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Delineating Transcription Factor Networks Governing Virulence of a Global Human Meningitis Fungal Pathogen, Cryptococcus neoformans

  • Jung, Kwang-Woo;Yang, Dong-Hoon;Maeng, Shinae;Lee, Kyung-Tae;So, Yee-Seul;Hong, Joohyeon;Choi, Jaeyoung;Byun, Hyo-Jeong;Kim, Hyelim;Bang, Soohyun;Song, Min-Hee;Lee, Jang-Won;Kim, Min Su;Kim, Seo-Young;Ji, Je-Hyun;Park, Goun;Kwon, Hyojeong;Cha, Sooyeon;Meyers, Gena Lee;Wang, Li Li;Jang, Jooyoung;Janbon, Guilhem;Adedoyin, Gloria;Kim, Taeyup;Averette, Anna K.;Heitman, Joseph;Cheong, Eunji;Lee, Yong-Hwan;Lee, Yin-Won;Bahn, Yong-Sun
    • 한국균학회소식:학술대회논문집
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    • 한국균학회 2015년도 춘계학술대회 및 임시총회
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    • pp.59-59
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    • 2015
  • Cryptococcus neoformans causes life-threatening meningoencephalitis in humans, but the treatment of cryptococcosis remains challenging. To develop novel therapeutic targets and approaches, signaling cascades controlling pathogenicity of C. neoformans have been extensively studied but the underlying biological regulatory circuits remain elusive, particularly due to the presence of an evolutionarily divergent set of transcription factors (TFs) in this basidiomycetous fungus. In this study, we constructed a high-quality of 322 signature-tagged gene deletion strains for 155 putative TF genes, which were previously predicted using the DNA-binding domain TF database (http://www.transcriptionfactor.org/). We tested in vivo and in vitro phenotypic traits under 32 distinct growth conditions using 322 TF gene deletion strains. At least one phenotypic trait was exhibited by 145 out of 155 TF mutants (93%) and approximately 85% of the TFs (132/155) have been functionally characterized for the first time in this study. Through high-coverage phenome analysis, we discovered myriad novel TFs that play critical roles in growth, differentiation, virulence-factor (melanin, capsule, and urease) formation, stress responses, antifungal drug resistance, and virulence. Large-scale virulence and infectivity assays in insect (Galleria mellonella) and mouse host models identified 34 novel TFs that are critical for pathogenicity. The genotypic and phenotypic data for each TF are available in the C. neoformans TF phenome database (http://tf.cryptococcus.org). In conclusion, our phenome-based functional analysis of the C. neoformans TF mutant library provides key insights into transcriptional networks of basidiomycetous fungi and ubiquitous human fungal pathogens.

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척추뼈전이암 환자의 체부정위방사선치료계획 비교: 동시통합추가치료법 대 RTOG 0631 프로토콜 (Comparison of Dose Distribution in Spine Radiosurgery Plans: Simultaneously Integrated Boost and RTOG 0631 Protocol)

  • 박수연;오동렬;박희철;김진성;김종식;신은혁;김혜영;정상훈;한영이
    • 한국의학물리학회지:의학물리
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    • 제25권3호
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    • pp.176-184
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    • 2014
  • 척추뼈전이암 환자를 대상으로 본원의 동시통합추가치료법(SIB)과 RTOG 0631 프로토콜에 따른 체부정위방사선치료계획을 세우고, 선량분포를 비교하였다. 간암 원발인 척추 뼈 전이암 환자 5명을 대상으로 전산화단층촬영 영상과 자기공명영상(T1, T2)를 바탕으로 영상융합을 시행하였다. 본원에서 시행하는 SIB방법은 영상에서 보이는 종양을 GTV로 설정하고, GTV를 포함한 전체 척추체부(entire vertebral body, VB)를 CTV1로 정의하였고 GTV에 18 Gy CTV1에 10 Gy를 1회 처방하였다. RTOG 0631 프로토콜 방법은 GTV의 침윤 정도에 따라 주변부의 추근, 좌우 횡돌기 및 극돌기 등을 선택적으로 포함하여 CTV2로 정의하였고 18 Gy 1회 처방하여 체부정위방사선치료계획을 시행하였다. 선량체적화 결과값을 선량-체적 히스토그램을 통해 분석한 결과, 두 방법 모두 표적에 대하여 처방 선량을 만족하였으며, 척수 및 정상 장기에 대하여는 SIB방법이 RTOG 0631프로토콜보다는 낮은 값을 보였다. 또한, 전체 VB의 조사선량분포를 정량화한 결과, RTOG 0631프로토콜에서도 SIB방법과 동일한 처방선량 허용치 85%이상을 포함하는 것으로 나타났다. 하지만 정상 장기에 대한 선량은 RTOG 0631 프로토콜에 따른 치료 방법이 높은 편이었다. 주변부 장기의 부작용이 우려되는 임상적 상황의 경우 조사 체적이 적은 SIB방법이 좋은 선택이 될 수 있을 것이다. 결론적으로 SIB방법이나 RTOG 0631 프로토콜에 따른 표적체적 설정을 통한 체부정위방사선치료계획 모두 유사한 결과를 보였으며, 향후 다양한 연구를 통해 종양제어확률 및 부작용 확률의 차이를 분석해야 할 것이다.

