• Genomics & Informatics
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• 제21권2호
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• pp.21.1-21.14
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• 2023

Fusobacterium nucleatum is a gram-negative bacteria associated with diverse infections like appendicitis and colorectal cancer. It mainly attacks the epithelial cells in the oral cavity and throat of the infected individual. It has a single circular genome of 2.7 Mb. Many proteins in F. nucleatum genome are listed as "Uncharacterized." Annotation of these proteins is crucial for obtaining new facts about the pathogen and deciphering the gene regulation, functions, and pathways along with discovery of novel target proteins. In the light of new genomic information, an armoury of bioinformatic tools were used for predicting the physicochemical parameters, domain and motif search, pattern search, and localization of the uncharacterized proteins. The programs such as receiver operating characteristics determine the efficacy of the databases that have been employed for prediction of different parameters at 83.6%. Functions were successfully assigned to 46 uncharacterized proteins which included enzymes, transporter proteins, membrane proteins, binding proteins, etc. Apart from the function prediction, the proteins were also subjected to string analysis to reveal the interacting partners. The annotated proteins were also put through homology-based structure prediction and modeling using Swiss PDB and Phyre2 servers. Two probable virulent factors were also identified which could be investigated further for potential drug-related studies. The assigning of functions to uncharacterized proteins has shown that some of these proteins are important for cell survival inside the host and can act as effective drug targets.

• Journal of Computing Science and Engineering
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• 제2권2호
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• pp.162-179
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• 2008

We have developed a tool for annotation of electronic health record (EHR) data. Currently we are in the process of manually annotating a corpus of Norwegian general practitioners' EHRs with mainly linguistic information. The purpose of this project is to attain a linguistically annotated corpus of patient histories from general practice. This corpus will be put to future use in medical language processing and information extraction applications. The paper outlines some of our practical experiences from developing such a corpus and, in particular, the effects of semi-automated annotation. We have also done some preliminary experiments with part-of-speech tagging based on our corpus. The results indicated that relevant training data from the clinical domain gives better results for the tagging task in this domain than training the tagger on a corpus form a more general domain. We are planning to expand the corpus annotations with medical information at a later stage.

• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제37권7호
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• pp.548-557
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• 2010

본 연구는 IPTV의 지능형 검색을 가능하게 하는 VOD 어노테이션을 위해 효율적인 반자동 온톨로지 모델링 기법을 제안한다. 제안하는 방법은 워드넷(WordNet)으로 부터 특정 도메인(또는 장르)을 대표하는 콘텐츠에 관련된 키워드의 상 하위어와 동의어에 해당하는 부분 트리를 추출하고, 워드넷에 없는 외래어, 한자어 등은 확장하여 콘텐츠 온톨로지를 구축한다. 이 온톨로지는 보편적 계층구조와 특정 계층구조를 생성한다. 전자는 콘텐츠와 관련 키워드를 제약 기술(description)을 포함하는 클래스로 정의한 어휘의 의미 모델이다. 후자는 생성된 모델에 함의관계(subsumption) 추론 기술을 적용하여 키워드를 관련있는 콘텐츠로 추론한 모델이다. 어노테이션은 이 온톨로지를 기반으로 VOD에 콘텐츠와 장르의 메타데이터를 의미 기반으로 생성한다. 보편적 계층구조는 서비스 도메인에 독립적으로 재사용이 가능하며, 특정 계층구조는 서비스 목적에 맞는 완전하고 함축적인 모델을 생성한다. 제안하는 방법은 서비스 도메인에 상관없이 적용 가능한 알고리즘이며, 2,400건의 테스트 데이터로 어노테이션 결과를 평가하여 82%의 정확도를 보였다.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제9권1호
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• pp.114-121
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• 2008

