• 미생물학회지
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• 제46권3호
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• pp.255-261
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• 2010

남태평양에 서식하는 두 종의 해면 Hyrtios sp. 604와 Callyspongia sp. 612로부터 16S rDNA DGGE 방법을 이용하여 공생세균 군집의 다양성을 분석하였다. DGGE band로부터 염기서열 분석 결과, Hytrios sp. 604의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Chloroflexi, Cyanobacteria, Firmicutes로 나타났으며, Callyspongia sp. 612의 공생세균 그룹은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Chloroflexi, Cyanobacteria로 나타났다. 풍부한 이차대사산물의 생산자로 보고된 Hyrtios 해면 속의 Hyrtios sp. 604는 Callyspongia sp. 612에 비해 더 다양한 공생세균 군집을 나타내었으며 주요 공생세균 군집으로 Actionobacteria가 포함되었다. 동일 지역에 서식하나 화학적 특성이 다른 두 해면 종의 세균 군집은 서로 다른 것으로 나타났다. 발견된 공생세균의 염기서열은 90% 이상이 uncultured clone들과 높은 상동성을 나타내었다.

• 대한환경공학회지
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• 제35권7호
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• pp.503-508
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• 2013

본 연구의 목적은 가축사체 매몰지 토양의 침출수 오염에 따른 병원성 미생물에 의한 잠재적 위해성을 평가하기 위하여 미생물 군집을 조사하는 것이다. 경기도 지역에 위치한 가축사체 매몰지 세 군데(A, B, C) 토양을 대상으로 DNA를 추출하여, 16S rRNA 염기서열을 분석을 통해 미생물 군집을 조사하였다. 연구결과를 문(phylum)별로 구분해보면, A 토양은 전체 토양미생물이 Proteobacteria (100%) 1개의 문으로 동정되었으며, B 토양은 Actinobacteria (66.4%) > Proteobacteria (31.1%) > Bacteriodetes (2.1%) > Acidobacteria (0.3%) 순으로, C 토양은 Actinobacteria (63.1%) > Proteobacteria (36.9%) 순으로 분포하였다. 속(genus)별로 구분해보면, A 토양에서는 Pseudomonas가 98% 비율로 나타났고，B와 C 토양의 경우 Arthrobacter이 각각 68, 61%로 우점하였다. 세 군데(A, B, C) 토양 미생물 군집의 종 다양성을 Shannon 지수에 근거하여 분석한 결과, B 토양(3.45)과 C 토양(3.43)은 유사한 수준이었으나, A 토양(2.37)은 가장 낮게 계산되었다. 또한, 분석결과 Salmonella, Campylobacter 그리고 Clostridium perfringens과 같은 병원균도 발견되지 않았으나, 세균혈증을 일으키는 Ralstonia pickettii가 높은 농도로 관찰되었다. 본 연구에 사용된 가축 매몰지 토양은 침출수에 의한 미생물학적 오염도가 낮은 것으로 판단되지만, 가축매몰에 따른 병원성 미생물에 의한 토양의 잠재적 위해성을 평가하기 위하여 지속적인 모니터링이 필요하다.

• 생명과학회지
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• 제23권6호
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• pp.770-778
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• 2013

본 연구에서는 광양만 해수의 세균군집 다양성의 계절적인 변화를 분석하기 위해 2011년 2월, 5월, 7월, 10월의 4계절에 총 336 균주를 분리하였다. 분리된 미생물의 16S rRNA를 제한효소 Hae III를 이용하여 Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis 를 실시하여 절편 양상을 군집화 시키고, 다양성 지수를 계산하였다. 80%의 유사도 수준에서 40개의 단일 계통형을 포함한 총 101개의 계통형을 얻을 수 있었다. 각 계통형을 대표할 수 있는 139개 균주를 선택하여 16S rRNA 염기서열을 결정한 후 유전자서열을 비교한 결과, 이들 균주는 Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes 및 Firmicutes를 포함한 4개의 문에 속하였다. 모든 계절에 Proteobacteria 문이 최 우점하였고, 겨울과 봄, 가을에는 Bacteroidetes 문, 여름에는 Actinobacteria 문이 차 우점하였다. 과(family) 수준에서는 겨울과 봄에는 Flavobacteriaceae가 우점하였고, 여름과 가을에는 Pseudoalteromonadaceae가 우점하였다. 모든 계절에 Altererythrobacter, Loktanella, Pseudoalteromonas, Vibrio 속(genus)이 관찰되었다. 미생물 군집의 다양성은 가을에 가장 높았으며, 다음으로 봄, 겨울, 여름 순서였다.

