Comparative Quantitative Study of Surfactant Protein C mRNA by Filter Hybridization and Solution Hybridization in Rats

Filter Hybridization과 Solution Hybridization 방법에 의한 백서 Surfactant Protein C mRNA 정량측정의 비교

Background : Surfactant protein C(SP-C) is a hydrophobic 5,000 dalton molecule. SP-C has the primary roles in accelerating surface spreading of a surfactant phospholipid. The filter hybridization and solution hybridization assays are both rapid and sensitive and can be used to measure the RNAs complementary to any cloned DNA sequence. Methods : The authors measured the SP-C mRNA levels quantitatively using solution hybridization and filter hybridization assays to obtain a standard curve equation to quantify the mRNA of unknown samples comparatively. Results : 1. The minimum level of the specimens by solution hybridization was 3 pg for SP-C mRNA. 2. The standard curve equation of the solution hybridization assay between the counts per minute(Y) and the SP-C mRNA transcript input(X) was Y=6.46 X+244. The correlation coefficient was 0.99. 3. The minimum detection level of specimens by filter hybridization was 0.1 ng for SP-C mRNA. 4. The standard curve equation of the filter hybridization assay between the counts per minute(Y) and SP-C mRNA transcript input(X) is Y=2541.6 X+252.7. The correlation coefficient was 0.99. Conclusions : A comparison of CPM/filter in the linear range allowed an accurate and reproducible estimation of the SP-C mRNA copy number. Filter hybridization and solution hybridization assays are both rapid and sensitive and can be used to measure the RNAs complementary to any cloned DNA sequence. It is ideally suited to situations where accurate quantitation of multiple samples is required.

연구배경 : Filter hybridization이나 solution hybridization 방법들은 Northern blot나 slot blot에 비하여 빠르며 재현성이 높고 소량의 RNA를 측정할 수 있으며 한꺼번에 많은 시료들을 동시에 측정하는것이 가능하다. 방 법 : 저자들은 쥐를 대상으로 하여 SP-C mRNA를 filter hybridization과 solution hybridization 방법들로 각각 정량측정하여 방법론에 따른 분자생물학적 정도관리에 대한 관찰을 하기 위하여 이 연구를 시행하였다. 결 과 : 1) Solution hybridization 방법에 의한 SP-C mRNA의 정량측정을 위한 RNA 검체물의 최소량은 3pg 이상이었다. 2) Solution hybridization에 쓰이는 SP-C sense mRN A input 양과 유전자 cpm과의 Y=6.46 X+244(X=SP-C mRNA 전사체 Y=cpm)였고, 양자간의 상관계수 r은 0.99로 매우 밀접한 상관성을 보였다. 3) Filter hybridization방법에 의한 SP-C mRNA의 정량측정을 위한 RNA검체물의 최소량은 0.1ng 이상이었다. 4) SP-C의 sense 전사체 0, 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 및 5 ng에 대한 cpm과의 표준곡선은 Y=2541.6 X+252.7 (X=SP-C mRNA 전사체 Y=CPM) 이고 상관계수 r은 0.99로 매우 밀접한 상관성을 보였다. 결 론 : Solution hybridization 방법은 다른 방법에 비해 RNA input 양을 아주 소량 사용하면서도 주위에 높은 배후 방사성 산란을 보이는 비특이성 DNA가 있음에도 불구하고 특정 시료의 양이 한정되어 있는 상황에서 RNA를 분석 검토하는데 매우 유용한 연구방법이며, 뿐만아니라 filter hybridization 방법은 mRNA를 정량 측정하는데 있어서 신속하고 재현성이 높으며, 한꺼번에 많은 시료들을 시행할 수 있고, 사료의 mRNA를 정량측정 하는데 있어서 유용한 방법임을 알 수 있었다.