비디오 데이터를 효율적으로 처리하기 위해서는 비디오 데이터가 가지고 있는 내용에 대한 정보를 데이터베이스에 저장하고 사용자들의 다양한 질의를 처리할 수 있는 의미기반 검색 기법이 요구된다. 본 논문에서는 주석기반 검색과 특징기반 검색을 이용하여 대용량의 비디오 데이터에 대한 사용자의 다양한 의미검색을 지원하는 에이전트 기반에서의 자동화되고 통합된 환경 교육 컨텐츠 검색을 위한 비디오 의미기반 검색 시스템을 제안한다. 사용자의 기본적인 질의와 질의에 의해 추출된 키 프레임의 이미지를 선택함으로써 에이전트는 추출된 키 프레임의 주석에 대한 의미를 더욱 구체화시킨다. 또한, 사용자에 의해 선택된 키 프레임은 질의 이미지가 되어 제안하는 특징기반 검색기법을 통해 가장 유사한 키 프레임을 검색한다. 설계하고 구현한 시스템은 실험을 통한 성능평가에서 90% 이상의 높은 정확도를 보였다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권6호
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• pp.2489-2493
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• 2015

Background: Loss of heterozygosity (LOH) on chromosomal regions is crucial in tumor progression and this study aimed to identify genome-wide LOH in pancreatic cancer. Materials and Methods: Single-nucleotide polymorphism (SNP) profiling data GSE32682 of human pancreatic samples snap-frozen during surgery were downloaded from Gene Expression Omnibus database. Genotype console software was used to perform data processing. Candidate genes with LOH were screened based on the genotype calls, SNP loci of LOH and dbSNP database. Gene annotation was performed to identify the functions of candidate genes using NCBI (the National Center for Biotechnology Information) database, followed by Gene Ontology, INTERPRO, PFAM and SMART annotation and UCSC Genome Browser track to the unannotated genes using DAVID (the Database for Annotation, Visualization and Integration Discovery). Results: The candidate genes with LOH identified in this study were MCU, MICU1 and OIT3 on chromosome 10. MCU was found to encode a calcium transporter and MICU1 could encode an essential regulator of mitochondrial $Ca^{2+}$ uptake. OIT3 possibly correlated with calcium binding revealed by the annotation analyses and was regulated by a large number of transcription factors including STAT, SOX9, CREB, NF-kB, PPARG and p53. Conclusions: Global genomic analysis of SNPs identified MICU1, MCU and OIT3 with LOH on chromosome 10, implying involvement of these genes in progression of pancreatic cancer.

• 한국컴퓨터산업학회논문지
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• 제5권2호
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• pp.203-216
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• 2004

비디오 데이터를 효율적으로 처리하기 위해서는 비디오 데이터가 가지고 있는 내용에 대한 정보를 데이터 베이스에 저장하고 사용자들의 다양한 질의를 처리할 수 있는 의미기반 검색 기법이 요구된다. 기존의 내용기반 비디오 검색 시스템들은 주석기반 검색 또는 특징기반 검색과 같은 단일 방식으로만 검색을 하므로 검색 효율이 낮을 뿐 아니라 완전한 자동 처리가 되지 않아 시스템 관리자나 주석자의 많은 노력을 요구한다. 본 논문에서는 주석기반 검색과 특징기반 검색을 이용하여 대용량의 비디오 데이터에 대한 사용자의 다양한 의미검색을 지원하는 에이전트 기반에서의 자동화되고 통합된 비디오 의미기반 검색 시스템을 제안한다. 사용자의 기본적인 질의와 질의에 의해 추출된 키 프레임의 이미지를 선택함으로써 에이전트는 추출된 키 프레임의 주석에 대한 의미를 더욱 구체화시킨다 또한. 사용자에 의해 선택된 키 프레임은 질의 이미지가 되어 제안하는 특징기반 검색기법을 통해 가장 유사한 키 프레임을 검색한다. 따라서 의미기반 검색을 통해 비디오 데이터의 검색의 효율을 높일 수 있도록 시스템을 설계한다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권7호
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• pp.1044-1051
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• 2019

