• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제56권4호
• /
• pp.393-404
• /
• 2004

연구배경 : 유전자 재결합 반응에 있어서 다른 종류의 RNA의 첨가에도 불구하고 유전자 반응에 영향이 없어야 여타 실험의 정량적 분석에 이용이 가능하다. 이에 저자들은 쥐를 대상으로 filter hybridization방법과 SP-A mRNA을 이용하여 비특이성 RNA 즉, 쥐의 비장 RNA의 첨가가 surfactant protein A (SP-A)의 유전자 재결합반응의 linearity, 상관계수 및 특이성에 미치는 영향을 알아보기 위하여 이 연구를 시행하였다. 방 법 : SP-A transcript mRNA의 정량, 즉 0, 0.1, 0.5, 1 및 2.5 ng에 비특성 RNA 즉 비장 RNA를 각각 0,1, 5 및 $10{\mu}g$을 첨가하여 filter hybridization 방법을 이용하여 SP-A mRNA양과 cpm과의 연관성을 비교정량측정하여 각각의 linearity, 상관계수 및 특이성의 분자생물학적 정도관리에 대한 비교 관찰을 하기 위하여 이 연구를 시행하였다. 결 과 : 1. 쥐의 spleen RNA 0, 1, 5, 10 및 $20{\mu}g$에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.13X-19.35(X=cpm, Y=spleen RNA input)이고, 상관계수는 0.98이었다. 2. SP-A sense 전사체 0, 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 및 5 ng에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.00066X-0.046 (X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이었다. 3. 쥐의 비장 RNA $1{\mu}g$을 첨가 후 SP-A sense 전사체 0, 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 및 5 ng에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.00056X-0.051(X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이였다. 쥐의 비장 RNA $5{\mu}g$을 첨가 후 표준곡선은 Y=0.00065X-0.088 (X=cpm, Y=SP-AmRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이였다. 쥐의비장 RNA $10{\mu}g$을 첨가 후 표준곡선은 Y=0.00051X-0.10 (X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이었다. 결 론 : 이상의 결과는 비특이성 RNA인 비장 RNA의 첨가 후 SP-A sense mRNA양과 cpm과의 상관관계는 sense 유전자와 anti-sense 유전자의 유전자 재결합 반응에 있어서 다양한 양의 비특이성 RNA의 첨가나 오염에도 불구하고 linearity, 상관계수 및 그 특이성이 잘 유지됨을 입증해 준 결과라 생각된다.

• BMB Reports
• /
• 제28권6호
• /
• pp.509-514
• /
• 1995

A putative secondary structure of the mRNA for the human hepatitis B virus (HBV) X gene is proposed based on not only chemical and enzymatic determination of its single- and double-stranded regions but also selection by the computer program MFOLD for energy minimum conformation under the constraints that the experimentally determined nucleotides were forced or prohibited to base pair. An RNA of 536 nucleotides including the 461-nucleotide HBV X mRNA sequence was synthesized in vitro by the phage T7 RNA polymerase transcription. The thermally renatured transcripts were subjected to chemical modifications with dimethylsulfate and kethoxal and enzymatic hydrolysis with single strand-specific RNase T1 and double strand-specific RNase V1, separately. The sites of modification and cleavage were detected by reverse transcriptase extension of 4 different primers. Many nucleotides could be assigned with high confidence, twenty in double-stranded and thirty-seven in Single-stranded regions. These nucleotides were forced and prohibited, respectively, to base pair in running the recursive RNA folding program MFOLD. The results suggest that 6 different regions (5 within X mRNA) of 14~23 nucleotides are Single-stranded. This putative structure provides a good working model and suggests potential target sites for antisense and ribozyme inhibitors and hybridization probes for the HBV X mRNA.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제39권3호
• /
• pp.242-247
• /
• 1992

연구배경 : Surfactant 단백은 surfactant의 물리학적 성상의 결정 및 대사를 조절하는데 있어서 중요한 역할을 한다. 유전자 발현의 조절을 연구하기 위하여서는 cDNA의 탐지자에 의한 mRNA의 정량측정이 중요하다. 방법 : 쥐의 surfactant 단백 B의 cDNA에 대한 coding 부위를 PGem 3Z 또는 4Z에 subclone하여 SP6 RNA polymerase 효소를 이용하여 antisense와 sense을 얻었다. Sense을 이용한 filter hybridization올 시행하여 정상곡선을 얻었다. Antisense는 $^{32}P$를 표지시켜 탐지자로 이용하였다. 결과 : SP-B에 대한 sense 복사체의 정상곡선은 Y=2034.9X+159.1(X=SP-BmRNA 복사체, Y=CPM)이고, 상관계수는 1.0이었다. 결론 : 이상의 결과로 filter hybridization 방법은 mRNA을 정량측정 하는데 있어서 빠르고, 재현성이 높으며, 많은 시료를 한꺼번에 시행할 수 있는 유용한 방법이다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제51권6호
• /
• pp.517-529
• /
• 2001

