evolution and Diversity
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    • 제39권3호
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    • pp.123-126
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    • 2023
  • Members of Allobathynella Morimoto and Miura, 1957 and Hangangbathynella Park and Cho, 2013 belong to the family Parabathynellidae Noodt, 1965 exclusively inhabit subterranean environments including caves, springs, and interstitial groundwater. Among them, two parabathynellid species, Allobathynella cheongdoensis Park and Cho, 2016 and Hangangbathynella taechooni Park and Cho, 2013, have been reported in the hyporheic zones of the Nakdonggang and Namhangang Rivers in South Korea, respectively. To evaluate gene markers as diagnostic characters, we determined mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1) and nuclear 18S rDNA from the topotypes of two Korean parabathynellid species, and then analyzed the genetic divergence among the two parabathynellids and their congeners. Additionally, we provided their habitus photographs and a brief discussion of the usefulness of the two marker regions for both genera as DNA barcodes.

DNA Barcoding of Aegista chejuensis and Plectotropis quelpartensis (Gastropoda: Stylommatophora: Camaenidae)

  • Kang-San Kim;Jun-Sang Lee
    • Animal Systematics, Evolution and Diversity
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    • 제39권4호
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    • pp.295-299
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    • 2023
  • Two land snails, Aegista chejuensis (Pilsbry and Hirase, 1908) and Plectotropis quelpartensis (Pilsbry and Hirase, 1908), are endemic to Korea and were collected from Hataedo and Jodo Islands in the Yellow Sea of South Korea, respectively. Many terrestrial snail habitats have been confirmed in Korea; however, their genetic sequences have rarely been reported. This study describes the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I gene (COI) sequences of two species, followed by an analysis of the genetic distance between these two species and their congeners. As a result, there was no intra-species variation in both species A. chejuensis or P. quelpartensis. However, the inter-species variation was clear (10.3-31.5%). We provide photographs and a brief diagnosis for morphological verification.

Three Seed Beetles (Coleoptera: Chrysomelidae: Bruchinae) New to South Korea, with DNA Barcoding Data

  • Hee-Wook Cho;Haechul Park;Soojeong Ahn;Oe Jung Kim;Kang-Rae Kim
    • Animal Systematics, Evolution and Diversity
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    • 제40권1호
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    • pp.108-111
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    • 2024
  • Three species of seed beetles, Acanthoscelides pallidipennis (Motschulsky, 1874), Bruchidius terrenus (Sharp, 1886), and Kytorhinus senilis Solsky, 1869, from South Korea are reported for the first time. These three species can be morphologically distinguished from other Korean bruchid species by the distinctive color pattern of the elytra, presence of subapical spines on hind femur, and exposed last three tergites of abdomen, respectively. In this study, partial sequences of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from Korean specimens of these species were generated. In addition, host plants, distribution maps, and photographs of the dorsal habitus and live specimens of each species are also included.

Alien Hitchhiker Insect Species Detected from International Vessels Entering Korea in 2022

  • Tae Hwa Kang;Sang Woong Kim;Deuk-Soo Choi
    • Proceedings of the National Institute of Ecology of the Republic of Korea
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    • 제5권2호
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    • pp.60-67
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    • 2024
  • Hitchhiker insect species from international vessels entering Korea in 2022 were monitored. A total of 947 samples of hitchhiker insects were collected using a simple collection method by hand. Among them, 856 individuals were classified as 374 species of 86 families in 10 orders through integrative analysis with DNA barcoding and morphological examination. The rest 91 individuals were identified only to the family level. As a result of examining the distribution of the 374 species (856 individuals), 38 species (71 individuals) were confirmed as not-distributed species in Korea, including six species (11 individuals) as 'regulated species' listed by the Korean Animal and Plant Quarantine Agency. Of 38 not-distributed species, 10 species were detected multiple times (at least twice). Accordingly, it is necessary to strengthen monitoring of the area around the port of entry along with continuous surveillance to prevent invasion of species detected multiple times. For monitoring alien hitchhiker insect species, this study provided detection information and biological data for alien species.

