• 한국결정학회지
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• 제7권2호
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• pp.105-112
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• 1996

Tetra-tert-butyl-dipropionyloxy-dihydroxycalis[4]arene (C50H64O6)의 구조를 X-선 회절법으로 연구하였다. 결정의 공간군은 C2/c이다. 단위세포 상수는 a=16.067(2), b=26.391(17), c=10.335(1)Å, β=94.26(1)°, Z=4, V=4370.2(29)Å3, Dc=1.16, Dm=1.2 gcm-3이다. 회절반점들의 세기는 Enraf-Nonius CAD-4 Diffractometer로 얻었으며, Cu-Kα radiation (λ=1.5418Å)을 사용하였다. 분자구조는 직접법으로 풀었으며 최소 자승법으로 정밀화하였다. 최종 신뢰도 R값은 2354개의 회절반점에 대하여 0.07이였다. 이 Calix[4]arene은 1, 3-alternate conformation을 가진 분자로 2개의 propionyloxy groups이 위쪽에 있고, 마주보는 두 개의 hydroxy groups이 아래로 향해 있으며, 분자 한 가운데에 결정학적 symmetry axis와 일치하는 2-fold symmetry axis가 있는 분자이다.

• 분석과학
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• 제12권5호
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• pp.421-427
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• 1999

메탄올에 녹인 $Co(NCS)_2$와 클로로포름에 녹인 bbpe (1,2-bis(2,2'-bipyridyl-6-yl)ethane)를 서로 확산시켜 시간에 따라 비율이 다른 두 가지 형태의 결정을 단리하였다. 두 결정은 X-ray 결정학, 원소분석, IR 및 열분석에 의해 $trans-Co^{II}(NCS)_2(bbpe)$와 $trans-Co^{II}(NCS)_2(bbpe){\cdot}2CHCl_3$로 확인되었다. 용매화 차이만 있을 뿐 두 결정의 근본 구조는 bbpe 리간드가 사배위자로 코발트 원자에 배위하고 있는 유사한 구조로 판명되었다. 코발트 원자 주위는 두 개의 NCS기가 서로 trans에 위치하고 있고 모든 배위자가 원자로 이루어져 있는 전형적인 팔면체를 이루고 있다. 유연성 있는 리간드 구조 때문에 먼저 $trans-Co^{II}(NCS)_2(bbpe)$이 형성되고 결국은 $trans-Co^{II}(NCS)_2(bbpe){\cdot}2CHCl_3$로 변환되는 것으로 생각된다. 열역학적으로 안정한 용매화된 결정은 NCS 기의 S원자와 클로로포름의 Cl원자의 약한 작용 때문인 것으로 해석된다. 따라서 본 시스템의 결정모양과 색이 클로로포름에 매우 민감한 물질이다.

• 대한화학회지
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• 제47권6호
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• pp.553-558
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• 2003

$[n-Bu_4N]_2[Mo_6O_{19}]$(TBAM)의 결정구조는 X-ray 분석기로 결정되었다. 그 결정은 monoclinic 계이며 ${\alpha}$=16.314(5), b=17.288(5), c=17.776(4) ${\AA}$, ${\beta}$=101.47(3) 그리고 z=4의 결정파라미터를 갖는 sapce group 이 C2/c인 결정이다 $[Mo_6O{19}]^{2-}$ 음이온에서, Mo 원자는 팔면체의 여섯 개 모서리를 차지하며 각 Mo 원자는 여석개의 산소원자에 배위되어 찌그러진 팔면체 배위 기하학을 지닌다. Mo-Ot(말단기), Mo-Ob(연결된), 그리고Mo-Oc(중앙)의 평균거리는 각각 1.680 ${\AA}$, 1.931 ${\AA}$ 및 2.325 ${\AA}$ 이다. $[n-Bu_4N]^+$ 양이온에서 N원자는 약간 찌그러진 사면체 모형을 갖는다. 격자안에서 폭 넓은 C-H ${\cdots}$ O 수소결합이 있으며, 그것에 의하여 분자들을 연결하고 결정구조를 안정화 한다. 열분석에 의하여 제목의 열적분핸ㄴ 두개의 전이가 일어나며 356.0와 803.5 $^{\circ}$에서 각각 무게를 잃는다. 그리고 분해된 생성물은 $Mo_2O_2$로 추정된다. 따라서, 제목의 화합물은 높은 열적 안정성을 갖는다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제34권10호
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• pp.2889-2894
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• 2013

