• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제53권2호
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• pp.237-242
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• 2015

Analysis of ancient DNA (aDNA) extracted from Ascaris is very important for understanding the phylogenetic lineage of the parasite species. When aDNAs obtained from a Joseon tomb (SN2-19-1) coprolite in which Ascaris eggs were identified were amplified with primers for cytochrome b (cyt b) and 18S small subunit ribosomal RNA (18S rRNA) gene, the outcome exhibited Ascaris specific amplicon bands. By cloning, sequencing, and analysis of the amplified DNA, we obtained information valuable for comprehending genetic lineage of Ascaris prevalent among pre-modern Joseon peoples.

• Molecules and Cells
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• 제20권3호
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• pp.325-330
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• 2005

Ancient cattle bones were excavated from archaeological sites in Jeju, Korea. We used molecular genetic techniques to identify the species and establish its relationship to extant cattle breeds. Ancient DNA was extracted from four sources: a humerus (Gonae site, A.D. 700-800), two fragments of radius, and a tooth (Kwakji site, A.D. 0-900). The mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop regions were cloned, sequenced, and compared with previously reported sequences of various cattle breeds (9 Asian, 8 European, and 3 African). The results revealed that these bones were of the breed, Bos taurus, and a phylogenetic tree indicated that the four cattle bones formed a monophyletic group with Jeju native black cattle. However, the patterns of sequence variation and reports from archaeological sites suggest that a few wild cattle, with a different maternal lineage, may have existed on Jeju Island. Our results will contribute to further studies of the origin of Jeju native cattle and the possible existence of local wild cattle.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제61권4호
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• pp.345-387
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• 2023

Paleoparasitology is a discipline that applies existing conventional and molecular techniques to study parasites found in ancient ruins. This review focuses on the history of the discovery of parasites (mostly helminth eggs and larvae) in archaeological soil samples and mummies in Korea from the Three Kingdoms Period to the Joseon Dynasty (100 BCE-1910 CE). We also briefly review important milestones in global paleoparasitology. The helminth species reported so far in Korea included Ascaris lumbricoides, Trichuris trichiura, Strongyloides stercoralis (larva), Trichostrongylus sp. (larva), Paracapillaria philippinensis (syn. Capillaria philippinensis), Enterobius vermicularis, Fasciola hepatica, dicrocoeliids, Paragonimus westermani, Clonorchis sinensis, Metagonimus yokogawai, Pygidiopsis summa, Gymnophalloides seoi, Isthmiophora hortensis, Dibothriocephalus nihonkaiensis (syn. Diphyllobothrium nihonkaiense), and Taenia spp. tapeworms. The findings obtained by Korean paleoparasitologists/archaeologists have brought about deep insight into the status of helminthic infections in Korea's past populations. Continued paleoparasitological research is essential for further understanding of ancient parasites and parasitic diseases in Korea.

• 헤리티지:역사와 과학
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• 제35권
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• pp.120-137
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• 2002

It has not been a long time since we recognize that a word 'DNA' is not unfamiliar with us. Development of biology give us so much of benefits of civilization and so we call the 21th century as 'biological period'. It has not been a long time that archeology made contact with biology. With biological development, DNA typing analysis has been accomplished extensively since 1990's. We know through mitochondrial DNA base sequencing analysis that the Neanderthal man is not the origin of the human race and ancient human race set out from Africa. Biological science technology, which is polymerase chain reaction(PCR) or electrophoresis etc., made these results possible. A contact between biology, especially genetics, and archeology is getting accomplished through these current. If genetics keep in contact with archeological foundation, we know not only about ancient populations in the Korean Peninsula, but also origin of human race. This field is so-called 'DNA Archeology'. This field is of help to person identification and children discrimination as like a forensic science. We make every effort for great possibilities from co-ownership of these two fields and these fields needs to convert a recognition, especially.

