• 한국가축번식학회지
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• 제23권4호
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• pp.303-311
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• 1999

본 연구는 정자세포로부터 분리된 genome 내 DNA를 PCR 기법으로 증폭시킨 후 random amplified polymorphic DNA(RAPD) 분석을 통해 무지개송어의 품종 내 유전적 특성과 변이성을 해석하고 품종의 특이 유전적 표지를 개발하기 위해서 수행되었다. 20 종류의 primer를 사용하여 RAPD 양상을 검색한 후 다형현상의 출현빈도와 band 수에 기초하여 이들 중 6개의 primer를 선정하여 이용하였다. 그 중에 4개의 primer는 17개의 RAPD marker를 나타내었고, 그중 primer 당 8개인 48개 (28%)의 band 가 다형성을 보여주었다. 6개의 primer 중 4개는 개체들 사이에 다형성을 나타내는 band를 나타내었다. Bandsharing 의 경우 연어와 비교될 만큼 무지개송어는 3개의 특이적인 DNA marker를 가지고 있었다 (2.3. 2.0 및 1.3kb). 같은 무작위 primer를 이용해서 나타난 개별적인 band는 단일 primer 가 무지개송어의 정자핵 DNA의 경우 적어도 3개의 독립적인 genome 내 다형성을 탐지해 낼 수 있다는 것을 제시하고 있다. 이러한 primer에 의해서 나타난 RAPD 다형성은 개체식별을 위한 유전적 표지인자로서 사용될 수 있는 가능성을 제시하였으며, RAPD-PCR은 많은 어종에서 다형현상을 밝혀내는 기술이라 할 수 있다. 본 연구는 RAPD marker가 풍부하고 재현성이 있으며 RAPD 다형성을 지닌 marker를 사용하여 이러한 중요한 양식대상어종에서 미래의 gene mapping과 MAS 를 위한 기초를 제공해 줄 수 있다. RAPD 다형성은 어류의 품종 분화를 위한 유전적 표지로서 유용한 것으로 결론지을 수 있을 것이다.

• 생명과학회지
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• 제9권1호
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• pp.15-21
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• 1999

PCR 기법을 응용한 RAPD 방법은 대상 생물의 유전정보를 전혀 모르는 상태에도 arbitrary primer를 이용하여 증폭함으로써 생물 종간의 유전적 표식자를 확인할 수 있는 간편하고 유익한 유전분석 방법이다. 이같은 RAPD 방법을 이용하여 해조류 방사무늬 김, 미역, 구멍갈파래에 대하여 DNA를 추출하지 않고 직접 생 엽체 및 생 사상체, 생 배우체를 PCR template로 사용하여 PCR product를 생산하였다. 그러나 specific primer를 이용한 nulear r DNA의 internal trancribed spacer (ITS) 부위는 생성물을 만들지 못하였다. 간편한 LiCl 방법에 의하여 추출된 DNA를 사용하였을 때는 IST 및 RAPD 모두 PCR product를 생산하였다. 방사무늬 김의 엽체 (haploid)와 사상체 (dip-loid)로 부터의 ITS 생성물은 동일하였으나 RAPD 생성물은 사용한 arbitrary primer에 따라 36-50$\%$의 다른 band가 만들어졌다. 또한 직접 생 조직을 사용하였을때와 추출 DNA를 사용하였을 때도 53-57$\%$의 다른 band가 만들어 줬다. 그러므로 RAPD 방법으로 유전분석 실험에는 동일한 ploidy의 조직을 template로서 사용하는 것이 중요하다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제35권3호
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• pp.203-210
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• 1997

이질아메바 병원성 분리주에서 특이적으로 발현되는 mRNA를 동정하고자 differential display reverse transcription-polymerase chain reaction(DDRT-PCR)을 수행하여 병원성 특이 증폭산물을 확인하였다. 한국인에서 검출한 이질아메바 병원성 분리주 YS-27과 Entamoeba dispar분리주인 S 16으로부터 정제한 mRAN를 주형으로 11개의 arbitrary primer와 3개의 one base anchored $oligo-dT_{11}M$(M: A, C 또는 G)의 조합을 이용, DDRT-PCR을 실시한 결과 31개의 분획이 YS-27주에서만 증폭된 것으로 확인되었다. 이 331개 DNA 중 21개는 cysteine proteinase 유전자와 상동성을 나타내었다. YS-27주로부터 제작된 cDNA library를 나머지 DNA를 탐침으로 사용, 검색하여 최종 4개의 clone을 얻었다. 이 4개의 clone을 이용, immunoscreening을 수행한 결과, 이 clone들은 이질아메바 감염자 혈청과 양성반응을 나타내고 있었다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제18권2호
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• pp.67-72
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• 2003

RAPD 분석은 한 개의 primer를 이용하여 임의의 DNA 조각을 증폭하는 것이다. 이때 만들어지는 여러 형태의 DNA pattern을 이용하여 리스테리아 모노사이토제네스를 분류할 수 있다. 리스테리아균들을 효과적으로 RAPD typing 할 수 있는 primer들을 엄선하기 위하여 리스테리아 표준균주 13종을 대상으로 총 31가지 primer들의 RAPD 분리력을 비교하여 보았다. 결과는 재현성이 높았으며 이중 6가지 primer(primer 6, HLWL74, UBC155, UBC127, Lis5, Lis11)가 discrimination index, band의 숫자, band scoring의 난이도 등을 고려해 볼 때 나머지 primer 들에 비해 우수한 분리력을 보였다. 이들 primer들은 장차 리스테리아의 RAPD typing에 이용될 수 있을 것으로 보이며, 현재는 이들을 이용하여 돈육공장의 오염원 규명을 위한 연구를 수행 중이다.