근위 상완골 골절의 수술적 치료에서 삼각근 분할 도달법과 삼각 대흉간 도달법의 임상적, 방사선학적 추시 결과 비교 (Comparison Study of Different Approach (Deltoid Splitting Approach and Delto-pectoral Interval Approach) for Proximal Humeral Fractures)

  • 김승희;단진명;김병국;이윤석;김형종;류근정;이진현;김재화
    • Clinics in Shoulder and Elbow
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    • 제16권1호
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    • pp.17-26
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    • 2013
  • 목적: 삼각근 분할 도달법 또는 삼각 대흉간 도달법을 이용하여 잠김 압박 금속판 고정 술을 실시한 근위 상완골 골절의 환자에서 방사선학적, 임상적 결과를 비교 분석하였다. 대상 및 방법: 근위 상완골 불안정성 골절로 잠김 압박 금속판을 이용한 골절의 정복 및 고정술을 실시한 75명의 환자를 대상으로, 평균 38.2주의 추시를 하였으며 각 군에서 수술 후 상완골의 경간각의 변화를 방사선학적 결과로 측정하고, 기능적 결과로 KSS 및 Constant score 차이를 측정하여 비교 분석하였다. 결과: 수술 도달법에 따른 방사선학적 결과에서 상완골 경간각의 차이는 삼각근 분할 도달법에서 평균 12.04도와 삼각 대흉간 도달법에서 평균 10.20도로 통계학적으로 유의한 차이는 없었다. 기능적 결과에서 KSS의 차이와 Constant score의 차이는 삼각근 분할 도달법이 22.74점 및 13.78점으로 삼각 대흉간 도달법의 31.13점과 19.41점보다 우수한 결과를 보였다. 결론: 불안정한 근위 상완골 골절의 치료에서 삼각근 분할 도달법을 통한 골절의 정복과 잠김 압박 금속판을 사용한 고정술이 기능적인 결과의 회복에 더 효과적일 것으로 사료된다.

횡령.배임 및 최대주주변경을 고려한 부실기업예측모형 연구 (An empirical study on a firm's fail prediction model by considering whether there are embezzlement, malpractice and the largest shareholder changes or not)