연구배경 : Filter hybridization이나 solution hybridization 방법들은 Northern blot나 slot blot에 비하여 빠르며 재현성이 높고 소량의 RNA를 측정할 수 있으며 한꺼번에 많은 시료들을 동시에 측정하는것이 가능하다. 방 법 : 저자들은 쥐를 대상으로 하여 SP-C mRNA를 filter hybridization과 solution hybridization 방법들로 각각 정량측정하여 방법론에 따른 분자생물학적 정도관리에 대한 관찰을 하기 위하여 이 연구를 시행하였다. 결 과 : 1) Solution hybridization 방법에 의한 SP-C mRNA의 정량측정을 위한 RNA 검체물의 최소량은 3pg 이상이었다. 2) Solution hybridization에 쓰이는 SP-C sense mRN A input 양과 유전자 cpm과의 Y=6.46 X+244(X=SP-C mRNA 전사체 Y=cpm)였고, 양자간의 상관계수 r은 0.99로 매우 밀접한 상관성을 보였다. 3) Filter hybridization방법에 의한 SP-C mRNA의 정량측정을 위한 RNA검체물의 최소량은 0.1ng 이상이었다. 4) SP-C의 sense 전사체 0, 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 및 5 ng에 대한 cpm과의 표준곡선은 Y=2541.6 X+252.7 (X=SP-C mRNA 전사체 Y=CPM) 이고 상관계수 r은 0.99로 매우 밀접한 상관성을 보였다. 결 론 : Solution hybridization 방법은 다른 방법에 비해 RNA input 양을 아주 소량 사용하면서도 주위에 높은 배후 방사성 산란을 보이는 비특이성 DNA가 있음에도 불구하고 특정 시료의 양이 한정되어 있는 상황에서 RNA를 분석 검토하는데 매우 유용한 연구방법이며, 뿐만아니라 filter hybridization 방법은 mRNA를 정량 측정하는데 있어서 신속하고 재현성이 높으며, 한꺼번에 많은 시료들을 시행할 수 있고, 사료의 mRNA를 정량측정 하는데 있어서 유용한 방법임을 알 수 있었다.

• BMB Reports
• /
• 제54권3호
• /
• pp.176-181
• /
• 2021

Bcl-x, a member of the Bcl-2 family, plays a key role in apoptosis. Alternative splicing of Bcl-x pre-mRNA through alternative 5' splice-site selection produces an anti-apoptotic mRNA isoform that includes exon 2b and a pro-apoptotic Bcl-x mRNA isoform that excludes exon 2b. Here we used Bcl-x minigene and identified SRSF2 and SRSF6 as two regulatory factors of 5' splice-site selection of Bcl-x pre-mRNA. We selected binding clusters closer to 5' splice-sites from multiple potential binding sites of SRSF2 and SRSF6 to perform loss of functions analysis through site-directed mutagenesis. Our results demonstrated that these mutations did not abolish regulatory functions of SRSF2 or SRSF6, indicating that a single binding motif or a cluster was not a functional target of these proteins in Bcl-x pre-mRNA splicing. Random deletion mutagenesis did not disrupt the role of SRSF2 and SRSF6. Importantly, mutagenesis of 5' splice-site to a conserved or a weaker score demonstrated that the weaker strength of the target 5' splice-site or higher strength of the other 5' splice-site strength limited the role of SRSF2 and SRSF6 in 5' splice-site activation.

• 대한소아신경학회지
• /
• 제23권2호
• /
• pp.45-50
• /
• 2015

목적: X-ALD는 Xq28에 위치한 ABCD1 유전자의 돌연변이로 긴사슬지방산이 신경 조직과 부신에 축적되어 일어나는 퇴행 뇌질환이며, 소아기 대뇌형의 경우 빠르고 심한 임상 경과를 보인다. 이 과정에서 산화스트레스도 조직 손상에 영향을 주는 것으로 알려져 있다. 골수이식이나 로렌조 기름 등이 치료 방법으로 이용되나 치료의 위험성과 효과에서 한계를 보이는 실정이다. 이에 저자들은 X-ALD 환자에게 채취한 섬유모세포를 이용하여, X-ALD의 치료 가능성을 알아보기 위하여 VPA의 효과를 연구해보고자 하였다. 방법: X-ALD 환자의 피부에서 채취한 섬유모세포와 정상인의 피부에서 채취한 섬유모세포를 배양하였다. 배양된 섬유모세포에 VPA를 처리한 후 RNA발현 정도를 통해 ABCD2 발현을 확인하고 유동세포계측법으로 활성산소종을 측정하였다. 결과: VPA을 처리한 후 정상과 X-ALD 섬유모세포 모두에서 ABCD2의 mRNA 발현이 증가하였다. 특히 X-ALD 섬유모세포에서 ABCD2 유전자 mRNA 발현이 2.22배로 정상의 1.76배보다 더 증가하였다. 유동세포계측법으로 활성산소종을 확인한 결과 대조군에서 13.7, VPA를 처리한 군에서는 각각 0.25 mM에서 8.67, 0.5 mM에서 9.37, 1 mM에서 5.83을 나타내었다. 결론: X-ALD 환자에서 VPA의 항산화능을 이용하여 신경손상을 막을 수 있는 가능성이 있을 것으로 보이며, 이를 실제 환자에 적용하는 연구가 필요할 것이다.