• 보존과학회지
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• 제23권
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• pp.81-93
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• 2008

오늘날 고대 DNA 분석을 통한 고유전학 연구는 인류학, 고고학, 생물학 분야의 중요한 관심사로 떠오르고 있다. 본 연구는 충청남도 아산시 탕정면 명암리 유적 9지점에서 발굴조사 된 고려 말에서 조선시대 초기 분묘 출토 인골 20개체를 대상으로 고유전학적 연구를 수행한 결과를 보고한 것이다. DNA 추출 및 PCR 과정에서 연구자에 의해 일어날 수 있는 DNA 오염을 모니터링하기 위하여 모든 실험과정은 무균작업대에서 시약과 소모품을 고온멸균 및 자외선 처리하여 진행되었으며, 음성대조군을 설정하여 결과의 신뢰성을 검증하였다. 실리카 추출 방법에 의하여 출토 인골로부터 DNA를 추출한 후, 미토콘드리아 DNA(mtDNA)의 과변이지역을 9지역으로 나누어 PCR법에 의해 부분 증폭을 실시하였다. 증폭산물에 대한 염기서열 분석을 통하여 과변이지역의 변이형을 동정하였으며, 이를 현대 한국인의 결과와 비교하였다. 아산 명암리 소규모 지역집단의 옛사람 인골 20개체를 대상으로 한 이번 연구에서 기대이상의 다양한 mtDNA haplogroup이 분석되었다. 이러한 결과는 오랜 세월 동안 생활문화 중심지로 자리 잡은 아산 명암리 유적 주변의 개방적인 지역적 조건과 이곳에 거주했던 개체군의 유전적 특성을 반영하고 있으며, 아산 지역에 널리 분포하는 선사시대에서 조선시대에 이르는 많은 유적에 대한 고고학적 발굴 성과가 이 결과를 뒷받침하고 있다.

• 보존과학연구
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• 통권32호
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• pp.171-183
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• 2011

본 연구는 충청남도 부여군 규암면 오수리 유적에서 발굴된 인골 4개체를 대상으로 조직학, 분자유전학, 골화학 분석 등 종합적인 연구를 통해 이들의 상관관계를 규명하고자 하였다. 실체현미경을 통해 인골 시료의 골조직 단면 구조를 관찰함으로써 각 시료의 조직학적 보존 상태를 단계별로 구분하였고, 잔존하는 단백질의 보존 상태는 콜라겐을 추출하여 수율을 측정함으로써 평가하였다. 또한 미토콘드리아 cytochrome b 유전자를 이용한 실시간 유전자 증폭법을 이용하여 각각의 인골 시료에 잔존하는 미토콘드리아 DNA의 상대적 보존량 및 복제수를 분석하였으며, 미토콘드리아 과변위부위의 염기서열을 동정하였다. 본 연구 결과 인골 시료의 조직학적 보존정도, 콜라겐 단백질의 잔존량, 미토콘드리아 DNA의 복제수는 상호 긍정적인 연관관계로 나타났다. 이 연구는 출토 인골의 생물 화학적 분석 가능성을 예측하기 위한 특성지표 연구의 중요자료로 활용 될 수 있을 것이다.

• Ocean and Polar Research
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• 제27권2호
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• pp.205-214
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• 2005