  • 문종건;황보윤
    • 벤처창업연구
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    • 제9권1호
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    • pp.119-132
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    • 2014
  • 본 연구는 코스닥 기업의 횡령 배임 및 최대주주변경을 고려한 부실기업 예측 모형을 연구하였다. 모형개발을 위해 2009년부터 2012년까지 코스닥시장에서 상장폐지된 제조기업 83개사를 부실기업표본으로 선정하였고. 정상기업 표본은 같은 기간 코스닥시장에 상장되어 정상적인 영업활동을 하고 있으며 부실기업과 동일아이템 혹은 동종업종에 속한 83개사를 선정하여 총 166개사를 쌍대표본 추출법으로 구성하였다. 본 연구는 상기 표본기업의 상장폐지 직전 5년간 재무비율 80개를 선정하여 T-test를 실시하여 유의미한 변수 중에서 5년 연속 출현한 19개를 도출하였고 전진선택법을 이용하여 로지스틱 회귀분석 모형식을 추정하였다. 기존 연구에서는 상장폐지 직전 3년간 자료만을 분석하였으나 본 연구는 직전 5년간 자료를 분석하여 기업이 부실화되는 초기과정부터 어떤 유의미한 재무적 특성이 시차를 두고 부실화에 영향을 미치는 지를 연구했다는 점과 선행 연구에서 시도되지 않은 횡령 배임과 최대 주주변경이라는 비재무적인 특성을 더미변수로써 고려된 부실기업예측모형을 구축하여 그 정보의 유용함을 실증적으로 분석한 점이 기존 선행연구들과 차별화 된다. 연구결과, 더미변수를 추가한 모형의 판별력은 T-1년에 95.2%, T-2년에 88.0%, T-3년에 81.3%, T-4년에 79.5%, T-5년에 74.7%로 나타났으며, 상장폐지 년도에 가까워지면서 판별력도 점차 올라갔으며 기존 선행연구의 결과보다도 대체로 높은 판별력을 보였다. 본 연구가 사전에 부실화될 가능성이 높은 기업을 찾아냄으로써 해당기업은 물론 투자자, 금융기관 및 기타 이해관계자들의 피해를 조금이나마 줄여 줄 수 있을 것이라고 기대된다.

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대구시 도시근린공원의 접근성에 따른 환경적 형평성 분석 (Environmental Equity Analysis of the Accessibility of Urban Neighborhood Parks in Daegu City)

  • 서현진;전병운
    • 한국지리정보학회지
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    • 제14권4호
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    • pp.221-237
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    • 2011
  • 본 연구는 환경정의 관점에서 도시근린공원의 접근성에 따른 형평성을 대구시를 사례로 분석하였다. 이를 위해 근린공원의 공간통계학적 분포 특성을 살펴 본 후, 최소거리 및 커버리지 접근 방법을 이용하여 접근성을 측정하였다. 여기에서 도출된 접근성에 따른 사회 경제적 특성을 비교하기 위해 근접비율, 맨 휘트니 U 검정, 로지스틱 회귀분석 등과 같은 기술적 추론적 통계를 이용하여 분석하였다. 최소거리 분석에서는 자치구 중 달서구가 근린공원에 대한 접근성이 가장 양호하며, 동구가 가장 불량한 것으로 나타났다. 커버리지 분석에서는 500m와 1,000m 모두 접근성이 가장 양호한 자치구는 달서구, 가장 불량한 자치구는 동구와 남구로 분석되었다. 환경적 형평성 분석 결과 구시가지는 대부분 고령자비율에서 환경적 형평성이 있는 것으로 나타났고, 인구밀도 및 미성년자 비율에서 불형평성이 나타났다. 신시가지는 대부분 인구밀도 및 미성년자 비율에서 환경적 형평성이 있는 것으로 나타났고, 고령자비율과 기초생활수급자비율 및 무상주택비율에서 불형평성이 나타났다. 이러한 결과는 정량적인 도시공원정책에 의한 대구시 도시공원의 조성과정 및 도시개발과정과 영구임대주택의 입지패턴과 밀접한 연관성을 가지고 있었다. 본 연구는 기존의 유해시설과 관련된 환경정의 연구의 주제를 확장하였으며, 도출된 분석결과는 대구시에서 사회 경제적 특성을 반영한 도시공원정책을 수립할 때 기초자료로 활용될 수 있다.

자가 또는 동종 이식물을 이용한 후방 십자 인대 재건술 후의 결과 (The Result of the Arthroscopic Reconstruction of Posterior Cruciate Ligament with Autogenous or Allogenous Graft)