• 대한의생명과학회지
• /
• 제23권4호
• /
• pp.416-420
• /
• 2017

Endoplasmic reticulum (ER) stress induces unfolded protein response (UPR) via inositol-requiring enzyme 1 (IRE1) activation, which sends a molecular signal for X box-binding protein 1 (XBP1) mRNA splicing in the cytosol. IRE1 endoribonuclease activity induces cleavage of XBP1 mRNA. The XBP1 mRNA is then ligated by an uncharacterized RNA ligase and translated to produce spliced XBP1 by 23 nt removed in which contains the PstI restriction enzyme site. The splicing of XBP1 mRNA can be detected by semiquantitative RT-PCR, and then splicing of XBP1 is a useful tool to measure the genetic variability in ER stress. In this study, we have estimated IRE1-dependent splicing of XBP1 mRNA under conditions of various hypothermia. The results indicated that hypothermia regulated ER stress. This study demonstrated that hypothermia is closely related to ER stress and may be useful for early diagnosis of ER-associated disease.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제20권10호
• /
• pp.1587-1593
• /
• 2007

A single factorial experiment was conducted to test the effects of three dietary levels of energy on mRNA expression of fatty acid synthase (FAS-mRNA) and hormone-sensitive lipase (HSL-mRNA) and their association with intramuscular fat in finishing pigs. 72 crossbred (Large $White{\times}Rongchang$) barrows with an average initial body weight of 20.71 (s.e. 0.1) kg, were randomly allotted to three dietary treatments (11.75, 13.05 and 14.36 MJ DE/kg) and fed until slaughtered at 100 or 101 kg. The diets were iso-nitrogenous and iso-essential amino acids. The growth performances including the duration of finishing were changed linearly (p<0.05) or quadratically (p<0.05) with increased dietary energy levels. The effects of dietary energy content on the percentage of external fat, intramuscular backfat and the fat thickness were linear (p<0.05). The content of dietary energy increased FAS-mRNA linearly or quadratically, while HSL-mRNA decreased linearly or quadratically in backfat and Longissmus dorsi muscle. Meanwhile, significant positive correlations (p<0.05) were found between energy level and intramuscular fat, FAS-mRNA or the ratio of FAS-mRNA to HSL-mRNA, between the ratio of FAS-mRNA to HSL-mRNA and intramuscular fat. However, the correlations between HSL mRNA and dietary energy or intramuscular fat were negative (p<0.05). The results indicated that dietary energy level regulates lipid accumulation, especially intramuscular fat, possibly by modulating the mRNA of FAS and HSL together rather than individually.

• 한국융합학회논문지
• /
• 제10권2호
• /
• pp.331-337
• /
• 2019

연구목적 : 4x, 30x, 30c, and 200c 농도의 동종약물 Arnica montana (A. montana)를 1차 배양된 생쥐 연골세포에 적용하여 염증관련 인자의 변화를 관찰하고자 하였다. 연구방법 : 본 연구는 collagen type II (Coll-2), cyclooxygenase-2 (COX-2) 발현 그리고 prostaglandin 2 (PGE2) 분비에 대해 조사하였다. 결과: 4x, 30x 그리고 30c의 A. montana를 처리하였을 때, Coll-2의 mRNA 발현이 감소하였으며, 30x A. montana의 경우 COX-2 mRNA의 발현이 증가하였다. 또한 COX-2 단백질 발현은 30x와 30c의 A. montana 처리 시 증가함을 보였다. PGE2 분비 또한 30c에서 증가함을 관찰하였다. 결론 : A. montana 처리에 따라 생쥐의 연골세포의 분화 억제를 확인하였으며, 염증관련 인자인 COX-2 및 PGE2의 발현이 증가함을 확인하였다.

• 식물조직배양학회지
• /
• 제21권2호
• /
• pp.111-115
• /
• 1994

벼(Oryza sativa L. cv Nipponbaie)배양세포에 중력 450,000 x g를 처리하여 cDNA library를 만들고, 무처리 및 고중력을 처리한 cDNA 프로브로 스크리닝을 실시하여 고중력에 특이적으로 양성반응을 나타내는 GSC 13 및 GSC124 cDNA를 선발하였다. 선발된 두 유전자 GSC 13 및 GSC 124의 길이는 각각 1.34 및 0.67 kilobase pairs였으며, 배양세포내에서 관련된 transcript의 크기는 각각 2.0 및 1.9 kilobase pairs인 것으로 나타났다. 두 유전자를 프로브로한 Northern hybridization을 실시한 결과 GSC 13, GSC 124 공히 배양세포내에 고중력처리에 의해 특이적으로 축적되는 mRNA가 나타났으며, 중력강도 300,000 x g 에 비해 450,000 x g 처리에서 더욱 강한 축적을 보였고 450,000 x g 4시간 처리에서 최대의 수준을 보였다.