A new complex [$Ni(phen)(C_9H_8Br_2NO_3)_2{\cdot}2CH_3OH{\cdot}2H_2O$] [phen: 1,10-phenanthroline $C_9H_8Br_2NO_3$: 3,5-dibromo-L-tyrosine] was synthesized and characterized by IR, elemental analysis and single crystal X-ray diffraction. X-ray crystallography shows that Ni(II) ion is six-coordinated. The Ni(II) ion coordinates with four nitrogen atoms and two oxygen atoms from three ligands, forming a mononuclear Ni(II) complex. The crystal crystallizes in the Orthorhombic system, space group $P2_12_12$ with a = 12.9546 ${\AA}$, b = 14.9822 ${\AA}$, c = 9.9705 ${\AA}$, V = 1935.2 ${\AA}$, Z = 1, F(000) = 1008, S = 0.969, ${\rho}_{calcd}=1.742g{\cdot}cm^{-3}$, ${\mu}=4.688mm^{-1}$, $R_1$ = 0.0529 and $wR_2$ = 0.0738 for 3424 observed reflections (I > $2{\sigma}(I)$). Theoretical study of the title complex was carried out by density functional theory (DFT) method and the B3LYP method employing the $6-3l+G^*$ basis set. The energy gap between HOMO and LUMO indicates that this complex is prone to interact with DNA. CCDC: 908041.

• 한국결정학회지
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• 제16권1호
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• pp.38-42
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• 2005

Bis(ethylenediamine) cuprate(II)$\cdot$dichromate $Cu(C_2H_8N_2)_2{\cdot}Cr_2O_7$의 결정구조는 a=5.682(1), b=8.567(2), c=14.839(3) ${\AA},\;{\alpha}=97.50(2),\;{\beta}=101.06(1),\;{\gamma}=109.38(2)^{\circ}$, 삼사정계(Triclinic), 공간군 P-1, 공간군 번호 2이며, Z=2, V=653.9(2) ${\AA}^3,\;D_c=2.030gcm^{-3},\;{\mu}=3.273mm^{-1}$이었다. 구조분석은 중금속법으로 풀었으며, 최소 자승법으로 정밀화하였고, 최종 신뢰도 값들은 2291개의 회절반점에 대하여 $R_1=0.0256,\;R_w=0.0708,\;R_{all}=0.0316,\;S=1.151$이었다. 구리 착이온의 Cu-N의 평균 거리가 2.010(3) $\AA$이고, 면에 거의 수직으로 Cu-O 평균거리가 2.525(2) $\AA$로써 찌그러진 팔면체 구조를 하고 있다. 두 가지 이온들은 [111]-방향을 따라서 사슬구조를 형성하고, 이 축을 포함한 이차원 (0-11)면상에 놓인 인접한 축들 사이에는 N1-O5와 N3-O1 수소결합으로 연결되어 있다.

• 한국결정학회지
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• 제17권2호
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• pp.41-45
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• 2006

[ $cis-[Co(13-aneN_4)(N_3)_2]Cl{\cdot}H_2O$ ] (1) (13-ane$N_4$ = 1,4,7,10-tetraazacyclotridecane) 착물(錯物)을 합성(合成)하고 구조(構造)를 규명(糾明)하였다. 이 착물(錯物)은 단사정계(單斜晶系), 공간군(空間群) Pbca, a = 7.8282(4) ${\AA}$, b = 14.3197(7) ${\AA}$, c = 29.9021(15) ${\AA}$, V= 3351.9(3) ${\AA}^3$, Z = 8로 결정화(決定化) 되었다. 착물(錯物) 1의 코발트(III)이온은 거대(巨大)고리 리간드의 4개(個)의 질소원자(窒素原子)와 시스 위치에 2개(個)의 azide 리간드가 결합(結合)한 고천(若干) 일그러진 팔면체(八面體) 구조(構造)를 갖는데, 착물(錯物)의 양이온, 염소(鹽素) 음이온 및 물분자(分子)를 통하여 1차원의 수소결합(水素結合)을 형성(形成)한다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제27권7호
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• pp.1005-1008
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• 2006