  • 전재균;김의순;최보열;윤창훈;이정웅;선두훈;문명상
    • 대한관절경학회지
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    • 제5권2호
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    • pp.74-79
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    • 2001
  • 목 적 : 후방 십자 인대 손상의 치료로서 관절경적 후방 십자 인대 재건술을 시행하여 임상 결과를 분석하고자 하였으며, 특히 추시상 후방 불안정의 재발 여부와 자가 골-슬개건-골을 이용하여 재건한 경우 및 동종 이식물을 이용한 결과를 비교 분석하였다. 대상 및 방법 : 1994년 1월부터 1999년 5월까지 본원에서 수술 치료한 총 34례의 후방 십자 인대 손상의 환자 중에서 전외측 다발만을 관절경적으로 재건술을 시행하고 12개월 이상 최종 추시가 가능했던 25례 중 자가 반건양건을 이용한 1례를 제외한 24례를 대상으로 하였으며, 24례 중 자가 골-슬개건-골을 이용하여 재건한 경우를 제 I군(11례), 동종 아킬레스 건을 이용하여 재건한 경우를 제 II군(7례), 동종 골-슬개건-골을 이용하여 재건한 경우를 제 III군(6례)으로 하였다. 평가 방법은 24례 모두를 International Knee Documentation Committee(IKDC) knee ligament standard evaluation form, Lysholm knee scoring scale을 이용하여 세 집단을 비교하였으며 전 후방 안정도의 측정을 위해서 $KT-2000^{TM}$ knee ligament arthrometer MED metric, USA(KT-2000)를 사용하였다. Kruskal-Wallis test와 Mann-Whitney U(Wilcoxon Rank Sum) 검정법을 이용하여 세 집단을 비교 통계 분석하였다. 결과 : IKDC 최종 평가상 B(거의 정상)이상은 전체 24례 중 11례$(46\%)$로 만족스러운 결과는 아니었고, KT-2000으로 측정시 양측 비교하여 6mm 이상 차이가 나는 경우는 제 I군 4례$(36\%)$, 제 II군 2례$(29\%)$, 제 III군 2례$(33\%)$에서 후방 불안정성을 보였다. Lysholm knee scoring scale을 이용한 평가 결과는 제 I군이 평균 78점 (fair), 제 II군이 75점(fair), 제 III군이 76점(fair)이었다. 재료에 따른 각 군간의 객관적, 주관적 결과의 차이는 보이지 않았다. 결론 : 후방 십자 인대 손상시 불안정의 정도가 심하지 않은 단독 손상을 제외하고는 관절경적 재건술이 보편화 되는 추세이나, 보다 정확한 수술 술기와 동반 손상에 대한 치밀한 치료 계획이 요구되며, 새로운 시도와 그에 따른 많은 연구가 필요할 것으로 생각된다.

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중립도 기반 선택적 단어 제거를 통한 유용 리뷰 분류 정확도 향상 방안 (Increasing Accuracy of Classifying Useful Reviews by Removing Neutral Terms)

  • 이민식;이홍주
    • 지능정보연구
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    • 제22권3호
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    • pp.129-142
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    • 2016
  • 전자상거래에서 소비자들의 구매 의사결정에 판매 제품을 이미 구매하여 사용한 고객의 리뷰가 중요한 영향을 미치고 있다. 전자상거래 업체들은 고객들이 제품 리뷰를 남기도록 유도하고 있으며, 구매고객들도 적극적으로 자신의 경험을 공유하고 있다. 한 제품에 대한 고객 리뷰가 너무 많아져서 구매하려는 제품의 모든 리뷰를 읽고 제품의 장단점을 파악하는 것은 무척 힘든 일이 되었다. 전자상거래 업체들과 연구자들은 텍스트 마이닝을 활용하여 리뷰들 중에서 유용한 리뷰들의 속성을 파악하거나 유용한 리뷰와 유용하지 않은 리뷰를 미리 분류하는 노력을 수행하고 있다. 고객들에게 유용한 리뷰를 필터링하여 전달하는 방안이다. 본 연구에서는 문서-단어 매트릭스에서 단어의 제거 기준으로 온라인 고객 리뷰가 유용한 지, 그렇지 않은지를 구분하는 문제에서 단어들이 유용 리뷰 집합과 유용하지 않은 리뷰집합에 중복하여 등장하는 정도를 측정한 중립도를 제시한다. 제시한 중립도를 희소성과 함께 분석에 활용하여 제거할 단어를 선정한 후에 각 분류 알고리즘의 성과를 비교하였다. 최적의 성과를 보이는 중립도를 찾았으며, 희소성과 중립도에 따라 단어를 선택적으로 제거하였다. 실험은 Amazon.com의 'Cellphones & Accessories', 'Movies & TV program', 'Automotive', 'CDs & Vinyl', 'Clothing, Shoes & Jewelry' 제품 분야 고객 리뷰와 사용자들의 리뷰에 대한 평가를 활용하였다. 전체 득표의 수가 4개 이상인 리뷰 중에서 제품 카테고리 별로 유용하다고 판단되는 1,500개의 리뷰와 유용하지 않다고 판단되는 1,500개의 리뷰를 무작위로 추출하여 연구에 사용하였다. 데이터 집합에 따라 정확도 개선 정도가 상이하며, F-measure 기준으로는 두 알고리즘에서 모두 희소성과 중립도에 기반하여 단어를 제거하는 방안이 더 성과가 높았다. 하지만 Information Gain 알고리즘에서는 Recall 기준으로는 5개 제품 카테고리 데이터에서 언제나 희소성만을 기준으로 단어를 제거하는 방안의 성과가 높았으며, SVM에서는 전체 단어를 활용하는 방안이 Precision 기준으로 성과가 더 높았다. 따라서, 활용하는 알고리즘과 분석 목적에 따라서 단어 제거 방안을 고려하는 것이 필요하다.