• 생명과학회지
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• 제28권8호
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• pp.955-961
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• 2018

불가사리를 이용하여 다양한 생리활성에 대한 연구가 많이 진행되었지만, 다른 천연물 연구에 비해 불가사리로 부터 분리한 미생물에 대한 연구는 부족하다. 이에 본 연구에서는 제주도에서 채집한 극피동물인 빨강불가사리(Certonardoa semiregularis)의 내장으로부터 Marine Agar와 R2A를 이용하여 총 103개의 균주를 분리하여 세균군집에 대해 조사하였다. 분리된 균주들은 16S rRNA유전자를 이용하여 염기서열을 분석 및 동정하였다. 그 결과 주요 계통군은 Proteobacteria (Alpha-proteobacteria 24%, Beta-proteobacteria 4%, Gamma-proteobacteria 65%) 93%, Bacteroidetes 4%, Actinobacteria 2%, Firmicutes 1%로 4개의 문이 확인되었고, 7개의 강(Actinobacteria, Flavobacteria, Bacilli, Sphingobacteria, Alpha-proteobacteria, Beta-proteobacteria, Gamma-proteobacteria), 15개의 목, 19개의 과, 24속이 관찰되었다. 또한 계통 분석 결과 2개의 균주(Lysobacter sp., Pedobacter sp.)가 각각 97.55%, 97.58%로 상동성이 98% 이하로 나타나 새로운 속 또는 종으로 분류될 가능성이 있다고 여겨지며, 표준 균주와 함께 신종 후보 균주에 대한 생화학적, 형태학적 등의 추가적인 신종실험을 향후 진행해야 할 것으로 사료 된다.

• 미생물학회지
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• 제47권1호
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• pp.56-65
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• 2011

돼지 도축폐수를 처리하는 Rotating Activated Bacillus Contactors (RABC) 공정의 세균군집 특성을 파악하기 위하여 그람양성세균수와 총세균수를 계수하여 기존 고도폐수처리공정인 A2O (Anaerobic-Anoxic-Oxic) 공정과 비교하였다. RABC 공정의 생물막 세균군집구조는 비배양기법인 16S rDNA 염기서열결정법을 이용하여 분석하였다. RABC 공정의 총세균수에 대한 그람양성세균수 비율은 생물막(32%)에 비해 최종포기조(1282%) 및 반송슬러지(958%)에서 현저히 증가한 반면, A2O 공정의 그람양성세균수 비율은 호기조(40%)와 반송슬러지(49%) 모두에서 상대적으로 훨씬 낮았다. 총 9개 문에 해당하는 92개의 클론이 검출되었으며, 이 가운데 최우점 집단은 Proteobacteria (64.1%)와 Actinobacteria (18.4)%로서 이들 2개 문이 전체의 82.5%를 차지하였다. 3번째로 많이 검출된 것은 내생포자형성세균집단이 속하는 Firmicutes (5.4%) 문이었다. 소량 검출된 나머지 6개 문은 Bacteroidetes (3.3%), Chlorobi (2.2%), Nitrospirae (1.1%), Chlorofleix (1.1%), Acidobacteria (1.1%), Fusobacteria (1.1%)의 순이었다. Proteobacteria 문 중에서는 Betaproteobacteria 강 34.8%, Alphaproteobacteria 강 26.1%로서 대부분을 차지하였고, Gammaproteobacteria 강은 3.2%이었다. 내생포자형성세균집단의 비율은 모두 19.4%로서, Firmicutes 문 5.4%와 Actinobacteria 문의 Intrasporangiaceae과 14.0%이었다. 질화세균 및 탈질세균과 관련된 클론 비율 6.5%, 인축적세균과 관련된 클론 비율 5.4%를 기록함으로써 무기영양소 및 악취 제거능력을 가진 세균집단이 RABC 생물막에 많이 서식하고 있음이 확인되었다.