Objective: Recent studies have implied that gene expression has high tissue-specificity, and therefore it is essential to investigate gene expression in a variety of tissues when performing the transcriptomic analysis. In addition, the gradual increase of long non-coding RNA (lncRNA) annotation database has increased the importance and proportion of mapped reads accordingly. Methods: We employed simple statistical models to detect the sexually biased/dimorphic genes and their conjugate lncRNAs in 40 RNA-seq samples across two factors: sex and tissue. We employed two quantification pipeline: mRNA annotation only and mRNA+lncRNA annotation. Results: As a result, the tissue-specific sexually dimorphic genes are affected by the addition of lncRNA annotation at a non-negligible level. In addition, many lncRNAs are expressed in a more tissue-specific fashion and with greater variation between tissues compared to protein-coding genes. Due to the genic region lncRNAs, the differentially expressed gene list changes, which results in certain sexually biased genes to become ambiguous across the tissues. Conclusion: In a past study, it has been reported that tissue-specific patterns can be seen throughout the differentially expressed genes between sexes in cattle. Using the same dataset, this study used a more recent reference, and the addition of conjugate lncRNA information, which revealed alterations of differentially expressed gene lists that result in an apparent distinction in the downstream analysis and interpretation. We firmly believe such misquantification of genic lncRNAs can be vital in both future and past studies.

• 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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• 한국콘텐츠학회 2007년도 추계 종합학술대회 논문집
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• pp.386-390
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• 2007

시맨틱 웹 기술의 발전에 따라 온톨로지는 점점 복잡해지고 대용량화되고 있어서 기존의 온톨로지 저작도구를 이용하여 인스턴스를 구축하게 되면 인스턴스 관리에 많은 어려움이 따르기 때문에 사용자 입장에서 편리하게 인스턴스 생성을 지원해주는 도구가 필요하게 되었다. 본 논문에서 개발한 온톨로지 지원도구 OntoManager는 계층적 인스턴스들의 관계를 쉽게 구현하기 위해서 히스토리 기반의 인스턴스 생성 뷰를 제공하여 인스턴스 생성 작업 시 사용자의 현재 작업 뷰에서 흐트러지지 않고 새로운 클래스의 인스턴스 생성할수 있으며 생성된 인스턴스의 자동 연결 기능을 제공한다. 그리고 웹브라우저와 개체명 인식 기능을 제공하여 웹 페이지의 텍스트에서 인스턴스 생성에 필요한 부가 정보를 자동 추천 해줘서 인스턴스 속성 값을 쉽게 구축할 수 있도록 도와준다. 마지막으로 이미지 어노테이션 기능을 제공하여 이미지의 특정 영역 정보를 선택하여 속성 값으로 가지는 인스턴스 생성도 지원해준다.

• 인터넷정보학회논문지
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• 제4권4호
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• pp.1-8
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• 2003

최근 멀티미디어 정보 시스템의 발전으로 저차원적 내용 기반 이미지 색인$\cdot$검색 방법에서 의미론적 개념기반 색인$\cdot$검색에 대한 연구로 바뀌어져가고 있다. 본 논문에서는 주석기반 이미지 검색에서 개념적 이질성을 극복하기 위해 온톨로지 이론의 적용에 대하여 분석하며, 또한 개념적 이질성 극복방안에 따른 온톨로지 적용 시 발생하는 문제점을 해결하고자 한다. 따라서 본 논문에서는 시각데이터에서 개념적 이질성을 극복하기 위해 새로운 도메인 온톨로지를 도입하고 온톨로지 적용 시 문제점들을 해결한다. 실험 결과, 기존의 대형 온톨로지의 하나인 WordNet을 사용한 것보다 단어들 간의 의미적 거리가 상당히 가까워짐에 따라 개념적 이질성을 극복할 수 있었다. 또한 도메인 온톨로지를 적용하여 주석기반 이미지 검색 시 대형 온톨로지가 가지고 있던 문제점을 해소하여 좀더 의미적 이미지 검색이 가능함을 보이고 있다.

• 한국언어정보학회지:언어와정보
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• 제18권2호
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• pp.141-168
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• 2014

Recognizing spatial information associated with events expressed in natural language text is essential not only for the interpretation of such events and but also for the understanding of the relations among them. However, spatial information is rarely mentioned as compared to events and the association between event and spatial expressions is also highly implicit in a text. This would make it difficult to automate the extraction of spatial information associated with events from the text. In this paper, we give a linguistic analysis of how spatial expressions are associated with event expressions in a text. We first present issues in annotating narrative texts with reference relations between event and spatial expressions, and then discuss surface-level linguistic characteristics of such relations based on the annotated corpus to give a helpful insight into developing an automated recognition method.