사용자 간 신뢰관계 네트워크 분석을 활용한 협업 필터링 알고리즘의 예측 정확도 개선 (Enhancing Predictive Accuracy of Collaborative Filtering Algorithms using the Network Analysis of Trust Relationship among Users)

  • 최슬비;곽기영;안현철
    • 지능정보연구
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    • 제22권3호
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    • pp.113-127
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    • 2016
  • 협업 필터링(Collaborative Filtering)은 유용성과 정교성 면에서 가장 성공적인 추천 알고리즘으로 평가받으며 산업계나 학계에서 많이 활용 및 연구되고 있지만, 기본적으로 사용자들이 평가한 점수에만 기반하여 추천결과를 생성하는 한계점이 있다. 이에 본 연구는 사용자가 상품을 구매할 때 자신이 신뢰하는 타인의 추천을 더 적극적으로 수용할 것이라는 점에 착안하여, 사용자의 평점 외에 사용자 간 신뢰관계를 소셜네트워크분석으로 분석한 결과를 추가로 반영하는 추천 알고리즘들을 제안하였다. 구체적으로 본 연구에서는 소셜네트워크분석에서 네트워크 내의 중심적 위치를 나타내는 척도인 내향 및 외향 중심성을 활용하여 사용자 간 유사도를 산출하는 알고리즘들과 사용자 신뢰 네트워크를 탐색하여 추천 대상이 되는 사용자가 직접 간접적으로 신뢰하는 사용자의 평가점수를 보다 높게 반영하는 알고리즘을 제안한 뒤 그 성능을 비교해 보았다. 실제 데이터에 적용하여 분석한 결과, 사용자 신뢰 네트워크의 내향 중심성 지수를 조건 없이 적용한 경우에는 오히려 정확도의 감소만을 야기하는 것으로 나타났고, 일정 임계치 이상의 외향 중심성을 갖는 사용자에 한해 내향 중심성 지수를 고려한 추천 알고리즘은 전통적인 협업 필터링에 비해 약간의 정확도 개선이 이루어짐을 확인할 수 있었다. 아울러, 사용자 신뢰 네트워크를 기반으로 탐색하는 알고리즘이 가장 우수한 성능을 보이는 것을 알 수 있었으며, 전통적인 협업 필터링과 비교해서도 통계적으로 유의한 수준의 정확도의 개선이 이루어짐을 확인할 수 있었다.

동계 저온기의 소하천 수질에 미치는 하·폐수의 온배수 영향 (Thermal Effluent Effects of Domestic Sewage and Industrial Wastewater on the Water Quality of Three Small Streams (Eung, Chiljang and Buso) during the Winter Season, Korea)