First Report of the Leopard Slug (Limax maximus), a New Alien Species in Republic of Korea

  • Kibeom Park;Jihee Kim;Su-gon Park;Chang-gon Mun;Su-hwan Kim;Youngho Cho;Youngjun Park
    • Proceedings of the National Institute of Ecology of the Republic of Korea
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    • 제5권2호
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    • pp.50-54
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    • 2024
  • On August 21, 2023, the National Institute of Ecology reported the sighting of an invasive slug resembling Limax maximus Linnaeus, 1758. near Bambat Tree Frog Park, Suwon-si, Korea. This slug is known for its aggressiveness. Specimens were collected around the park and from nearby farms. Through barcoding analysis and sequence comparison, it was identified as L. maximus, confirming its presence in Republic of Korea, alongside two previously identified Limax species, Limax flavus Linnaeus, 1758 and Lehmannia marginatus O. F. Müller, 1774. This study represents the first documented report of L. maximus in the country.

New distribution record of genus Rhyssemus Mulsant (Coleoptera, Scarabaeidae, Aphodiinae) from South Korea

  • Changseob Lim;Yeon Jae Bae
    • Journal of Species Research
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    • 제13권3호
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    • pp.306-309
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    • 2024
  • Rhyssemus Mulsant, 1842, represents one of the largest genera in the tribe Psammodiini, comprising approximately 170 species to date. This group is nearly cosmopolitan, excluding the Neotropical region, with 59 species recorded in the Palearctic region. On the Korean Peninsula, only one species, Rhyssemus koreanus Stebnicka, 1980 was recorded from North Korea. In this study, the genus Rhyssemus is recorded for the first time with a newly recorded species Rhyssemus inscitus (Walker, 1858) from South Korea. Adult specimens were collected from the costal sand dunes in Taean-gun and Jeju island. We herein provide a diagnosis, illustrations of morphological characters, and habitat information. Partial mitochondrial COI sequences of the species are also provided for DNA barcoding.

파주시에서 수집한 폐사체 맹금류의 DNA 바코드 연구 (DNA barcoding of Raptor carcass collected in the Paju city, Korea)

  • 진선덕;백인환;이수영;한갑수;유재평;백운기
    • 한국환경생태학회지
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    • 제28권5호
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    • pp.523-530
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    • 2014
  • 2011년 6월 28일에 파주시 조리읍 장곡리 인근 도로에서 두부쪽이 손상되고, 해당연도에 태어난 맹금류 어린새를 발견하였고, 이를 DNA 바코드 기법으로 동정하였다. Mitochondrial DNA(mtDNA) cytochrome c oxidase I(COI) 유전자의 695bp 절편을 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)으로 증폭하고 염기서열을 결정하였다. 결정된 염기서열을 BOLD systems과 NCBI의 BLAST에서 유사도 분석을 수행한 결과 총 5개체의 왕새매가 검색되었고, 염기서열의 동일성은 100%로 조사되었다. 또한, DNA 분자성판별 결과는 해당 개체가 암컷임을 나타내었다. 이러한 결과는 경기도 파주에서 1968년 이후 43년만에 왕새매의 번식이 확인된 중요한 정보로, 향후 광역야생동물구조센터는 야생동물의 사체 수거 시 인근 기탁등록보존기관과 연계하여 DNA시료를 확보하고 보다 정확한 종동정과 성판별 정보를 기록하는 등의 체계적인 관리시스템이 필요할 것으로 사료된다. 또한 이렇게 확보한 왕새매의 DNA 시료와 DNA 바코드 COI 유전자 서열은 유사종 연구의 참조표본(reference standard)로 이용될 수 있을 것이다.

도입된 상업용 거저리(Zophobas atratus)의 분류 및 형태유사종 갈색거저리 (Tenebrio molitor)와 대왕거저리(Promethis valgipes)와의 DNA 바코드 특성 분석 (Taxonomy of introduced commercial insect, Zophobas atratus (Coleoptera: Tenebrionidae) and a comparison of DNA barcoding with similar tenebrionids, Promethis valgipes and Tenebrio molitor in Korea)