• Animal cells and systems
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• 제5권4호
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• pp.333-339
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• 2001

Common carp (Cyprinus carpio) and its aquaculture breed Israeli carp samples were obtained from two separate aquaculture facilities under the similar raising conditions during two years in the Kunsan National University, Korea. Genomic DNA was isolated from the common carp and Israeli carp for identification of genetic characteristics and genomic polymorphisms by polymerase chain reaction amplification of DNA using arbitrary primers. The arbitrary primer No.21 (ACTTCGCCAC) yielded the highest number of fragments with the average of 15.0 among the primers used in Israeli carp. A tota1 of 294 polymorphic products in common carp and 336 in Israeli carp were observed by random primers. The average number of polymorphic products generated by random RAPD primer No. 2 (GTAGAC-CCGT) showed 8.0 in Israeli carp. On average, each random RAPD primer produced 5.4 amplified polymorphic products in common carp and 6.2 in Israeli carp. An average genetic similarity (BS value) was 0.44$\pm$0.05 within the common carp and 0.32$\pm$0.04 within the Israeli carp. The degree of similarity frequency (BS) between two carps was 0.67 as generated by the primer No. 19 (GACGGATCAG). The average level of bandsharing was 0.57$\pm$0.03 between the two carps. Accordingly, the two carp populations were genetically a little distant. The electrophoretic analysis of PCR-RAPD products showed middle levels of variation between the two carp populations. This result implies that the genetic diversity among intra-population may be higher when compared with that between the two carps. The RAPD polymorphism generated by these random primers might be used as a genetic marker for populations or lines identification in important aquacultural carp.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제24권2호
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• pp.61-68
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• 2008

Acrylamide is present as a contaminant in heated food products, predominantly from the precursor asparagine. Nonanchored inter simple sequence repeats (ISSRs) are arbitrary multiloci markers produced by PCR amplification with a microsatellite primer. In order to assess the feasibility of microsatellite primers as markers for DNA damage, the study was conducted on common bean (Phaseolus vulgaris L.) exposed to different concentrations of acrylamide. Polymorphisms were abundant among plant samples treated with acrylamide in comparison to control (untreated one) tested with 4- tri-nucleotide, 2 tetra-nucleotide, and 3- dinucelotide primers. The primer (CCG)4 was the best tested primer to generate polymorphism between the DNA of plants treated or not by acrylamide. Polymorphisms became evident as the presence and absence of DNA fragments in treated samples compared with the untreated one. The highest number of DNA variation on ISSR patterns was observed at the micromollar concentrations of acrylamide. Acrylamide was able to induce DNA damage in non concentration-dependent manner with effectiveness at micromollar concentrations. This study demonstrated that ISSR markers can be highly reliable for identification of DNA damage induced by acrylamide.

• 한국임상수의학회지
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• 제16권1호
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• pp.19-25
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• 1999

A total of 137 strains of Staphylococcus aureus were isolated from dairy cow's milk with subclinical mastitis from 33 herds in 5 provinces and 36 strains of S aureus from clinical mastitis from 4 herds where the mastitis were severe problem. Arbitrary primed polymerase chain reactions with 10 bp oligonucleotide primer were performed and the PCR products were analysed with image analyzer, The S aureus strains were genotyped into 20 distinct DNA fingerprinting profiles. The size of PCR products ranged from 163 to 2,479 bp and PCR products of 506, 770, 784 and 2,479 bp were the most prevailing bands. Genotype 3 was founded in all 5 provinces. The various genotypes were identified in newly founded dairy herds, however, only one or two genotypes were identified in the closed herds. In clinical mastitis, only a limited number of different S aureus genotype was founded in each of the herds in comparision with subclinical mastitis. The results demonstrated that PCR-based DNA fingerprinting analysis of S aureus strain can be used to study epidemiology of mastitis, in addition, common genotype in geographic region can be useful for the development of an effective S aureus bacterin.