  • 황순진;전경혜;엄현수;김난영;신재기
    • 생태와환경
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    • 제50권2호
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    • pp.238-253
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    • 2017
  • 하 폐수는 하천과 저수지의 부영양화와 녹조현상에 대한 주요 원인 중의 하나로 잘 알려져 있으며, 또한 잠재적인 열오염의 원인을 제공하지만 온배수 관점에서 연구는 거의 없었다. 본 연구는 2015년 12월부터 2016년의 2월까지 동계에 연접하는 하천에서 온배수의 거동 실태와 수질에 미치는 영향을 파악하고자 생활하수, 산업폐수 및 온천폐수를 대상으로 그 시공간적 특성을 조사하였다. 조사지점은 각 하천에서 상류, 방류구 및 하류의 4개씩 선정하였고, 온배수의 배출지점으로부터 유하거리에 따른 수온 변화를 모니터링 하였다. 하천에서 하 폐수의 온도 영향과 범위는 배출수 온도와 양뿐만 아니라 현장 기온, 수온 및 하천유량에 의존하였다. 하 폐수의 수온 영향은 하천 합류 후 $2.1{\sim}5.8^{\circ}C$ 증가와 1.0~5.5 km까지 관찰되었다. 특히, 온천폐수는 양적으로 적었으나 온도 영향은 가장 컸다. 하 폐수는 온도뿐만 아니라 유기물과 영양염의 증가에도 관련되었다. 산업폐수는 N 계열, 온천폐수는 P N 계열에서 각각 높은 농도로 방류되었다. 이에 대한 차이는 화학적 총인처리의 유 무에 의한 것이었다. 부착조류 Chl-a 함량은 온배수 방류구와 하류구간에서 높았고, 대부분 부영양 수준이었다. 이러한 생태학적 결과는 하천의 높은 수온과 P 농도 때문이었고, 하 폐수의 온배수가 그에 대한 주 원인을 제공하는 것으로 판단되었다. 본 연구의 결과는 하천수질(수온, 비옥도)에 대한 하 폐수의 온배수 영향을 보다 체계화된 시공간적 연구로서 평가할 필요성이 큼을 시사한다.

요양병원 입원 노인환자의 섬망예방을 위한 안위증진 프로그램 개발 및 효과 검증 (Effects of the Comfort Promotion Program for Prevention of Delirium among Elderly Patients Hospitalized in Long-term Care Hospital)

  • 황혜정;신영희;김가은
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제18권9호
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    • pp.203-215
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    • 2017
  • 본 연구는 요양병원 입원 노인환자를 대상으로 섬망예방을 위한 안위증진 프로그램이 섬망발생, 섬망지속정도, 섬망위험요인을 감소시키는데 효과가 있는지 검토하기 위한 비동등성 대조군 전후 설계의 유사실험연구이다. 자료수집 기간은 2016년 7월 3일부터 8월 20일까지 이루어졌으며 연구 대상은 요양병원에 입원중인 65세 이상의 노인 환자로 실험군 34명, 대조군 34명이었다. 자료분석은 IBM SPSS 21.0 Program을 이용하여 independnet t-test, repeated measures ANOVA를 이용하여 분석하였다. 섬망예방을 위한 안위증진 프로그램은 Kolcaba이론을 바탕으로 개발하였고, 개발된 프로그램의 효과는 다음과 같다. 섬망발생률은 실험군 2.9% (1/34명), 대조군 14.7% (5/34명)로 실험군에서 통계적으로 유의하게 낮았으며($x^2=3.98$, p=.047), 섬망심각도는 실험군(0.24)이 대조군(5.1)에 비해 통계적으로 유의하게 낮았다(t=2.27, p=.027). 섬망지속시간은 실험군(2일)이 대조군(2~10일)보다 통계적으로 유의하게 짧은 것으로 나타났다($x^2=3.22$, p=.043). 시간의 변화에 따라 실험군에서 안위는 증가하였으며(F=108.85, p<.001), 불안(F=63.39, p<.001)과 우울(F=89.78, p<.001)은 감소하였다. 수면의 질은 실험군이 대조군에 비해 높았고(F=63.63, p<.001), 통증은 실험군이 대조군에 비해 낮았다(F=93.64, p<.001). 결론적으로 요양병원에 입원한 노인환자의 섬망예방을 위해서 신체, 심리 영적, 사회 문화적, 환경적 접근을 한 Kolcaba이론에 근거한 섬망예방을 위한 안위중재예방프로그램의 효과가 있는 간호중재임이 확인되었다. 따라서 요양병원 입원 노인환자들의 섬망예방을 위해서 신체, 심리 영적, 사회 문화적, 환경적 맥락에서의 섬망예방을 위한 안위중재프로그램을 확대 시행할 필요가 있음을 제언한다.