  • 박해철;정부희;한태만;이영보;김성현;김남정
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제51권2호
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    • pp.185-190
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    • 2013
  • 2011년부터 수입되어 사육 유통되는 슈퍼밀웜의 국내 샘플들은 형태 분류학적 검토를 통하여 Zophobas atratus란 종으로 밝혀졌고, Z. morio란 학명은 이 종의 동물이 명임이 확인되었다. 이 외래종은 자원 관리측면에서 국명을 '아메리카왕거저리'로 신칭하였다. 이 종과 형태적으로 유사한 자생종 P. valgipes 및 사육종 T. molitor와 DNA 바코드 분석 결과, Zophobas atratus와 P. valgipes는 평균 21.4%, Zophobas atratus와 Z. morio는 20.9%의 염기분화율을 보여 DNA 바코드로 쉽게 종 동정할 수 있음을 확인하였다. Z. atratus의 국내집단은 모두 동일 일배체형을 갖고 있어 국외의 동일 지역 개체군이 국내로 유입된 것으로 추정된 반면에 Z. molitor는 동일 사육집단 내에서도 두 개의 종내 집단이 뚜렷이 구분되고 서로의 염기 분화율이 1.17 ~ 2.19%로 갭을 형성한 것으로 보아 국내 Z. molitor 사육개체들은 서로 다른 지역 집단이 혼입되어 대량 사육에 이용되어진 것으로 추정된다. 이번 연구를 통하여 분석된 상업적으로 도입, 이용되는 2종의 거저리류의 분류학적 기초 정보가 국내 곤충자원 관리를 위하여 유용하게 이용될 것으로 판단된다.

국내 농경지에 발생하는 포아풀아과 잡초의 분자생물학적 동정 (Molecular Identification of Pooideae, Poaceae in Korea)

  • 이정란;김창석;이인용
    • Weed & Turfgrass Science
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    • 제4권1호
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    • pp.18-25
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    • 2015
  • DNA 바코드는 게놈 DNA의 단편을 이용해 형태적 지식없이 종을 동정하는 방법으로 전 세계적으로 최근에 많이 이용하고 있으며 고등식물에서는 엽록체 rbcL과 matK 유전자를 이용하고 있다. 본 연구에서는 표준 식물 바코드마커와 핵 ITS 부위를 이용하여 국내 포아풀아과 잡초 16속 29종 163생태형의 바코드 데이터를 생산하는 것을 목적으로 하였다. 더불어 포아풀아과의 바코드에서 각 마커의 효율성도 조사하였다. 바코드 결과 PCR 증폭과 염기서열 분석성공률은 rbcL에서 가장 높았으며 matK에서 가장 낮았다. 반대로 바코드 갭은 matK에서 가장 높은 반면 rbcL에서 가장 낮았으며, 종 식별 해상력은 matK에서 가장 높고, ITS에서 가장 낮았다. 그러나 바코드 갭과 종 식별 해상력이 가장 높은 matK를 포아풀아과에서 바코드 마커로 이용하는 것은 너무 낮은 PCR 증폭과 염기서열 분석성공률(58.3%) 때문에 고려해야할 것으로 생각된다. 단일마커로 rbcL과 ITS는 포아풀아과의 바코드에 적절하게 이용될 수 있으며, 두 마커를 조합으로 이용하면 공통으로 분석된 샘플에 따라 바코드 갭과 종 식별 해상력을 높일 수 있었다. 포아풀아과의 바코드데이터는 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁하여 genbank 번호를 부여받아 공개하였다.

국내 표고버섯 주요 버섯파리의 분자생물학적 종 동정 및 발생양상 (Molecular identification of fungus gnats from shiitake mushroom in Korea)

  • 권선정;김형환;송진선;김동환;조명래;양창열;강택준;안승준;전성욱
    • 한국버섯학회지
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    • 제11권4호
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    • pp.201-207
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    • 2013
  • 표고버섯 재배지에서 버섯파리는 가장 문제가 되는 주요해충이다. 버섯파리에 의한 피해를 입은 농가는 표고버섯의 생산 뿐만 아니라 상품성이 현저히 떨어져 많은 피해를 입고 있다. 국내 표고버섯 재배양식은 크게 원목과 톱밥배지에 의한 방법으로 나뉘는데 재배양식의 차이 및 지역 간 주요 피해원인이 되는 버섯파리의 종과 분포양상을 조사하기 위해 봄부터 가을까지 경기도와 충청도 지역의 주요 표고버섯 재배지에서 버섯파리를 채집하였다. 채집은 황색 끈끈이트랩(참고, Yellow sticky trap)을 이용하였고 버섯파리의 종 동정은 cytochrome c oxidase subunit I (COI)의 염기서열 분석을 통해 버섯파리류의 다양한 종을 분류하였다. 그 결과, 원목을 이용하는 표고버섯 재배지에서는 Bradysia difformis, B. alpicola가 우점종인것으로 나타났고, 톱밥배지로 표고버섯을 재배하는 농가의 경우, B. difformi와 Scatopsidae sp.의 종이 다량 동정되었다. 그 외에도 B. trispinifera, B. longimentura, B. chlorocornea, B. protohilaris 및 Lycoriella ingenua가 동정되었다.