The reaction of $AgClO_{4}$ with acyclic potential tridentate N,N,N',N',N''-pentamethyldiethylenetriamine (pmdeta) has given colorless crystals suitable for X-ray crystallography. The crystal structure ($P2_{1}$/n, a = 14.413(1) $\AA$, b = 25.270(2) $\AA$, c = 16.130(1) $\AA$, b = $103.012(1){^{\circ}}$, V = 5723.7(8) A$\AA^{3}$, Z = 4, R = 0.0349) has been solved and refined. Three silver(I) ions connect four pmdeta ligands to produce discrete complex of $[Ag_3(pmdeta)_4](ClO_4)_3$. A pmdeta ligand is bridged to three silver(I) ions, and three other pmdeta ligands are chelated to each silver(I) center in a tridentate mode. Thus, the product is a rare tri-nuclear silver(I) complex with two different chemical environments. $^{13}C$ NMR and $MAS\;^{13}$C NMR indicate that the tri-nuclear silver(I) complex is not rigid in solution. The contact angles and thermal analyses of the complex are measured and discussed.

• BMB Reports
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• 제49권12호
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• pp.681-686
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• 2016

Fructose 1,6-bisphosphate aldolase (FBA) is important for both glycolysis and gluconeogenesis in life. Class II (zinc dependent) FBA is an attractive target for the development of antibiotics against protozoa, bacteria, and fungi, and is also widely used to produce various high-value stereoisomers in the chemical and pharmaceutical industry. In this study, the crystal structures of class II Escherichia coli FBA (EcFBA) were determined from four different crystals, with resolutions between $1.8{\AA}$ and $2.0{\AA}$. Native EcFBA structures showed two separate sites of Zn1 (interior position) and Zn2 (active site surface position) for $Zn^{2+}$ ion. Citrate and TRIS bound EcFBA structures showed $Zn^{2+}$ position exclusively at Zn2. Crystallographic snapshots of EcFBA structures with and without ligand binding proposed the rationale of metal shift at the active site, which might be a hidden mechanism to keep the trace metal cofactor $Zn^{2+}$ within EcFBA without losing it.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제27권5호
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• pp.687-693
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• 2006

Chromium(III) complexes, cis-[Cr([14]-decane)$(HOC _6H _4COO) _2$]$ClO _4$ I and cis-[Cr([14]-decane)(OH) $(OC _6H _4NO _2)$]$ClO _4{\cdot}H _2O$ II ([14]-decane = rac-5,5,7,12,12,14-hexamethyl-1,4,8,11-teraazacyclotetradecane) are synthesized and structurally characterized by a combination of elemental analysis, conductivity, IR and VIS spectroscopy, and X-ray crystallography. The complexes crystallizes in the monoclinic space groups, $C2 _1$/a in I and $P2 _1$/n in II. Analysis of the crystal structure of complex I reveals that central chromium(III) ion has a distorted octahedral coordination environment and two hydrogensalicylato ligands are unidentate to the chromium(III) ion via the carboxyl groups in the cis-position. For monomeric complex I the hydrogensalicylato coordination geometry is as follows: Cr-O(average) = 1.984(3) $\AA$;Cr-N range = 2.105(3)-2.141(4) $\AA$;C(24)-O(4) = 1.286(5) $\AA$;N(2)-Cr-N(4) (equatorial position) = 96.97(15)${^{\circ}}$; N(1)-Cr-N(3) (axial position) = 168.27(15)${^{\circ}}$; O(1)-Cr-O(4) = 85.70(13)${^{\circ}}$. The crystal structure of II has indicated that chromium(III) ion is six-coordinated by four secondary amines of the macrocycle, hydroxide anion and nitrophenolate anion.

• Molecules and Cells
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• 제41권4호
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• pp.301-310
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• 2018

LysR-type transcriptional regulators (LTTRs) contain an N-terminal DNA binding domain (DBD) and a C-terminal regulatory domain (RD). Typically, LTTRs function as homotetramers. VV2_1132 was identified in Vibrio vulnificus as an LTTR that is a homologue of HypT (also known as YjiE or QseD) in Escherichia coli. In this study, we determined the crystal structure of full-length VV2_1132 at a resolution of $2.2{\AA}$, thereby revealing a novel combination of the domains in the tetrameric assembly. Only one DBD dimer in the tetramer can bind to DNA, because the DNA binding motifs of the other DBD dimer are completely buried in the tetrameric assembly. Structural and functional analyses of VV2_1132 suggest that it might not perform the same role as E. coli HypT, indicating that further study is required to elucidate the function of this gene in V. vulnificus. The unique structure of VV2_1132 extends our knowledge of LTTR function and mechanisms of action.