• 미생물학회지
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• 제48권4호
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• pp.262-269
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• 2012

ARDRA (amplified ribosomal DNA restriction analysis) 방법을 이용하여 주황해변해면(Hymeniacidon sinapium)의 배양 가능한 공생세균 군집에 대하여 봄과 여름의 계절에 따른 차이를 분석하였다. 공생세균의 배양은 변형된 Zobell 배지와 MA 배지를 사용하였다. 분리된 균주의 16S rDNA를 증폭하고 제한효소 HaeIII와 MspI을 이용하여 제한효소 type을 구별하였다. 그 결과 봄 해면인 경우 23개, 여름인 경우 28개의 ARDRA type을 구별할 수 있었다. 각 type 별로 1-3개의 분리균주를 선별하여 부분 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었다. 봄 해면으로부터 분리된 세균들은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, 4개의 문(phylum)에 속하였으며 여름 해면의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, 5개의 문에 포함되었다. Gammaproteobacteria는 봄 해면에서 33.8%, 여름 해면에서 67.4%가 각각 관찰되어 두 계절에서 우점 하는 세균그룹으로 나타났으며 여름철에 증가하는 경향을 나타내었다. Firmicutes와 Actinobacteria의 경우 봄 해면에서 각각30.2%, 8.3%로 관찰된 반면 여름해면에서는 6.9%, 0%로 관찰되어 여름철에 감소하는 세균 그룹이었다. Betaproteobacteria(4.7%)와 Bacteroidetes (4.7%)는 여름 해면에서만 관찰되었다. H. sinapium 해면에서 봄철에 비해 여름철에 더 다양한 세균그룹을 발견할 수 있었으며 동일한 해면 종일지라도 계절에 따라 공생세균 군집에 차이를 나타냄을 알 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제46권3호
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• pp.278-285
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• 2010

국내에 자생하는 당귀, 삽주, 쇠무릎, 지모, 황기의 근권토양내 EPS 생성균주의 분포율을 조사한 결과 당귀로부터 분리된 균주의 56%가 EPS 생성 균주로 가장 높은 분포율을 나타내었다. 또한, 당귀 근계 (근권, 근면, 근 내부) 내 EPS 생성 세균의 밀도를 측정한 결과, 근권 토양 내에는 $9.0{\times}10^6$ CFU/$g{\cdot}soil$, 근면에는 $7.0{\times}10^6$ CFU/$g{\cdot}soil$, 그리고, 근 내부에는 $1.4{\times}10^3$ CFU/$g{\cdot}soil$로 확인되어, 다수의 EPS 생성 세균이 분포하고 있음이 확인되었다. 당귀 근권으로부터 분리된 EPS 생성세균은 Alphaproteobacteria (4 strains), Betaproteobacteria (6 strains), Firmicutes (2 strains), Actinobacteria (3 strains), 그리고 Bacteroidetes (1 strain) 계통군에 속하는 균주였다. 근면으로 부터 분리된 EPS 생성세균은 Alphaproteobacteria (7 strains), Betaproteobacteria (3 strains), Actinobacteria (2 strains), Bacteroidetes (3 strains), 그리고 Acidobacteria (1 strain) 계통군으로 나타났으며, 근 내부에서 분리된 EPS 생성세균은 모두 Bacteroidetes 계통군 Chitinophaga에 속하는 특징을 나타내었다. 약초 근권토양으로부터 분리된 EPS 생성세균 112균주중에서 Burkholderia caribiensis DR14 (1,547 mpa.s), Terriglobus sp. DRP35균주(2,136 mpa.s), Rhizobium hainanense SAP110균주(1,680 mpa.s)를 최우수 EPS 생성 균주로 선발하였다. 분리 정제된 EPS를 Bio-LC로 분석한 결과 glucose, galactose, mannose의 중성당과, galactosamine, glucosamine의 아미노당이 나타났다. 특히 Rhizobium hainanense SAP110 균주는 주요 중성당으로 glucose (60-89%)를 그리고 주요 아미노당으로 glucosamine (8.5%)을 생성하는 특징을 나타내었다.