From ancient Antarctic glacier ice, we extracted total genomic DNA that was suitable for prokaryotic 16S rDNA gene cloning and sequencing, and bacterial artificial chromosome (BAC) library and end-sequencing. The ice samples were from the Dry Valley region. Age dating by $^{40}Ar/^{39}Ar$ analysis on the volcanic ashes deposited in situ indicated the ice samples are minimum 100,000-300,000 yr (sample DLE) and 8 million years (sample EME) old. Further assay proved the ice survived freeze-thaw cycles or other re-working processes. EME, which was from a small lobe of the basal Taylor glacier, is the oldest known ice on Earth. Microorganisms, preserved frozen in glacier ice and isolated from the rest of the world over a geological time scale, can provide valuable data or insight for the diversity, distribution, survival strategy, and evolutionary relationships to the extant relatives. From the 16S gene cloning study, we detected no PCR amplicons with Archaea-specific primers, however we found many phylotypes belonging to Bacteria divisions, such as Actinobacteria, Acidobacteria, Proteobacteria $({\alpha},\;{\beta},\;and\;{\gamma})$, Firmicutes, and Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroid$. BAC cloning and sequencing revealed protein codings highly identical to phenylacetic acid degradation protein paaA, chromosome segregation ATPases, or cold shock protein B of present day bacteria. Throughput sequencing of the BAC clones is underway. Viable and culturable cells were recovered from the DLE sample, and characterized by their 16S rDNA sequences. Further investigation on the survivorship and functional genes from the past should help unveil the evolution of life on Earth, or elsewhere, if any.

• 보존과학연구
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• 통권36호
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• pp.33-48
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• 2015

본 연구는 충청남도 아산시 탕정면 명암리 유적 9지점에서 발굴조사 된 고려 말에서 조선시대 초기 분묘 출토 인골 27개체를 대상으로 고유전학적 연구를 수행한 결과를 보고한 것이다. 실리카 추출 방법에 의하여 출토 인골로 부터 DNA를 추출한 후, 미토콘드리아 DNA(mtDNA)의 과변이지역을 9지역으로 나누어 PCR법에 의해 부분 증폭을 실시하였다. 증폭산물에 대한 염기서열 분석을 통하여 과변이지역의 변이형을 동정하였다. 그 결과 18개체의 mtDNA 분석이 가능하였으며, 아멜로제닌 유전자 분석에 의한 성결정은 M-26, M-29, M-37(L), M-49(R)의 4개체만이 분석되었고 모두 여성인 것으로 확인되었다.

• 보존과학회지
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• 제34권1호
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• pp.1-9
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• 2018

본 연구는 부산 북구 화명동 조선시대 분묘군에서 출토된 사람뼈를 대상으로 분자유전학적 분석을 수행한 결과이다. 실리카 추출법을 사용하여 토광묘에서 출토된 사람뼈 8개체의 DNA를 분리하였고, 미토콘드리아 DNA 과변이부위 분석을 통해 모계 유연관계 여부를 확인하였다. 분석 결과 토광묘 11호, 21호, 26호에서 출토된 피장자 3명의 하플로타입이 동정되었으며 HaploGrep 2 프로그램에서 A5a, D4a와 M4"67+16311 하플로그룹으로 분류되었다. 하플로그룹이 동정된 3개체는 같은 변이형을 공유하지 않으므로 피장자 간 모계 친연관계는 없는 것으로 확인되었다. 이번 연구는 영남지역에서 출토된 조선시대 사람뼈의 분자유전학적 분석의 첫 사례로서 과거 한반도에 살았던 옛사람들과 현대인들의 유전학적 관계를 이해하기 위한 기초 자료로 활용할 수 있을 것으로 기대된다.

• Acta Via Serica
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• 제8권2호
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• pp.53-78
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• 2023

The paper presents some new results illustrating some developments related to the concept of the Silk Road and subsequent methodological reflections. New laboratory results of scientific analyses of plants, minerals, and human remains in combination with more conventional methods of research contribute to a better understanding of the multidirectionality of exchanges in Pre- and Protohistory. Unsuspected long-distance transfers of items, especially of metals (tin) and biological materials (plants, pathogens, etc.) are discovered. Adding ancient DNA and petroglyphs to the vexed question of the Indo-European migrations across Eurasia complexifies the familiar linguistic, historical, and archaeological research landscape. Recent excavations show the impact of the adoption of artistic elements adapted from the Achaemenid arts, far in the steppe world, and up to China. Multidirectional (including North-South lanes) and multidisciplinary approaches leave space and hope for more rigorous scientific modelizations for the archaeology of Eurasia and the Silk Road.