• 대한수의학회지
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• 제42권2호
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• pp.191-199
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• 2002

이 연구는 AP-PCR 기법을 이용하여 Salmonella 균주의 유전적 다양성과 근연관계를 비교하고자 수행하였다. 18종의 Salmonella 균주에 대해 8종류의 primer를 이용하여 각 균주에 대한 DNA 밴드를 검출한 결과 총 AP-PCR 단편의 수는 39에서 52개의 범위였으며 평균 43.6개가 검출되었다. 총 349개의 표지인자가운데 다형성을 나타내는 단편들은 185개로서 53.0%의 다형성 수준을 보여주었다. 살모넬라균주들은 GEN 703과 GEN 708 primer에서 각각 0.682와 0.676의 높은 다형성 수준을 보여주었으나 GEN 603, GEN 604, 및 GEN 607 primer에서는 각각 0.404, 0.460 및 0.472의 비교적 낮은 수준의 다형성을 나타냄으로써 살모넬라균주간 상동성 비율이 높음을 시사해 주고 있다. 따라서, 이들 primer들은 Salmonella 균주들의 AP-PCR 분석에 대단히 효율적임을 확인할 수 있었다. S typhimirium CU 2001의 다형성 수준은 77%로 S typhimirium CU 2002와 가장 근연관계가 가까운 것으로 나타났으며 다음이 S typhimirium CU 2003으로 63%, S typhimirium ATCC 14028이 50%, 그리고 S typhimirium CU 2004가 43%의 근연관계를 나타내었다. S enteritidis ATCC 13076의 다형성 수준은 83%로 S enteritidis CU 2005와 근연관계가 가장 가깝게 나타내었으며 다음이 S enteritidis CU 2006으로 63%, S enteritidis CU 2007이 58%의 근연관계를 나타내었다. S choleraesuis CU 2009의 다형성 수준은 67%로 S choleraesuis CU 2010과 가장 가까운 근연관계를 나타내었으며 S choleraesuis CU 2008은 53%의 근연관계를 나타내었다. S gallinarum CU 2011과 S gallimarum CU 2012의 다형성 수준은 70%로 근연관계가 가장 가깝게 나타났으며 S gallinarum ATCC 9184는 60%의 근연관계를 나타내었다. 마지막으로 S pullorum CU 2013과 S pullorum CU 2014의 다형성 수준은 80%로 매우 높은 근연관계를 나타낸 반면 S pullorum No 11은 53%로 근연관계가 먼 것으로 나타났다. 따라서, AP-PCR 분석은 Salmonella 균주의 유전적 다양성 및 근연관계를 추정하기 위한 강력한 도구로서 이용할 수 있을 것이다.

• 산업기술연구
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• 제28권A호
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• pp.141-147
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• 2008

Several contaminated bacteria such as Lactobacillus brevis and Pediococcus damnosus in beer production cause beer spoilage by producing off flavours and turbidity. Detection of these organisms is complicated by the strict anaerobic conditions and lengthy incubation times required for their cultivation, consequently there is a need for more rapid detection methods. Recently, two contaminated strains were isolated from vessel of beer production and identified as Lactobacillus species by API kit identificaton as well as 16S-23S ITS sequencing analyses. Two isolated strains were named as Lactobacillus sp. HLA1 and Lactobacillus HLB2, respectively. A polymerase chain reaction (PCR) method was developed for the rapid and specific detection of Lactobacillus sp.. Two sets of primer pairs (HLA1-F/HLA1-R and HLB2-F/HLB2-R) were designed for the amplification of a 1576 base pair (bp) fragment of the HLA1 16S-23S rRNA gene and 1888 bp fragement of the HLB2 16S-23S rRNA. Amplified PCR products were highly specific to detect corresponding bacteria when other contaminated strains were used as PCR templates. However, detection of both strains were limited when $100{\mu}{\ell}$ of cultured samples were mixed with $100m{\ell}$ of beer sample in arbitrary manner. The sensitivity of the assay still needs to be improved for direct detection of the small amounts of bacteria present in beer.

• 대한임상검사과학회지
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• 제36권2호
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• pp.89-97
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• 2004

Many strains of Staphylococcus aureus were isolated from pus samples from primary, secondary, and tertiary medical institutions and were subjected to an antibiotic sensitivity test. Ciprofloxacin, clindamycin, erythromycin, gentamicin, oxacillin penicillin, tetracycline, trimethoprim/sulfamethoxazole, vancomycin and teicoplanin were used for the antibiotic sensitivity test. The strains showed hightest resistance to penicillin(91%), but all of strains tested were susceptible to vancomycin and teicoplanin. The isolated multi-drug(penicillin-tetracycline-ciprofloxacin-clindamycin-erythromycin- oxacillin-gentamicin) resistant S. aureus were analyzed genotypically using an AP-PCR(Arbitrarily Primed polymerase chain reaction) with an arbitrary 3 primers. Based on the result for genotype analysis, the genotypes identified by S1 primer did not coincide with those of S2 or E2 primers. Genotypes identified by S2 primer did not coincide with those of S1 or E2 primers. Also genotypes identified by the E2 primer did not coincide with those of S1 or S2 primers. Therefore, an analysis of AP-PCR test with multiple primers will provide more sensitive identification. A strain from a secondary medical institution and a strain from a tertiary medical institution which showed the same genotype for S1, S2, and E2 primers are required for further epidemiological study.