• 미생물학회지
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• 제46권3호
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• pp.262-269
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• 2010

국내 자생하는 왕대, 분죽, 조릿대, 호마죽과 같은 다양한 대나무 산림토양의 낙엽층, 부식층, 근권토양 내 방선균 밀도 측정 결과, $2.7{\times}10^6-2.7{\times}10^8$ CFU/g로 계수되었으며, 특히 조릿대 낙엽층 내에는 $2.7{\times}10^8$ CFU/g의 매우 높은 밀도로 분포하였다. 본 연구에서는 대나무림 낙엽층으로부터 100균주, 부식층으로부터 70균주 그리고 근권토양으로부터 160균주로 총 330균주의 방선균을 수집하였다. 이들 분리된 균주들의 기균사, 기중균사 및 색소형성 등을 관찰한 결과 36개 방선균 군집으로 분류되었다. 각 그룹으로부터 대표 방선균 50균주를 선발하여 16S rRNA 유전자 염기서열을 해석하고 계통학적 위치를 검토한 결과, 94%가 Streptomyces 속에 속하였으며, cluster I (2균주), II (35균주), III (6균주), 그리고 IV (7균주)에 속하는 특징을 나타내었다. 대나무 산림토양으로부터 수집된 Streptomyces 속 방선균 50균주를 Shannon-Wiener법에 의해 다양성 지수를 산출한 결과, 대나무림 낙엽층으로부터 수집된 방선균의 다양도는 3.33으로 부식층과 근권토양 보다 높게 나타났으며, 근권토양으로부터 수집된 방선균의 88%가 cluster II에 속하는 특징을 나타내었다. 본 연구에서 수집한 방선균을 Botrytis cinerea, Xanthomonas campestris 그리고 Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria에 대해 항균활성능을 검토한 결과, 각 74균주, 16균주, 25균주 그리고 24균주가 항균활성능을 나타내었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권5호
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• pp.709-717
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• 2015

Airborne bacteria from hog farms may have detrimental impacts on human health, particularly in terms of antibiotic resistance and pathogen zoonosis. Despite human health risks, very little is known about the composition and diversity of airborne bacteria from hog farms and hog-related spray fields. We used pyrosequencing analysis of 16S rRNA genes to compare airborne bacterial communities in a North Carolina hog farm and lagoon spray field. In addition, we isolated and identified antibiotic-resistant bacteria from both air samples. Based on 16S rRNA gene pyrosequence analysis, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, and Proteobacteria were the dominant phyla in airborne bacterial communities from both hog farm and spray field sites. Within the Firmicutes genera, Clostridium spp. were more abundant in the hog farm, whereas Staphylococcus spp. were higher in the spray field. The presence of opportunitic pathogens, including several Staphylococcus species and Propionibacterium acnes, was detected in both bioaerosol communities based on phylogenetic analysis. The isolation and identification of antibiotic-resistant bacteria from air samples also showed similar results with dominance of Actinobacteria and Proteobacteria in both hog farm and spray field air. Thus, the existence of opportunistic pathogens and antibiotic resistant bacteria in airborne communities evidences potential health risks to farmers and other residents from swine bioaerosol exposure.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제13권3호
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• pp.385-393
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• 2003

Microbial communities were analyzed in an anaerobic/aerobic sequencing batch reactor (SBR) fed with glucose as a sole carbon source. Scanning electron microscopy (SEM) showed that tetrad or cuboidal packet bacteria dominated the microbial sludge. Quinone, slot hybridization, and 165 rRNA gene sequencing analyses showed that the Proteobacteria beta subclass and the Actinobacteria group were the main microbial species in the SBR sludge. However, according to transmission electron microscopy (TEM), the packet bacteria did not contain polyphosphate granules or glycogen inclusions, but only separate coccus-shaped bacteria contained these, suggesting that coccus-shaped bacteria accumulated polyphosphate directly and the packet bacteria played other role in the enhanced biological phosphorus removal (EBPR). Based on previous reports, the Actinobacteria group and the Proteobacteria beta subclass were very likely responsible for acid formation and polyphosphate accumulation, respectively, and their cooperation achieved the EBPR in the SBR operation which was supplied with glucose.